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禾花鲤与建鲤肌间骨miRNAs测序与分析比较

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水生生物学报 2019年第4期43卷 757-762页

作者：何苹萍王卉韦嫔媛林勇黄姻王韶韶彭金霞吴铁军广西水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室

为了研究禾花鲤(Rice flower carp)肌间骨柔软的分子调控机制,采集禾花鲤和建鲤(Jian carp)的肌间骨进行micro RNAs (miRNAs)的高通量测序,并进行了生物信息学分析。从禾花鲤肌间骨的小RNA文库测序获得18 32 nt的高质量miRNA序列2547489... 详细信息

为了研究禾花鲤(Rice flower carp)肌间骨柔软的分子调控机制,采集禾花鲤和建鲤(Jian carp)的肌间骨进行micro RNAs (miRNAs)的高通量测序,并进行了生物信息学分析。从禾花鲤肌间骨的小RNA文库测序获得18 32 nt的高质量miRNA序列25474895条、鉴定出成熟miRNAs 595种,而从建鲤文库获得miRNA序列24625715条、成熟miRNAs 570种。表达差异分析结果显示,与建鲤相比,禾花鲤肌间骨中84个miRNAs呈上调表达、267个呈下调表达。禾花鲤下调表达的miRNAs中有7条为已报道的促进人类成骨的miRNAs,上调表达的miRNAs中有6条为已报道的抑制人类成骨的miRNAs。因此推测禾花鲤可能是通过下调表达促进成骨的miRNAs及上调表达抑制成骨的miRNAs来抑制成骨过程,从而维持其肌间骨细小及柔软的特性。研究为国内首次开展禾花鲤肌间骨发育的分子调控机制研究,为水产动物肌间骨发育的研究奠定了基础。

关键词：禾花鲤建鲤肌间骨 miRNAs 高通量测序

广西地区凡纳滨对虾白斑综合征病毒同源重复区基因的比较分析

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病毒学报 2024年第1期40卷 115-124页

作者：童桂香谭红连杨明伟陈福艳吴铁军黄婷李莉萍雷爱莹韦信贤广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室南宁530021 广西水产畜牧学校南宁530021

为了解广西地区对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus, WSSV)分子变异特征,选取2010-2019年采自广西沿海地区的120份WSSV阳性凡纳滨对虾(Litopenarus vannamei)样品,进行同源重复区ORF75、ORF94和ORF125基因的扩增和测序,并比... 详细信息

为了解广西地区对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus, WSSV)分子变异特征,选取2010-2019年采自广西沿海地区的120份WSSV阳性凡纳滨对虾(Litopenarus vannamei)样品,进行同源重复区ORF75、ORF94和ORF125基因的扩增和测序,并比较分析其重复单元变化差异(Variable number of tandem repeats, VNTR)及单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms, SNPs)。结果显示,ORF75的重复单元(Repeat units, RUs)是45bp(RUs-45 bp)和102 bp(RUs-102 bp),RUs数目存在3、4、6、7、8、9类型,最多的是6 RUs型;ORF94的RUs是54bp(RUs-54 bp),RUs数目有0、1、2、3、4、6、8、9、11、12类型,最多的是2 RUs型;ORF125的RUs前两个是72 bp(RUs-72 bp),第3个之后的RUs为69 bp(RUs-69 bp),RUs有3、5、6、8、9类型,最多的是6 RUs型。SNPs分析结果表明,ORF75的RUs-45 bp的第3、15、30、42、44位存在多态性,RUs-102 bp的第83位存在多态性;ORF94的RUs-54 bp的第48位具有多态性,为G、T或C;ORF125的RUs-72 bp不存在多态性,RUs-69 bp(从第1个到倒数第2个)的第2、12、19、22、37、40、48、53、60、63位具有多态性,第2位为T/C,12和22位为G/T,19位为G/A,37、40、48、53和63位为A/G,60位为C/T,出现较多的位点是第12、22、37、60、63位,其中第60、63位多态性最为普遍。结果表明,WSSV广西株同源重复区存在较大变异,序列的RUs数目和SNP存在多样性。

