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利用SCAR分子标记鉴别香菇双单杂交后代

南方农业学报 2022年第10期53卷 2868-2875页

作者：吴圣进陈雪凤刘增亮张雯龙广西农业科学院微生物研究所广西南宁530007

【目的】利用SCAR分子标记鉴别香菇双单杂交后代,为香菇分子辅助育种提供技术支撑。【方法】通过ISSR分析获得标识供体亲本菌株YX7两个细胞核的特异性条带,根据特异性条带序列设计SCAR引物,对菌株YX7为供体和菌株808孢子单核体为受体杂... 详细信息

【目的】利用SCAR分子标记鉴别香菇双单杂交后代,为香菇分子辅助育种提供技术支撑。【方法】通过ISSR分析获得标识供体亲本菌株YX7两个细胞核的特异性条带,根据特异性条带序列设计SCAR引物,对菌株YX7为供体和菌株808孢子单核体为受体杂交获得的40个杂交菌株进行SCAR-PCR鉴别,并采用传统镜检和拮抗测试方法进行验证。【结果】筛选出分别标识供体菌株YX7两个细胞核核型的特异性条带a和b,据此设计的SCAR引物PA和PB分别对供体菌株YX7的2个不同细胞核具有特异性扩增作用。SCAR-PCR鉴定结果显示,40个待测菌株中,27个菌株为杂合子,其中19个菌株具有a条带标识核型,8个菌株具有b条带标识核型;13个菌株为非杂合子,其中11个菌株同时具有条带a和b标识的两个核型,是菌株YX7本身,另外2个菌株两种核型均未被检测出,属于菌株808的孢子单核体。传统方法验证结果与SCAR分子标记鉴定结果完全一致。与传统方法相比,SCAR标记方法更简便高效、结果更稳定可靠,并可通过核型标识进一步将杂合子分为两组。【结论】SCAR分子标记能高效、全面和精准鉴别香菇双单杂交菌株的杂合子和非杂合子,可应用于香菇杂交分子辅助育种和遗传分析。

关键词：香菇 SCAR 双单杂交杂合子分子鉴别

我国赫坎按蚊种团的分子鉴别及中华按蚊的区系分布研究

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2020年第1期38卷 58-66,73页

作者：彭恒陈翰明陈辉莹王琰李翔宇李基旭杨振洲马雅军中国人民解放军海军军医大学病原生物学教研室上海200433 中国人民解放军海军军医大学热带病学教研室上海200433 吉林省延边州疾病预防控制中心病媒与寄生虫病防治科延吉133001 中国人民解放军疾病预防控制中心北京100071

目的改进赫坎按蚊种团部分成员种的多重PCR鉴别方法,鉴别赫坎按蚊种团中的中华按蚊,研究我国中华按蚊的区系分布及其影响因素。方法依据赫坎按蚊种团成员种中华按蚊、八代按蚊、雷氏按蚊、比伦按蚊和克莱按蚊的核糖体DNA内转录间隔区2 (... 详细信息

