检索结果-南通市图书馆

虚拟筛选辅助揭示中药药效物质基础的思路与初步实践

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中草药 2011年第9期42卷 1665-1672页

作者：杨文宇万德光杨鑫嵎西华大学生物工程学院四川成都610039 成都中医药大学药学院四川成都610075

基于多数常用中药的化学成分研究已很深入这一前提,尝试运用虚拟筛选方法辅助揭示中药药效物质基础,即把待研究中药所含的所有已确证结构的化学成分构建为分子库,与根据其功效而确定的各种靶点模型进行虚拟对接,筛选出理论活性成分后,... 详细信息

基于多数常用中药的化学成分研究已很深入这一前提,尝试运用虚拟筛选方法辅助揭示中药药效物质基础,即把待研究中药所含的所有已确证结构的化学成分构建为分子库,与根据其功效而确定的各种靶点模型进行虚拟对接,筛选出理论活性成分后,再以药理实验数据进行验证,从而较全面地揭示代表相应功效的化学成分群。在初步的实践研究中,将由桑类中药510个化学成分构成的分子库分别与治疗消渴和利尿的靶点进行对接,结果显示:(1)对α-葡萄糖苷酶和碳酸酐酶XII有理论活性的成分分别远多于胰岛素受体和盐皮质激素受体;(2)部分化学成分对于α-葡萄糖苷酶的预测结果得到了文献实验数据的支持;(3)部分成分对多个靶点均显示较强的理论活性。虚拟筛选方法为阐释中药药效物质基础提供了新的视角和快捷途径。

关键词：虚拟筛选中药药效物质基础桑类中药 α-葡萄糖苷酶

基于分子描述符和机器学习方法预测和虚拟筛选MMP-13对MMP-1的选择性抑制剂

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物理化学学报 2014年第1期30卷 171-182页

作者：李秉轲丛湧田之悦薛英四川大学化学学院教育部绿色化学与技术重点实验室成都610064 四川大学生物治疗国家重点实验室成都610041

基质金属蛋白酶-13(MMP-13)为预防和治疗骨关节炎(OA)提供了充满希望的靶标.通过抑制剂来阻断MMP-13的活性将会对治疗OA疾病产生潜在的作用.然而,宽谱抑制剂同样抑制MMP家族的其它成员,特别是MMP-1,这将会导致肌与骨的综合症.因此,设计... 详细信息

基质金属蛋白酶-13(MMP-13)为预防和治疗骨关节炎(OA)提供了充满希望的靶标.通过抑制剂来阻断MMP-13的活性将会对治疗OA疾病产生潜在的作用.然而,宽谱抑制剂同样抑制MMP家族的其它成员,特别是MMP-1,这将会导致肌与骨的综合症.因此,设计和发现潜在的MMP-13相对于MMP-1的高效选择性抑制剂,在对治疗OA新型药物的研发中具有相当重要的现实意义.本研究通过两种机器学习方法(ML):支持向量机(SVM)和随机森林(RF)来建立分类模型,用于预测不同结构的MMP-13对MMP-1的选择性抑制剂.所建这些模型的预测效果都已经达到了令人满意的精度.在这两种ML模型中,RF对于MMP-13选择性抑制剂和非抑制剂的精度分别达到97.58%和100%.同时,与MMP-13对MMP-1的选择性抑制最相关的分子描述符也基于不同的特征选择方法被两种模型挑选出来.最后,用预测效果最好的RF模型虚拟筛选了ZINC数据库的"fragment-like"子集,从而得到了一系列潜在的候选药物.研究表明,机器学习方法,特别是RF方法,对于发现潜在的MMP-13选择性抑制剂十分有效.同时还得到了一些与MMP-13的选择性抑制相关的分子描述符.

