柯乐猪PAEP基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

作     者：赵永 郭小江 李维 熊力 杨红文 王春源 吴燕 向进 张依裕 ZHAO Yong;GUO Xiaojiang;LI Wei;XIONG Li;YANG Hongwen;WANG Chunyuan;WU Yan;XIANG Jin;ZHANG Yiyu

作者机构：贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学香猪研究所贵阳550025 贵州省畜禽遗传资源管理站贵阳550001 贵州省草地技术试验推广站贵阳550001 贵州省动物疫病预防控制中心贵阳550001 

出 版 物：《中国畜牧兽医》 (China Animal Husbandry & Veterinary Medicine)

年 卷 期：2024年第51卷第4期

页      面：1593-1602页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 0905[农学-畜牧学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0836[工学-生物工程] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：贵州省科技计划项目(黔科合平台人才5630号) 贵州省科技支撑计划(黔科合支撑一般147) 贵州省生猪产业技术体系建设(GZSZCYJSTX-03) 贵州省生猪产业发展项目(黔财农157号、黔财农183号) 贵州省种业发展项目(黔农计财10号) 国家重点研发计划子课题(2022YFD1100308-01) 

主　　题：柯乐猪 PAEP基因 单核苷酸多态性 繁殖性状 

摘      要：【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein,PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点:外显子4的g.1884992 TC位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 GC和g.1887834 GA位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 TC位点属于低度多态(PICC、g.1887834 GA位点属于中度多态(0.25C位点产生的基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05);g.1885152 GC和g.1887834 GA位点产生的基因型分布均极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(PC和g.1887834 GA位点完全连锁,共产生3种单倍型和6种双倍型。g.1884992 TC位点引起PAEP基因mRNA及蛋白的二级结构发生改变。关联分析结果表明,g.1884992 TC位点对柯乐猪总产仔数和产活仔数的影响均达到显著水平(PC、g.1887834 GA位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P0.05);双倍型H3H3个体总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重均显著高于其他5种双倍型(P0.05),初生窝重显著高于双倍型H1H1、H2H2和H2H3(P0.05);双倍型H1H3个体的总产仔数和断奶仔数显著高于双倍型H1H1、H1H2、H2H2和H2H3(P0.05),产活仔数显著高于双倍型H2H3(P0.05)。【结论】PAEP基因中存在的3个SNPs对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。