基于生物信息学分析的hsa-miR-206靶基因预测

作     者：康治理 武振方 刘晓伟 许斌 KANG Zhi-li;WU Zhen-fang;LIU Xiao-wei;XU Bin

作者机构：蚌埠医学院研究生院蚌埠233030 东部战区总医院(原南京军区南京总医院)骨科南京210002 

出 版 物：《东南国防医药》 (Military Medical Journal of Southeast China)

年 卷 期：2020年第22卷第2期

页      面：118-123页

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 07[理学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100104[医学-病理学与病理生理学] 10[医学] 

基　　金：南京军区医药卫生科研基金课题(15DX019)。 

主　　题：hsa-miR-206 生物信息学 靶基因 信号通路 

摘      要：目的应用生物信息学方法分析hsa-miR-206序列,并进行靶基因功能富集分析、信号通路富集分析,靶基因编码蛋白相互作用分析,为后续研究其功能提供理论基础。方法通过miRbase、Target Scan、DIANA-microT、MiRDB据库、VENN在线工具、DAVID在线数据库、STRING数据库及Cytoscape软件等在线工具分析hsa-miR-206序列及保守性,预测其靶基因,对预测的靶基因进行功能富集分析(GO分析)、KEGG通路富集分析,并筛选出关键基因。结果 hsa-miR-206序列在各物种间高度保守,GO分析发现hsa-miR-206靶基因功能主要富集在生物合成调节、有机物代谢过程调节、转录调节等生物学过程,KEGG分析表明主要参与Wnt信号通路、T细胞受体信号通路、癌症通路等。蛋白互作显示编码蛋白间存在复杂的相互作用,与hsa-miR-206关系最密切的蛋白有27个,如天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸盒解螺旋酶5(DDX5)、人远端上游原件结合蛋白(FUBP1)、天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-组氨酸盒解螺旋酶15(DHX15)等。结论 hsa-miR-206可能参与肿瘤发生发展中重要的生物学过程及调控机制,为进一步实验验证提供了线索。