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基于全基因组重测序解析豁眼鹅SNP标记特征

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中国畜牧杂志 2024年

作者：赵洪昌孙国波穆晓恵王军赵孟丽李晓鸣张干生纪荣超陈超高广亮王健江苏农牧科技职业学院国家水禽基因库泰州丰达农牧科技有限公司重庆市畜牧科学院

本研究选用成年豁眼鹅母鹅10只，采用全基因组重测序方法进行SNP变异检测，使用群体内选择信号分析方法，筛选豁眼鹅受到选择的区域。针对受选择基因进行富集分析，挖掘与豁眼鹅耐寒适应性、高产蛋性能等种质特性相关的候选基因。结果... 详细信息

本研究选用成年豁眼鹅母鹅10只，采用全基因组重测序方法进行SNP变异检测，使用群体内选择信号分析方法，筛选豁眼鹅受到选择的区域。针对受选择基因进行富集分析，挖掘与豁眼鹅耐寒适应性、高产蛋性能等种质特性相关的候选基因。结果表明，样本平均测序深度为10.83X，平均比对率为98.37%，平均注释SNP总数为3 331 076个，其中基因内突变有16 622个（非同义突变16 103个，可变剪切位点突变有182个，终止密码子突变平均有337个）。通过群体内ihs选择信号分析，ihs阈值线设置为ihs值>2和ihs值＜-2，豁眼鹅群体内共筛选出38 522个SNP位点位于基因功能区域，4 151个受选择基因富集分析发现显著富集通路有：与耐寒性有关的中枢神经通路（GO:0007417）、与高产蛋性能有关的Notch表面蛋白结合通路（GO:0005112）、与寿命长短有关的正向调节双链断裂修复通路（GO:2000781）、抗病力有关的p53信号通路（gga04115）。此外，PTEN基因和BCL-2蛋白家族可能分别参与了豁眼鹅高繁殖和免疫调控过程。本研究从全基因组水平系统解析了豁眼鹅群体SNP分子特征，群体内受选择候选基因与豁眼鹅在耐寒性、高繁殖力以及抗病方面性能表现相符，研究为后续豁眼鹅种质特性相关性状功能基因挖掘和定位提供了一定的数据支撑。

关键词：豁眼鹅重测序 SNP ihs 种质特性

全球生物燃料市场展望——国际油价的大幅下跌，削弱了生物燃料的经济性，为生物燃料未来的发展带来了挑战

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世界石油工业 2016年第1期23卷 56-60页

作者： ihs公司

ihs公司国际油价的大幅下跌给全球生物燃料产业带来了多重影响。一是削弱了生物燃料的经济性，给生物燃料的未来发展带来了挑战。在众多石油的替代品中，生物燃料的替代作用最明显，因为石油和生物燃料作为能源主要都用于交通领域，所... 详细信息

ihs公司国际油价的大幅下跌给全球生物燃料产业带来了多重影响。一是削弱了生物燃料的经济性，给生物燃料的未来发展带来了挑战。在众多石油的替代品中，生物燃料的替代作用最明显，因为石油和生物燃料作为能源主要都用于交通领域，所以两者有着直接竞争的关系，这一关系对价格也最为敏感。

关键词：生物燃料国际油价经济性市场展望替代作用交通领域 ihs 产业带

通用寻找可持续发展商业模式以降低Volt成本——访通用雪佛兰Volt产品线主管Tony Posawatz

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汽车与配件 2011年第6期 16-17页

作者： ihs Automotive ihs Automotive

正当Volt为人津津乐道的时候,ihs Automotive带着各种疑问采访了通用雪佛兰Volt产品线主管TonyPosawatz。

关键词：产品线雪佛兰可持续发展通用商业模式主管成本 ihs

ihs Markit:预测到2025年中国新能源汽车市场将以两位数速度增长

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汽车与配件 2021年第1期 31-31页

作者： ihs Markit 不详

ihs Markit预计,到2025年,纯电动汽车市场的上市车型将从2020年的237款增长至超过320款,这些新车型的发布将有助电动汽车吸引更庞大的消费群体,并吸引新投资改善电动汽车基础设施。2021年,中国新能源汽车市场预计将恢复两位数增长。202... 详细信息

