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基于高通量测序技术的非小细胞肺癌常见基因位点突变分析

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中华检验医学杂志 2019年第4期42卷 297-305页

作者：杜鲁涛展垚李娟王立水杜昭杨丽王传新山东大学第二医院检验医学中心济南250033 山东大学齐鲁医院检验医学中心济南250012 迈凯基因科技有限公司 611730

目的利用高通量测序平台研究非小细胞肺癌(NSCLC)热点基因突变情况,系统性分析突变位点的分布、类型以及频度,评估突变位点致病性。方法本研究共纳入94例NSCLC组织样本,均为2015年7月至2017年4月在山东大学齐鲁医院胸外科收集的非小细... 详细信息

目的利用高通量测序平台研究非小细胞肺癌(NSCLC)热点基因突变情况,系统性分析突变位点的分布、类型以及频度,评估突变位点致病性。方法本研究共纳入94例NSCLC组织样本,均为2015年7月至2017年4月在山东大学齐鲁医院胸外科收集的非小细胞肺癌(NSCLC)石蜡包埋(FFPE)和新鲜组织样本。患者年龄在35~82岁之间,年龄中位数是61岁。男性63例,女性31例。选择22个基因:KRAS、EGFR、BRAF、PIK3CA、AKT1、ERBB2、PTEN、NRAS、STK11、MAP2K1、ALK、DDR2、CTNNB1、MET、TP53、SMAD4、FBXW7、FGFR3、NOTCH1、ERBB4、FGFR1和FGFR2。用Thermo fisher公司Ion Torrent测序平台的Ion Ampli Seq Colon and Lung Cancer Panel进行测序。Ion Torrent平台测序数据使用Ion torrent suite v4.4.2软件进行分析。结果在NSCLC常见的22个突变基因中,TP53基因突变频率最高,约占所有突变的46.9%,其次是EGFR基因(占28.1%);共检测出89种突变,包括63种热点突变(已报道的位点)和26种新发突变(未见报道的位点),其中检出频率最高的是EGFR基因的19号外显子缺失突变,其次是EGFR基因的Leu858Arg;分析EGFR基因的靶向用药位点的突变情况,结果显示EGFR的19号外显子的缺失突变检出次数最高,其次是21号外显子L858R突变;利用生物信息学软件分析了26种新发突变的致病性,结果显示除ATK1:c.47-12G>A和TP53:c.214C>G这两个位点以外,剩余的24种新发突变位点在基因保守性、氨基酸序列变化、蛋白结构影响三个方面至少有一项会对基因的功能产生重大影响。结论本研究通过NGS对NSCLC多个敏感基因的突变位点进行联合检测,更能全面覆盖基因变异情况,为筛选最适宜靶向治疗的群体提供依据。新发突变的致病性预测以及所涉及的肿瘤相关信号通路的改变,为后续为进一步研究NSCLC致病机制提供参考。

关键词：癌,非小细胞肺肺肿瘤高通量核苷酸序列分析突变

特应性皮炎患者面部、上肢和背部皮损真菌群落多样性分析

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中华皮肤科杂志 2020年第8期53卷 616-622页

作者：陆茂冉玉平代亚玲欧美吴红梅罗媛元四川大学华西医院皮肤科成都610041 成都医学院第一附属医院皮肤科 610500

目的探讨特应性皮炎(AD)患者面部、上肢和背部皮损真菌群落多样性和结构特征。方法对2015年9-10月来自成都医学院第一附属医院皮肤科门诊的10例AD患者面部、上肢和背部皮损区和10例健康对照相应部位皮肤采样,提取样品DNA行MiSeq高通量测... 详细信息

