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基于CP基因的云南烟草花叶病毒RT-LAMP快速检测体系的构建

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山东农业科学 2024年第5期56卷 154-162页

作者：赵正婷盖晓彤张俊蕾卢灿华姜宁刘雅婷云南农业大学农学与生物技术学院云南昆明650201 云南省烟草农业科学研究院云南昆明650021 云南农业大学植物保护学院云南昆明650201 云南农业大学烟草学院云南昆明650201

为快速检测云南烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV),本研究根据来自云南烟草TMV分离物的外壳蛋白(CP)基因保守核苷酸序列,设计了5组引物进行筛选,并采用单一变量法对反应的温度、时间、甜菜碱浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度及内、外引... 详细信息

为快速检测云南烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV),本研究根据来自云南烟草TMV分离物的外壳蛋白(CP)基因保守核苷酸序列,设计了5组引物进行筛选,并采用单一变量法对反应的温度、时间、甜菜碱浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度及内、外引物浓度比等进行逐一优化,建立了云南烟草TMV逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测体系。结果表明,最佳引物组为第4组,最适反应温度为60℃,甜菜碱、dNTPs、Mg^(2+)的最佳反应浓度分别为0.6、0.4、2.0 mmol/L,最佳内、外引物浓度比为4∶1,最佳反应时间40 min。优化后的RT-LAMP经SYBR Green I染色可肉眼判断结果,特异性高,灵敏度是常规RT-PCR的10倍。RT-LAMP检测体系的建立为云南烟草TMV的检测提供了一种便捷、高效、可靠的方法。

关键词：烟草花叶病毒 CP基因 RT-LAMP 特异性灵敏度

基于NP基因序列的云南烟草番茄环纹斑点病毒群体遗传多样性分析

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植物病理学报 2024年第3期54卷 512-521页

作者：赵正婷盖晓彤张俊蕾夏振远马俊红刘雅婷姜宁云南省烟草农业科学研究院昆明650021 云南农业大学农学与生物技术学院昆明650201 云南农业大学植物保护学院昆明650201 云南农业大学烟草学院昆明650201

为探明云南烟草上番茄环纹斑点病毒(tomato zonate spot virus,TZSV)的发病情况及群体遗传多样性特征,本研究使用核壳体蛋白(nucleocapsid protein,NP)基因的特异性引物对采自云南各烟区的560份烟草斑萎病样品进行检测,对部分阳性样本... 详细信息

为探明云南烟草上番茄环纹斑点病毒(tomato zonate spot virus,TZSV)的发病情况及群体遗传多样性特征,本研究使用核壳体蛋白(nucleocapsid protein,NP)基因的特异性引物对采自云南各烟区的560份烟草斑萎病样品进行检测,对部分阳性样本的NP基因进行克隆测序,并对获得的序列进行系统发育、遗传变异、群体多样性等分析。RT-PCR结果显示,560份样品中共有262个检出TZSV,平均阳性检出率为46.8%;重组分析在DX_LJHP_65分离物基因序列中检测到显著的重组信号;系统发育分析显示129个TZSV分离物在进化上可以分为6个组,相同地区来源的分离物倾向于相聚成簇,表明该病毒在进化上具有较强的地理特异性;错配分布分析结果,云南TZSV群体呈多峰分布,表明该群体近期未经历群体扩张事件;种群间遗传分化分析结果表明,滇西和滇东北与其他群体之间基因交流频率很低,其余种群间存在频繁的基因交流。本研究是对云南各烟区TZSV分离物群体遗传变异情况的首次报道,研究结果可为防控TZSV提供重要参考。

关键词：烟草番茄环纹斑点病毒 NP基因遗传变异遗传多样性

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云南烟草曲叶病毒LAMP快速检测体系的建立及初步应用

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农业生物技术学报 2024年第8期32卷 1949-1958页

