基于高通量测序技术的非小细胞肺癌常见基因位点突变分析

作     者：杜鲁涛 展垚 李娟 王立水 杜昭 杨丽 王传新 Du Lutao;Zhan Yao;Li Juan;Wang Lishui;Du Zhao;Yang Li;Wang Chuanxin

作者机构：山东大学第二医院检验医学中心济南250033 山东大学齐鲁医院检验医学中心济南250012 迈凯基因科技有限公司611730 

出 版 物：《中华检验医学杂志》 (Chinese Journal of Laboratory Medicine)

年 卷 期：2019年第42卷第4期

页      面：297-305页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：山东省重点研发计划(2016CYJS01A02 2016GSF201165) 

主　　题：癌,非小细胞肺 肺肿瘤 高通量核苷酸序列分析 突变 

摘      要：目的利用高通量测序平台研究非小细胞肺癌(NSCLC)热点基因突变情况,系统性分析突变位点的分布、类型以及频度,评估突变位点致病性。方法本研究共纳入94例NSCLC组织样本,均为2015年7月至2017年4月在山东大学齐鲁医院胸外科收集的非小细胞肺癌(NSCLC)石蜡包埋(FFPE)和新鲜组织样本。患者年龄在35~82岁之间,年龄中位数是61岁。男性63例,女性31例。选择22个基因:KRAS、EGFR、BRAF、PIK3CA、AKT1、ERBB2、PTEN、NRAS、STK11、MAP2K1、ALK、DDR2、CTNNB1、MET、TP53、SMAD4、FBXW7、FGFR3、NOTCH1、ERBB4、FGFR1和FGFR2。用Thermo fisher公司Ion Torrent测序平台的Ion Ampli Seq Colon and Lung Cancer Panel进行测序。Ion Torrent平台测序数据使用Ion torrent suite v4.4.2软件进行分析。结果在NSCLC常见的22个突变基因中,TP53基因突变频率最高,约占所有突变的46.9%,其次是EGFR基因(占28.1%);共检测出89种突变,包括63种热点突变(已报道的位点)和26种新发突变(未见报道的位点),其中检出频率最高的是EGFR基因的19号外显子缺失突变,其次是EGFR基因的Leu858Arg;分析EGFR基因的靶向用药位点的突变情况,结果显示EGFR的19号外显子的缺失突变检出次数最高,其次是21号外显子L858R突变;利用生物信息学软件分析了26种新发突变的致病性,结果显示除ATK1:c.47-12GA和TP53:c.214CG这两个位点以外,剩余的24种新发突变位点在基因保守性、氨基酸序列变化、蛋白结构影响三个方面至少有一项会对基因的功能产生重大影响。结论本研究通过NGS对NSCLC多个敏感基因的突变位点进行联合检测,更能全面覆盖基因变异情况,为筛选最适宜靶向治疗的群体提供依据。新发突变的致病性预测以及所涉及的肿瘤相关信号通路的改变,为后续为进一步研究NSCLC致病机制提供参考。