应用2种RT-PCR方法检测和分析北京市市场销售牡蛎中诺如病毒基因特征

作     者：严寒秋 王永全 崔海洋 靳博 高志勇 王全意 Yan Hanqiu;Wang Yongquan;Cui Haiyang;Jin Bo;Gao Zhiyong;Wang Quanyi

作者机构：北京市疾病预防控制中心/北京市预防医学研究中心食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室北京100013 北京市西城区疾病预防控制中心北京100120 

出 版 物：《中华流行病学杂志》 (Chinese Journal of Epidemiology)

年 卷 期：2022年第43卷第1期

页      面：92-97页

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100403[医学-营养与食品卫生学] 10[医学] 

基　　金：首都卫生发展科研专项(2020-2-1011) 

主　　题：诺如病毒 实时荧光反转录聚合酶链式反应 半巢式反转录聚合酶链式反应 基因特征 牡蛎 

摘      要：目的应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法检测和分析牡蛎中诺如病毒的基因特征。方法应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法,对2014年11月至2015年10月北京市采集的新鲜市售牡蛎进行诺如病毒GⅠ/GⅡ组并联试验检测,分析检出率,应用符合率和一致性检验(Kappa值)对半巢式RT-PCR方法进行可靠性评价,应用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒GⅠ/GⅡ衣壳蛋白区基因,对阳性产物进行测序。采用BioEdit 7.***.9.0软件进行序列比对、Mega 6.0软件构建进化树。结果72份样品中,实时荧光RT-PCR、半巢式RT-PCR和并联试验的诺如病毒检出率分别为31.94%(23/72)、38.89%(28/72)和48.61%(35/72)。2种方法符合率为73.61%,中度一致(Kappa值=0.43)。测序成功13株诺如病毒,11株(7株GⅡ.17、2株GⅡ.4 Sydney_2012、1株GⅡ.1和1株GⅡ.21基因型)为2种RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本所得;2株(GⅡ.17和GⅡ.3基因型各1株)为半巢式RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本、实时荧光RT-PCR方法检测诺如病毒阴性样本所得。这些毒株与腹泻患者、环境污水和贝类水产品参考株的相似性为84.4%~100.0%。结论用2种RT-PCR并联法检测牡蛎中诺如病毒,不仅能提高检出率还能获得更多基因型;牡蛎中诺如病毒毒株与人源、环境污水及贝类水产品参考毒株高度同源,应对经常接触牡蛎的人群及相关环境进行诺如病毒监测和防控。