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香辛料SYBR GREEN I染料实时聚合酶链式反应检测方法的建立及应用

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食品科学 2024年第12期 269-275页

作者：杨晴丽王仁静张茹孟宪卓姚帮本陈赵然张旭方建军陈伟合肥工业大学食品与生物工程学院安徽省产品质量监督检验研究院衢州市食品药品检验研究院

目的：本研究致力于建立香辛料真实性成分的分子鉴定方法，为香辛料的掺假提供有效的鉴定和检测方法，在不同的使用条件下分别实现定性或半定量分析，为建立相关标准提供一定的基础技术支撑。方法：研究采用SYBR GREEN I染料实时聚合酶... 详细信息

目的：本研究致力于建立香辛料真实性成分的分子鉴定方法，为香辛料的掺假提供有效的鉴定和检测方法，在不同的使用条件下分别实现定性或半定量分析，为建立相关标准提供一定的基础技术支撑。方法：研究采用SYBR GREEN I染料实时聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）方法，通过设计特异性引物成功建立了特异性检测八角、茴香、胡椒和花椒的分析技术。结果：该方法能够特异性检测出八角、茴香、胡椒、花椒，Ct值在标准品体积分数0.001%～10%范围内线性关系良好。针对八角标准品，检测限为1%；针对茴香、花椒、胡椒标准品，最检测限均为0.001%。利用该方法对5份实际样本进行检测，分别在样本1中未检测出八角、茴香、胡椒、花椒；样本2、3、5中检测出八角、茴香、胡椒；样本4中检测出八角、茴香、胡椒、花椒。结论：本实验建立的SYBR GREEN I染料实时PCR方法灵敏度高、重复性好，可应用于实际样品的检测。

关键词：香辛料 SYBR GREEN I染料实时聚合酶链式反应检测

马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种real-time PCR检测方法的建立与应用

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食品科学 2024年第9期45卷 102-108页

作者：吕厚姣李欣媛白小佳贾龙刚耿伟涛王艳萍天津科技大学食品科学与工程学院天津300457

本研究建立了一种特异性实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)检测方法,根据模式菌株马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种ZW3的16S rDNA序列和全基因组序列设计筛选特异性引物,采用SYBR Green I荧光染料建立r... 详细信息

本研究建立了一种特异性实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)检测方法,根据模式菌株马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种ZW3的16S rDNA序列和全基因组序列设计筛选特异性引物,采用SYBR Green I荧光染料建立real-time PCR方法,并对方法的特异性、灵敏度、重复性和混合体系等进行检测。结果表明,本研究所建立的方法特异性强、灵敏度高、重复性好,建立real-time PCR的标准曲线,其决定系数R2为0.965,具有良好的线性关系,且在马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种及混合体系中可以特异性检出。综上,本研究建立的real-time PCR法可以快速、准确地检测马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种,为马乳酒样乳杆菌的特异性定性定量检测提供了一种新的方法。

关键词：马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种实时聚合酶链式反应特异性引物

生防菌NCD-2菌株定量检测体系的建立及其在棉花根际定植检测中的应用

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棉花学报 2022年第2期34卷 162-172页

作者：苏星苏振贺宣立锋李社增王培培郭庆港马平河北农业大学植物保护学院河北保定071000 河北省农林科学院植物保护研究所/河北省农业有害生物综合治理中心/农业农村部华北北部作物有害生物综合治理重点实验室河北保定071000 河北省农林科学院石家庄果树研究所石家庄050061

【目的】建立生防枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的定量检测体系,明确生防菌在棉花根际土壤中的定植情况。【方法】根据NCD-2菌株全基因组序列设计特异性引物;利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,构建NCD-2菌株的实时PCR检... 详细信息

