检索结果-南通市图书馆

会计师 2024年第15期 10-12页

作者：陈旭智广州文化艺术发展中心(广州粤艺传习所)

参考哈佛分析框架主要步骤,设计政府财务报告分析的逻辑思路,包括目标导向、环境分析、财务分析、会计分析、前景分析。基于目标导向原则,构建了政府财务报告的分析系统,包括分析环境等六大要素,设计了政府财务报告的分析流程,包括目标... 详细信息

参考哈佛分析框架主要步骤,设计政府财务报告分析的逻辑思路,包括目标导向、环境分析、财务分析、会计分析、前景分析。基于目标导向原则,构建了政府财务报告的分析系统,包括分析环境等六大要素,设计了政府财务报告的分析流程,包括目标设定等六个环节。

关键词：政府财务报告分析系统分析流程哈佛分析框架

闪锌矿分相Rb-Sr同位素定年机理及其分析流程稳定性

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地质学报 2015年第B10期89卷 48-50页

作者：杨红梅刘重芃蔡红李华芹张利国蔡应雄王云峰中国地质调查局武汉地质调查中心同位素地球化学研究室

1 前言成矿作用同位素地质年代学研究不仅对了解矿床成因、探讨区域成矿地质背景和总结区域成矿规律具有重要的理论意义，而且对指导矿产普查、勘探、进行区域成矿预测，扩大找矿远景具有十分重要的现实意义。

关键词：同位素定年 Rb-Sr 分析流程稳定性闪锌矿同位素地质年代学机理分相

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噬菌体基因组分析流程的构建和应用

噬菌体基因组分析流程的构建和应用

作者：胡锦瑞昆明医科大学

学位级别：硕士

【目的】多重耐药正在以惊人的速度在全球范围内迅速发展,噬菌体疗法为解决“超级细菌”的问题提供了希望。噬菌体治疗需要经过复杂的筛选过程,并且由于缺乏评估候选噬菌体安全性的指导方针噬菌体在临床上的应用进展缓慢。当前高通量测... 详细信息

【目的】多重耐药正在以惊人的速度在全球范围内迅速发展,噬菌体疗法为解决“超级细菌”的问题提供了希望。噬菌体治疗需要经过复杂的筛选过程,并且由于缺乏评估候选噬菌体安全性的指导方针噬菌体在临床上的应用进展缓慢。当前高通量测序技术的发展引发了噬菌体基因组数据的快速增长,基因组分析工具不断的更新迭代有望从根本上改变我们对噬菌体的理解,并加速噬菌体疗法的应用。本研究通过对噬菌体基因组分析流程的构建和分析,可以快速得到噬菌体的基本特性为临床应用提供便捷筛选途径,并深刻影响公共卫生政策。【方法】通过对文献中既往分析软件的统计分析,对噬菌体基因组研究中的分析软件进行初步筛选和分析。对不同软件进行分析比较选出优质的分析工具并纳入分析流程中,构建一套完善的噬菌体分析流程。75株噬菌体从美国国家生物技术信息中心病毒基因组数据库(NCBI Viral Genomes)上下载以用于软件的测试。6株鹤庆鼠疫噬菌体通过分离、培养、纯化、核酸提取和测序获得基因组序列,并应用于噬菌体基因组分析流程进行基因组分析。【结果】1.通过对2017年-2022年90篇公开发表的噬菌体基因组相关研究性文献进行统计分析,在研究方法各个文献中主要介绍了噬菌体基因组组装、注释和t RNA预测的方法与工具。其中文献中涉及最多的是注释方法,88.67%的文章对注释方法进行了详细的描述。对于基因组组装软件整个分析软件的分布比较分散,排名前三的软件为SPAdes、CLC Genomics Workbench、SOAPdeovo。文献中对于基因组注释排名前三的注释工具为手工注释、RAST、Gene Mark、Gimmer 3.02。对于t RNA预测和注释所涉及的分析软件比较集中,所有的文献均使用了t RNAscan-RE软件进行分析。2.噬菌体组装工具中,详细比较了SPAdes和SOAPdenovo 2。相比较SOAPdenovo 2,SPAdes文献引用次数多组装效果好,6个测序数据均组装出一条Scaffold,比较适合噬菌体基因组的组装。通过Phage Term进行末端酶的预测和识别,6株噬菌体有4株噬菌体被注释为cos 5’末端酶,而新型噬菌体HQ12和HQ17无法通过Phage Term进行末端酶的识别。Glimmer虽然文献影响因子和引用次数上不是最好的,但在预测噬菌体开放阅读框数量和长度上比其他四种预测工具占有明显的优势,比较适合噬菌体基因组开放阅读框的预测。t RNAscan-SE 2.0和ARAGORN在t RNA注释效果基本一致,选用新发布的t RNAscan-SE 2.0作为分析流程预测t RNA的分析工具。在噬菌体个性化分析中,分别使用Pha GCN、Cherry和Pha TYP对噬菌体进行分类学、宿主和生命周期进行预测。通过使用综合抗生素耐药性数据库(Comprehensive Antibiotic Resistance Database,CARD)和毒力基因数据库(Virulence Factor Database,VFDB)数据库进行耐药基因和毒力基因的筛查。3.6株鹤庆鼠疫噬菌体通过噬菌体基因组分析流程的分析得到了完整的基因组信息,为下一步利用鼠疫菌噬菌体防控鼠疫菌感染提供理论依据和技术指导。【结论】噬菌体分析流程的构建是根据病毒基因组高通量测序的标准以及用于治疗的理想噬菌体的原则开发的。该流程的可行性和实用性在6个新的鹤庆鼠疫噬菌体基因组和75个已发表的噬菌体基因组上得到了证明。经过基因组初步的筛选与分析,6株鹤庆鼠疫噬菌体不适合应用于自然疫源地鼠疫的防控。同时将分析流程搭建在国家微生物科学数据中心网络分析平台供研究者使用。该基因组分析流程在未来可以作为噬菌体在临床治疗和生态系统防控中安全性评估的最低标准与指南。

