检索结果-南通市图书馆

science China(Life sciences) 2008年第5期51卷 445-452页

作者： LI ZiHui1,2, FENG XianMin1, LU siQi1, ZHANG Fan1, WANG FengYun1 & HUANG song1 1 Department of Pathogenic Biology, Capital Medical University, Beijing 100069, China 2 Beijing Tuberculosis and Thoracic Tumor Research Institute, Beijing 101100, China Department of Pathogenic Biology Capital Medical University Beijing China Beijing Tuberculosis and Thoracic Tumor Research Institute Beijing China

To clarify the phylogenetic relationships and species status of Pneumocystis, the 5.8s rRNA gene and the internal transcribed spacers (ITs, 1 and 2) of Pneumocystis rRNA derived from rat, gerbil and human were amplified, cloned and sequenced. The genetic distance matrix of six Pneumocystis species compared with other fungi like Taphrina and saccharomyces indicated that the Pneumocystis genus contained multiple species including Pneumocystis from gerbil. The phylogenetic tree also showed that Pneumocystis from human and monkey formed one group and four rodent Pneumocystis formed another group. Among the four members, Pneumocystis wakefieldiae was most closely related to Pneumocystis murina and Pneumocystis carinii, and was least related to gerbil Pneumocystis.

关键词： Pneumocystis phylogeny 5.8s rRNA gene internal transcribed spacers

5.8s rDNA-ITs克隆文库法分析腌制冬瓜的酵母菌多样性

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中国食品学报 2015年第2期15卷 201-206页

作者：孙丽吴祖芳沈锡权应用海洋生物技术教育部重点实验室宁波大学海洋学院浙江宁波315211

应用构建的5.8s r DNA-ITs基因克隆文库法,分析冬瓜腌制体系不同时期酵母菌的多样性、优势菌种及相关指标的变化。结果表明:冬瓜腌制过程中酵母菌种类丰富,随着腌制时间的不同,卤水中酵母菌组成存在较大差异。腌制早期优势酵母菌为普鲁... 详细信息

应用构建的5.8s r DNA-ITs基因克隆文库法,分析冬瓜腌制体系不同时期酵母菌的多样性、优势菌种及相关指标的变化。结果表明:冬瓜腌制过程中酵母菌种类丰富,随着腌制时间的不同,卤水中酵母菌组成存在较大差异。腌制早期优势酵母菌为普鲁兰类酵母,腌制中、后期,酵母菌群中优势菌种转变为热带假丝酵母。此外,冬瓜腌制过程中酵母菌数量和p H也相应地发生变化。本研究结果为研究酵母菌对浙东传统腌制蔬菜品质的影响提供微生物学基础。

关键词：冬瓜 5.8s rDNA-ITs基因克隆文库酵母菌多样性

龙须菜5.8s rRNA和ITs区的克隆与系统学分析

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2009年第1期39卷 77-83页

作者：李敏隋正红易恒张学成阎炳伦朱明中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 淮海工学院海洋学院江苏连云港222005

研究青岛产龙须菜居群内的遗传多样性和系统学分类,通过对龙须菜居群内不同个体的5.8s rRNA-ITs区(包括ITs1-5.8s rRNA-ITs2)进行PCR扩增和序列分析,得到扩增DNA片段长度均为1 066 bp,包含完整的ITs1(250 bp)、5.8s(159 bp)和ITs2(657 b... 详细信息

研究青岛产龙须菜居群内的遗传多样性和系统学分类,通过对龙须菜居群内不同个体的5.8s rRNA-ITs区(包括ITs1-5.8s rRNA-ITs2)进行PCR扩增和序列分析,得到扩增DNA片段长度均为1 066 bp,包含完整的ITs1(250 bp)、5.8s(159 bp)和ITs2(657 bp);利用GenBank数据库对Gracilaria(江蓠属)和Gracilariopsis属共20个物种的rRNA-ITs相应序列进行了比较和系统进化分析。结果表明,龙须菜和江蓠科19个物种中rRNA的5.8s区的长度和序列非常保守,而ITs区的长度和序列则变异较大,20种江蓠科物种的遗传距离在0.013～0.596之间,龙须菜在5.8s rRNA-ITs区特性上相比江蓠属物种与Gracilariopsis属物种更为相似;采用UPGMA法构建了这20种江蓠科物种的系统发育树;分析结果表明青岛产龙须菜的居群内不存在遗传差异,且应属于Gracilariopsis属,并且在江蓠科中较早分化,而龙须菜处于Gracilariopsis属中比较古老的位置。