目的探讨特应性皮炎(AD)患者面部、上肢和背部皮损真菌群落多样性和结构特征。方法对2015年9-10月来自成都医学院第一附属医院皮肤科门诊的10例AD患者面部、上肢和背部皮损区和10例健康对照相应部位皮肤采样,提取样品DNA行MiSeq高通量测序,进行多样性指数分析、物种组成分析及主成分分析。两组间比较采用独立样本t检验,多组间均数比较采用单因素方差分析,两两组间多重比较采用LSD-t检验。结果多样性指数分析显示,AD患者组面部、上肢、背部皮损区样本Shannon指数均显著高于健康对照组相应区域(t值分别为2.67、2.37、3.34,均P分析显示,马拉色菌属在AD患者组面部、上肢、背部皮损区和健康对照组相应区域样本中均占主要地位,其中球形马拉色菌和限制马拉色菌丰度合计约为80%。AD患者组总样本念珠菌属、曲霉属丰度显著高于健康对照组(t值分别为3.515、2.137,均P0.05);AD患者组上肢念珠菌属丰度显著高于健康对照组(t=3.186,P0.05)。轻中重度AD患者组样本间各主要真菌属丰度比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。主成分分析显示,AD患者组面部、上肢、背部皮损样本真菌群落未按病情严重程度聚类。结论AD患者面部、上肢、背部皮损区真菌群落多样性明显高于健康对照相应区域,马拉色菌为AD患者上述部位皮损和健康对照相应区域的优势菌种,AD患者皮损区样本中真菌群落组成与疾病严重程度可能无相关性。

关键词：皮炎,特应性皮肤真菌高通量核苷酸序列分析生物多样性

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全基因组外显子测序在眼科遗传病中的应用

中华眼科杂志 2015年第5期51卷 395-400页

作者：周雪莹于志强复旦大学附属眼耳鼻喉科医院眼科卫生部近视眼重点实验室上海200031

眼部有多种遗传疾病。以往研究者采用连锁分析、关联分析等多种方法对这些疾病进行了大量研究，取得了一定的成果。随着第二代测序技术的发展，DNA测序效率明显提高、成本显著降低；而外显子捕获技术的出现并与第二代测序相结合更成为DN... 详细信息

眼部有多种遗传疾病。以往研究者采用连锁分析、关联分析等多种方法对这些疾病进行了大量研究，取得了一定的成果。随着第二代测序技术的发展，DNA测序效率明显提高、成本显著降低；而外显子捕获技术的出现并与第二代测序相结合更成为DNA测序和致病基因筛查新的高效准确的手段。本文简介了眼部遗传病的研究概况以及第二代测序和外显子组捕获技术的方法特点，重点介绍这种技术在眼科遗传病中的应用，并对其特点和前景进行简要评价。

关键词：眼疾病,遗传性外显子组高通量核苷酸序列分析

基于二代测序的不同分化阶段晶状体转录组分析

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中华眼科杂志 2020年第5期56卷 356-363页

作者：张丽芳秦祯蔚卢冰吕丹旎李嘉永闫晨曦宋帆唐俏梅尹厚发傅秋黎浙江大学医学院附属第二医院眼科中心杭州310009

目的了解分化中晶状体的转录谱,包括mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)。方法实验研究。提取人源性分化晶状体RNA并纯化。然后使用Illumina HiSeq 2500对16、23、25周晶状体总RNA样本进行测序,并使用生物信息学工具进行分... 详细信息

目的了解分化中晶状体的转录谱,包括mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)。方法实验研究。提取人源性分化晶状体RNA并纯化。然后使用Illumina HiSeq 2500对16、23、25周晶状体总RNA样本进行测序,并使用生物信息学工具进行分析,筛选出最高表达和差异表达的mRNA和lncRNA;用维恩图分析3个时期晶状体的重叠基因表达情况;分析晶状体特异性基因的表达趋势,并用实时荧光定量PCR验证。结果在16、23、25周晶状体中分别获得67518311、99440160和67262320条映射序列。基因重叠表达分析显示,前1000个高表达mRNA、前300个高表达lncRNA和前100个高表达circRNA中分别有740、170、69个在16、23、25周晶状体中同时表达。晶状体特异性基因表达分析显示,晶状体蛋白(CRY)AA、CRYGA、CRYGB、CRYGC、CRYGD、CRYGEP和CRYGS基因表达随晶状体分化时间上调,缝隙连接(GJ)蛋白GJA3和GJA8基因表达随晶状体分化时间下调。结论晶状体转录组表达谱显示不同分化阶段晶状体的高表达mRNA、lncRNA和circRNA中重叠表达者占半数以上,且均高表达晶状体特异性蛋白基因,如CRY、GJ蛋白基因等。

