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Genomic Analysis and Antimicrobial Resistance of Campylobacter jejuni Isolated from Diarrheal Patients—Beijing Municipality,China,2019–2021

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China CDC weekly 2023年第19期5卷 424-433,I0003,I0004页

作者： Daitao Zhang Xin Zhang Bing Lyu Yi Tian Ying Huang Changying Lin hanqiu yan Lei Jia Mei Qu Quanyi Wang Beijing Center for Disease Prevention and Control Beijing Key Laboratory of Diagnostic and Traceability Technologies for Food PoisoningBeijingChina School of Public Health Capital Medical UniversityBeijingChina

Introduction:Campylobacter jejuni(***)is the leading cause of human bacterial gastroenteritis worldwide and has a major impact on global public *** objective of the present study was to conduct whole genome sequencing(WGS)to determine the genetic diversity,virulence factors,and determinants of antimicrobial resistance of *** during a 3-year surveillance period in Beijing,***:A total of 184 clinical isolates were obtained from sentinel hospital surveillance between 2019 and *** susceptibility testing was conducted using the agar dilution *** was employed to characterize the 184 *** ***:Multilocus sequence typing analysis revealed high genetic diversity among the 184 *** strains,identifying 71 sequence types(STs)and 19 clonal complexes(CCs).The most prevalent ST was ST760(6.5%),and the most common CC was CC21(24.5%),consisting of 11 *** resistance rates were observed for ciprofloxacin(76.6%),nalidixic acid(76.1%),and tetracycline(71.2%).A total of 77 *** isolates(41.8%)exhibited multidrug resistance with 43 resistance *** analysis disclosed the differential distribution of virulence factors related to adherence,colonization,chemotaxis,as well as lipooligosaccharide and capsular polysaccharide *** analysis demonstrated widespread resistance to quinolones and tetracycline,but low rates of macrolides *** phylogeny,based on whole genome single nucleotide polymorphisms,indicated a high degree of clonality and grouped the *** strains into six *** related isolates that were part of a genetic cluster mostly shared a homogenous clonal ***:The present study emphasizes the rising resistance to quinolones and tetracycline,as well as the virulence potential and diverse genotypes identified among *** strains isolated from diarrheal patients in Beijing.

关键词： complex method complexes

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Asymptomatic Norovirus Infection Among Children in Kindergartens and Primary Schools—Beijing Municipality,China,2021

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China CDC weekly 2023年第8期5卷 171-175页

作者： Qingrui Wu Xiuxia Wei Jianjun Zhang Zhenjiang Xin Xiaoxing yang Ling Zhang Meng Qin Xiaogen Dong hanqiu yan Zhiyong Gao Fengtai District Center for Disease Control and Prevention BeijingChina Fangzhuang Community Health Service Center BeijingChina Beijing Center for Disease Control and Prevention BeijingChina School of Public Health Capital Medical UniversityBeijingChina

Summary What is already known about this topic?Children in kindergartens and primary schools are the high-incidence groups of norovirus acute ***,asymptomatic norovirus infection among them is seldom *** is added by this report?The norovirus positive rate was 3.48% among asymptomatic children in kindergartens and primary schools in Beijing Municipality in June 2021,the most common genotype was GII.4 Sydney,and no acute gastroenteritis outbreak was reported over the study period.

关键词： acute Sydney infection

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Vibrio parahaemolyticus O10:K4:An Emergent Serotype with Pandemic Virulence Traits as Predominant Clone Detected by Whole-Genome Sequence Analysis--Beijing Municipality,China,2021

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China CDC weekly 2022年第22期4卷 471-477页

作者： Ying Huang Bing Lyu Xin Zhang Yi Tian Changying Lin Lingyu Shen hanqiu yan Daitao Zhang Lei Jia Mei Qu Quanyi Wang Beijing Center for Disease Prevention and Control Beijing Key Laboratory of Diagnostic and Traceability Technologies for Food PoisoningBeijingChina