作者：赵正婷盖晓彤张俊蕾夏振远刘弟刘雅婷姜宁云南省烟草农业科学研究院云南农业大学农学与生物技术学院云南农业大学植物保护学院云南农业大学烟草学院

云南烟草曲叶病毒（Tobacco leaf curl Yunnan virus, TbLCYnV）是在中国云南保山烟草（Nicotiana tabacum）上发现的菜豆金色花叶病毒属新病毒，是云南烟草曲叶病的重要病原之一。为快速检测TbLCYnV，本研究根据TbLCYnV的外壳蛋白（coa... 详细信息

云南烟草曲叶病毒（Tobacco leaf curl Yunnan virus, TbLCYnV）是在中国云南保山烟草（Nicotiana tabacum）上发现的菜豆金色花叶病毒属新病毒，是云南烟草曲叶病的重要病原之一。为快速检测TbLCYnV，本研究根据TbLCYnV的外壳蛋白（coat protein, CP）基因保守核苷酸序列，设计了5组引物进行筛选，并采用单一变量法对环介导等温扩增技术（loop-mediated isothermal amplification, LAMP）反应温度、时间，体系中甜菜碱、dNTPs、Mg2+的体积摩尔浓度、内外引物比等进行逐一优化，同时与传统PCR平行对比以验证LAMP的特异性和灵敏度，应用田间采集样品验证LAMP体系的实用性，确立了Tb LCYnV的LAMP检测最佳体系。结果表明，最佳引物组为TbL-5，最适反应温度为60℃，甜菜碱、d NTPs、Mg2+的最佳终浓度分别为1.0、0.4和4.0 mmol/L，最佳内外引物浓度比为4∶1，最佳反应时间60 min。检测结果显示优化后的LAMP经SYBR GreenⅠ染色可通过肉眼直接判断结果，具有高度特异性，且灵敏度是常规PCR的10 000倍。本研究为TbLCYnV的检测提供了一种便捷、高效、可靠的方法，对于Tb LCYnV的早期快速诊断和防控具有重要意义。

关键词：云南烟草曲叶病毒(TbLCYnV) 外壳蛋白(CP)基因环介导等温扩增(LAMP) 特异性灵敏度

烟草番茄斑萎病毒RT-LAMP检测体系的建立及优化

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中国农业科技导报 2024年第8期26卷 140-150页

作者：张俊蕾盖晓彤赵正婷刘弟王金凤姜宁刘雅婷云南农业大学植物保护学院昆明650201 云南省烟草农业科学研究院昆明650021 云南农业大学农学与生物技术学院昆明650201 云南农业大学烟草学院昆明650201

为快速检测烟草番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV),基于TSWV核外壳蛋白(nucleocapsid protein,NP)保守序列设计5组引物进行筛选,采用单一变量法对反应温度、时间及反应体系中dNTPs、Mg^(2+)、甜菜碱的含量和内外引物比等参... 详细信息

为快速检测烟草番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV),基于TSWV核外壳蛋白(nucleocapsid protein,NP)保守序列设计5组引物进行筛选,采用单一变量法对反应温度、时间及反应体系中dNTPs、Mg^(2+)、甜菜碱的含量和内外引物比等参数进行优化,建立烟草TSWV反转录环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)检测体系,并采用RT-PCR(revers transcription-polymerase chain reaction)检测方法进行平行比对试验,验证优化后RT-LAMP的特异性、灵敏性及实用性。结果表明,烟草TSWV RT-LAMP检测体系最佳引物组为TS-N-4,在25μL的反应体系中各组分最佳加入量为缓冲液2.5μL、100 mmol·L^(-1) MgSO40.5μL、10 mmol·L^(-1) dNTPs 0.5μL、10 mmol·L^(-1) FIP/BIP 1.5μL、10 mmol·L^(-1) F3/B30.5μL、10 mmol·L^(-1) LF/LB 1.5μL、5 mmol·L^(-1) Betaine 6μL、Bst 2.0 WarmStar DNA Polymerase(8000 U·mL-1)0.5μL、M-MLV酶(10000 U·mL^(-1))0.125μL、RNA(≥64.7 fg)1μL,DEPC H2O补至25μL;最佳反应温度和时间分别为58℃、60 min。优化后的RT-LAMP灵敏度是RT-PCR的1000倍,且田间样品检测结果与RT-PCR相符。建立的RT-LAMP方法特异性强、灵敏度高、操作简单,对于烟草TSWV的检测及监控有重要意义。