目的改进赫坎按蚊种团部分成员种的多重PCR鉴别方法,鉴别赫坎按蚊种团中的中华按蚊,研究我国中华按蚊的区系分布及其影响因素。方法依据赫坎按蚊种团成员种中华按蚊、八代按蚊、雷氏按蚊、比伦按蚊和克莱按蚊的核糖体DNA内转录间隔区2 (rDNA-ITS2)序列差异设计种特异引物,改进多重PCR分子鉴别方法。2013-2018年,在我国8个省(直辖市、自治区)共18个地点,以诱虫灯和人工吸取相结合的方法采集按蚊,依据形态特征初步鉴定为赫坎按蚊种团的成员种。提取单只蚊虫基因组DNA,使用改进的多重PCR方法鉴定种类。对多重PCR法无扩增产物的个体分析rDNA-ITS2序列,在GenBank上进行BLAST比对,确定其种类。查找我国以及韩国和俄罗斯远东地区用分子特征鉴别为中华按蚊的文献,结合本研究结果,汇总中华按蚊采集地的地理位置和气候数据,使用地理探测器模型计算影响决定力q值,分析经度、纬度、年平均气温和年平均降雨量对中华按蚊分布的影响。结果改进的多重PCR法一次扩增即可依据扩增片段大小鉴别赫坎按蚊种团的5个成员种:中华按蚊(490 bp)、雷氏按蚊(313 bp)、八代按蚊(216 bp)、克莱按蚊(386 bp)和比伦按蚊(165 bp)。在我国18个采集点共捕获赫坎按蚊种团按蚊365只,多重PCR鉴别为中华按蚊114只(来自陕西、安徽与山东的采集点)、八代按蚊34只、雷氏按蚊9只、克莱按蚊181只和比伦按蚊5只。22只多重PCR无扩增产物的蚊虫中,经rDNA-ITS2序列分析鉴定为贵阳按蚊2只、类中华按蚊1只、朝鲜按蚊8只、林氏按蚊7只和帕氏按蚊4只。获取用分子特征鉴别为中华按蚊的文献17篇,共汇总了101个采集地信息,其中有中华按蚊分布的采集点80个,无中华按蚊分布的21个地点。地理探测器软件计算获得的q值,从大到小依次为0.592 0(年平均气温)、0.507 2 (纬度)、0.351 2 (经度)和0.214 4 (年平均降雨量)。中华按蚊的分布与年平均气温关系最为密切,其次是纬度。综合分析分布地的纬度和年平均温度等结果显示,年平均气温10℃可以作为划分中华按蚊在我国分布北界线的依据。我国中华按蚊的分布范围包括云南、贵州、重庆、河南、山东、天津、江苏、安徽、湖北、浙江、上海、福建、江西、广西、广东、海南等省(直辖市、自治区)及台湾、香港、澳门特别行政区的全境,以及西藏、四川、甘肃、陕西、山西、河北、北京、辽宁等省(直辖市、自治区)的南部部分地区。结论改进的赫坎按蚊种团多重PCR分子鉴定方法快速简单、客观可靠。综合分析显示划分中华按蚊在我国分布北界线的依据是年平均气温10℃线,中华按蚊在我国的分布应小于之前记载的范围。

关键词：赫坎按蚊种团中华按蚊复合体分子鉴别区系分布

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连翘败毒丸中原料药材的分子鉴别

药学学报 2013年第4期48卷 590-596页

作者：崔占虎蒋超李旻辉陈敏周立社袁媛内蒙古科技大学包头医学院内蒙古包头014060 中国中医科学院中药资源中心北京100700

为研究分子标记技术在成药鉴定方面的应用,本文选用连翘败毒丸为研究对象,采用改良CTAB法提取其总DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分别对psbA-trnH和rbcL两个叶绿体序列进行梯度扩增,将扩增产物与pEASYTM-T5 vec... 详细信息

为研究分子标记技术在成药鉴定方面的应用,本文选用连翘败毒丸为研究对象,采用改良CTAB法提取其总DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分别对psbA-trnH和rbcL两个叶绿体序列进行梯度扩增,将扩增产物与pEASYTM-T5 vector连接后,转化到大肠杆菌Trans1-T1感受态细胞中,挑取单克隆,并选择阳性克隆进行测序。所得序列校正、比对后,进行BlastN比对分析,同时采用MEGA 4.0软件构建系统聚类树。结果表明,通过psbA-trnH序列分析可以鉴定出9种原料药材,rbcL序列分析可以鉴定出6种原料药材。本研究结果说明采用分子标记技术鉴定中成药原料具有一定的可行性。

关键词：中成药分子鉴别 psbA trnH rbcL

基于ITS2序列的“藏茵陈”分子鉴别和遗传多样性研究

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江西农业大学学报 2019年第2期41卷 347-355页

作者：吴波朱小芬李风琴葛菲江西中医药大学药学院江西南昌330004

通过实验测定和GenBank数据库检索印度獐牙菜、川西獐牙菜、大籽獐牙菜、獐牙菜、抱茎獐牙菜、湿生萹蕾、椭圆叶花锚、喉毛花、宿根胁助花、篦齿虎耳草、唐古特虎耳草、山地虎耳草、优越虎耳草等ITS2序列,使用CodonCode Aligner V 5.1和... 详细信息

