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血管内皮细胞生长因子受体2抑制剂三维药效团模型的构建

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第二军医大学学报 2012年第7期33卷 759-762页

作者：陈军黄晶晶郑灿辉吕加国周有骏朱驹第二军医大学药学院药物化学教研室上海200433 成都军区总医院药剂科成都610083

目的构建血管内皮细胞生长因子受体2(VEGFR-2)抑制剂的三维药效团模型,为设计新型抑制剂建立理论模型。方法应用Discovery Studio 2.5中的Catalyst模块,选取已确证结合于VEGFR-2活性腔、结合模式一致、抑制活性跨度5个数量级、结构具有... 详细信息

目的构建血管内皮细胞生长因子受体2(VEGFR-2)抑制剂的三维药效团模型,为设计新型抑制剂建立理论模型。方法应用Discovery Studio 2.5中的Catalyst模块,选取已确证结合于VEGFR-2活性腔、结合模式一致、抑制活性跨度5个数量级、结构具有多样性的30个抑制剂,其中21个分子作为训练集,余9个分子作为测试集产生三维药效团模型。结果最优药效团模型由1个氢键受体、2个疏水中心、1个芳环平面和4个排斥体积组成,预测相关性R为0.89。结论交叉验证结果表明药效团模型具有较好的预测能力,可用于数据库搜索筛选结构新颖的抑制VEGFR-2的先导化合物。

关键词：血管内皮生长因子受体2 抑制剂药效团模型抗肿瘤

6-氮杂吲唑类Pim-1激酶抑制剂的3D-QSAR、药效团模型研究和分子设计

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化学通报 2020年第12期83卷 1138-1148,1057页

作者：刘景陶吉文涛王炳华河套学院理学系巴彦淖尔015000 烟台大学药学院烟台264005

Pim-1激酶通过作用于多种信号通路或靶点影响肿瘤的发生发展,近年来被认为是肿瘤治疗的良好靶标。本文采用SYBYL-X2.1.1软件中的Topomer CoMFA、GALAHAD模块建立计算机模型,研究39个基于6-氮杂吲唑环的Pim-1激酶抑制剂的三维定量构效关... 详细信息

Pim-1激酶通过作用于多种信号通路或靶点影响肿瘤的发生发展,近年来被认为是肿瘤治疗的良好靶标。本文采用SYBYL-X2.1.1软件中的Topomer CoMFA、GALAHAD模块建立计算机模型,研究39个基于6-氮杂吲唑环的Pim-1激酶抑制剂的三维定量构效关系及药效团特征元素。结果显示,Topomer CoMFA建模所得交叉验证系数(q2)和相关系数(r2)分别为0.756和0.951,结合外部验证表明此3D-QSAR模型具有较高预测能力及较好的统计学稳定性,同时,用等势图描述了R1、R2基团处立体场、静电场对活性的具体影响。药效团研究结果表明,含氢键受体的芳香杂环母核结构,以及侧链取代基中含有芳香杂环结构对化合物的活性贡献较大。最后根据上述模型信息新设计了15个Pim-1激酶抑制剂分子并完成活性预测及分子对接模式研究,其中4个分子的预测pIC50高于建模分子中活性最好的化合物17,Surflex-Dock分析显示新设计分子均与Pim-1激酶形成较强氢键相互作用。基于6-氮杂吲唑环的Pim-1激酶抑制剂的3D-QSAR模型以及药效团模型可用于指导新型抑制剂的结构优化,为设计和开发具有较高活性的新型Pim-1激酶抑制剂提供有效帮助。

关键词： 6-氮杂吲唑环 Pim-1激酶抑制剂三维定量构效关系药效团模型分子对接

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基于ALS抑制剂药效团模型的数据库搜索

计算机与应用化学 2002年第5期19卷 551-554页

作者：陈凯程永浩杨华铮南开大学元素有机化学研究所元素有机化学国家重点实验室天津300071

以ALS抑制剂药效团模型为基础建立了提问结构,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库中(NCI-3D和ACD-3D数据库),借助分子三维结构搜索软件(3DFS和ISIS/3D软件)和多种搜索方法(POW-ELL方法和遗传算法)分别搜寻出10... 详细信息