关键词：凡纳滨对虾白斑综合征病毒同源重复区基因序列分析

盐度、温度和光照对广西沿海牟氏角毛藻生长的影响

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广东农业科学 2022年第1期49卷 136-141页

作者：朱昔恩林原有项桂德熊建华陈田聪陈晓汉张彬广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室广西南宁530021

【目的】结合广西防城港海区的水质和环境条件,探讨影响牟氏角毛藻生长的主要理化因子,筛选最佳理化参数,为规模化扩培生产提供技术数据。【方法】采用单因子变量方法研究盐度、温度、光照强度对牟氏角毛藻生长的影响,其中盐度设置0‰、... 详细信息

【目的】结合广西防城港海区的水质和环境条件,探讨影响牟氏角毛藻生长的主要理化因子,筛选最佳理化参数,为规模化扩培生产提供技术数据。【方法】采用单因子变量方法研究盐度、温度、光照强度对牟氏角毛藻生长的影响,其中盐度设置0‰、5‰、10‰、20‰、30‰、35‰、40‰共7个梯度,温度设置25、28、31、34℃共4个梯度,光照强度设置1000、4000、7000 lx共3个梯度。【结果】牟氏角毛藻在盐度5‰~40‰条件下均能正常生长,20‰盐度为牟氏角毛藻的最适盐度;高温培养条件下,31℃时牟氏角毛藻达到最大藻细胞浓度;温度越低,生长速度越慢,稳定期越长;温度越高,生长速度越快,稳定期越短;4000 lx为牟氏角毛藻的最适生长光照强度,光照强度越高,稳定期越长。【结论】20‰盐度、31℃水温和4000 lx光照强度是广西防城港海区牟氏角毛藻的最佳生长条件,生长速度和藻细胞密度均达最高值;过高或过低的盐度、温度、光照强度均会抑制牟氏角毛藻的生长。

关键词：牟氏角毛藻盐度温度光照藻细胞密度生长速率

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永生化尼罗罗非鱼巨噬细胞系的建立及鉴定

水产学报 2018年第3期42卷 376-387页

作者：张永德潘传燕余艳玲冯鹏霏罗洪林广西水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室

为获得具有单一克隆特性的能稳定传代培养的罗非鱼巨噬细胞系,本研究从尼罗罗非鱼腹腔中分离纯化巨噬细胞,采用EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染,筛选单克隆细胞的方法建立了尼罗罗非鱼巨噬细胞系,并对其进行了EBV感染鉴定、电镜观... 详细信息

为获得具有单一克隆特性的能稳定传代培养的罗非鱼巨噬细胞系,本研究从尼罗罗非鱼腹腔中分离纯化巨噬细胞,采用EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染,筛选单克隆细胞的方法建立了尼罗罗非鱼巨噬细胞系,并对其进行了EBV感染鉴定、电镜观察、端粒酶活性检测、致癌性评估、核型分析以及分子生物学鉴定。研究表明,EBV已整合到尼罗罗非鱼巨噬细胞中且稳定表达,经30代稳定传代,该细胞系仍维持较好的增殖状态;该细胞系表面不平滑,有明显的钝圆形突起和细长的伪足,表现为典型的巨噬细胞形态;端粒酶活性显著高于未经感染的巨噬细胞,而与He La细胞差异不显著,且该细胞系不具有致癌性,说明永生化细胞系构建成功。核型分析结果发现,该细胞系具有44条染色体,其核型公式为2 n=2 x=44=4 sm+17 st+1 t。PCR检测发现,该细胞系存在CD33和CD205的转录本,这些都是单核巨噬细胞的标志物,经18S r RNA检测证明该细胞系来自尼罗罗非鱼巨噬细胞。永生化尼罗罗非鱼巨噬细胞系已被成功建立,该细胞系为研究罗非鱼链球菌HSP70-肽疫苗的高保护率,以及罗非鱼的免疫防御机制提供了工具。

关键词：尼罗罗非鱼巨噬细胞永生化细胞系

尼罗罗非鱼TGF-β1蛋白原核表达及多克隆抗体的制备

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江苏农业学报 2019年第6期35卷 1407-1412页