通过实验测定和GenBank数据库检索印度獐牙菜、川西獐牙菜、大籽獐牙菜、獐牙菜、抱茎獐牙菜、湿生萹蕾、椭圆叶花锚、喉毛花、宿根胁助花、篦齿虎耳草、唐古特虎耳草、山地虎耳草、优越虎耳草等ITS2序列,使用CodonCode Aligner V 5.1和MEGA5.5软件处理ITS2序列,对"藏茵陈"各基原物种变异进行了分析并以Neighbor-Join法构建了"藏茵陈"类各基原物种遗传多样性聚类分析图。结果表明,ITS2序列可以作为"藏茵陈"基原植物的分子鉴别和遗传多样性分析的可靠方法。

关键词：藏茵陈 ITS2 分子鉴别

基于EST-SSR的金银花分子鉴别方法研究

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药学学报 2012年第6期47卷 803-810页

作者：蒋超袁媛刘贵明黄璐琦王绪敏于军陈敏中国中医科学院中药研究所北京100700 道地中药材功能基因组北京市重点实验室北京100700 中国科学院基因组科学及信息重点实验室北京100029

利用简单有效的方法鉴定药用植物种及其变种一直是中药材鉴定首先要解决的问题。金银花是临床常用大宗中药材之一,源自忍冬科植物忍冬(Lonicera japonica Thunb.)的花蕾。为了有效利用金银花EST序列开发功能性分子标记,本文通过生物信... 详细信息

利用简单有效的方法鉴定药用植物种及其变种一直是中药材鉴定首先要解决的问题。金银花是临床常用大宗中药材之一,源自忍冬科植物忍冬(Lonicera japonica Thunb.)的花蕾。为了有效利用金银花EST序列开发功能性分子标记,本文通过生物信息学手段对本实验室保存的忍冬及其变种红白忍冬(L.japonica var.chinensis Thunb.)EST序列进行分析,共获得3 705条忍冬EST-SSRs,且平均每4.05 kb检出一个SSR(simple sequence repeat);2 818条红白忍冬EST-SSRs,平均每7.49 kb检出一个SSR。分析结果表明金银花及其变种红白忍冬主要SSR重复为二核苷酸,其次为三核苷酸,主要重复基序类型为AG/TC和GAG/TCT。通过同源比对,在忍冬及其变种中共筛选出87对重复次数具有差异的EST-SSR。选出15对碱基数差异大于6的EST-SSR进行验证,结果表明其中的13对引物在52份金银花类药用植物中具有有效扩增产物,且引物jp.ssr4、jp.ssr64及jp.ssr65可用于忍冬及其变种、山银花原植物的鉴别。

关键词： EST-SSR 忍冬金银花分子鉴别

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砂仁及其混伪品益智仁的ISSR分子鉴别

分子植物育种 2021年第2期19卷 562-567页

作者：王梦圆王霞张典王悦吉林农业科技学院吉林132101

为创建砂仁及其主要混伪品益智仁的ISSR分子鉴别方法,以UBC818为引物,对影响ISSR-PCR反应体系的引物、dNTPs、DNA模板、Taq DNA聚合酶和Mg2+浓度进行5因素4水平正交优化试验,并在此基础上筛选阳春砂ISSR引物及砂仁正伪品的鉴别引物。结... 详细信息

为创建砂仁及其主要混伪品益智仁的ISSR分子鉴别方法,以UBC818为引物,对影响ISSR-PCR反应体系的引物、dNTPs、DNA模板、Taq DNA聚合酶和Mg2+浓度进行5因素4水平正交优化试验,并在此基础上筛选阳春砂ISSR引物及砂仁正伪品的鉴别引物。结果表明,20μL阳春砂ISSR-PCR最佳反应体系包括引物0.5μmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、DNA模板40 ng、Taq DNA聚合酶1.2 U、Mg^2+2.0 mmol/L;从52条ISSR引物中筛选出10条阳春砂ISSR引物,从6条阳春砂和益智的共同引物中,筛选出扩增条带清晰、多态性强的砂仁正伪品的鉴别引物UBC808,利用UBC808对15份样品进行验证试验,结果表明鉴别体系稳定性好,可用于砂仁与益智仁的快速、准确鉴别。