【目的】建立生防枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的定量检测体系,明确生防菌在棉花根际土壤中的定植情况。【方法】根据NCD-2菌株全基因组序列设计特异性引物;利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,构建NCD-2菌株的实时PCR检测体系,并检测NCD-2菌株在棉花根际的定植情况。【结果】所构建的NCD-2菌株实时PCR检测体系能够特异性地定量检测土壤中NCD-2菌株的数量。用有效活菌数10^(9)mL^(-1)的NCD-2菌液处理棉种,在灭菌土中播种后8 d和16 d,用实时PCR检测其在棉花根际土壤中的定植数量分别为1.14×10^(5) g^(-1)和9.5 ×10^(4) g^(-1),与传统计数法检测的结果(2.15 ×10^(5) g^(-1)和2.45 ×10^(5 )g^(-1))高度相关,2种方法结果的相关系数在播种后8 d时为0.99,在播种后16 d时为0.95。而将NCD-2菌株处理后的棉种播种于含有立枯丝核菌的土壤中后16 d,用实时PCR检测其在根际土壤中的定植数量为7.6×10^(5) g^(-1),此时NCD-2菌株对棉花立枯病防治效果达到67.9%。【结论】所构建的实时PCR检测体系能够准确检测NCD-2菌株在根际土壤中的定植情况,为高效使用NCD-2菌株防控病害奠定了基础。

关键词：枯草芽孢杆菌定量检测根际实时聚合酶链式反应棉花

基于菌株水平肠道内植物乳杆菌定性定量研究方法的建立

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食品科学 2020年第14期41卷 82-87页

作者：姜帅铭马臣臣游政凯张家超海南大学食品科学与工程学院海南海口570228

以1株具有潜在益生功效的Lactobacillus plantarum HNU082为例,采用传统选择性分离培养和基因组学技术相结合的研究方法,从菌株定性研究角度,首先基于L. plantarum HNU082全基因组序列通过比较基因组学方法筛选获得该菌株的特异性片段,... 详细信息

以1株具有潜在益生功效的Lactobacillus plantarum HNU082为例,采用传统选择性分离培养和基因组学技术相结合的研究方法,从菌株定性研究角度,首先基于L. plantarum HNU082全基因组序列通过比较基因组学方法筛选获得该菌株的特异性片段,设计引物与其他L. plantarum菌株共扩增进行菌株特异性引物的筛选和验证。其次,基于菌株全基因组抗性基因的注释选取相应抗生素进行验证,使其更容易从宿主肠内容物中实现分离。通过选择性培养基的分离和特异性引物的验证完成菌株的定性分析。同时,基于菌株特异性引物,通过实时聚合酶链式反应技术完成菌株拷贝数的定量研究。最后,通过1例大鼠实验验证了本方法的可行性和准确性。基于此,建立了L. plantarum HNU082菌株在肠道内的定性定量研究方法。本研究建立完善的宿主肠道内L. plantarum HNU082定性定量研究方法,将为益生乳杆菌的体内研究提供重要方法学支持。

关键词：植物乳杆菌肠道抗性基因特异性基因序列实时聚合酶链式反应

食品中Escherichia coli O157:H7微滴数字PCR绝对定量检测方法的建立

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食品科学 2020年第16期41卷 259-265页

作者：魏咏新马丹李丹徐蕾蕊魏海燕张西萌刘莉曾静北京海关技术中心北京100026

为建立食品中Escherichia coli O157:H7的微滴数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)快速定量检测方法,针对E.coli O157:H7的特异性单拷贝基因hlyA设计引物探针,并进行特异性、灵敏度和重复性实验,同时... 详细信息

为建立食品中Escherichia coli O157:H7的微滴数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)快速定量检测方法,针对E.coli O157:H7的特异性单拷贝基因hlyA设计引物探针,并进行特异性、灵敏度和重复性实验,同时通过人工污染三文鱼样品的检测,比较平板计数法、real-time PCR和ddPCR方法的测定值效果。结果表明,所建立的E.coli O157:H7 ddPCR检测方法具有良好的特异性、灵敏性和重复性。细菌纯培养液中定量限为105 CFU/mL,检出限为25 CFU/mL,人工污染三文鱼样品中检出限为110 CFU/g。对不同人工污染水平的三文鱼样品,ddPCR与平板计数的测定值结果无显著性差异(P>0.05),比real-time PCR方法的测定值结果更加稳定、准确。因此,本研究建立的ddPCR方法能够更加快速、准确、灵敏、特异地绝对定量检测食品中E.coli O157:H7。