作者：余艳玲冯鹏霏潘传燕陈晓汉林勇张永德罗洪林广西水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室

为制备尼罗罗非鱼TGF-β1多克隆抗体,采用同源重组技术构建尼罗罗非鱼pET-B2m-TGF-β1原核表达载体,转入大肠杆菌B21中诱导表达,将重组表达蛋白质纯化后免疫大耳兔制备多克隆抗体,采用Western Blot和ELISA检测抗体的特异性和效价。结果... 详细信息

为制备尼罗罗非鱼TGF-β1多克隆抗体,采用同源重组技术构建尼罗罗非鱼pET-B2m-TGF-β1原核表达载体,转入大肠杆菌B21中诱导表达,将重组表达蛋白质纯化后免疫大耳兔制备多克隆抗体,采用Western Blot和ELISA检测抗体的特异性和效价。结果表明,构建的pET-B2m-TGF-β1原核表达载体经诱导表达获得了分子量为5.2×104的重组蛋白质,免疫大耳兔获得效价为1∶2048000的抗尼罗罗非鱼TGF-β1多克隆抗血清,该抗体能够特异性地识别原核表达的TGF-β1蛋白。

关键词：罗非鱼 TGF-β1蛋白原核表达多克隆抗体

尼罗罗非鱼Hsc70的原核表达和多克隆抗体制备

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浙江农业学报 2019年第8期31卷 1272-1279页

作者：潘传燕林勇冯鹏霏张永德罗洪林广西水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室

通过原核表达系统表达尼罗罗非鱼热休克蛋白Hsc70,纯化该蛋白并制备其多克隆抗体。对尼罗罗非鱼热休克蛋白进行生物信息学分析,设计特异性引物,扩增出Hsc 70基因,通过双酶切与pET-28a构建重组质粒表达载体,并转入大肠埃希菌B21中通过诱... 详细信息

通过原核表达系统表达尼罗罗非鱼热休克蛋白Hsc70,纯化该蛋白并制备其多克隆抗体。对尼罗罗非鱼热休克蛋白进行生物信息学分析,设计特异性引物,扩增出Hsc 70基因,通过双酶切与pET-28a构建重组质粒表达载体,并转入大肠埃希菌B21中通过诱导剂IPTG进行原核诱导表达,表达产物用SDS-PAGE鉴定并用镍柱进行纯化。将纯化后的重组蛋白免疫日本大耳兔制备多克隆抗体,用ELISA测定抗体效价,Western blot检测抗体特异性。结果表明,原核表达系统成功表达了尼罗罗非鱼热休克蛋白Hsc70,重组蛋白分子量约为75 ku,主要以包涵体形式表达。经镍柱纯化得到高纯度的Hsc70;该蛋白免疫日本大耳兔获得特异性多克隆抗体,效价为1∶2 048 000;Western blot检测到一条75 ku的特异性条带,表明该抗体能特异性地识别尼罗罗非鱼Hsc70蛋白。尼罗罗非鱼Hsc70蛋白在大肠埃希菌中成功表达,制备的重组蛋白和多克隆抗体为深入研究尼罗罗非鱼Hsc70的功能提供了分子工具。

关键词：尼罗罗非鱼 Hsc70 原核表达多克隆抗体

尼罗罗非鱼MyD88基因的表达及多克隆抗体制备

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水产科学 2019年第5期38卷 595-602页

作者：张永德林勇潘传燕冯鹏霏陈晓汉罗洪林广西水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室

为体外表达尼罗罗非鱼髓样分化因子(MyD88)蛋白并制备抗该蛋白的多克隆抗体,采用无缝克隆技术将尼罗罗非鱼MyD88基因转入pET-B2m原核表达载体,并转入大肠杆菌B21中诱导表达,将表达的MyD88蛋白经纯化后免疫大耳兔制备多克隆抗体,采用West... 详细信息

为体外表达尼罗罗非鱼髓样分化因子(MyD88)蛋白并制备抗该蛋白的多克隆抗体,采用无缝克隆技术将尼罗罗非鱼MyD88基因转入pET-B2m原核表达载体,并转入大肠杆菌B21中诱导表达,将表达的MyD88蛋白经纯化后免疫大耳兔制备多克隆抗体,采用Western blot和ELISA检测抗体的特异性和效价。试验结果表明,本研究成功构建了pET-B2m-MyD88原核表达载体,诱导表达获得了48.9 ku的重组蛋白,免疫大耳兔获得效价为1∶2 048 000的抗尼罗罗非鱼MyD88多克隆抗血清。Western blot检测结果显示,该抗体能够特异性的识别原核表达的MyD88蛋白。原核表达体系的建立及多克隆抗体的制备为进一步研究MyD88蛋白在尼罗罗非鱼先天性免疫中的功能奠定了基础。