关键词：龙须菜江蓠科 5.8s rRNA-ITs 系统发育

大型海洋绿藻5.8s rRNA基因序列及系统发育分析

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海洋与湖沼 2008年第4期39卷 427-432页

作者：沈颂东张劲苏州大学生命科学学院苏州215123

采用PCR方法,将扩增的产物直接测序,测定了孔石莼Ulva pertusa和浒苔Enteromorpha prolifera的5.8s rRNA基因序列,与肠浒苔、扁浒苔、缘管浒苔、礁膜、北极礁膜、袋礁膜和格氏礁膜等7种已知的大型海洋绿藻的同一基因序列合并进行比较,... 详细信息

采用PCR方法,将扩增的产物直接测序,测定了孔石莼Ulva pertusa和浒苔Enteromorpha prolifera的5.8s rRNA基因序列,与肠浒苔、扁浒苔、缘管浒苔、礁膜、北极礁膜、袋礁膜和格氏礁膜等7种已知的大型海洋绿藻的同一基因序列合并进行比较,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,并构建系统发生树。结果表明,浒苔和孔石莼的颠换率为0.690%,小于浒苔与肠浒苔、扁浒苔、缘管浒苔的颠换率;且浒苔与孔石莼之间的Kimura双参数距离也小于浒苔与肠浒苔、扁浒苔以及缘管浒苔之间的平均Kimura双参数距离。相对于浒苔属的其他物种,浒苔与孔石莼的亲缘关系更近。在构建的系统发生树中,缘管浒苔与孔石莼聚为一类,表现出与石莼属物种更近的亲缘关系。

关键词：石莼属浒苔属礁膜属 5.8s rRNA 序列变异系统发育

湖南省猬迭宫绦虫ITs及5.8s rDNA的克隆及序列分析

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中国兽医学报 2011年第2期31卷 209-212页

作者：刘自逵刘国华戴荣四刘伟李芬徐平原胡涛刘毅湖南农业大学动物医学院湖南长沙410128 湖南省兽药工程技术研究中心湖南长沙410128

利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫rDNA的ITs-1、5.8s及ITs-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的ITs及5.8s rDNA序列总长存... 详细信息

利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫rDNA的ITs-1、5.8s及ITs-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的ITs及5.8s rDNA序列总长存在一定差异,为1 369~1 393 bp,包含部分的18、28s及全部的ITs-1（662~687 bp）5、.8s（138 bp）及ITs-2（457~475 bp）序列。由于猬迭宫绦虫ITs序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。

关键词：猬迭宫绦虫内转录间隔区(ITs) 5.8s rDNA 序列分析

一株赤潮甲藻转录单元内间隔区(ITs)和5.8s rDNA序列的克隆

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海洋科学 2004年第12期28卷 49-53页

作者：张宝玉王广策张炎吕颂辉齐雨藻邹景忠曾呈奎中国科学院海洋研究所暨南大学水生生物研究所广东广州510632

为解决分子生物学方法中因纯化的新鲜材料不足而限制实验进展的情况,采用改进的克隆方法将目的DNA片断保存在菌株中。首先应用改进的DNA提取方法从赤潮甲藻塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)中提取总核酸,以提取的DNA为模板,优化PC... 详细信息

为解决分子生物学方法中因纯化的新鲜材料不足而限制实验进展的情况,采用改进的克隆方法将目的DNA片断保存在菌株中。首先应用改进的DNA提取方法从赤潮甲藻塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)中提取总核酸,以提取的DNA为模板,优化PCR扩增条件,获得转录单元内间隔区(ITs)片段。将获得的ITs片段经salI和PstI双酶切后与同样经过双酶切后的质粒载体pBluscriptsK+连接,转化受体菌XL1-Blue,克隆该DNA片段。该克隆方法简单易行,克隆效率完全可以满足一般实验要求。该克隆技术的应用为随时获得目的DNA提供一条途径。

关键词：赤潮塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamatense) 转录单元内间隔区(ITs) 5.8s PCR 克隆

鸡蛔虫凉山州分离株ITs和5.8s rDNA序列测定及种系发育分析

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中国畜牧兽医 2015年第12期42卷 3167-3172页

作者：郝桂英何学谦西昌学院动物科学学院西昌615013

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区（ITs）及5.8s rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITs-1、ITs-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITs及5.8s rDNA序列大小为9... 详细信息

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区（ITs）及5.8s rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITs-1、ITs-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITs及5.8s rDNA序列大小为974~989bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITs-1、5.8s rDNA和ITs-2片段大小分别为473~481、157和337~359bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0%和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITs-1、ITs-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。

关键词：鸡蛔虫 ITs 5.8s rDNA 系统发育树

烟台海域暴发浒苔ITs及5.8s rDNA的克隆及序列分析

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海洋通报 2010年第1期29卷 91-95页

作者：宁璇璇纪灵王刚刘艳于道德宋培高唐海田伯云台国家海洋局烟台海洋环境监测中心站山东烟台264006 山东省海水养殖研究所山东青岛266071

以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITs-1、5.8srDNA及ITs-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITs-1序列长度为195bp,5.8s序列为155bp,ITs-2序列为... 详细信息

