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AHCYL1基因mRNA表达和遗传变异对三穗鸭蛋壳品质的影响

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基因组学与应用生物学 2022年第9期41卷 1862-1869页

作者：杨英仓谭光辉张依裕贵州警察学院刑事科学技术系贵阳550005 贵州大学动物科学学院贵阳550025

本研究旨在探讨S-腺苷基同型半胱氨酸水样蛋白1基因(AHCYL1)mRNA表达和遗传变异与鸭蛋壳品质的相关性。采用实时荧光定量PCR检测AHCYL1基因mRNA组织表达谱,结果表明:在三穗鸭[麻鸭属(Tadorna)蛋用品种之一]12个组织中均检测到AHCYL1基因... 详细信息

本研究旨在探讨S-腺苷基同型半胱氨酸水样蛋白1基因(AHCYL1)mRNA表达和遗传变异与鸭蛋壳品质的相关性。采用实时荧光定量PCR检测AHCYL1基因mRNA组织表达谱,结果表明:在三穗鸭[麻鸭属(Tadorna)蛋用品种之一]12个组织中均检测到AHCYL1基因mRNA的表达,其中子宫部和肝脏表现出高度特异性表达,表达量依次为子宫>肝脏>大脑>十二指肠>腿肌>肺>腺胃>胸肌>心脏>肾脏>脾脏>肌胃,子宫部的表达量与蛋壳强度和蛋壳重呈显著正相关(PT、g.169265 T>C突变和外显子6的g.172066 G>A同义突变,g.169244 A>T突变位点TT基因型的蛋壳强度显著高于AT和AA基因型的(PC位点TT基因型的蛋壳强度显著高于CC基因型的(PC位点TT基因型和g.172066 G>A位点GG基因型的mRNA表达水平最高,但与其他两种基因型的差异未达到显著水平(P>0.05)。研究结果揭示了g.169244 A>T和g.169265 T>C位点可能作为提高蛋壳强度的选择标记。

关键词：三穗鸭 AHCYL1基因 mRNA表达 SNP 蛋壳品质

基于RNA-Seq对柯乐猪正常和异常乳腺差异基因的挖掘研究

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中国畜牧杂志 2023年第12期59卷 166-175页

作者：王春源向进吴燕谭元成杨酸张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学香猪研究所贵州贵阳550025

本研究旨在获取母猪异常和正常乳腺组织的差异表达基因。选择乳腺发育正常和异常的经产柯乐猪各3头,利用RNA-seq对正常和异常乳腺组织的差异基因进行筛选和生物信息学分析,结果显示:正常与异常乳腺相比较共筛选出1847个差异基因,其中上... 详细信息

本研究旨在获取母猪异常和正常乳腺组织的差异表达基因。选择乳腺发育正常和异常的经产柯乐猪各3头,利用RNA-seq对正常和异常乳腺组织的差异基因进行筛选和生物信息学分析,结果显示:正常与异常乳腺相比较共筛选出1847个差异基因,其中上调基因767个,下调基因1080个;GO富集分析显示,生物学过程(Biological Process)差异表达基因主要富集在细胞过程(Cellular Process)和生物调节(Biological Regulation),细胞组分(CellularComponent)差异表达基因主要富集在细胞(Cell)、细胞部分(Cell Part)和膜(Membrane),分子功能(MolecularFunction)差异基因主要集中在粘合剂(Binding)和催化活性(Catalytic Activity)方面;KEGG富集分析显示,差异表达基因主要富集在神经活性配体-受体相互作用通路,其次为细胞因子与细胞因子受体的相互作用以及PI3K-Akt信号通路;上调的差异表达基因主要富集在细胞因子与细胞因子受体的相互作用,其次为神经活性配体-受体相互作用通路;下调的差异表达基因主要富集在人乳头瘤病毒感染和神经活性配体-受体相互作用信号通路,其次为PI3K-Akt信号通路和细胞周期等通路。在可变剪接分析中,正常发育乳腺组织的所有可变剪接事件多于发育不良的,A3SS和RI差异可变剪接事件都是上调,而SE、A5SS和MXE差异可变剪接事件中大部分下调。本研究通过对差异基因及其信号通路的功能注释分析,发现乳腺发育显著相关的193个差异基因,主要富集在细胞周期、Th1和Th2细胞的分化、PI3K-Akt信号通路和焦点粘连等信号通路,绘制了193个差异基因的网络互作图,筛选出关联度前10位的差异基因为CDC6、F2、E2F1、DRD2、KNG1、GHRL、LEP、IFNG、FN1、PPARG,且关联度最高的CDC6可调节多个信号通路。研究结果为进一步阐述哺乳动物乳腺发育的调控机制提供了一定的科学依据。