Introduction:Vibrio parahaemolyticus(***)is a common foodborne pathogen which causes gastroenteritis in humans,especially the O3:K6 pandemic clone which is still a prominent serotype in Beijing,*** this study,we observed a novel serotype O10:K4 isolated from clinical diarrhea cases,which became the most prevalent clone in ***:73 clinical isolates were collected through sentinel hospitals’surveillance in *** agglutination testing and antimicrobial susceptibility testing were *** genome sequencing was applied to characterize 73 *** strains and complete phylogenetic ***:Seven serotypes were identified among 73 strains.O10:K4 was the most common serotype(83.6%),followed by O2:KUT,O4:KUT,and O1:*** sequence typing divided the 73 isolates into 10 sequence types(STs)with ST3 as the most prevalent,which covered all O10:K4 *** isolates were sensitive to common antimicrobial agents apart from *** the O10:K4 isolates were positive for the thermostable direct hemolysin gene,toxRS/new,and orf8,and negative for the TDH-related hemolysin *** whole genome sequencing-single nucleotide polymorphism phylogenetic analysis revealed O10:K4 strains formed a main genetic lineage,which was genetically distinct from other *** also demonstrated the presence of two type III secretion system genes(T3SS1 and T3SS2)andβlactamase resistance gene blaCARB-22 in all O10:K4 ***:The study confirmed the emergence of *** O10:K4 possessing virulence factors similar to the O3:K6 pandemic clone,which may have enabled them to become prevalent in Beijing,China.

关键词： Whole diarrhea Serum

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Cholera Caused by a New Clone of Serogroup O1 Vibrio cholerae-Beijing Municipality,China,June 2021

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China CDC weekly 2022年第2期4卷 31-32页

作者： hanqiu yan Bo Pang Xin Lu Zhiyong Gao Pan Lu Xin Zhang Mengyu Wang Lingyu Shen Wenxuan Zhao Jianhong Zhao Weili Liang Lei Jia Haijian Zhou Zhigang Cui Xiaoli Du Biao Kan Quanyi Wang Beijing Center for Disease Prevention and Control Beijing Research Center for Preventive MedicineBeijing Key Laboratory of Diagnostic and Traceability Technologies for Food PoisoningBeijingChina State Key Laboratory of Infectious Disease Prevention and Control National Institute for Communicable Disease Control and PreventionChinese Center for Disease Control and PreventionBeijingChina Beijing Chaoyang Center for Disease Prevention and Control BeijingChina

Several lineages have been identified in the population of serogroup O1 Vibrio cholerae(***)(1-3).The strains,which were responsible for the ongoing seventh cholera pandemic,were in Lineage *** all the *** strains in this lineage carried genes coding cholera toxin(ctxAB)(1-2).Lineage 3b consists of strains isolated from different continents and the vast majority of strains in this lineage lack the ctxAB genes.

关键词： cholerae Clone majority

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应用2种RT-PCR方法检测和分析北京市市场销售牡蛎中诺如病毒基因特征

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中华流行病学杂志 2022年第1期43卷 92-97页

作者：严寒秋王永全崔海洋靳博高志勇王全意北京市疾病预防控制中心/北京市预防医学研究中心食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室北京100013 北京市西城区疾病预防控制中心北京100120

目的应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法检测和分析牡蛎中诺如病毒的基因特征。方法应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法,对2014年11月至2015年10月北京市采集的新鲜市售牡蛎进行诺如病毒GⅠ/GⅡ组并联试验检测,分析检出率,应用符... 详细信息

目的应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法检测和分析牡蛎中诺如病毒的基因特征。方法应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法,对2014年11月至2015年10月北京市采集的新鲜市售牡蛎进行诺如病毒GⅠ/GⅡ组并联试验检测,分析检出率,应用符合率和一致性检验(Kappa值)对半巢式RT-PCR方法进行可靠性评价,应用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒GⅠ/GⅡ衣壳蛋白区基因,对阳性产物进行测序。采用BioEdit 7.***.9.0软件进行序列比对、Mega 6.0软件构建进化树。结果72份样品中,实时荧光RT-PCR、半巢式RT-PCR和并联试验的诺如病毒检出率分别为31.94%(23/72)、38.89%(28/72)和48.61%(35/72)。2种方法符合率为73.61%,中度一致(Kappa值=0.43)。测序成功13株诺如病毒,11株(7株GⅡ.17、2株GⅡ.4 Sydney_2012、1株GⅡ.1和1株GⅡ.21基因型)为2种RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本所得;2株(GⅡ.17和GⅡ.3基因型各1株)为半巢式RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本、实时荧光RT-PCR方法检测诺如病毒阴性样本所得。这些毒株与腹泻患者、环境污水和贝类水产品参考株的相似性为84.4%~100.0%。结论用2种RT-PCR并联法检测牡蛎中诺如病毒,不仅能提高检出率还能获得更多基因型;牡蛎中诺如病毒毒株与人源、环境污水及贝类水产品参考毒株高度同源,应对经常接触牡蛎的人群及相关环境进行诺如病毒监测和防控。