关键词：晶体高通量核苷酸序列分析 RNA,信使 RNA,长链非编码 RNA,环状基因表达谱

使用基于联合探针锚定聚合技术的高通量测序平台的低覆盖度全基因组测序检测自然流产组织中染色体异常的分析

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中华妇产科杂志 2019年第12期54卷 808-814页

作者：王晓华白瑞芳周燕董弘冀云鹏侯东霞乌日古木拉杨晓玲冀小平内蒙古自治区妇幼保健院遗传优生科呼和浩特010020

目的探讨使用基于联合探针锚定聚合技术(cPAS)的高通量测序平台的低覆盖度全基因组测序能否用以检测自然流产组织的染色体异常情况。方法2015年9月至2017年5月在内蒙古自治区妇幼保健院共收集自然流产组织样本601例,应用荧光原位杂交技... 详细信息

目的探讨使用基于联合探针锚定聚合技术(cPAS)的高通量测序平台的低覆盖度全基因组测序能否用以检测自然流产组织的染色体异常情况。方法2015年9月至2017年5月在内蒙古自治区妇幼保健院共收集自然流产组织样本601例,应用荧光原位杂交技术以及基于cPAS的高通量测序平台的低覆盖度全基因组测序两种方法对组织样本的染色体异常状况分别进行检测,并对比分析。结果601例组织样本中,有1例样本的基因组DNA质量不符合要求而被剔除,另有5例行FISH失败,其余595例自然流产组织样本均完成了检测。在595例自然流产组织样本中,低覆盖度全基因组测序共检出144例(24.2%,144/595)染色体异常,其中,137例(23.0%,137/595)为染色体非整倍体,2例(0.3%,2/595)为染色体嵌合体,5例(0.8%,5/595)为拷贝数变异。荧光原位杂交技术共检出131例(22.0%,131/595)染色体异常,其中,125例(21.0%,125/595)为染色体非整倍体,2例(0.3%,2/595)为染色体嵌合体,未检测出拷贝数变异。结论使用基于cPAS的高通量测序平台的低覆盖度全基因组测序是1种可靠的能够用以检测自然流产组织染色体异常的方法,其能检测包括染色体非整倍体、染色体嵌合体以及≥5 Mb的染色体拷贝数变异等在内的多种染色体异常情况。

关键词：流产自然染色体畸变高通量核苷酸序列分析全基因组测序

家族性梅尼埃病的临床表型及相关基因研究（附3例家系报道）

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中华耳鼻咽喉头颈外科杂志 2015年第11期50卷 915-924页

作者：高云王大勇王洪阳关静兰兰吴子明谢林怡于澜张素珍单希征王秋菊解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科解放军耳鼻咽喉科研究所北京100853 武警总医院耳鼻咽喉头颈外科眩晕病研究所 100039

目的分析梅尼埃病家系患者的临床资料和基因筛查结果，探讨其听力学、前庭功能及遗传学特征。方法通过对三个梅尼埃病家系成员进行全面体检及临床听力学和前庭功能检查，整理、分析家系资料，确定遗传规律，绘制家系图谱并进行听力学及... 详细信息