关键词：基质金属蛋白酶-13 选择性抑制剂机器学习方法支持向量机随机森林虚拟筛选

白啤中二肽基肽酶-IV抑制肽的虚拟筛选及活性分析

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食品科学 2022年第10期43卷 81-87页

作者：田文慧孙丽平张翠胡淑敏庄永亮尹花啤酒生物发酵工程国家重点实验室山东青岛266021 昆明理工大学食品科学与工程学院云南昆明650500

以青岛白啤作为研究对象,建立一种快速筛选二肽基肽酶-IV(dipeptidyl peptidase-IV,DPP-IV)抑制活性肽的方法。白啤经超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱结合De novo软件鉴定出肽段序列,确定了置信度较高的68条肽段。应用Pep... 详细信息

以青岛白啤作为研究对象,建立一种快速筛选二肽基肽酶-IV(dipeptidyl peptidase-IV,DPP-IV)抑制活性肽的方法。白啤经超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱结合De novo软件鉴定出肽段序列,确定了置信度较高的68条肽段。应用Peptide Ranker对68条肽段进行生物活性评分,筛选出评分大于0.5的4条肽段,同时又根据先前文献对抑制DPP-IV活性肽的氨基酸位点研究报道,筛选出13条肽段。对筛选出的17条肽段进行吸收、代谢及毒性预测及分子对接评价,选定了VPFPHTP和LAKLQR两条潜在抑制DPP-IV活性肽段。通过肽段与DPP-IV分子对接构象图表明,选定的2条活性肽均能以氢键及疏水作用紧密结合DPP-IV,从而抑制其活性。利用体外方法验证2条活性肽抑制DPP-IV活性,结果显示2条肽段具有明显的DPP-IV抑制活性。

关键词：啤酒多肽二肽基肽酶-IV 虚拟筛选分子对接

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靶向细菌细胞壁新型食品保鲜剂的虚拟筛选

中国食品学报 2020年第10期20卷 214-221页

作者：高双杨银萍宋佳旭宫兴文浙江工商大学食品与生物工程学院杭州310018

食品保鲜剂种类繁多,然而很多保鲜剂仅对革兰氏阳性菌有效,对革兰氏阴性菌的抑菌效果较差。为了开发对革兰氏阴性菌和阳性菌均具有较好抗菌活性的新型食品保鲜剂,以铜绿假单胞菌的粘肽合成酶PBP3和大肠杆菌的粘肽合成酶PBP1b,PBP4和PBP... 详细信息

食品保鲜剂种类繁多,然而很多保鲜剂仅对革兰氏阳性菌有效,对革兰氏阴性菌的抑菌效果较差。为了开发对革兰氏阴性菌和阳性菌均具有较好抗菌活性的新型食品保鲜剂,以铜绿假单胞菌的粘肽合成酶PBP3和大肠杆菌的粘肽合成酶PBP1b,PBP4和PBP5为靶点,通过分子对接软件DOCK6.5,对含有580万个小分子化合物的ZINC数据库进行大规模虚拟筛选,从中选出一种打分较高且结构新颖的先导化合物进行有机合成。以山梨酸钾为阳性对照,测定先导化合物对冷鲜肉的保鲜效果,结果表明,先导化合物处理组除了色差略逊于山梨酸钾组外,其pH值、菌落总数、挥发性盐基氮、汁液流失率等指标均优于后者。同时,二者的保鲜效果均显著优于空白对照组。研究结果证明了先导化合物对冷鲜肉具有更优异的保鲜效果,有望进一步将其开发为新型食品保鲜剂。

关键词：铜绿假单胞菌大肠杆菌粘肽合成酶虚拟筛选食品保鲜剂

大豆多肽中α-葡萄糖苷酶和α-淀粉酶抑制剂的虚拟筛选及体外活性验证

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中国食品学报 2024年第6期24卷 44-56页

作者：薛森吴敬凡曹淑芳白淼朱丹实刘贺杨立娜渤海大学食品科学与工程学院辽宁锦州121000

目的:通过抑制碳水化合物消化酶的活性延缓碳水化合物的消化,来预防和控制糖尿病的作用已经成为多领域的研究热点。β-伴大豆球蛋白是大豆蛋白中含量最高的功能性蛋白,但其胃肠道消化后产生的多肽是否具有抑制碳水化合物消化酶的活性还... 详细信息