关键词：罗非鱼 MyD88 原核表达多克隆抗体

广西地区中华圆田螺不同地理种群遗传多样性分析

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广西科学 2023年

作者：周康奇李育森林勇彭金霞陈秀荔覃俊奇陈忠黄姻张彩群杜雪松何苹萍韦嫔媛潘贤辉广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室

为了解珠江流域广西境内中华圆田螺（Cipangopaludina cathayensis）群体的遗传多样性特征，采用12对微卫星标记对广西地区10个地理田螺种群的遗传多样性和遗传分化进行分析。结果显示：12对微卫星位点一共检测到140个等位基因，多态信... 详细信息

为了解珠江流域广西境内中华圆田螺（Cipangopaludina cathayensis）群体的遗传多样性特征，采用12对微卫星标记对广西地区10个地理田螺种群的遗传多样性和遗传分化进行分析。结果显示：12对微卫星位点一共检测到140个等位基因，多态信息含量（PIC）处于0.373-0.923，其中9个为高度多态性位点。10个群体中香农信息指数（I）为0.415-1.226，观察杂合度（Ho）为0.231-0.540，期望杂合度（He）为0.300-0.608，说明这些群体具有较高的遗传多样性。AMOVA分析表明来自群体内遗传变异占75.0%，群体间遗传变异为25.0%，群体间的遗传分化程度较高（Fst=0.248，P1.0）基因交流频繁。群体结构分析发现BSNP与YLLC群体的遗传距离最远（0.047），遗传分化程度高（0.277）。聚类和PCoA分析显示HCDA和BSNP群体单独为一支，表明该群体与其他群体亲缘关系较远。Mantel分析发现地理距离不是影响各群体间遗传距离大小的主要原因。

关键词：中华圆田螺(Cipangopaludina cathayensis) 广西地区微卫星遗传多样性遗传分化

基于全长转录组数据的中国圆田螺微卫星特征分析与标记筛选

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水生态学杂志 2023年

作者：韦小凯周康奇邹欣汐林勇叶华罗辉覃俊奇陈忠黄姻杜雪松张彩群潘贤辉广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室西南大学

通过高通量测序开发中国圆田螺多态性SSR标记，为田螺的种质利用及良种选育提供技术支撑。基于PacBio’s SMRT测序获得中国圆田螺全长转录组数据，查找基因组微卫星（SSR）位点并分析其特征，共识别到8 058个SSR位点，1～6个核苷酸重复... 详细信息

通过高通量测序开发中国圆田螺多态性SSR标记，为田螺的种质利用及良种选育提供技术支撑。基于PacBio’s SMRT测序获得中国圆田螺全长转录组数据，查找基因组微卫星（SSR）位点并分析其特征，共识别到8 058个SSR位点，1～6个核苷酸重复SSR均存在，其中二核苷酸重复SSR数量最多（4 647，57.67%），其次为三核苷酸重复SSR（1 274，15.81%）。在二核苷酸重复基元中以AC/GT的重复数最多，占总SSR位点数的34.8%。随机选择合成192对引物筛选获得22对多态性SSR引物，并使用这些标记对不同地理中国圆田螺群体进行遗传多样性分析。结果表明，有22个SSR标记扩增产物稳定，22个SSR标记共检测到102个等位基因，其有效等位基因数（Ne）为1.361～7.143（平均为3.019），观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）均值分别为0.286和0.589，多态性信息含量（PIC）为0.247～0.848。在22个SSR位点中，高度多态性位点（PIC>0.50）有13个，中度多态性位点（0.25遗传多样性较丰富。综上表明，利用PacBio’s SMRT测序技术开发中国圆田螺SSR标记不仅效率高，而且适用于中国圆田螺的资源评估。

关键词：中国圆田螺转录组微卫星多态性标记