端锚聚合酶抑制剂的作用方式以及药效团模型的构建

作     者：温泽宇 于大永 王柳 史丽颖 WEN Zeyu;YU Dayong;WANG Liu;SHI Liying

作者机构：大连大学生命科学与技术学院辽宁大连116622 

出 版 物：《天津师范大学学报（自然科学版）》 (Journal of Tianjin Normal University：Natural Science Edition)

年 卷 期：2021年第41卷第6期

页      面：18-24页

学科分类：0710[理学-生物学] 1006[医学-中西医结合] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 07[理学] 10[医学] 100602[医学-中西医结合临床] 

基　　金：辽宁省科学技术计划资助项目(2019-ZD-0564)。 

主　　题：端锚聚合酶 抑制剂 药效团模型 分子对接 构效关系 

摘      要：为了深入了解端锚聚合酶抑制剂的作用模式,选取15个活性端锚聚合酶抑制剂组成训练集,构建基于配体共同特征的药效团,选取11个活性抑制剂和6个非活性抑制剂组成测试集验证药效团.利用分子对接方法,将15种活性抑制剂对接于端锚聚合酶的腺苷活性口袋中,探究活性抑制剂与端锚聚合酶结合口袋处的关键作用方式.将分子对接结果与药效团模型相结合,构建更精确的药效团模型.基于配体共同特征的药效团模型有5个化学特征,即包含1个芳香环(R)、2个疏水基团(H)和2个氢受体(A).分子对接结果显示,活性抑制剂在腺苷结合口袋处与关键氨基酸的Tyr 1213、Asp 1198和Gly 1196形成氢键.将分子对接结果与药效团模型结合,构建出一个精确的药效团模型(RRHHAAD),在该药效团中,3个氢键分布在腺苷口袋的A和C位点处,2个共轭环(R1和R2)分别与端锚聚合酶的Phe 1188和His 1201形成共轭作用,药效团模型中心的疏水特征(H2)位于B位点处.叠加后得到的药效团可以准确反映腺苷位点的特征,也可以解释抑制剂与端锚聚合酶的互作方式.