目的:通过抑制碳水化合物消化酶的活性延缓碳水化合物的消化,来预防和控制糖尿病的作用已经成为多领域的研究热点。β-伴大豆球蛋白是大豆蛋白中含量最高的功能性蛋白,但其胃肠道消化后产生的多肽是否具有抑制碳水化合物消化酶的活性还不得而知。方法:将β-伴大豆球蛋白进行胃肠道模拟消化,通过虚拟筛选和ADMET预测选出α-葡萄糖苷酶抑制肽和α-淀粉酶抑制肽,检测多肽对α-葡萄糖苷酶和α-淀粉酶的抑制作用。结果:通过胃酶、胰酶和糜蛋白酶将β-伴大豆球蛋白虚拟酶解成95个小分子多肽;筛选出8个α-葡萄糖苷酶抑制肽和α-淀粉酶抑制肽;发现氢键和静电相互作用在多肽与α-葡萄糖苷酶和α-淀粉酶结合中起重要作用;体外验证发现四肽EASY具有较强α-葡萄糖苷酶抑制效果,其IC_(50)值为208.6μg/mL,未发现明显α-淀粉酶抑制效果。结论:α-葡萄糖苷酶抑制肽EASY具有抑制碳水化合物消化酶的活性,可能成为控制糖尿病的潜在抑制剂。

关键词：大豆多肽 α-葡萄糖苷酶 α-淀粉酶虚拟筛选抑制活性

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虚拟筛选技术在中药研究中的应用

中国新药杂志 2022年第17期31卷 1676-1683页

作者：章新友张亚明刘梦玲李秀云徐华康刘莉萍江西中医药大学计算机学院南昌330004 江西中医药大学药学院南昌330004

目的:研究虚拟筛选技术在中药研究中的应用及其进展,为虚拟筛选在中药研究中的进一步应用提供参考和借鉴。方法:以“虚拟筛选”、“中药”、“分子对接”、“机器学习”、“药效团”、“分子相似性”、“配伍规律”等为关键词,组合查询... 详细信息

目的:研究虚拟筛选技术在中药研究中的应用及其进展,为虚拟筛选在中药研究中的进一步应用提供参考和借鉴。方法:以“虚拟筛选”、“中药”、“分子对接”、“机器学习”、“药效团”、“分子相似性”、“配伍规律”等为关键词,组合查询从“中国知网”建库以来相关的文献,并利用“万方”、“维普”和“谷歌学术”等查找论文进行补充,对虚拟筛选在中药研究各子领域中的应用现状进行综述。结果:共检索到相关有效文献315篇。发现虚拟筛选在中药研究的应用主要集中在中药治疗疾病的作用机制、中药治疗疾病的物质基础、探索新的中药治疗疾病办法、中药配伍规律和协同机制、药物归纳分析、中药毒性研究等6个方面,其中以中药治疗疾病的作用机制和中药治疗疾病的物质基础的研究最多。在虚拟筛选的技术使用上,以分子对接技术应用最为广泛,其他的主要技术手段有药效团模型、分子相似性搜索、机器学习等。在常用的数据库或平台上,主要有TCMSP,STRING,DAVID等16个。结论:虚拟筛选技术在中药研究各子领域中应用广泛且研究成果显著,可为中医药现代化研究提供有力的技术支持。

关键词：虚拟筛选中药研究作用机制物质基础

基于天然产物的蛋白酪氨酸磷酸酶1B抑制剂的虚拟筛选(英文)

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生物化学与生物物理进展 2018年第4期45卷 442-452页

作者：张倩甘强刘霞陈曦冯长根北京理工大学爆炸科学与技术国家重点实验室北京100081 中国农业大学理学院北京100193

蛋白酪氨酸磷酸酶1B(protein tyrosine phosphatase 1B,PTP1B)是治疗Ⅱ型糖尿病的靶点之一,筛选PTP1B抑制剂具有十分重要的意义.本文采用分子对接虚拟筛选方法,构建共含有42 296个小分子的天然产物库,分别与PTP1B靶点蛋白进行分子对接,... 详细信息

