检索结果-南通市图书馆

中国近海铜藻ITS与coxⅠ序列相似性分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

渔业科学进展 2018年第6期39卷 141-146页

作者：吕芳郭文丁刚刘玮詹冬梅吴海一山东省海洋生物研究院青岛266104 青岛市大型海藻工程技术研究中心青岛266104

本研究分别对2016和2017年中国近海10个铜藻(Sargassumhorneri)漂浮地理种群以及3个定生种群的51个采集样本进行了ITS和coxⅠ序列分析及相似性比对。结果显示,51个样本的coxⅠ序列完全一致,ITS序列存在2个变异位点,按基因型的异同可分为... 详细信息

本研究分别对2016和2017年中国近海10个铜藻(Sargassumhorneri)漂浮地理种群以及3个定生种群的51个采集样本进行了ITS和coxⅠ序列分析及相似性比对。结果显示,51个样本的coxⅠ序列完全一致,ITS序列存在2个变异位点,按基因型的异同可分为4个类型,其中大连龙王塘、烟台大钦岛和南隍城岛的漂浮铜藻基因型相同,青岛金沙滩漂浮型、烟台大钦岛和大连獐子岛的定生铜藻基因型相同,威海俚岛和温州洞头的漂浮铜藻基因型相同,青岛雕塑园、王哥庄、大珠山、威海乳山的漂浮型和枸杞岛定生铜藻基因型相同,而同一种群内部即便是不同年份的个体间基因型并没有差异。基于ITS序列构建的系统树显示,来自中国的所有铜藻样本聚为一支,与来自韩国的铜藻样本有一定的遗传距离。以上结果说明,我国近海漂浮和定生铜藻的不同地理株间ITS和coxⅠ的遗传变异水平较低,漂浮铜藻可能具有不同的来源,为进一步探明中国近海海域铜藻的分子遗传背景提供依据。

关键词：铜藻漂浮定生 ITS coxⅠ 序列相似性

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于Hurst指数的DNA序列相似性分析

西北农林科技大学学报（自然科学版） 2011年第3期39卷 17-21,27页

作者：刘晓邹克琴李素芳重庆大学通信工程学院重庆400044 中国计量学院生命科学学院浙江杭州310018

【目的】建立直接将Hurst指数作为指标参数进行DNA序列相似性分析的方法。【方法】以11个物种β-球蛋白第一个外显子的编码序列作为分析对象,首先将DNA序列转化为数字序列,然后用重标极差分析法计算各编码序列的全序列Hurst指数,之后利... 详细信息

【目的】建立直接将Hurst指数作为指标参数进行DNA序列相似性分析的方法。【方法】以11个物种β-球蛋白第一个外显子的编码序列作为分析对象,首先将DNA序列转化为数字序列,然后用重标极差分析法计算各编码序列的全序列Hurst指数,之后利用它们的Hurst指数构建距离矩阵进行相似性分析,并将建立的基于Hurst指数的DNA序列相似性分析方法与其他方法的分析结果进行比较。【结果】建立的基于Hurst指数的DNA序列相似性分析方法,较好地从相关性角度反映了分析序列的生物特性指标,具有较好的相似性分析效能。与其他方法相比,该方法分析结果的敏感性较高,有助于提高进化距离较近的分析对象间的区别度。【结论】Hurst指数可以作为指标参数描述DNA序列的相似性,可将其进一步应用于生物序列的信息分析。

关键词： Hurst指数外显子序列相似性

基于转录组测序技术研究当归与5种重要经济作物的序列相似性

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

广州中医药大学学报 2014年第3期31卷 434-438页

作者：杨杰王金权练成丁维俊李炜弘王米渠平凉医学高等专科学校甘肃平凉744000 成都中医药大学四川成都610075

【目的】基于转录组测序技术研究当归与5种重要经济作物的序列相似性,为当归栽培、鉴定、加工、配伍及开发提供理论支持。【方法】岷县现场采集当归样品,并经专家鉴定为当归品种[Angelica sinensis(oliv.)diels]。采用RNA plant Plus方... 详细信息

