基于Hurst指数的DNA序列相似性分析

作     者：刘晓 邹克琴 李素芳 LIU Xiao;ZOU Ke-qin;LI Su-fang

作者机构：重庆大学通信工程学院重庆400044 中国计量学院生命科学学院浙江杭州310018 

出 版 物：《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 (Journal of Northwest A&F University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2011年第39卷第3期

页      面：17-21,27页

核心收录：

学科分类：0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 0711[理学-系统科学] 07[理学] 08[工学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(61001157) 重庆大学高层次人才科研启动基金项目(CDJRC10160011) 浙江省自然科学基金项目(Y307591) 

主　　题：Hurst指数 外显子 序列相似性 

摘      要：【目的】建立直接将Hurst指数作为指标参数进行DNA序列相似性分析的方法。【方法】以11个物种β-球蛋白第一个外显子的编码序列作为分析对象,首先将DNA序列转化为数字序列,然后用重标极差分析法计算各编码序列的全序列Hurst指数,之后利用它们的Hurst指数构建距离矩阵进行相似性分析,并将建立的基于Hurst指数的DNA序列相似性分析方法与其他方法的分析结果进行比较。【结果】建立的基于Hurst指数的DNA序列相似性分析方法,较好地从相关性角度反映了分析序列的生物特性指标,具有较好的相似性分析效能。与其他方法相比,该方法分析结果的敏感性较高,有助于提高进化距离较近的分析对象间的区别度。【结论】Hurst指数可以作为指标参数描述DNA序列的相似性,可将其进一步应用于生物序列的信息分析。