ihs Markit预计,到2025年,纯电动汽车市场的上市车型将从2020年的237款增长至超过320款,这些新车型的发布将有助电动汽车吸引更庞大的消费群体,并吸引新投资改善电动汽车基础设施。2021年,中国新能源汽车市场预计将恢复两位数增长。2020年上半年,由于政府补贴退坡以及新冠肺炎疫情影响了市场需求,中国这一全球最大的新能源汽车市场增长有所放缓。2020年上半年,包括纯电动汽车(BEV)、插电式混动汽车(PHEV)和燃料电池汽车(FCV)在内的新能源汽车(NEV)总销量同比下降37%,至39.3万辆。

关键词：新能源汽车政府补贴 ihs 电动汽车市场需求新车型

基于SNP芯片的海南猪全基因组选择信号分析

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畜牧兽医学报 2022年第2期53卷 349-359页

作者：冯雪燕刁淑琪刘玉强徐志婷魏趁袁晓龙李加琪张哲华南农业大学动物科学学院/国家生猪种业工程技术研究中心广州510642 岭南现代农业科学和技术广东省实验室茂名分中心茂名525000

旨在通过检测海南猪全基因组上的选择信号,以挖掘与海南猪重要经济性状相关的候选基因,并解析讨论海南猪在进化驯化历史中的受选择情况。本研究利用68头海南猪的GeneSeek Genomic Profiler Procine SNP 80K芯片数据,使用整合单倍型分数(... 详细信息

旨在通过检测海南猪全基因组上的选择信号,以挖掘与海南猪重要经济性状相关的候选基因,并解析讨论海南猪在进化驯化历史中的受选择情况。本研究利用68头海南猪的GeneSeek Genomic Profiler Procine SNP 80K芯片数据,使用整合单倍型分数(integrated haplotype score,ihs)的方法进行全基因组选择信号检测,并进行了全基因组长片段纯合(runs of homozygosity,ROH)检测分析;以“标准化ihs分数>1.96(Pihs方法检测到的候选区域,定义其中与ROH检测得到的片段发生“完全重叠”的区段为潜在受选择区域。为进一步探索海南猪选择信号的生物学功能,本研究进行了包含基因注释、QTL(quantitative trait locus)探索和富集分析在内的生物信息学分析。该研究对经过质量控制后剩余的44578个SNPs,使用ihs方法共检测到395个潜在受选择位点,检测得到172个ROH片段,获得136个潜在受选择区域,注释到469个候选基因。对潜在受选择区域进行QTLs探索分析,结果揭示了海南猪的选择信号多与其肉质性状、生长性状、抗病性状相关;此外,与海南猪的初情期启动日龄相关的QTL主要被报道与SSC12(Sus Scrofa chromosome 12)上的潜在受选择区域重叠。此外,通过候选基因的GO(gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析发现,有91个候选基因在21项功能条目(P<0.05)上显著富集,主要集中在生长代谢、免疫应答和雌激素信号通路相关的条目上。本研究揭示了海南猪群体在其驯化历史上可能受到的选择情况。研究表明,在海南猪全基因组范围内进行选择信号检测,有助于进一步了解海南猪的进化历史及其重要经济性状的遗传机制,在一定程度上为华南型地方猪种种质资源的保存利用和相关研究提供参考。

关键词：海南猪选择信号 SNP ihs ROH

Model-based variational fusion for reducing spectral distortion

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Science China(Information Sciences) 2018年第1期61卷 267-269页

作者： Zeming ZHOU Chaoqian CHEN Yong MENG Biao HU Institute of Meteorology and Oceanography PLA University of Science and Technology

High-resolution remote sensing satellites such as IKONOS,Quick Bird,and Geo Eye-1 usually provide a panchromatic(PAN)band and four multispectral(MS)bands.Pan sharpening is the synthesis of MS images of high spatial and spectral resolution with the spatial detail extracted from PAN images.In this article,we present a model-based variational method for reducing the

关键词： IKONOS MS TVR ihs

基于ihs变换和Mean Shift算法的草地分类研究

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西北林学院学报 2022年第5期37卷 188-193页