【目的】基于转录组测序技术研究当归与5种重要经济作物的序列相似性,为当归栽培、鉴定、加工、配伍及开发提供理论支持。【方法】岷县现场采集当归样品,并经专家鉴定为当归品种[Angelica sinensis(oliv.)diels]。采用RNA plant Plus方法提取岷归头、岷归尾的总RNA,质量鉴定合格后构建测序文库。测序文库检测合格后在Illummina HiSeq 2000测序仪上完成双端测序。采用相关生物信息学分析软件,实现研究目标。【结果】通过转录组测序技术,获取了63 585个当归表达序列标签(EST),并在UniProt(date:2012.09)数据库中注释了30 432个当归基因,均分布于939种物种;其中序列分布频率较高的前5种物种分别为葡萄、蓖麻、毛果杨、大豆、苜蓿属。【结论】已注释基因主要分布于目前研究较深入的5种重要经济植物,成为当归制剂开发的分子生物学基础。

关键词：当归转录组测序技术序列相似性

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于信息离散度的DNA序列相似性分析研究

基于信息离散度的DNA序列相似性分析研究

作者：刘芳湖南大学

学位级别：硕士

随着人类基因组计划的实施,以及对各种生物的基因和蛋白质序列研究的逐渐深入,各种序列数据库、结构数据库等越来越庞大。如何有效地分析这些大规模的数据,并对其进行加工、处理和建模,从中发现规律以指导生物学研究和实验,是当今生物... 详细信息

随着人类基因组计划的实施,以及对各种生物的基因和蛋白质序列研究的逐渐深入,各种序列数据库、结构数据库等越来越庞大。如何有效地分析这些大规模的数据,并对其进行加工、处理和建模,从中发现规律以指导生物学研究和实验,是当今生物信息学研究的重要内容。序列相似性分析是生物信息学中的基本问题,其分析结果可广泛应用于物种分类、结构和功能预测、物种进化分析等领域。本文基于信息理论方法对DNA序列的相似性和聚类进行分析。以子序列概率分布表示序列特征时,FDOD函数具有增加性、继承性、存在最大值等良好的数学性质,在生物信息处理中得到广泛的应用。在此基础上,本文提出了一种新的基于信息离散度的DNA序列相似性分析方法。该方法用BB信息集表示序列特征,利用不同距离的碱基对的联合概率分布的离散度来表示序列之间的差异,考虑了16种碱基对的联合概率分布,以及同一种碱基对在不同距离下的概率分布。BB信息集的规模随着碱基对之间距离的增加呈线性增长,而FDOD方法中信息集的规模随子序列长度的增加呈指数增长。当BB信息集变化时,序列间的距离值变化较小,能有效降低对信息集选取的依赖性。我们对8种H5N1型禽流感病毒的HA片段和11种SARS病毒基因进行相似性分析,实验结果表明,该方法能对相似性较高的序列进行有效度量。本文对FDOD函数与Shannon熵、广义信息距离与Shannon熵的关系进行了分析,FDOD函数反映序列合并后的平均信息量的变化,而广义信息距离反映序列合并后的总信息量的变化。在此基础上,我们利用序列长度校正因子对FDOD函数和广义信息距离进行修正,提出了一种新的基于信息离散度的序列差异度量方法——修正的广义信息距离。该距离既能度量高度相似的序列,也能对长度差异较大的序列进行有效度量。我们基于修正的广义信息距离构建了一种直接聚类算法,分别对一组长度相差较大的序列和一组相似度较高的序列进行聚类分析,实验结果表明,该方法取得了较好的效果。