关键词： Escherichia coli O157:H7 微滴数字聚合酶链式反应实时聚合酶链式反应定量限检出限

Streptococcus thermophilus IMAU20551胞外多糖基因簇及其表达分析

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食品科学 2022年第22期43卷 136-144页

作者：乔少婷代安娜尔解敏孙思霖聂佳莹丹彤内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室内蒙古呼和浩特010018

以1株产胞外多糖(exopolysaccharide,EPS)的嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)IMAU20551为研究对象,提取其DNA后采用Illumina HiSeq技术对DNA进行二代基因组重测序,并利用SOAPdenovo软件对其进行组装,通过与RAST、直系同源集、基因本体论、京都基因与基因组百科全书等数据库进行比对,注释基因组中功能基因。发现S.thermophilus IMAU20551基因组全长1725107 bp,共注释出1884个功能基因,其中包含一个长度为19376 bp的完整eps基因簇,该基因簇中与EPS合成相关的基因共有18个,主要包括epsA、epsB、epsC、epsD、epsE、eps1F、eps2F、epsJ、wzx、epsP和epsX等,这些基因分别对EPS的合成、组装以及转运输出进行调控。另一方面,利用实时聚合酶链式反应对S.thermophilus IMAU20551 eps基因簇表达进行验证,发现所有基因均可表达,且除个别糖基转移酶基因外,其他被测基因均在6 h达到最大表达量。本研究介绍了S.thermophilus IMAU20551的基因组特征、eps基因簇及其表达能力,为今后深入研究S.thermophilus EPS基因簇及其表征结构的互作关系奠定基础。

关键词：胞外多糖嗜热链球菌 eps基因簇基因组信息实时聚合酶链式反应

全基因组测序和real-time PCR法检测食源性沙门氏菌parC、gyrA基因突变特征

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食品科学 2022年第12期43卷 296-302页

作者：毕旺来赵巍薇马达李睿周敏武汉轻工大学生命与科学技术学院湖北武汉430023 武汉轻工大学食品科学与工程学院湖北武汉430023

以45株食源性沙门氏菌喹诺酮耐药株为对象,采取全基因组测序和实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)法检测parC、gyrA基因突变位点,并对检测方法可靠性、耐药基因突变特征进行评估和分析。首先将4株... 详细信息

以45株食源性沙门氏菌喹诺酮耐药株为对象,采取全基因组测序和实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)法检测parC、gyrA基因突变位点,并对检测方法可靠性、耐药基因突变特征进行评估和分析。首先将4株沙门氏菌进行二代全基因组测序,根据测序数据分析结果,建立了一种real-time PCR法检测gyrA Asp87Tyr、gyrA Asp87Asn、parC Thr57Ser和parC Ser80Ile这4个突变位点。将沙门氏菌进行qnrS、qnrA、qnrB的real-time PCR检测,发现有31株菌未检出qnr基因。以这31株菌为对象,采取real-time PCR法筛查基因突变位点,结果发现parC Thr57Ser和gyrA Asp87Asn型突变最常见。将real-time PCR阳性的10株菌扩增parC、gyrA基因全长并测序,real-time PCR检测和测序结果完全吻合,说明了real-time PCR检测的可靠性。全基因组测序和real-time PCR法相结合的方法用于耐药基因突变筛查,既可以发现新的基因突变,又可以快速筛查大样本的主要突变类型,可作为沙门氏菌耐药性研究的一种可靠手段。

关键词：沙门氏菌全基因组测序实时聚合酶链式反应喹诺酮耐药基因

基于转录组学分析酸胁迫影响鼠伤寒沙门氏菌耐酸能力的机理

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食品科学 2022年第22期43卷 166-174页

作者：杨克慧董鹏程刘昀阁张一敏毛衍伟梁荣蓉罗欣朱立贤山东农业大学食品科学与工程学院山东泰安271018 国家牛肉加工技术研发专业中心山东泰安271018 江苏省肉类生产与加工质量安全控制协同创新中心江苏南京210095