关键词：噬菌体噬菌体治疗基因组分析分析流程

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基于二代测序技术整合的原核生物分析流程

基于二代测序技术整合的原核生物分析流程

作者：禹海英中国科学院北京基因组研究所

学位级别：硕士

随着新一代高通量测序技术的发展,原核生物基因组数据不断增长,而处理这些海量数据的难度也在增加。为了从如此庞大的生物学数据中快速而准确地挖掘出巨大的有价值的科学信息,大规模的、整体综合的自动分析流程就显得尤为重要。过去的... 详细信息

随着新一代高通量测序技术的发展,原核生物基因组数据不断增长,而处理这些海量数据的难度也在增加。为了从如此庞大的生物学数据中快速而准确地挖掘出巨大的有价值的科学信息,大规模的、整体综合的自动分析流程就显得尤为重要。过去的几年里,已经有一些研究者利用生物信息学手段在基因组和转录组方面都分别开发了一些分析流程。但是,目前既含有基因组分析又含有转录组的分析流程还很少。在公共领域中,针对第二代测序数据,整合原核生物基因组和转录组分析,即利用转录组信息来完善基因组的分析流程还没有。因此,本文针对第二代测序数据,对整合原核生物基因组和转录组整体综合的分析进行研究。本文所取得的成果如下：开发了一个整合基因组和转录组方面的自动分析流程,在生物学分析方面分为3个部分：(i)基因组方面,包括基因结构和功能注释。这部分是在已有的研究工作基础上整合了一些常用的生物信息学软件来寻找蛋白质编码基因,RNA基因和基因组上其他的一些有功能的序列。这部分结果返回基因组彩色circle图和一些基本特征信息的文本文件。(ii)转录组数据分析,包括基因表达谱,差异基因及功能分析,转录起始位点鉴定,UTR区域和intergenic区域分析。转录组方面主要是我们自已建立的一些分析方法。这部分会返回转录组单碱基覆盖度图和相应的分析结果。(iii)整合基因组和转录组分析,包括验证完善基于预测的operon结构和基因组重注释。这部分的目的是完善基因组注释,并返回校正的基因组信息和operon结构。其次,利用幽门螺杆菌(Helicobacter pylori strain26695)基因组和转录组数据对建立的自动分析流程进行了测试。经过测试验证,本文建立的整合分析流程是基因组和转录组整体分析的一个有效方法。最后,本文还用我们实验室完成的嗜冷甲烷叶菌(Methanolobus psychrophilus R15)为实例对开发的自动分析流程的各方面进行了展示。