关键词：柯乐猪 RNA-seq技术乳腺发育差异基因

PPARα基因SNPs对关岭黄牛生长性状的影响

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中国畜牧杂志 2023年第11期59卷 138-143页

作者：王春源杨酸谭元成王盈童张依裕贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

本实验采用PCR产物测序和序列比对软件鉴定关岭黄牛PPARα基因SNPs,统计软件SPSS 23.0分析SNPs与生长性状的相关性,探索PPARα基因与关岭黄牛生长性状的关系。结果显示,在关岭黄牛PPARα基因中检测到4个SNPs:位于第7外显子的g.116502086... 详细信息

本实验采用PCR产物测序和序列比对软件鉴定关岭黄牛PPARα基因SNPs,统计软件SPSS 23.0分析SNPs与生长性状的相关性,探索PPARα基因与关岭黄牛生长性状的关系。结果显示,在关岭黄牛PPARα基因中检测到4个SNPs:位于第7外显子的g.116502086 G>C和g.116502113 T>C同义突变、位于3’端非编码序列的g.116508773 C>T和g.116509086 G>A突变,g.116502086 G>C和g.116508773 C>T为中度多态位点,g.116502113 T>C和g.116509086 G>A为低度多态位点,4个SNPs均处于Hardy-Weinberg平衡状态,且SNPs间不存在强连锁不平衡,共产生5种单倍型和15种双倍型,单倍型H1出现频率最高、H5最低,双倍型H1H2出现频率最高、H5H5最低;g.116502086 G>C和g.116502113 T>C位点对体重均有显著影响;g.116508773 C>T位点对体重、体高、体斜长有显著效应,等位基因C对增加体重、体高、体斜长有利;g.116509086 G>A位点对体重和体高有显著效应,等位基因A对增加体重和体高有利,综合结果发现,4个SNPs产生的单倍型H4(G116502086T116502113C116508773A116509086)和双倍型H4H4(GG116502086TT116502113CC116508773AA116509086)有利于提高关岭黄牛体重、体高和体斜长,可能作为关岭黄牛生长性状选择的辅助性标记。

关键词：关岭黄牛 PPARα基因 SNPs 生长性状

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QDPR基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响

中国畜牧杂志 2024年第9期60卷 216-223页

作者：吴燕王春源向进谭元成杨酸张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025

为了探究QDPR基因对柯乐猪繁殖性状的遗传效应,本试验以柯乐猪为材料,采用PCR产物测序法检测QDPR基因SNP多态位点,然后利用一般线性模型分析SNP位点对柯乐猪繁殖性状的遗传效应。结果显示,在柯乐猪QDPR基因第3外显子发现3个SNP位点:g.12... 详细信息

为了探究QDPR基因对柯乐猪繁殖性状的遗传效应,本试验以柯乐猪为材料,采用PCR产物测序法检测QDPR基因SNP多态位点,然后利用一般线性模型分析SNP位点对柯乐猪繁殖性状的遗传效应。结果显示,在柯乐猪QDPR基因第3外显子发现3个SNP位点:g.12537552 C>T、g.12537568 A>G和g.12537612 C>T,在3'UTR区域发现2个SNP位点:g.12548918 T>C和g.12548968 G>T。5个SNP位点均为中度多态,其中g.12537552 C>T、g.12537568 A>G和g.12537612 C>T都极显著偏离Hard-Weinberg平衡。关联性分析显示,g.12548918 T>C位点CC型个体的初生窝重和断奶仔猪数都显著高于TT型,同时g.12548918 T>C位点CT型个体的断奶平均重极显著高于TT型,g.12548968 G>T位点GT型个体的断奶仔猪数极显著高于GG型。综合所有指标差异,g.12548918 T>C和g.12548968 G>T 2个SNP位点均能显著影响柯乐猪繁殖性状,可以作为猪繁殖性状选择的遗传标记。