蛋白酪氨酸磷酸酶1B(protein tyrosine phosphatase 1B,PTP1B)是治疗Ⅱ型糖尿病的靶点之一,筛选PTP1B抑制剂具有十分重要的意义.本文采用分子对接虚拟筛选方法,构建共含有42 296个小分子的天然产物库,分别与PTP1B靶点蛋白进行分子对接,以原配体的结合能量为阈值,经过三轮筛选选取打分值高于阈值的小分子进行药代动力学参数和毒性参数预测,最终筛选出3个PTP1B抑制剂,对苯醌类化合物7、异香豆素类衍生物10和Clavepictine类似物11.结合方式研究表明,3个候选抑制剂类药性良好,均具有较好的PTP1B抑制活性,其中化合物10和11的PTP1B抑制活性未见报道.对化合物10进行体外抑制活性检测,其IC50为(74.58±1.23)μmol/L,可作为潜在Ⅱ型糖尿病治疗药物.

关键词：蛋白酪氨酸磷酸酶1B抑制剂虚拟筛选天然产物药代动力学特性毒理性质氢键抑制活性

Sulfonylurea类ALS/AHAS抑制剂作用方式的分子对接研究和新抑制剂的虚拟筛选

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化学学报 2006年第9期64卷 899-905页

作者：张涛董喜成陈海峰陈敏伯中国科学院上海有机化学研究所上海200032

采用Dock5和Autodock3的组合,从乙酰乳酸合成酶(ALS)的晶体结构出发,对五个磺酰脲分子和三个类磺酰脲分子与ALS的相互作用方式进行了详细的分子对接研究,并结合对ALS与氯嘧磺隆(类磺酰脲)共结晶的复合物晶体结构的分析得出了一个简化的... 详细信息

采用Dock5和Autodock3的组合,从乙酰乳酸合成酶(ALS)的晶体结构出发,对五个磺酰脲分子和三个类磺酰脲分子与ALS的相互作用方式进行了详细的分子对接研究,并结合对ALS与氯嘧磺隆(类磺酰脲)共结晶的复合物晶体结构的分析得出了一个简化的药效团模型,与前人利用其它手段得到的药效团模型一致.结合此药效团模型并根据sulfonylurea类分子与ALS的作用机理,我们对425个具有不同除草和杀虫作用的已知农药和ALS进行了分子对接研究和筛选,从中发现了一些可能对ALS有抑制作用的农药分子.此结果可以很好地解释这类农药的结构和活性的关系,对设计、开发新ALS抑制剂的先导化合物提供依据和指导.

关键词： sulfonylurea类农药 ALS/AHAS抑制剂作用方式分子对接虚拟筛选

人参β-香树素合成酶同源模建及高通量虚拟筛选抑制剂的研究

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化学学报 2012年第3期70卷 217-222页

作者：詹冬玲王嵩韩葳葳刘景圣吉林农业大学食品科学与工程学院长春130118 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130061 吉林大学分子酶学工程教育部重点实验室长春130023

人参β-香树素合成酶(β-AS)能催化氧鲨烯环化生成齐墩果烷型皂苷,从而减少植物固醇的生成量,有助于获得高效的人参皂苷.因β-AS的三维结构是未知的,我们以氧鲨烯环化酶为模板,对β-AS进行三维结构搭建.以抑制剂10-aza-10,11-dihydro-2,... 详细信息

人参β-香树素合成酶(β-AS)能催化氧鲨烯环化生成齐墩果烷型皂苷,从而减少植物固醇的生成量,有助于获得高效的人参皂苷.因β-AS的三维结构是未知的,我们以氧鲨烯环化酶为模板,对β-AS进行三维结构搭建.以抑制剂10-aza-10,11-dihydro-2,3-oxidosqualene为先导化合物,通过AutoDockvina进行分子对接,选取结合能量最低的新化合物进行研究.研究结果表明:新抑制剂8442257比先导化合物10-aza-10,11-dihydro-2,3-oxidosqualene的抑制效果更好.Leu287与新抑制剂结合时能量最低,是重要的残基位点;Ser413和Trp613通过氢键与新抑制剂结合,在抑制过程中起重要作用.我们的研究结果为人参β-香树素合成酶抑制剂的研究提供一个有利的依据.

关键词：同源模建 β-香树素合成酶虚拟筛选分子对接