关键词：诺如病毒实时荧光反转录聚合酶链式反应半巢式反转录聚合酶链式反应基因特征牡蛎

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2015-2021年北京市霍乱弧菌病原学和流行特征分析

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中华流行病学杂志 2022年第5期43卷 734-738页

作者：黄瑛贾蕾田祎吕冰曲梅张新刘白薇霍达吴晓娜严寒秋杨鹏北京市疾病预防控制中心传染病地方病预防控制所食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室北京100013

目的分析2015-2021年北京市霍乱弧菌的病原学和流行特征,为霍乱防控提供参考。方法对北京市2015-2021年分离到的霍乱弧菌,进行血清分型、毒力基因检测和PFGE实验;对收集的霍乱病例流行病学和临床资料,用描述性流行病学方法分析其流行特... 详细信息

目的分析2015-2021年北京市霍乱弧菌的病原学和流行特征,为霍乱防控提供参考。方法对北京市2015-2021年分离到的霍乱弧菌,进行血清分型、毒力基因检测和PFGE实验;对收集的霍乱病例流行病学和临床资料,用描述性流行病学方法分析其流行特征。结果北京市2015-2021年共分离76株O1群霍乱弧菌(来源分别为人源性61株、环境涂抹10株和水产品5株),包括68株小川型菌株和8株稻叶型菌株,其中6株为O1群小川型菌株ctxAB基因阳性,均分离自散发病例。PFGE结果显示,76株分为33种带型。北京市2015-2021年共报告霍乱疫情38起,以散发疫情为主(92.11%,35/38);累计报告病例45例,6-9月占97.78%(44/45)。北京市有9个行政区报告霍乱病例,朝阳区和昌平区分别占42.22%(19/45)和31.11%(14/45);霍乱病例的年龄分布在19~63岁,44例病例均出现腹泻症状,1例临床症状不详。腹泻次数为3~9次/d的占84.09%(37/44)。临床症状中,出现黄色稀水样便、腹痛、恶心/呕吐和发热的分别占95.45%(42/44)、68.18%(30/44)、40.91%(18/44)和36.36%(16/44)。结论2015-2021年北京市分离到的霍乱弧菌以O1群小川型为主,PFGE带型多样;北京市有9个行政区报告霍乱疫情,以散发为主,6-9月为疫情高峰。

关键词：霍乱弧菌血清型毒力基因脉冲场凝胶电泳流行特征

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北京市2019年腹泻病例中札如病毒基因特征分析

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中华流行病学杂志 2023年第11期44卷 1787-1794页

作者：李爽高志勇李伟红田祎刘白薇沈玲羽严寒秋贾蕾张代涛王全意北京市疾病预防控制中心传染病地方病控制所北京100013

目的了解北京市肠道门诊散发腹泻病例中札如病毒的基因型别及特征。方法收集2019年北京市肠道门诊散发腹泻病例的粪便样本,应用实时荧光RT-PCR对样本进行札如病毒核酸检测,对阳性样本应用不同种RT-PCR方法进行札如病毒衣壳蛋白VP1区和... 详细信息