以ALS抑制剂药效团模型为基础建立了提问结构,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库中(NCI-3D和ACD-3D数据库),借助分子三维结构搜索软件(3DFS和ISIS/3D软件)和多种搜索方法(POW-ELL方法和遗传算法)分别搜寻出100多个符合特征结构信息的全新结构候选化合物。这些命中结构的分子特征信息为我们下一步进行分子设计,确定先导化合物结构明确了方向,并提供了重要依据。

关键词： ALS抑制剂药效团模型提问结构三维数据库搜索候选化合物

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基于药效团模型设计合成新型ALS抑制剂

高等学校化学学报 2004年第2期25卷 276-280页

作者：程永浩陈凯李永红邹小毛杨华铮南开大学元素有机化学研究所元素有机化学国家重点实验室天津300071

以 ALS抑制剂药效团模型为基础建立了提问结构 ,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库 ( NCI-3 D和 ACD-3 D数据库 )中 ,分别搜寻出 1 0 0多个符合特征结构信息的全新结构候选化合物 .以这些命中结构的分子特征... 详细信息

以 ALS抑制剂药效团模型为基础建立了提问结构 ,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库 ( NCI-3 D和 ACD-3 D数据库 )中 ,分别搜寻出 1 0 0多个符合特征结构信息的全新结构候选化合物 .以这些命中结构的分子特征信息为基础设计合成了一系列新型的 ALS抑制剂 ,初步生物活性测试结果表明 ,预期有生物活性的化合物显示出一定的

关键词： ALS抑制剂药效团模型设计合成生物活性乙酰乳酸合成酶除草剂靶酶数据库

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距离比较法构建酪氨酸酶抑制剂的药效团模型

计算机与应用化学 2002年第3期19卷 312-314页

作者：李韶勇孙命文欣李爱秀曲娜缪方明天津师范大学晶体化学研究所天津300074

运用距离比较法程序建立了酪氨酸酶抑制剂的药效国模型,以此为提问结构对Maybridge和NCI,2个数据库进行搜索,得到了一系列新型的可能具有高活性的黑色素合成抑制剂。

关键词：酷氨酸酶抑制剂黑色素酷氨酸酶距离比较法药效团模型药物设计

利用原卟啉原氧化酶抑制剂药效团模型进行数据库搜索

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计算机与应用化学 2003年第5期20卷 649-652页

作者：陈凯吴超邹小毛杨华铮南开大学元素有机化学研究所元素有机化学国家重点实验室天津300071

为了设计与合成新型原卟啉原氧化酶抑制剂,利用所建立的药效团模型为基础,建立提问结构,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库中(NCI-3D和ACD-3D数据库),借助分子三维结构搜索软件(3DFS和ISIS/3D软件)和多种搜... 详细信息

为了设计与合成新型原卟啉原氧化酶抑制剂,利用所建立的药效团模型为基础,建立提问结构,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库中(NCI-3D和ACD-3D数据库),借助分子三维结构搜索软件(3DFS和ISIS/3D软件)和多种搜索方法(POWELL方法和遗传算法)分别搜寻出一百多个符合特征结构信息的全新结构候选化合物。

关键词：原卟啉原氧化酶抑制剂药效团模型数据库搜索侯选化合物提问结构三维结构药物设计

端锚聚合酶抑制剂的作用方式以及药效团模型的构建

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天津师范大学学报（自然科学版） 2021年第6期41卷 18-24页

作者：温泽宇于大永王柳史丽颖大连大学生命科学与技术学院辽宁大连116622

为了深入了解端锚聚合酶抑制剂的作用模式,选取15个活性端锚聚合酶抑制剂组成训练集,构建基于配体共同特征的药效团,选取11个活性抑制剂和6个非活性抑制剂组成测试集验证药效团.利用分子对接方法,将15种活性抑制剂对接于端锚聚合酶的腺... 详细信息