目的:探究酸胁迫和非酸胁迫条件下鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)的转录组反应,分析差异基因(differentially expressed genes,DEGs)表达水平,阐明酸胁迫影响鼠伤寒沙门氏菌耐酸反应(acid tolerance response,ATR)的相关代谢... 详细信息

目的:探究酸胁迫和非酸胁迫条件下鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)的转录组反应,分析差异基因(differentially expressed genes,DEGs)表达水平,阐明酸胁迫影响鼠伤寒沙门氏菌耐酸反应(acid tolerance response,ATR)的相关代谢通路。方法:对鼠伤寒沙门氏菌进行酸胁迫处理,利用转录组测序技术和生物信息学分析相关DEGs,并通过实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)进行验证。结果:经酸胁迫后,共筛选到683个DEGs,其中上调343个,下调340个。其中涉及细胞运动、氨基酸代谢、细胞膜组成等通路上调能够使鼠伤寒沙门氏菌快速适应酸环境;碳水化合物代谢相关通路上调能够为鼠伤寒沙门氏菌快速适应酸环境提供更多的能量,与此同时,嘧啶代谢等能量代谢通路下调能够使鼠伤寒沙门氏菌降低能量消耗以维持上述的必需代谢过程;细菌应激调控相关通路上调赋予鼠伤寒沙门氏菌交叉保护抗性;鞭毛、外膜蛋白、脂多糖等毒力相关基因表达上调增强了鼠伤寒沙门氏菌的毒力。real-time PCR验证结果与转录组测序分析表达趋势一致。结论:酸胁迫显著提高了鼠伤寒沙门氏菌的耐酸能力,其中与代谢和细胞过程相关的通路发挥主要作用,本研究结果为进一步了解该菌的酸胁迫反应及更好地控制其在食品中的污染提供了理论依据。

关键词：鼠伤寒沙门氏菌酸胁迫耐酸反应转录组测序分析实时聚合酶链式反应

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麦卢卡蜂蜜植物源性成分鉴别方法的建立

食品科学 2023年第14期44卷 352-359页

作者：杨艳歌王迎春刘鸣畅牛娜黄文胜吴占文王帅康婕吴亚君中国检验检疫科学研究院北京100176 深圳海关食品检验检疫技术中心广东深圳518045 陕西省产品质量监督检验研究院陕西西安710048

建立植物源性检测方法鉴别麦卢卡蜂蜜真伪。比较不同方法对麦卢卡蜂蜜花粉沉淀的DNA提取效果,建立麦卢卡蜂蜜上清液DNA提取方法,以及麦卢卡蜂蜜中植物内参照、麦卢卡、卡奴卡3种物种源性成分检测的实时聚合酶链式反应方法。通过对方法... 详细信息

建立植物源性检测方法鉴别麦卢卡蜂蜜真伪。比较不同方法对麦卢卡蜂蜜花粉沉淀的DNA提取效果,建立麦卢卡蜂蜜上清液DNA提取方法,以及麦卢卡蜂蜜中植物内参照、麦卢卡、卡奴卡3种物种源性成分检测的实时聚合酶链式反应方法。通过对方法的特异性、灵敏度、检出限的分析,以及与新西兰初级产业部(Ministry for PrimaryIndustries,MPI)方法的比较,证实了本研究建立方法的可行性、准确性与等效性。本研究不仅建立了一种可以替代MPI麦卢卡蜂蜜DNA检测的方法,避免对其产品的依赖性,还弥补了MPI仅对麦卢卡蜂蜜花粉沉淀进行鉴别的不足,这对麦卢卡蜂蜜的真伪鉴别具有重要的应用价值和科学意义。

关键词：麦卢卡蜂蜜卡奴卡实时聚合酶链式反应核酸真伪鉴别