关键词： QDPR基因柯乐猪繁殖性状多态性

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猪apoC3基因的遗传变异分析

生物技术 2012年第2期22卷 36-39页

作者：惠嫣婷刘若余张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025

目的:探究猪apoC3基因多态性,为进一步探讨其对脂肪沉积的影响和表达调控等研究提供依据。方法:选取具有不同脂肪沉积特点的3个猪种(可乐猪、贵州白香猪和大约克猪)构建品种DNA池并进行测序,结合各SNP位点测序峰高比值估算等位基因频率... 详细信息

目的:探究猪apoC3基因多态性,为进一步探讨其对脂肪沉积的影响和表达调控等研究提供依据。方法:选取具有不同脂肪沉积特点的3个猪种(可乐猪、贵州白香猪和大约克猪)构建品种DNA池并进行测序,结合各SNP位点测序峰高比值估算等位基因频率,并利用在线软件对不同基因型的转录结合位点及mRNA二级结构进行预测。结果:在3个猪种的apoC3基因中共发现17个SNPs(2个位于5’侧翼区;1个位于外显子3中,为同义突变;1个位于3’非翻译区,其它13个分别位于3个不同内含子中),其中C813G变异增加了一个转录因子GATA-2结合位点,G2280A变异导致mRNA二级结构最小自由能增加0.4kkal/mol。结论:不同猪种间apoC3基因SNPs位点等位基因频率差异较大,而apoC3基因编码区相对保守。

关键词： DNA池 apoC3基因脂肪沉积

硬脂酰辅酶A去饱和酶-1基因表达及其与鸭肉质和血清生化指标的相关性分析

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中国畜牧兽医 2015年第2期42卷 432-437页

作者：张依裕李万贵贵州大学动物科学学院贵阳550025 高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室贵阳550025

试验分别在基础日粮中添加含4%亚油酸和4%二十碳五烯酸(EPA)对樱桃谷鸭进行饲养,检测4、6、8和10周龄樱桃谷鸭硬脂酰辅酶A去饱和酶-1(SCD-1)基因mRNA表达丰度,分析其表达与10周龄鸭肉质和血清生化指标的相关性。实时荧光定量PCR结果显示... 详细信息

试验分别在基础日粮中添加含4%亚油酸和4%二十碳五烯酸(EPA)对樱桃谷鸭进行饲养,检测4、6、8和10周龄樱桃谷鸭硬脂酰辅酶A去饱和酶-1(SCD-1)基因mRNA表达丰度,分析其表达与10周龄鸭肉质和血清生化指标的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,亚油酸和二十碳五烯酸均能显著降低各周龄SCD-1基因在鸭肝脏、脂肪和胸肌中的mRNA表达水平(P0.05);相关性分析结果显示,鸭SCD-1基因mRNA表达丰度与10周龄鸭血清中甘油三酯(TG)、总胆固醇(TCHO)、高密度脂蛋白(HDL)和低密度脂蛋白(LDL)呈显著正相关(P0.05),表明SCD-1基因在鸭的脂质代谢过程中发挥着重要的调控作用。

关键词：鸭 SCD-1 基因表达肉质血清生化指标

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敲低JAK2基因表达对猪乳腺上皮细胞增殖和凋亡的影响

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农业生物技术学报 2024年第8期32卷 1857-1868页

作者：罗杰杨酸毛同辉杨棋张依裕铜仁职业技术学院贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室铜仁市畜牧技术推广站

Janus激酶2 (Janus kinase, JAK2)是一种激素受体偶联激酶，参与母牛(Bos taurus)乳腺上皮细胞增殖、分化、凋亡等过程，而其调控猪(Sus scrofa)乳腺上皮细胞的增殖或凋亡机制尚不清楚。为探究RNA干扰JAK2基因表达对猪乳腺上皮细胞增殖... 详细信息