目的分析梅尼埃病家系患者的临床资料和基因筛查结果，探讨其听力学、前庭功能及遗传学特征。方法通过对三个梅尼埃病家系成员进行全面体检及临床听力学和前庭功能检查，整理、分析家系资料，确定遗传规律，绘制家系图谱并进行听力学及前庭功能特征分析。应用目标区域捕获联合高通量测序技术对其中一家系2例梅尼埃病患者进行基因筛查。结果三个家系中的8例梅尼埃病患者均为语后聋，一个家系中的患者伴发偏头痛。3例先证者的发病年龄平均为39．3岁；听力表型为迟发性、渐进性的中度至重度感音神经性听力损失，以低频下降为主，部分患者随着年龄增长逐渐累及全频听力，听力曲线由低中频下降型变为平坦下降型或全聋型，且大多患者存在重振现象。4例检查资料完善的患者中1例患者前庭功能检查正常，3例患者前庭功能均有不同程度的减退，且前庭功能受损的患者听力损失重。三个家系中一个家系具有常染色体隐性遗传的特征，另外两个家系具有常染色体显性遗传的特征。对一个常染色体显性遗传家系的2例梅尼埃病患者进行基因筛查，发现该家系的两个候选变异为EGFLAM基因C．2057G〉A和ITGA8基因C．1961C〉T，且均具有致病性。结论梅尼埃病在中国人群中有一定的遗传性和家族聚集性，但其遗传机制复杂，尚待进一步研究。

关键词：梅尼埃病表型高通量核苷酸序列分析

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新一代测序技术在肺癌个体化医疗中的应用

中华检验医学杂志 2019年第2期42卷 77-83页

作者：潘世扬南京医科大学第一附属医院江苏省人民医院检验学部南京210029

肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,死亡率居癌症之首。肺癌与其他肿瘤一样,在肿瘤的发生发展过程中存在异质性。对异质性的全面了解才能实现真正意义上的个体化治疗,这也是精准医疗的精髓。近年来,新一代测序技术依托其高通量、多靶点分析的... 详细信息

肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,死亡率居癌症之首。肺癌与其他肿瘤一样,在肿瘤的发生发展过程中存在异质性。对异质性的全面了解才能实现真正意义上的个体化治疗,这也是精准医疗的精髓。近年来,新一代测序技术依托其高通量、多靶点分析的优势为精准医疗提供了新的重要技术手段,在肺癌的分子分型、靶向药物选择及预后判断中发挥着越来越重要的作用。

关键词：肺肿瘤高通量核苷酸序列分析精准医学

Neoseq模式在新生儿脂肪酸氧化代谢类疾病筛查中的应用

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中华围产医学杂志 2022年第7期25卷 530-537页

作者：杨宇奇郭方龙伟韩小亚虞斌常州市妇幼保健院医学遗传科常州市新生儿疾病筛查中心常州213023

目的探讨Neoseq模式在新生儿脂肪酸氧化代谢类疾病(fatty acid oxidation disorders,FAOD)筛查与诊断中的应用价值。方法采用回顾性病例对照研究方法,以常州地区2015年4月至2021年4月出生的163500例活产新生儿作为研究对象,分别采用2种... 详细信息

目的探讨Neoseq模式在新生儿脂肪酸氧化代谢类疾病(fatty acid oxidation disorders,FAOD)筛查与诊断中的应用价值。方法采用回顾性病例对照研究方法,以常州地区2015年4月至2021年4月出生的163500例活产新生儿作为研究对象,分别采用2种模式进行FAOD筛查与诊断。(1)传统模式:所有新生儿足跟采血进行串联质谱(tandem mass spectrum,TMS)筛查,初筛阳性者召回复查,并进行二代测序(next generation sequencing,NGS)基因包检测及其他鉴别诊断。(2)Neoseq模式:对传统模式确诊病例(真阳性组)、TMS初筛结果阴性样本(初筛阴性组)以及TMS初筛假阳性样本(初筛假阳性组)进行Neoseq检测分析。比较分析2种模式对FAOD的检出率、额外发现、报告周期等参数。对数据采用描述性统计方法进行分析。结果(1)FAOD的筛查和诊断情况:基于传统模式筛查诊断18例FAOD确诊病例,本地区FAOD发病率为1/9083。TMS初筛阳性率为0.55%(907/163500),复查阳性率为0.04%(73/163500),阳性预测值为2.0%(18/907),阳性召回样本中98%(889/907)为假阳性。(2)Neoseq筛查效果:①18例确诊病例中的16例检测到致病基因突变,2种筛查模式的突变位点符合率为16/18。2例确诊病例Neoseq未检出,包括1例β-酮硫解酶缺乏检出1个致病性突变位点,1例中链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症未检出致病性突变。②在57例TMS初筛假阳性样本中,Neoseq均未发现致病基因突变。③100例TMS初筛阴性样本中,Neoseq额外检出1例DUOX2杂合突变,1例MTTL1半合子突变。④18例样本采用传统模式的中位报告周期为43.5 d(28.0~104.0 d),而采用Neoseq模式则为12.0 d(10.0~15.0 d)。结论Neoseq对于FAOD的检出率较高。Neoseq同步TMS筛查,可降低FAOD生化筛查的假阳性率;可在较短时间明确遗传学病因,缩短疾病诊断周期;同时可拓展生化筛查以外的病种。