关键词：第二代测序技术基因组转录组分析流程

长末端重复序列反转录转座子分析流程构建及应用

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长末端重复序列反转录转座子分析流程构建及应用

作者：吴骏澜安徽农业大学

学位级别：硕士

长末端重复序列反转录转座子(The long terminal repeat retrotransposons,LTR-retrotransposons)是植物基因组的普遍存在的组成部分,在具有大基因组的物种中特别丰富。然而,关于全长LTR反转录转座子(FL-LTR反转录转座子)在植物基因组... 详细信息

长末端重复序列反转录转座子(The long terminal repeat retrotransposons,LTR-retrotransposons)是植物基因组的普遍存在的组成部分,在具有大基因组的物种中特别丰富。然而,关于全长LTR反转录转座子(FL-LTR反转录转座子)在植物基因组进化中的作用知之甚少。现在大量植物基因组测序工作完成,对于研究LTR-retrotransposons提供了数据来源。本研究主要是建立一个分析LTR-retrotransposons的流程。首先通过对各个鉴定软件的算法的深入了解,结合局部动态规划和贪心算法的优缺点,以及LTR-retrotransposons内部功能结构域,构建了LTR-retrotransposons的鉴定流程。其次,构建LTR-retrotransposons分析流程,我们从三个方面构建LTR-retrotransposons的分析流程。分别为插入基因组的年代,次级家族的保守性以及对内部捕获基因的调控研究。最后我们选取了四种单子叶植物和四种双子叶植物进行实际应用,通过LTR-retrotransposons的分析流程,LTR反转录转座子插入年代的结果表明,大多数LTR-retrotransposons插入基因组时间小于植物分化时间。次级家族的保守性分析表明,单子叶植物基因组携带更多的Gypsy类型Tat次级家族和Copia型Maxiums次级家族,而双子叶植物基因组携带更多的Gypsy类型Athila次级家族和Copia型Ale次级家族。通过对内部捕获基因的调控研究,鉴定了位于LTR反转录转座子内的基因,也称为LTR反转录转座子捕获基因(LTRCG)。从RNA-Seq数据的分析中观察到表达模式的变化。因此,FL-LTR反转录转座子的插入对于植物基因组的进化是重要的。也说明了我们LTR-retrotransposons鉴定和分析流程具有一定的实际应用性。

关键词：长末端重复序列反转录转座子内部捕获基因保守性比对分析流程

非模式生物转录组自动化分析流程的搭建及在哺乳动物适应性进化中的应用

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非模式生物转录组自动化分析流程的搭建及在哺乳动物适应性进化中...

作者：丘银彬南方医科大学

学位级别：硕士

背景:非模式生物具有比模式生物更加突出的能力,例如抗缺氧、抗衰老和再生能力。大部分非模式生物尚未构建参考基因组,一方面因为基因组组装依旧困难重重,另一方面是因为基因组测序相较转录组测序依旧价格不菲。转录组测序数据从头组装... 详细信息

背景:非模式生物具有比模式生物更加突出的能力,例如抗缺氧、抗衰老和再生能力。大部分非模式生物尚未构建参考基因组,一方面因为基因组组装依旧困难重重,另一方面是因为基因组测序相较转录组测序依旧价格不菲。转录组测序数据从头组装和注释的分析策略越来越多地被采用,该策略能够经济高效地挖掘非模式生物中基因的表达水平差异以及活跃的生物学通路。然而,由于实验操作人员专业水准、测序平台及其环境差异,测序数据污染现象普遍,对从头组装结果以及差异表达分析的准确性造成不良影响。目的:搭建非模式生物转录组自动化分析流程,能够有效去除数据中的外源污染和交叉污染序列,减少重复的代码修改,保证数据分析的高效性和可重复性,并将该流程应用于日本小鼩鼹缺氧适应性的探究。方法:采用基于Python3的Snakemake框架,选取转录组从头组装和注释分析常用软件,并增加去除外源污染和交叉污染的关键软件,在Linux平台下搭建非模式生物转录组自动化分析流程。应用方面,分别收集日本小鼩鼹、日本鼩鼹和长吻鼩鼹三个物种的心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏组织进行转录组测序。使用自动化分析流程对数据进行处理,获得基因功能注释结果,然后进行组装完整性检测、差异表达分析、GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:1)构建了包括数据质量控制、数据组装、去除外源污染、去除交叉污染、过滤低表达转录本、去除冗余、去除错误组装和基因功能注释模块的非模式生物转录组自动化分析流程。2)将日本鼩鼹、日本小鼩鼹和长吻鼩鼹注释到的基因进行功能类别富集,分别获得26,885、20,705和19,119个GO term。3)与日本鼩鼹相比,日本小鼩鼹除肺组织外的组织显著上调表达基因中,与缺氧调控相关的基因的占比较高,心脏、肝脏、肺脏、肾脏和脾脏分别高0.93%、0.76%、-0.54%、0.10%和0.07%。4)日本小鼩鼹相比于日本鼩鼹存在差异表达调控,心脏、脾脏和肾脏有更明显的缺氧适应调节。5)日本小鼩鼹与日本鼩鼹相比,日本小鼩鼹在心脏组织中显著富集PI3K-Akt、MAPK、局部黏附、ECM受体相互作用和钙信号通路,此外,肥厚型心肌病、致心律失常型右室心肌病和扩张型心肌病三个疾病途径也显著富集。结论:1)首次构建了能够去除测序污染序列的非模式生物转录组自动化分析流程。2)首次获取了日本鼩鼹和日本小鼩鼹的转录组。3)日本小鼩鼹可能通过增加氧气渗透能力、抑制代谢率、减少细胞损伤的方式应对慢性缺氧。

