基于全基因组重测序解析豁眼鹅SNP标记特征

作     者：赵洪昌 孙国波 穆晓恵 王军 赵孟丽 李晓鸣 张干生 纪荣超 陈超 高广亮 王健 

作者机构：江苏农牧科技职业学院江苏泰州225300 国家水禽基因库江苏泰州225511 泰州丰达农牧科技有限公司江苏泰州225511 重庆市畜牧科学院重庆402460 

出 版 物：《中国畜牧杂志》 (Chinese Journal of Animal Science)

年 卷 期：2024年第60卷第9期

页      面：146-152页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：江苏省种业振兴揭榜挂帅项目(JBGS〔2021〕030) 江苏省科技计划专项资金(BE2022359) 校级科研项目(NSF2022CB18) 

主　　题：豁眼鹅 重测序 SNP iHS 种质特性 

摘      要：本研究选用成年豁眼鹅母鹅10只,采用全基因组重测序方法进行SNP变异检测,使用群体内选择信号分析方法,筛选豁眼鹅受到选择的区域。针对受选择基因进行富集分析,挖掘与豁眼鹅耐寒适应性、高产蛋性能等种质特性相关的候选基因。结果表明,样本平均测序深度为10.83X,平均比对率为98.37%,平均注释SNP总数为3331076个,其中基因内突变有16622个(非同义突变16103个,可变剪切位点突变有182个,终止密码子突变平均有337个)。通过群体内iHS选择信号分析,iHS阈值线设置为iHS值2和iHS值-2,豁眼鹅群体内共筛选出38522个SNP位点位于基因功能区域,4151个受选择基因富集分析发现显著富集通路有与耐寒性有关的中枢神经通路(GO:0007417)、与高产蛋性能有关的Notch表面蛋白结合通路(GO:0005112)、与寿命长短有关的正向调节双链断裂修复通路(GO:2000781)、抗病力有关的p53信号通路(gga04115)。此外,PTEN基因和BCL-2蛋白家族可能分别参与了豁眼鹅高繁殖和免疫调控过程。本研究从全基因组水平系统解析了豁眼鹅群体SNP分子特征,群体内受选择候选基因与豁眼鹅在耐寒性、高繁殖力以及抗病性能方面表现相符,研究为后续豁眼鹅种质特性相关性状功能基因挖掘和定位提供了一定的数据支撑。