Janus激酶2 (Janus kinase, JAK2)是一种激素受体偶联激酶，参与母牛(Bos taurus)乳腺上皮细胞增殖、分化、凋亡等过程，而其调控猪(Sus scrofa)乳腺上皮细胞的增殖或凋亡机制尚不清楚。为探究RNA干扰JAK2基因表达对猪乳腺上皮细胞增殖和凋亡的影响，本研究根据JAK2基因序列设计并合成4对shRNA (short hairpin RNA)干扰序列和1对阴性对照序列，构建shRNA表达载体并将其转染至猪乳腺上皮细胞中，筛选干扰效果最佳的载体，采用串联质谱标记(tandem mass tags, TMT)定量蛋白质组学技术进行蛋白组测序并筛选差异蛋白，分别采用CCK-8细胞增殖检测试剂盒、流式细胞术、q RT-PCR检测细胞增殖、凋亡、周期及相关基因的mRNA表达水平。结果显示，共筛选到差异表达蛋白699个，其中上调蛋白309个，下调蛋白390个。GO富集分析表明，差异蛋白主要富集在多肽生物合成过程和酰胺生物合成过程，以及碳水化合物衍生物结合、核糖体的结构组成等分子功能方面；KEGG富集分析可知，差异蛋白主要富集在核糖体、补体系统和丙型肝炎信号通路。干扰JAK2后，细胞增殖能力相较于对照组在不同时间节点均显著降低(P<0.05)，在72 h时的OD450值极显著降低(P<0.01)，细胞凋亡率(24.0%±3.82%)显著低于对照组(33.2%±2.55%)(P<0.05)，且诱导细胞周期G1/S期阻滞；IFIT1 (interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1)、ISG15 (interferon-stimulated gene 15)、GRB2 (growth factor receptor-bound protein 2)和RACK1 (receptor for activated C kinase 1)基因表达水平在沉默JAK2后极显著低于对照组(P<0.01),RSAD2 (radical S-adenosyl methionine domain containing 2)基因在沉默JAK2后极显著高于对照组(P<0.01)。综上，沉默JAK2可诱导猪乳腺上皮细胞周期G1/S期阻滞，从而抑制细胞增殖，并抑制细胞凋亡，B6E241蛋白(对应基因GRB2)可作为今后研究乳腺上皮细胞增殖相关的关键蛋白。本研究为深入探讨母猪乳腺发育和泌乳调控机制提供了基础资料。

关键词： Janus激酶(JAK2) 猪乳腺上皮细胞细胞增殖细胞凋亡

长顺绿壳蛋鸡ATP2B2基因多态性及其对蛋壳品质的影响

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中国畜牧杂志 2023年第7期59卷 137-142页

作者：王盈童杨酸谭元成王春源张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

为了探究钙离子转运ATP酶B2(ATP2B2)基因多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响,本实验采用PCR产物直接测序和序列比对软件鉴定ATP2B2基因SNP位点,SPSS 22.0软件单因素方差分析检测SNP位点不同基因型蛋壳指标的差异。结果发现,3个SNP位... 详细信息

为了探究钙离子转运ATP酶B2(ATP2B2)基因多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响,本实验采用PCR产物直接测序和序列比对软件鉴定ATP2B2基因SNP位点,SPSS 22.0软件单因素方差分析检测SNP位点不同基因型蛋壳指标的差异。结果发现,3个SNP位点位于第4外显子的非编码区(UTR)、第15外显子的蛋白质编码区(CDS)和第25外显子的蛋白质编码区(CDS),分别为g.4030584 A>G、g.4144313 C>T和g.4193196 G>A,共存在6种单倍型和10种双倍型。卡方(χ^(2))检验结果表明:3个SNP位点所产生的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联性分析研究的结果显示:g.4030584 A>G、g.4144313 C>T突变位点显著影响个体蛋壳强度;3个SNP位点联合产生的双倍型H2H4个体的蛋壳厚度显著高于H1H1、H1H2;H1H1个体的蛋壳强度显著高于H2H3、H2H5、H2H6。综上结果表明,g.4030584 A>G、g.4144313 C>T突变可能是影响蛋壳强度的标记位点,双倍型H2H4可能是影响蛋壳厚度的有利双倍型,H1H1可能是影响蛋壳强度的有利双倍型。

关键词： ATP2B2基因 SNP位点长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质关联性分析

基于STSE教育理念的贵州高等教育教学方法改革探讨

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吉林省教育学院学报(下旬) 2014年第7期 47-49页

作者：张依裕贵州大学动物科学学院

STSE教育是国际教育教学改革内容的重要组成部分。通过调研贵州高等教育教学方法中存在的问题,基于STSE教育理念,从课堂教学、实验教学、社会实践活动和课外辅导角度探讨贵州高等教育教学方法改革中融合STSE教育的策略,为贵州省高等教... 详细信息

STSE教育是国际教育教学改革内容的重要组成部分。通过调研贵州高等教育教学方法中存在的问题,基于STSE教育理念,从课堂教学、实验教学、社会实践活动和课外辅导角度探讨贵州高等教育教学方法改革中融合STSE教育的策略,为贵州省高等教育教学改革提供参考。

关键词：贵州 STSE教育教育改革教学方法