关键词：分析流程 Snakemake 鼹科转录组测序缺氧适应性

基于扩增子测序技术检测肿瘤基因突变的数据分析流程的构建

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基于扩增子测序技术检测肿瘤基因突变的数据分析流程的构建

作者：李宇龙大连医科大学

学位级别：硕士

目的:高通量测序技术在癌症研究与临床上的应用越来越被人们所重视。种类繁多的测序技术与工具也层出不穷。目前有大量的癌症样本的高通量测序数据涌现。选择合适的数据分析流程才能对测序数据背后的生物学信息和意义做出正确的理解和... 详细信息

目的:高通量测序技术在癌症研究与临床上的应用越来越被人们所重视。种类繁多的测序技术与工具也层出不穷。目前有大量的癌症样本的高通量测序数据涌现。选择合适的数据分析流程才能对测序数据背后的生物学信息和意义做出正确的理解和判断。扩增子测序技术是一项非常重要的测序手段。该方法具有高效率、高靶向、高覆盖度、高灵活性、低成本等多个优势。为了快速准确的研究大量的扩增子测序数据,需要建立一套合适的数据分析流程。方法:基因组标准品被广泛使用于测序技术的基准化检测。我们使用中华一号基因组标准品混合制备了五种测序样本,使用这五种标准品测序样本对分析流程的优劣进行评估。主要通过已知的高置信SNV计算检测结果的灵敏性、精确率和F1-score,选择基因突变检测软件并调整基因突变检测软件的参数。结果:我们用中华家系一号基因组标准品的F7和M8按照1:1、1:3和1:9的比例进行混合,得到F7、M8、1:1（F7/M8）、1:3（F7/M8）和1:9（F7/M8）共五种样本。使用我们的数据分析流程对高置信SNV进行检测,结果精确率分别为62.87%、61.06%、69.21%、62.29%、65.17%,平均值为64.12%;灵敏性分别为84.40%、82.05%、75.16%、77.30%、79.43%,平均值为79.67%。结论:我们的数据分析流程完全可以应用于癌症的扩增子测序数据的分析。我们对40个甲状腺癌症结节样本进行了基因突变检测,能够很好的帮助我们理解和研究甲状腺癌。

关键词：扩增子测序分析流程基因组标准品

棉铃虫转录组分析流程构建及Bt抗性差异表达基因分析

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棉铃虫转录组分析流程构建及Bt抗性差异表达基因分析

作者：刘运泽山东农业大学

学位级别：硕士

随着测序技术的快速发展,测序质量与通量不断提高,成本迅速下降,转录组学研究进入了黄金发展时期。为了更进一步地了解非模式生物,本文基于最新数据库与高被引工具构建了一套转录组分析流程,并利用此流程分析了实验室4个棉铃虫Helicover... 详细信息