关键词：婴儿,新生,疾病脂肪酸类代谢缺陷,先天性串联质谱法高通量核苷酸序列分析

应用下一代测序技术检测BRCA1/2及同源重组修复通路多基因胚系突变及相关性分析

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中华预防医学杂志 2022年第3期56卷 302-311页

作者：陈彦丽卓钟灵刘畅谢菲杨子瑶刘芃菲王殊赵晓涛北京大学医学部医学技术研究院北京100191 北京大学人民医院检验科北京100044 北京大学第五临床医学院北京100730 北京大学人民医院乳腺中心北京100044 中日友好医院输血科北京100029

目的应用下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术检测乳腺癌患者及高风险个体胚系基因突变,分析同源重组修复(homologous recombination repair,HR)通路基因突变状态与乳腺癌临床病理特征的相关性,以补充中国乳腺癌相关基因突... 详细信息

目的应用下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术检测乳腺癌患者及高风险个体胚系基因突变,分析同源重组修复(homologous recombination repair,HR)通路基因突变状态与乳腺癌临床病理特征的相关性,以补充中国乳腺癌相关基因突变数据库。方法本研究为横断面研究,收集2020年10月至2021年9月就诊于北京大学人民医院并自愿接受基因检测的350例乳腺癌患者和49例乳腺癌高风险个体的全血样本。应用NGS检测32个乳腺癌相关基因的胚系突变情况,统计乳腺癌患者发病年龄、肿瘤家族史、单/双侧肿瘤、Luminal分型(Luminal A型、Luminal B型、HER2过表达型和三阴性乳腺癌)、肿瘤大小、肿瘤转移情况等临床病理特征,采用χ^(2)检验和Fisher精确概率检验分析HR通路基因突变与临床病理特征的相关性。结果在350例乳腺癌患者中,64例(18.3%)携带基因致病突变(包括致病和疑似致病两类突变),包括47例(13.4%)BRCA1/2突变,16例(4.6%)非BRCA1/2基因突变,1例(0.3%)BRCA2和FANCL突变。在49例乳腺癌高风险个体中,7例(14.3%)携带基因致病突变,包括6例(12.3%)BRCA1/2突变,1例(2%)ATM突变。BRCA1/2致病突变与乳腺癌发病年龄相关(18%,8.7%,χ^(2)=6.346,P=0.012),发病年龄≤45岁的乳腺癌患者突变频率较高。HR通路基因突变(包括致病、疑似致病和临床意义不明确的三类突变)与单/双侧肿瘤(49.5%,68.4%,χ^(2)=4.841,P=0.028)和Luminal分型(45.7%,62.2%,32%,60%,χ^(2)=12.004,P=0.007)具有相关性,双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者突变频率较高。结论乳腺癌高风险个体BRCA1/2致病突变频率与乳腺癌患者相近,对高风险个体进行BRCA1/2检测有利于指导乳腺癌的筛查和预防。早发性乳腺癌、双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者HR通路基因突变频率较高,应及早进行HR通路基因检测,为乳腺癌的诊疗预后和风险评估提供实验室依据。

关键词：乳腺肿瘤高通量核苷酸序列分析基因,BRCA1 基因,BRCA2 重组DNA修复预后