全基因组测序和real-time PCR法检测食源性沙门氏菌parC、gyrA基因突变特征

作     者：毕旺来 赵巍薇 马达 李睿 周敏 BI Wanglai;ZHAO Weiwei;MA Da;LI Rui;ZHOU Min

作者机构：武汉轻工大学生命与科学技术学院湖北武汉430023 武汉轻工大学食品科学与工程学院湖北武汉430023 

出 版 物：《食品科学》 (Food Science)

年 卷 期：2022年第43卷第12期

页      面：296-302页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 1002[医学-临床医学] 07[理学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100403[医学-营养与食品卫生学] 10[医学] 

基　　金：“十三五”国家重点研发计划重点专项(2017YFC1600100)。 

主　　题：沙门氏菌 全基因组测序 实时聚合酶链式反应 喹诺酮 耐药基因 

摘      要：以45株食源性沙门氏菌喹诺酮耐药株为对象,采取全基因组测序和实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)法检测parC、gyrA基因突变位点,并对检测方法可靠性、耐药基因突变特征进行评估和分析。首先将4株沙门氏菌进行二代全基因组测序,根据测序数据分析结果,建立了一种real-time PCR法检测gyrA Asp87Tyr、gyrA Asp87Asn、parC Thr57Ser和parC Ser80Ile这4个突变位点。将沙门氏菌进行qnrS、qnrA、qnrB的real-time PCR检测,发现有31株菌未检出qnr基因。以这31株菌为对象,采取real-time PCR法筛查基因突变位点,结果发现parC Thr57Ser和gyrA Asp87Asn型突变最常见。将real-time PCR阳性的10株菌扩增parC、gyrA基因全长并测序,real-time PCR检测和测序结果完全吻合,说明了real-time PCR检测的可靠性。全基因组测序和real-time PCR法相结合的方法用于耐药基因突变筛查,既可以发现新的基因突变,又可以快速筛查大样本的主要突变类型,可作为沙门氏菌耐药性研究的一种可靠手段。