关键词： BB信息集 FDOD 广义信息距离直接聚类序列相似性

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

微生物同源蛋白质序列相似性分析

微生物同源蛋白质序列相似性分析

作者：冯冬河北工业大学

学位级别：硕士

随着大规模基因组测序计划的实施,大量微生物基因组序列和蛋白质序列已经被测定。分析这些序列所蕴含的生物学意义是生物信息学面临的挑战。不同微生物基因组GC含量不同,亲缘关系远近不同,生存环境不同,这些因素都会对基因及相应的蛋白... 详细信息

随着大规模基因组测序计划的实施,大量微生物基因组序列和蛋白质序列已经被测定。分析这些序列所蕴含的生物学意义是生物信息学面临的挑战。不同微生物基因组GC含量不同,亲缘关系远近不同,生存环境不同,这些因素都会对基因及相应的蛋白质产生影响。目前所公布的生物大分子数据为从基因组GC含量和亲缘关系方面分析蛋白质氨基酸成为可能。同源蛋白质是指在不同物种中来自同一祖先的蛋白质。为了保持同源蛋白质在不同物种中结构和功能不变,序列也具有保守性。因此,分析基因组GC含量和物种之间亲缘关系对同源蛋白质组分的影响具有重要意义。为了研究不同物种中同源蛋白质变化规律,需要选取基因组GC含量差别较大的物种。对NCBI数据库进行筛选,共选取7个物种70个菌株作为研究对象。所研究的同源蛋白质是在所有物种中都存在的蛋白质,与转录和翻译过程相关的十种蛋白质被选取,其序列长度均大于300个氨基酸残基。为分析基因组GC含量对蛋白质组分的影响,将组成蛋白质的二十种氨基酸分为三类:GARP类(富含GC密码子编码)、FYMINK类(富含AT密码子编码)和OTHERS类(无偏好密码子编码)。利用序列比对技术分析同源蛋白质相似性,将序列比对区域分成三类位点:全同位点、相似位点和未匹配位点。在不同位点上对三类氨基酸含量随基因组GC含量变化规律进行分析。同源蛋白质序列分析得到如下结论:在同一菌种不同菌株序列比对的全同位点上GARP和FYMINK类氨基酸含量变化比较平缓,而在相似位点和未匹配位点上氨基酸含量变化较大,这个结果表明同源蛋白质通过相似位点和未匹配位点的调节作用,使全同位点上氨基酸更具有保守性。比较不同物种同源蛋白质组分变化得出结论,GARP和FYMINK类氨基酸含量随基因组GC含量变化的规律不同,表明同源蛋白质组分除了基因组GC含量影响外还受到其他因素影响,如亲缘关系的影响。此外,本文还分析了不同物种中十种同源蛋白质在全同位点上三类氨基酸含量,分析的结果表明随着基因组GC含量的增加,GARP类氨基酸含量增加;而FYMINK类氨基酸含量减少。在基因组GC含量大约50%处,两类氨基酸含量近似相等。在不同物种的十种蛋白质中有三种氨基酸含量变化最小,可以认为是最保守的蛋白质。在分析相应基因发现其GC含量比基因组GC含量变化幅度小,表明保守蛋白质在基因水平也进行调解使其序列更具有保守性。

关键词：序列比对同源蛋白质序列相似性氨基酸组分

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于共现词频的序列相似性研究

基于共现词频的序列相似性研究

作者：俞婷婷福建师范大学

学位级别：硕士

随着第二代测序技术的发展,产生了大量的生物序列数据,这些丰富的数据资源为科研人员的研究提供了便捷,也提高了人们的工作效率。在这些数据资源给人们提供便利的同时,也对人们如何快速有效地处理这些大数据提出了挑战。若对每条数据都... 详细信息