关键词：番茄斑萎病毒 NP基因反转录-环介导等温扩增快速检测

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浅谈病案管理在防范医疗纠纷中的作用

求医问药（下半月） 2013年第7期11卷 48-49页

作者：赵正婷山西介休市汾西矿业集团公司职工总医院山西介休032000

医疗纠纷是医院普遍存在的问题.由于种种因素导致的医院与患者之间的矛盾,影响了医院内部经营的正常流程。病案是记录患者入院治疗情况的具体档案,能够为处理医疗纠纷提供真实的参考依据。本文分析了基于病案管理的医疗纠纷的防范对策,... 详细信息

医疗纠纷是医院普遍存在的问题.由于种种因素导致的医院与患者之间的矛盾,影响了医院内部经营的正常流程。病案是记录患者入院治疗情况的具体档案,能够为处理医疗纠纷提供真实的参考依据。本文分析了基于病案管理的医疗纠纷的防范对策,旨在提高医院内部日常经营的可持续性。1医疗纠纷的原因医疗纠纷是指基于医疗行为,在医方(医疗机构)与患方(患者或者患者近亲属)之间产生的因医疗过错、违约而导致的医疗损害赔偿及医疗合同违约等纠纷。医疗纠纷通常是由医疗过错和过失引起的,具体情况如下:1.1医疗过失这是医务人员在诊断护理过程中所存在的失误。

关键词：医疗纠纷医疗过错医疗行为医疗损害赔偿病案资料合同违约纠纷事件医疗机构处理纠纷近亲属

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浅谈病案管理在防范医疗纠纷中的作用

当代医药论丛 2013年第7期 48-49页

作者：赵正婷山西介休市汾西矿业集团公司职工总医院

关键词：病案管理医务人员患者医务工作者医疗过错医疗过失民事纠纷医疗纠纷

基于CP基因的云南烟草曲茎病毒LAMP检测体系的建立及优化

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分子植物育种 2023年

作者：张俊蕾盖晓彤赵正婷刘弟姜宁刘雅婷云南农业大学植物保护学院云南农业大学烟草学院云南省烟草农业科学研究院云南农业大学农学与生物技术学院

为建立一种烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus， TbCSV)的快速检测方法。本研究基于TbCSV基因组序列外壳蛋白(coat protein， CP)的保守区域设计5组TbCSV环介导等温扩增(LAMP)特异性引物，采用单一变量法建立并优化TbCSV LAMP检... 详细信息

为建立一种烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus， TbCSV)的快速检测方法。本研究基于TbCSV基因组序列外壳蛋白(coat protein， CP)的保守区域设计5组TbCSV环介导等温扩增(LAMP)特异性引物，采用单一变量法建立并优化TbCSV LAMP检测方法，同时验证其特异性、灵敏性和田间适用性。结果表明，TbCSV LAMP检测最佳引物组为TbC-2，在25 μL反应体系中各组分加入量为缓冲液2.5 μL、dNTPs 2 μL、Mg2+2 μL、FIP/BIP 2 μL、F3/B3 0.5 μL、LF/LB 1.5 μL、Bst 2.0 WarmStar DNA Polymerase 0.5 μL、RNA (≥78.9 fg) 1 μL、DEPC H2O补至25 μL；62 ℃反应40 min。优化后的LAMP仅能对携带TbCSV的DNA扩增出典型的梯状条带，该方法最低可检测的DNA浓度为789.25×10-8ng/μL，且其灵敏度是PCR的10 000倍。本试验建立了TbCSV LAMP检测方法，具有特异性强、灵敏度高、操作简单等特点，可满足于烟草TbCSV的快速检测，对于TbCSV的早期预警及防控有重要意义。

