靶向冠状病毒核衣壳蛋白NTD-RNA位点的小分子抑制剂虚拟筛选

作     者：玄亚男 张娜 

作者机构：北京工业大学化学与生命科学学院北京 

出 版 物：《药物化学》 (Hans Journal of Medicinal Chemistry)

年 卷 期：2024年第12卷第2期

页      面：147-155页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主　　题：核衣壳蛋白 药效团模型 分子对接 虚拟筛选 

摘      要：核衣壳蛋白(Nucleocapsid Protein,N蛋白)是冠状病毒(CoVs)家族保守的结构蛋白,其N端结构域(NTD)与病毒RNA结合形成核糖核蛋白复合物(RNP),参与病毒复制与组装,已被认定为重要的抗冠状病毒药物靶点。以NTD-RNA结合位点为靶点,针对小分子片段库,开展基于计算机辅助药物设计方法的N蛋白抑制剂虚拟筛选。方法:建立基于受体结构的药效团模型,利用特征元素和测试集分子匹配程度选择最优模型,并运用基于受体和基于配体的方法以检验模型的可靠性。对小分子片段库进行基于Lipinski五规则、药效团模型和分子对接的虚拟筛选,筛选出可以干扰NTD与RNA结合的潜在N蛋白抑制剂。结果最佳药效团模型包含两个疏水特征和两个氢键受体,并筛选出药效团模型匹配值高、对接得分值排序靠前且结构新颖的2个化合物。结论:所筛选出的2个化合物可作为潜在的抑制剂以用于后续研究。