TPM:基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统

作     者：屈武斌 杭兴宜 申志勇 李稚锋 张成岗 杨毅 QU Wu-Bin;HANG Xing-Yi;SHEN Zhi-Yong;LI Zhi-Feng;ZHANG Cheng-Gang;YANG Yi

作者机构：四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室北京100850 

出 版 物：《四川大学学报（自然科学版）》 (Journal of Sichuan University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2009年第46卷第6期

页      面：1685-1690页

核心收录：

学科分类：07[理学] 08[工学] 

基　　金：国家重点基础研究发展规划项目(973计划)(2006CB504100 2003CB715900) 国家自然科学基金(30771230 30772244 30470927) 

主　　题：TPM PCR引物设计 评估工具 工作流系统 evaluation design 特异性 序列相似性 工作流平台 successful 直接影响 实验 设计软件 分析流程 workflow 自由能 自动化 多因素 性情 基础 

摘      要：PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败.首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件primer3,在Taverna工作流平台上构建了PCR引物设计(primer3)与评估(MFEprimer)一体的工作流系统-TPM(Taverna-Primer3-MFEprimer),实现了从引物设计到评估的自动化分析流程,使用简单方便.