以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITs-1、5.8srDNA及ITs-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITs-1序列长度为195bp,5.8s序列为155bp,ITs-2序列为181bp,该序列与浒苔属的多种物种ITs序列具有很高的同源性,在ITs-1区、5.8srDNA区和ITs-2区仅存在4个转换/颠换位点。结合GenBank注册序列和本研究的结果发现,单纯依靠ITs序列并不能对浒苔属种类进行有效的分类鉴定。

关键词：浒苔内转录间隔区(ITs) 5.8s rDNA 序列分析

基于5.8s rDNA和ITs序列探讨亚洲瓠瓜的地理分化

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中国蔬菜 2011年第6期 49-53页

作者：周先治陈阳陈晟吴宇芬赵依杰福建省农业科学院农业生物资源研究所福建福州350003 福州市农业科学研究所福建福州350018

基于5.8s rDNA及ITs序列对23份来自中国、泰国和日本的亚洲瓠瓜品种进行了地理分化研究。结果发现,23份瓠瓜材料的ITs1+5.8s rDNA+ITs2序列的长度在611～627bp之间,G+C含量在54.17%～63.26%之间,信息位点数65个,占总碱基数的11.09%;源... 详细信息

基于5.8s rDNA及ITs序列对23份来自中国、泰国和日本的亚洲瓠瓜品种进行了地理分化研究。结果发现,23份瓠瓜材料的ITs1+5.8s rDNA+ITs2序列的长度在611～627bp之间,G+C含量在54.17%～63.26%之间,信息位点数65个,占总碱基数的11.09%;源自日本的2份瓠瓜品种的序列长度短于其他21份瓠瓜品种,G+C含量也明显低于其他瓠瓜品种。从5.8s rDNA及ITs序列构建的系统树可以看出,源自日本的瓠瓜品种与源自中国和泰国的瓠瓜品种存在地理分化现象,分属于不同的分支,支持率达到99%。序列间的同质性检验结果显示,2份源自日本的瓠瓜品种与源自中国和泰国的瓠瓜品种差异显著。

关键词： 5.8s rDNA 亚洲瓠瓜内转录间隔区地理分化

广西扇棘单睾吸虫5.8s rRNA序列及二级结构的研究

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应用预防医学 2007年第4期13卷 193-196页

作者：杨益超黎学铭赵同领李树林许洪波吴钦华商少明谢祖英区方奇黄铿凌麦富珍广西壮族自治区疾病预防控制中心南宁530021 广西医科大学南宁530021

目的比较分析广西人体扇棘单睾吸虫、扇棘单睾吸虫和钩棘单睾吸虫5.8srRNA序列及二级结构,探讨他们的进化关系。方法提取广西扇棘单睾吸虫DNA,PCR扩增并测定5.8srDNA序列;登录GenBank获取扇棘单睾吸虫和钩棘单睾吸虫5.8srDNA序列。应用... 详细信息

目的比较分析广西人体扇棘单睾吸虫、扇棘单睾吸虫和钩棘单睾吸虫5.8srRNA序列及二级结构,探讨他们的进化关系。方法提取广西扇棘单睾吸虫DNA,PCR扩增并测定5.8srDNA序列;登录GenBank获取扇棘单睾吸虫和钩棘单睾吸虫5.8srDNA序列。应用相关软件将5.8srDNA基因转换成5.8srRNA。采用Zuker算法,构建5.8srRNA分子二级结构;计算3种吸虫间的遗传距离和同源性,分析5.8srRNA序列及其二级结构特征。结果广西人体扇棘单睾吸虫与扇棘单睾吸虫5.8srRNA分子序列比较显示第81、83、84、129和143位共5个碱基发生变异,这些突变碱基均位于5.8srRNA分子二级结构未配对碱基区,未引起5.8srRNA二级结构的明显变化;与钩棘单睾吸虫比较,显示第13、27、49、66、99、152、157位共7个碱基发生变异,其中3个碱基发生在配对区,4个替代发生在未配对区,碱基变异引起两种吸虫5.8srRNA二级结构的明显不同;广西扇棘单睾吸虫与扇棘单睾吸虫和钩棘单睾吸虫的遗传距离分别为0.031和0.044,同源性分别为96.9%和95.6%。结论广西人体扇棘单睾吸虫5.8srRNA序列与扇棘单睾吸虫高度同源,二级结构无明显不同,与钩棘单睾吸虫同源性较低,二级结构明显不同。

关键词：扇棘单睾吸虫 5.8s rRNA 二级结构