随着测序技术的快速发展,测序质量与通量不断提高,成本迅速下降,转录组学研究进入了黄金发展时期。为了更进一步地了解非模式生物,本文基于最新数据库与高被引工具构建了一套转录组分析流程,并利用此流程分析了实验室4个棉铃虫Helicoverpa armigera抗性品系与1种敏感品系的差异表达基因。研究的主要结果如下:1.5个品系的测序数据结果均得到2000万以上的reads,平均74亿bp的转录组数据,过滤后碱基质量均达到Q30以上。2.使用5种方法对Trinity拼接得到的234808条转录本进行质量检测,N50为928bp,Bowtie2回贴比对率均在98%以上,Ex90N50为2042bp,BUSCO检测到95%的昆虫保守基因。蛋白库Nr、Uniprot、Pfam比对的结果中Diamond优于Blast。Nr库比对结果有47%的转录本序列比对到棉铃虫,21%比对到烟草夜蛾,还比对到了家蚕、斜纹夜蛾、二化螟等鳞翅目昆虫。3.组内生物学重复Pearson相关系数接近0.9,组间聚类与PCA分析均各自聚在一起,无批次效应。4.使用DESeq2和edgeR软件分别对Salmon、RSEM得到的表达矩阵进行差异分析,结果edgeR与Salmon的组合得到差异表达基因数量最多。***品系共得到1156个差异表达转录本,397个可以对应到RefSeq ID,GO分析有5个基因与氨肽酶活性有关,12个基因影响蛋白酶活性,2个基因相应抗菌免疫过程;KEGG分析有10个基因参与了肽酶通路。***2品系共得到995个差异表达转录本,268个可以对应到RefSeq ID,GO分析有4个基因与蛋白激酶抑制剂活性有关,6个基因影响跨膜转运蛋白活性,3个基因与蛋白酶体变化有关;KEGG分析有5个基因在蛋白酶激活受体信号通路发挥作用,3个基因参与了蛋白酶体通路。***品系共得到982个差异表达转录本,278个可以对应到RefSeq ID,GO分析有8个基因与前体代谢物的产生有关,3个基因与蛋白酶体有关,3个基因与糖基转移酶有关;KEGG分析有6个基因富集在细胞色素P450代谢通路和药物代谢通路。***品系共得到1201个差异表达转录本,281个可以对应到RefSeq ID,GO分析有15个基因与ATP代谢过程相关,12个基因可以调节ATP的活性,有7个基因与前体代谢物的产生相关,2个基因参与胆固醇运输途径,3个基因参与脂肪转运途径,12个基因与核苷酸代谢途径相关;KEGG分析有2个基因富集到糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白通路,2个基因富集到蛋白酶体通路,9个基因富集到肽酶通路。

关键词：转录组分析流程棉铃虫 Bt抗性差异表达基因

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钋法分析流程的几个问题探讨

华东地质学院学报 1982年第1期 103-108页

作者：姚远俊

一、前言钋(210Po)法找矿是通过测量岩石或土壤中的钋含量达到找铀矿的目的。存在于岩石或土壤中的钋是通过电化学方法提取,然后测定其α强度来实现的。因此,从样品中提取钋是钋法找矿的关键一环,而外的提取受许多因素的控制和影响,它... 详细信息

一、前言钋(210Po)法找矿是通过测量岩石或土壤中的钋含量达到找铀矿的目的。存在于岩石或土壤中的钋是通过电化学方法提取,然后测定其α强度来实现的。因此,从样品中提取钋是钋法找矿的关键一环,而外的提取受许多因素的控制和影响,它不仅与采用的分析流程、还原剂的种类有关,而且与样品的颗粒度和样品的化学成分及化学性质有关。所以在制备钋样

关键词：样品分析还原剂酸度试样分析置换率碳酸盐类分析流程几个问题

基于ANSYS的焊接模拟技术应用及分析流程

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唐山学院学报 2010年第3期23卷 76-78,81页

作者：陈庆堂湄洲湾职业技术学院福建莆田351254

ANSYS软件强大的热分析功能为焊接模拟分析提供了平台,尤其是参数化设计APDL语言的应用为焊接模拟关键技术的实现提供了条件。文章论述了ANSYS环境下焊接的模拟与分析各主要环节的实现方法 ,并归纳给出了ANSYS环境下焊接模拟和参数优化... 详细信息

ANSYS软件强大的热分析功能为焊接模拟分析提供了平台,尤其是参数化设计APDL语言的应用为焊接模拟关键技术的实现提供了条件。文章论述了ANSYS环境下焊接的模拟与分析各主要环节的实现方法 ,并归纳给出了ANSYS环境下焊接模拟和参数优化设计的完整流程,为深入研究ANSYS环境下的焊接模拟与分析打下基础。

关键词：焊接模拟技术分析流程