作者：康乐陈伟赵安琳杨延征国家林业和草原局华东调查规划设计院浙江杭州310019 中国科学院生态环境研究中心城市与区域生态国家重点实验室北京100085

为高效估算草地生物量,需要一种方法来提高草地分类精度和降低数据处理时间。该研究基于原始RGB图像采用ihs变换,进行绿度波段图像的融合,并对融合后的图像进行Mean Shift算法分类。结果表明,1)基于ihs图像的草地分类,在视觉上与实际地... 详细信息

为高效估算草地生物量,需要一种方法来提高草地分类精度和降低数据处理时间。该研究基于原始RGB图像采用ihs变换,进行绿度波段图像的融合,并对融合后的图像进行Mean Shift算法分类。结果表明,1)基于ihs图像的草地分类,在视觉上与实际地物更为吻合;2)与其他文献方法对比,本研究方法性能优越,精度达到95%以上;3)可以批量处理多张图像,提高了数据处理效率。

关键词：草地分类 ihs Mean Shift 特征向量

A united optimum images fusion based on analysis of color distortion

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Chinese Optics Letters 2004年第3期2卷 144-147页

作者：肖刚敬忠良李建勋 Henry Leung School of Electronics and Information Technology Shanghai Jiaotong University Shanghai 200030 Department of Electrical and Computer Engineering University of Calgary Alberta Canada

In remote sensing community, ihs (intensity, hue, and saturation) transform is one of the most commonly used fusion algorithm. A study on ihs fusion indicates that the color distortion cannot be avoided. Meanwhile, wavelet decomposition has a property of frequency division in transform domain. And the statistical property of wavelet coefficient reflects those significant features. So, a united optimal fusion method, which using the statistical property of wavelet decomposition and ihs transform on pixel and

关键词： high A united optimum images fusion based on analysis of color distortion ihs RGB

利用全基因组选择信号方法鉴别影响猪肉滴水损失的候选基因

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畜牧兽医学报 2022年第5期53卷 1373-1383页

作者：陶伟侯黎明王彬彬刘航李开军尹彦镇郭皓牛培培张总平李强黄瑞华李平华南京农业大学养猪研究所南京210095 南京农业大学淮安研究院淮安223001 淮安市淮阴新淮种猪场淮安223322 江苏现代农业(生猪)产业体系集成创新中心南京210095

旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss,DL)表... 详细信息

旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss,DL)表型,计算群体滴水损失估计育种值(estimated breeding value,EBV),选择其中EBV极高(N=48)和极低(N=48)各10%的个体进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index,Fst)和基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score,ihs)方法对苏淮猪进行全基因组选择信号检测,选择|ihs|值在前5%,同时Fst值≥0.15的SNP位点作为受选择的位点,接着对受选择SNP上、下游各50 kb的区域进行基因注释,并对所有基因进行KEGG和GO富集分析,鉴别与猪滴水损失相关的候选基因。通过对芯片分型数据质控后,96个样本的51705个有效SNPs用于后续分析。通过Fst和ihs选择信号合并分析,共筛选出175个受选择的SNPs,主要位于1、6、7、11号染色体上,其中仅有27个SNPs位于已报道的影响猪滴水损失的QTL区域上。对受选择SNP位点附近区域进行基因注释显示,175个SNPs涉及到73个基因,其中多个基因被报道与肌肉发育以及细胞氧化应激等功能相关,包括PACRG、EZR、MRTFA、LCP1和VKORC1L1基因,这5个基因都是新发现的功能上与猪滴水损失有关的候选基因。选择3个位于功能候选基因上,同时又位于QTL区域内的SNPs进行苏淮猪全群分型,并与滴水损失进行关联性分析。结果发现,位于MRTFA基因上的rs340037952位点与苏淮猪群体滴水损失存在显著关联(P<0.05),位于VKORC1L1基因上的rs320624660与苏淮猪群体滴水损失存在极显著关联(P<0.01)。本研究通过选择信号分析找到175个受选择的SNPs,基因功能注释鉴别到5个影响滴水损失的候选基因,还分别在MRTFA和VKORC1L1基因上鉴别到与苏淮猪群体的滴水损失存在显著关联的位点:rs340037952和rs320624660,为后续猪滴水损失性状的选育提供了前期基础。

关键词：猪滴水损失选择信号 Fst ihs 候选基因