目的了解北京市肠道门诊散发腹泻病例中札如病毒的基因型别及特征。方法收集2019年北京市肠道门诊散发腹泻病例的粪便样本,应用实时荧光RT-PCR对样本进行札如病毒核酸检测,对阳性样本应用不同种RT-PCR方法进行札如病毒衣壳蛋白VP1区和聚合酶RdRp区部分基因片段扩增,对扩增阳性产物进行测序,应用BioEdit 7.***.9.0软件对序列进行比对,应用Mega 6.06软件构建进化树进行分析。结果札如病毒总检出率为2.89%(44/1522),<5岁病例的检出率为3.34%(18/539),≥5岁病例的检出率为2.64%(26/983)。衣壳蛋白VP1区基因测序成功23株,包括8个基因型(GⅠ.2型6株、GⅠ.1型和GⅡ.3型各5株,GⅠ.3型和GⅡ.5型各2株,GⅠ.5型、GⅡ.1型和GⅣ.1型各1株);≥5岁病例占16株,GⅠ.2型构成比最高(37.50%,6/16),<5岁病例占7株,GⅠ.1型和GⅡ.3型构成比最高(均为42.86%,3/7);每个基因型内部相似性为95.5%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的51株参考株相似性为92.2%~100.0%。聚合酶RdRp区测序成功25株8个基因型(9株GⅡ.P3型,4株GⅠ.P3型,GⅠ.P1型、GⅠ.P2型和GⅡ.P1型各为3株,GⅠ.P5型、GⅡ.P5型和GⅣ.P1型各为1株);≥5岁病例占15株,GⅡ.P3型构成比最高(40.00%,6/15),<5岁病例占10株,GⅠ.P1型、GⅡ.P1型和GⅡ.P3型构成比最高(均为30.00%,3/10);每个基因型内部相似性为94.0%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的39株参考株相似性为90.2%~99.1%。结论札如病毒是北京市散发腹泻病例的病原之一,主要基因组为GⅠ和GⅡ,基因型多样且分散;≥5岁和<5岁人群腹泻病例主要基因型不同。

关键词：腹泻札如病毒基因型基因特征

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2011—2018年北京市轮状病毒感染所致腹泻儿童的临床特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2022年第6期36卷 685-690页

作者：田祎严寒秋李伟红刘白薇吴晓娜贾蕾王全意高志勇北京市疾病预防控制中心传染病地方病控制所北京100013

目的分析2011—2018年北京市儿童A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)腹泻的临床特征,为RVA腹泻的临床诊断及防控提供依据。方法2011年1月至2018年12月,在北京市3家医院按月采集5岁以下腹泻患儿粪便标本,收集患儿的一般情况、临床特征... 详细信息

目的分析2011—2018年北京市儿童A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)腹泻的临床特征,为RVA腹泻的临床诊断及防控提供依据。方法2011年1月至2018年12月,在北京市3家医院按月采集5岁以下腹泻患儿粪便标本,收集患儿的一般情况、临床特征等信息。使用酶联免疫吸附试验检测RVA,采用多重半巢式RT-PCR进行基因分型。使用Vesikari临床严重程度评分系统定义腹泻儿童的严重性。使用二分类非条件logistic回归分析RVA阳性病例与阴性病例的临床症状等差异,卡方和Fisher概率法比较不同组别的构成差异。结果共收集粪便样本4819份,其中RVA阳性为953份,阳性率为19.78%。低年龄组RVA阳性率高,冬春季为高发季节。RVA阳性的患儿一天最多腹泻次数≥5次、合并呕吐症状、合并发热、轻度脱水,以及Vesikari评分≥11分的风险均大于1。RVA在水样便和感染性腹泻的病例中阳性率最高,分别为26.13%(214/819)和42.20%(265/628)。不同RVA基因型患儿的各项临床症状、临床诊断以及粪便性状比较,差异均无统计学意义。结论RVA阳性患儿临床症状较重。RVA基因型不影响患儿临床症状。粪便性状(水样便)和Vesikari评分可辅助医生诊断轮状病毒腹泻。

关键词：儿童轮状病毒腹泻临床特征

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臂丛MRN在诊断脱髓鞘合并轴索损伤CIDP中的应用

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中国医学计算机成像杂志 2024年第3期30卷 365-371页

作者：邓燕王卫卫杨杨赵彦胤李雅洁刘含秋复旦大学附属华山医院放射科上海市200040 复旦大学附属华山医院神经内科上海市200040

目的:探讨臂丛磁共振神经成像(MRN)在诊断脱髓鞘合并轴索损伤的慢性炎性脱髓性多发性神经根神经病(CIDP)中的应用价值。方法:收集2016—2021年在我院确诊的CIDP患者29例,根据神经电生理检查分为脱髓鞘组及脱髓鞘合并轴索损伤组。在臂丛... 详细信息