随着第二代测序技术的发展,产生了大量的生物序列数据,这些丰富的数据资源为科研人员的研究提供了便捷,也提高了人们的工作效率。在这些数据资源给人们提供便利的同时,也对人们如何快速有效地处理这些大数据提出了挑战。若对每条数据都进行信息提取或物种注释,既耗时工作量又很大。本工作将共现词频作为研究序列相似性的主要指标,并从以下三个方面展开研究:首先应用一种归一化的共现词频方法——Jaccard进行序列相似性计算,然后将共现词频技术与图模型结合,计算序列权重,最后应用序列权重进行序列聚类。主要工作结果如下:（1）基于改进的Jaccard系数文档相似度计算方法。针对传统的文档相似度计算方法中存在的相似度计算不精等问题,提出一种基于改进的Jaccard系数确定文档相似度的方法。通过文本预处理,按照一定的滑动窗口大小,对文本进行分割,将文本用L字元素（k-mers）表示,并记录其在每个文档中的出现频度。通过对两文本间存在的共现k-mers词频做归一化处理、计算其在文本中所占比重及对两文本相似度所做的贡献,得到两文本基于改进的Jaccard系数文档相似度。随后利用搜狗实验室提供的语料,对本工作提出的相似度计算方法的有效性与准确度进行验证,并且探讨该技术方案下,L字元素的长度与相似度的关系。结果显示,随着L字元素长度的增加,两文本的字符重复比例与相似度的线性回归关系越明显,相似度计算越精确。（2）基于图的序列权重计算模型:SeqRank。基于二部图的思想,将共现词频技术与图模型结合,提出一种序列权重计算算法——SeqRank,对序列的重要性进行计算。而后计算序列在一维投影下的相似度,以此验证本工作提出的SeqRank算法的特点,即:序列相似,则权重相近。实验结果表明,MLST-8数据的权重计算结果图呈现出:类别相近的簇,即相似序列,其在权重分布图上位置较接近。该结果充分验证了本工作提出的SeqRank算法的特点。（3）基于SeqRank的聚类算法。本工作基于序列权重,提出一种序列聚类算法。该算法在对k-mers进行分组的前提下,对序列构建序列—k-mers二部图。首先计算序列在不同分组k-mers下的重要性,然后对其进行逆序排序,按照排序后的均匀间隔,从每组中各筛选出k（中心数）条序列,对其去重后将其作为中心的候选序列。接着以候选序列中的k-mers频度为特征,进行K-means聚类,对聚类结果中的每个簇,筛选出与当前质心最为接近的点作为序列中心。最后以所有序列中k-mers的频度作为特征,再次进行K-means聚类,得到本次实验的最终聚类结果。通过与序列比对软件Afcluster、QCluster和USEARCH以及SSAW在F1值与运行时间上的对比,充分地显示了本工作所提出的SeqRank聚类算法的有效性。

关键词：图模型序列相似性权重计算聚类二部图

基于k-mer词频向量的九种DNA序列相似性计算方法比较分析

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

科学技术创新 2023年第21期 106-111页

作者：张小丹李喆卫泽刚刘策余凯哲魏月华宝鸡文理学院物理与光电技术学院陕西宝鸡

序列相似性计算是生物序列分析的前提和基础,传统的序列相似性分析方法需要借助双序列比对,如Needleman-Wunsch(NW)序列比对算法。面对海量序列数据,基于序列比对的相似性计算方法具有较高的时间复杂度。为快速得到序列间相似性,可以通... 详细信息

序列相似性计算是生物序列分析的前提和基础,传统的序列相似性分析方法需要借助双序列比对,如Needleman-Wunsch(NW)序列比对算法。面对海量序列数据,基于序列比对的相似性计算方法具有较高的时间复杂度。为快速得到序列间相似性,可以通过提取序列k-mer信息,利用序列k-mer词频向量进行计算。本文从序列k-mer词频向量提取及基于k-mer词频向量的九种相似性计算方法进行了详细介绍,并用两种数据集进行了比较分析。实验结果表明,基于k-mer词频相似性计算方法比标准NW算法速度至少快103倍,但不同的k-mer词频计算方法得到的相似性与标准NW算法差别较大,相对而言,欧式距离在两个数据集的相似性结果与NW方法更接近,在计算大规模序列相似性时,可以作为优先选择的方法。

关键词：非序列对比 k-mer词频 Needleman-Wunsch算法序列相似性