关键词：砂仁益智仁 ISSR 分子鉴别

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石斛夜光丸中主要中药成分的分子鉴别

时珍国医国药 2018年第7期29卷 1650-1652页

作者：鲍方名沈海英江苏省苏州市药品检验检测研究中心 215104

目的建立石斛夜光丸中主要成分石斛、人参及水牛角的分子鉴别方法,并在市售的不同厂家的石斛夜光丸中进行验证。方法使用植物基因组试剂盒提取石斛夜光丸中的石斛、人参及水牛角基因组,根据石斛属的通用ITS基因序列、人参属的mat K基因... 详细信息

目的建立石斛夜光丸中主要成分石斛、人参及水牛角的分子鉴别方法,并在市售的不同厂家的石斛夜光丸中进行验证。方法使用植物基因组试剂盒提取石斛夜光丸中的石斛、人参及水牛角基因组,根据石斛属的通用ITS基因序列、人参属的mat K基因序列、水牛线粒体细胞色素b基因设计引物,并建立相应的PCR体系。结果在三组PCR体系中,均获得与阳性对照一致的特异性序列。结论使用设计的引物和优化的PCR体系,可以有效的进行石斛夜光丸中石斛、人参及水牛角的分子鉴别。

关键词：石斛夜光丸石斛人参水牛角分子鉴别

基于荧光测序分型技术的六味地黄丸原料分子鉴别研究

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中国中药杂志 2014年第19期39卷 3695-3700页

作者：崔占虎黄璐琦袁媛李旻辉蒋超周立社中国中医科学院中药资源中心道地药材国家重点实验室培育基地北京100700 包头医学院内蒙古包头014060

该文选择成药六味地黄丸为研究对象,建立了一种用于中成药原料药材基原鉴定的荧光测序分型技术。首先以原料药材丹皮DNA为模板,筛选最适荧光标记鉴别引物,即通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分别对5个FAM荧光标记引物... 详细信息

该文选择成药六味地黄丸为研究对象,建立了一种用于中成药原料药材基原鉴定的荧光测序分型技术。首先以原料药材丹皮DNA为模板,筛选最适荧光标记鉴别引物,即通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分别对5个FAM荧光标记引物psb A-trn H,ITS,trn L-trn F,mat K,rbc L序列进行扩增,并对扩增产物进行测序,所得测序结果使用GeneMarker V1.80进行分析。根据分析结果最终选择psb A-trn H荧光标记引物来鉴别六味地黄丸及其原料药材。结果表明,通过psb A-trn H荧光标记引物扩增分析,可以准确鉴定出六味地黄丸中的丹皮,山药,泽泻3种原料药材。研究结果说明,采用分子荧光测序分型技术鉴定中成药原料具有一定的可行性。

关键词：中成药分子鉴别 FAM荧光标记 psbA—trnH

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

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华南理工大学学报（自然科学版） 2009年第6期37卷 74-78,83页

作者：郑传进赵树进赵振华呙军华南理工大学生物科学与工程学院广东广州510006 广州军区广州总医院广东广州510010

对何首乌及其常见混淆品的核糖体DNA内转录间隔区（rDNAITS）序列进行了测序分析．结果表明：何首乌与其混淆品毛脉蓼、翼蓼及耳叶牛皮消ITSI区的差异率分别为6．91％、18．10％和42．20％，ITS2区的差异率分别为10．00％、19．40％和43... 详细信息

对何首乌及其常见混淆品的核糖体DNA内转录间隔区（rDNAITS）序列进行了测序分析．结果表明：何首乌与其混淆品毛脉蓼、翼蓼及耳叶牛皮消ITSI区的差异率分别为6．91％、18．10％和42．20％，ITS2区的差异率分别为10．00％、19．40％和43．90％；而何首乌种内各居群间ITS1和ITS2区的差异率分别为0．00％～2．13％和0．00％～1．03％．基于何首乌及其混淆品的rDNAITS序列的差异，找出一个位于ITS2间隔区的何首乌特征性M6I酶切位点，用M6I酶对何首乌rDNAITS序列扩增产物酶切后得到含约531bp和109bp的两片段的聚合酶链反应一限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）图谱，而其混淆品的rDNAITS序列扩增产物不能被NsbI酶切，故图谱呈单一条带．利用建立的PCR．RFLP方法可以很好地区分何首乌及其混淆品．

关键词：何首乌分子鉴别核糖体DNA内转录间隔区 PCR—RFLP