基于全长转录组数据的中国圆田螺微卫星特征分析与标记筛选

作     者：韦小凯 周康奇 邹欣汐 林勇 叶华 罗辉 覃俊奇 陈忠 黄姻 杜雪松 张彩群 潘贤辉 

作者机构：广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 西南大学 

出 版 物：《水生态学杂志》 (Journal of Hydroecology)

年 卷 期：2023年

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：广西自然科学基金项目（2020GXNSFBA297067） 广西科技基地与人才项目（AD21220010） 国家重点研发计划项目（2022YFD2400704） 广西创新驱动发展专项资金项目(AA17204080-5) 广西特色淡水鱼产业创新团队项目（nycytxgxcxtd-2021-08） 

主　　题：中国圆田螺 转录组 微卫星 多态性标记 

摘      要：通过高通量测序开发中国圆田螺多态性SSR标记，为田螺的种质利用及良种选育提供技术支撑。基于PacBio’s SMRT测序获得中国圆田螺全长转录组数据，查找基因组微卫星（SSR）位点并分析其特征，共识别到8 058个SSR位点，1～6个核苷酸重复SSR均存在，其中二核苷酸重复SSR数量最多（4 647，57.67%），其次为三核苷酸重复SSR（1 274，15.81%）。在二核苷酸重复基元中以AC/GT的重复数最多，占总SSR位点数的34.8%。随机选择合成192对引物筛选获得22对多态性SSR引物，并使用这些标记对不同地理中国圆田螺群体进行遗传多样性分析。结果表明，有22个SSR标记扩增产物稳定，22个SSR标记共检测到102个等位基因，其有效等位基因数（Ne）为1.361～7.143（平均为3.019），观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）均值分别为0.286和0.589，多态性信息含量（PIC）为0.247～0.848。在22个SSR位点中，高度多态性位点（PIC0.50）有13个，中度多态性位点（0.25PIC≤0.50）有8个，说明中国圆田螺群体遗传多样性较丰富。综上表明，利用PacBio’s SMRT测序技术开发中国圆田螺SSR标记不仅效率高，而且适用于中国圆田螺的资源评估。