为了深入了解端锚聚合酶抑制剂的作用模式,选取15个活性端锚聚合酶抑制剂组成训练集,构建基于配体共同特征的药效团,选取11个活性抑制剂和6个非活性抑制剂组成测试集验证药效团.利用分子对接方法,将15种活性抑制剂对接于端锚聚合酶的腺苷活性口袋中,探究活性抑制剂与端锚聚合酶结合口袋处的关键作用方式.将分子对接结果与药效团模型相结合,构建更精确的药效团模型.基于配体共同特征的药效团模型有5个化学特征,即包含1个芳香环(R)、2个疏水基团(H)和2个氢受体(A).分子对接结果显示,活性抑制剂在腺苷结合口袋处与关键氨基酸的Tyr 1213、Asp 1198和Gly 1196形成氢键.将分子对接结果与药效团模型结合,构建出一个精确的药效团模型(RRHHAAD),在该药效团中,3个氢键分布在腺苷口袋的A和C位点处,2个共轭环(R1和R2)分别与端锚聚合酶的Phe 1188和His 1201形成共轭作用,药效团模型中心的疏水特征(H2)位于B位点处.叠加后得到的药效团可以准确反映腺苷位点的特征,也可以解释抑制剂与端锚聚合酶的互作方式.

关键词：端锚聚合酶抑制剂药效团模型分子对接构效关系

靶向冠状病毒核衣壳蛋白NTD-RNA位点的小分子抑制剂虚拟筛选

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药物化学 2024年第2期12卷 147-155页

作者：玄亚男张娜北京工业大学化学与生命科学学院北京

核衣壳蛋白(Nucleocapsid Protein,N蛋白)是冠状病毒(CoVs)家族保守的结构蛋白,其N端结构域(NTD)与病毒RNA结合形成核糖核蛋白复合物(RNP),参与病毒复制与组装,已被认定为重要的抗冠状病毒药物靶点。以NTD-RNA结合位点为靶点,针对小分... 详细信息

核衣壳蛋白(Nucleocapsid Protein,N蛋白)是冠状病毒(CoVs)家族保守的结构蛋白,其N端结构域(NTD)与病毒RNA结合形成核糖核蛋白复合物(RNP),参与病毒复制与组装,已被认定为重要的抗冠状病毒药物靶点。以NTD-RNA结合位点为靶点,针对小分子片段库,开展基于计算机辅助药物设计方法的N蛋白抑制剂虚拟筛选。方法:建立基于受体结构的药效团模型,利用特征元素和测试集分子匹配程度选择最优模型,并运用基于受体和基于配体的方法以检验模型的可靠性。对小分子片段库进行基于Lipinski五规则、药效团模型和分子对接的虚拟筛选,筛选出可以干扰NTD与RNA结合的潜在N蛋白抑制剂。结果最佳药效团模型包含两个疏水特征和两个氢键受体,并筛选出药效团模型匹配值高、对接得分值排序靠前且结构新颖的2个化合物。结论:所筛选出的2个化合物可作为潜在的抑制剂以用于后续研究。

关键词：核衣壳蛋白药效团模型分子对接虚拟筛选

距离比较法识别光系统Ⅱ电子传递抑制剂药效团模型

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有机化学 2001年第10期21卷 732-736页

作者：刘小兰孙命文欣周卫红杨霞缪方明天津师范大学化学与生命科学学院天津理工学院化工系

采用距离比较法(Distance Comparisons,DISCO)识别出在结构上不同的九个光系统Ⅱ(PSⅡ)电子传递抑制剂分子的药效团模型,并进行了比较分子场(CoMFA)研究.这些研究结果将应用在全新先导化合物的设计中.

关键词：距离比较法药效团模型比较分子场方法光系统Ⅱ 电子传递抑制剂除草剂