关键词：烟草烟草曲茎病毒环介导等温扩增快速检测

南美红辣椒脉斑驳病毒RT-LAMP检测体系的建立及优化

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植物保护 2023年第6期49卷 208-216页

作者：张俊蕾盖晓彤赵正婷刘弟陈敏姜宁刘雅婷云南省烟草农业科学研究院昆明650021 云南农业大学植物保护学院昆明650201 云南农业大学农学与生物技术学院昆明650201 云南农业大学烟草学院昆明650201 云南省昭通市植保植检站昭通657000

南美红辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV)是一种严重危害茄科作物的正单链RNA病毒,也是云南烟草上的主要病毒之一。本研究采用单一变量法,建立并优化检测ChiVMV的反转录环介导等温扩增(reverse transcription-loop-med... 详细信息

南美红辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV)是一种严重危害茄科作物的正单链RNA病毒,也是云南烟草上的主要病毒之一。本研究采用单一变量法,建立并优化检测ChiVMV的反转录环介导等温扩增(reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)体系。对RT-LAMP的反应时间、反应温度及体系中Mg 2+、dNTPs、甜菜碱浓度和内外引物浓度比进行优化,同时用RT-PCR对优化后的RT-LAMP检测体系进行灵敏度验证。结果表明,最佳引物组为CH-CP-3,在25μL反应体系中各组分最佳加入量为:缓冲液2.5μL,MgSO 4(100 mmol/L)0.5μL,dNTPs(10 mmol/L)0.5μL,FIP/BIP(10 mmol/L)2μL,F3/B3(10 mmol/L)0.5μL,LF/LB(10 mmol/L)1.5μL,甜菜碱(5 mmol/L)5μL,Bst 2.0 WarmStar DNA Polymerase(8000 U/mL)0.5μL,M-MLV酶(10000 U/mL)0.125μL,RNA(≥50.7 fg)1μL,DEPC H 2O补至25μL;最佳反应温度及时间为63℃50 min,优化后的RT-LAMP检测结果与RT-PCR检测结果一致,且其灵敏度是RT-PCR的100倍。本研究建立的ChiVMV RT-LAMP检测方法具有快速、灵敏和操作简便等优点,为开发ChiVMV RT-LAMP检测试剂盒及其实际应用提供了重要基础。

关键词：南美红辣椒脉斑驳病毒反转录环介导等温扩增灵敏度检测

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朱顶红褪绿环斑病毒RT-LAMP快速检测体系的建立

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中国烟草科学 2023年第3期44卷 39-46页

作者：赵正婷盖晓彤张俊蕾夏振远姜宁刘雅婷云南农业大学农学与生物技术学院昆明650201 云南省烟草农业科学研究院昆明650021 云南农业大学植物保护学院昆明650201 云南农业大学烟草学院昆明650201

为快速检测朱顶红褪绿环斑病毒(hippeastrum chlorotic ringspot virus, HCRV),根据HCRV的核壳体(N)蛋白基因保守核苷酸序列,设计了5组引物进行筛选,并采用单一变量法对RT-LAMP体系反应温度、时间、甜菜碱浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、... 详细信息

为快速检测朱顶红褪绿环斑病毒(hippeastrum chlorotic ringspot virus, HCRV),根据HCRV的核壳体(N)蛋白基因保守核苷酸序列,设计了5组引物进行筛选,并采用单一变量法对RT-LAMP体系反应温度、时间、甜菜碱浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、内外引物浓度比等进行逐一优化,建立了HCRV逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测体系。结果表明,最佳引物组为P1,最适反应温度为64℃,Betaine、dNTPs、Mg2+的最佳终浓度分别为0.8、0.2、6 mmol/L,最佳内外引物浓度比为5∶1,最佳反应时间50 min。检测结果显示优化后的RT-LAMP经SYBR Green I染色可通过肉眼直接判断结果,具有高度特异性,且灵敏度是常规RT-PCR的100倍。本研究为HCRV的检测提供了一种便捷、高效、可靠的方法。

关键词：朱顶红褪绿环斑病毒 RT-LAMP 特异性灵敏度