基于CP基因的中国云南省烟草TMV群体遗传多样性分析

作     者：赵正婷 盖晓彤 张俊蕾 夏振远 刘弟 姜宁 刘雅婷 ZHAO Zhengting;GE Xiaotong;ZHANG Junlei;XIA Zhenyuan;LIU Di;JIANG Ning;LIU Yating

作者机构：云南农业大学农学与生物技术学院昆明650201 云南省烟草农业科学研究院昆明650021 云南农业大学植物保护学院昆明650201 云南农业大学烟草学院昆明650201 

出 版 物：《植物保护》 (Plant Protection)

年 卷 期：2024年第50卷第4期

页      面：48-60页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 090401[农学-植物病理学] 090402[农学-农业昆虫与害虫防治] 

基　　金：国家自然科学基金(32260681) 云南省烟草公司科技计划(2021530000242030,2021530000242031) 云南省科技厅基础研究专项(202101AU070129) 

主　　题：烟草 云南 烟草花叶病毒 CP基因 遗传多样性 

摘      要：为探明云南烟草上烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus,TMV)的群体遗传多样性特征,本研究使用TMV外壳蛋白(coat protein,CP)基因的特异性引物对采自云南各烟区的疑似烟草花叶病样品进行检测,通过克隆测序获得138个TMV CP基因序列,对其进行了一致性比对,及系统发育、错配分布、遗传变异、群体多样性等分析。变异分析显示,138条CP基因序列共有变异位点数122个,占总位点数的25.42%,变异类型只有核苷酸替换,核酸多样性为0.018,单倍型多样性为0.970;一致性比对结果显示,138条序列的核苷酸和氨基酸序列一致性均为96%~100%;重组分析未检测到重组信号;对来自云南烟草,NCBI上其他地区烟草及云南地区其他寄主的TMV分离物的CP基因进行系统发育分析,结果显示,所有TMV分离物在进化上可分为4个组,本试验获得的分离物分布在1、2、3组,其中只有来源昭通地区的分离物倾向于聚成簇,表明云南烟草TMV分离物的适应性进化受地理适应性所驱动,与寄主适应性基本无关;错配分布分析显示,云南烟草TMV群体呈多峰分布,表明该群体近期未经历群体扩张事件;群体间遗传分化分析结果表明,除昭通和曲靖烟草TMV群体与其他TMV群体之间很容易发生遗传漂变促使群体发生遗传分化外,其余大部分TMV群体之间的基因流都可以抵制遗传漂变。本研究首次报道了云南各烟区TMV分离物群体遗传变异情况,研究结果可为TMV的抗病育种和制定更为有效的防治策略提供重要参考。