目的:探讨臂丛磁共振神经成像(MRN)在诊断脱髓鞘合并轴索损伤的慢性炎性脱髓性多发性神经根神经病(CIDP)中的应用价值。方法:收集2016—2021年在我院确诊的CIDP患者29例,根据神经电生理检查分为脱髓鞘组及脱髓鞘合并轴索损伤组。在臂丛MRN图像上测量所有患者臂丛神经根(C5~C8)最大直径以及神经-肌肉T2WI信号强度比,收集所有患者的临床资料,进行组间差异性分析和组内相关性分析,并绘制受试者工作特征(ROC)曲线。结果:脱髓鞘合并轴索损伤组CIDP患者臂丛神经根最大直径大于脱髓鞘组,其中C5(P=0.011)、C6(P=0.046)、C8(P=0.001)神经根的差异具有统计学意义。ROC曲线分析结果显示,C8神经根的最大直径具有较好的诊断效能,其ROC曲线下面积(AUC)为0.851,相应的阈值为4.36 mm。脱髓鞘合并轴索损伤组CIDP患者C6(r=0.634,P=0.02)、C7(r=0.605,P=0.029)神经根最大直径与脑脊液蛋白水平呈中度正相关,C7神经根最大直径(r=-0.567,P=0.043)以及C8神经根的神经-肌肉T2WI信号强度比(r=-0.598,P=0.031)与发病年龄呈中度负相关。结论:臂丛MRN有助于识别脱髓鞘合并轴索损伤的CIDP患者,C8神经根的最大直径可能具有较好的诊断效能。

关键词：磁共振神经成像慢性炎性脱髓鞘性多发性神经根神经病臂丛神经轴索损伤

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2018-2019年北京市西城区6起学校急性胃肠炎聚集性疫情的GⅠ诺如病毒病原鉴定与溯源研究

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疾病监测 2022年第6期37卷 769-776页

作者：王永全崔海洋吉彦莉靳博李伟红刘白薇沈玲羽高志勇严寒秋北京市西城区疾病预防控制中心北京100120 北京市疾病预防控制中心/食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室北京100013

目的分析2018-2019年北京市西城区6所学校发生的急性胃肠炎疫情GⅠ诺如病毒的基因型别特征。方法收集2018-2019年西城区6所学校急性胃肠炎病例的粪便标本37份。采用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(real-time RTPCR)对提取的GⅠ和G... 详细信息

目的分析2018-2019年北京市西城区6所学校发生的急性胃肠炎疫情GⅠ诺如病毒的基因型别特征。方法收集2018-2019年西城区6所学校急性胃肠炎病例的粪便标本37份。采用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(real-time RTPCR)对提取的GⅠ和GⅡ诺如病毒核酸进行检测。采用RT-PCR进行GⅠ诺如病毒聚合酶区和衣壳蛋白VP1区部分片段的扩增和测序。用诺如病毒在线分型工具对测序成功的毒株进行初步鉴定和基因分型,用BioEdit 7.***.9.0软件进行序列比对,用MEGA 6.06软件构建进化树。结果 6所学校(18,S1~S4和19,S5~S6)发生的诺如病毒急性胃肠炎疫情均为聚集性疫情,GⅠ诺如病毒核酸阳性率为83.78%(31/37),GⅡ诺如病毒未检出;聚合酶区和衣壳蛋白VP1区进化分析分别显示,1起疫情的4株诺如病毒毒株分别与GⅠ.Pd参考株和GⅠ.3b参考株在同一分支,5起疫情的19株诺如病毒毒株与GⅠ.Pb参考株和GⅠ.6a参考株在同一分支;每所学校毒株相似性为100.0%。双区分型合并结果,1起疫情由GⅠ.Pd-GⅠ.3b引起,该重组株与GⅠ.3[P13]/Hu/MT008455/2018/Shanghai/CHI相似性高达99.6%;5起疫情由GⅠ.Pb-GⅠ.6a引起,这重组株与GⅠ.6[P11]/Hu/MZ227264/2016/US相似性高达98.1%。结论 2018-2019年北京市西城区6所学校诺如病毒急性胃肠炎聚集性疫情分别由GⅠ.Pd-GⅠ.3b和GⅠ.Pb-GⅠ.6a重组株引起。应加强对诺如病毒重组株分子流行病学监测,为诺如病毒疫情提供预警预测的依据。

关键词：诺如病毒急性胃肠炎重组株

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