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柯乐猪METTL23基因多态性与繁殖性能的关联性分析

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农业生物技术学报 2024年第7期32卷 1577-1586页

作者：向进王春源罗华伦吴燕杨酸谭元成张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州大学香猪研究所黔西南州农产品质量安全检测中心

甲基转移酶23 (methyltransferase like 23, METTL23)对于猪(Sus scrofa)早期胚胎及组织器官发育过程具有重要促进作用，为了分析METTL23基因SNP位点的遗传效应对繁殖性状的影响，本研究以240头健康的经产柯乐猪母猪为研究对象，采用San... 详细信息

甲基转移酶23 (methyltransferase like 23, METTL23)对于猪(Sus scrofa)早期胚胎及组织器官发育过程具有重要促进作用，为了分析METTL23基因SNP位点的遗传效应对繁殖性状的影响，本研究以240头健康的经产柯乐猪母猪为研究对象，采用Sanger测序法对METTL23基因的SNP位点进行筛选鉴定，并利用SPSS 22.0软件分析SNP位点与柯乐猪的繁殖性状指标的关联性。结果表明，在柯乐猪METTL23基因共发现g.4804958G>T (第1内含子)、g.4805082C>T (第2外显子)和g.4806821A>G (第4外显子) 3个SNPs位点，均存在3种基因型，其中GT、CC和AA分别为对应突变位点的优势基因型，G、C和A分别为对应突变位点的优势等位基因，多态信息含量均表现为中度多态(0.25T位点对产活仔猪数、初生窝重和断奶仔猪数有显著影响(PG位点对初生窝重、初生平均重和断奶仔猪数有显著影响(P猪数、初生窝重、断奶仔猪数、断奶窝重和断奶平均重有极显著影响(PT和g.4806821A>G对柯乐猪繁殖性能有显著影响，双倍型H4H4 (GGCCGG)对繁殖性能有极显著影响，METTL23可以作为分子育种辅助标记。本研究为猪的遗传育种提供了理论参考。

关键词：甲基转移酶23(METTL23) 柯乐猪多态性关联性分析繁殖性能

柯乐猪KRT10基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

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中国畜牧兽医 2024年第6期51卷 2508-2516页

作者：赵永杨齐心李维熊力杨红文王春源吴燕向进张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学香猪研究所贵阳550025 贵州省畜禽遗传资源管理站贵阳550001 贵州省动物疫病预防控制中心贵阳550001

【目的】研究角蛋白10(keratin 10,KRT10)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以提高柯乐猪的繁殖力。【方法】以255头柯乐猪为研究对象,采用PCR产物测序、DANMAN序列比对软件及人工校对相结合的方法鉴定KRT10基因单核苷酸多态性(single ... 详细信息

【目的】研究角蛋白10(keratin 10,KRT10)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以提高柯乐猪的繁殖力。【方法】以255头柯乐猪为研究对象,采用PCR产物测序、DANMAN序列比对软件及人工校对相结合的方法鉴定KRT10基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold在线工具对SNP位点进行生物信息学分析,使用SPSS 22.0软件中的一般线性模型分析KRT10基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的关联性。【结果】在柯乐猪KRT10基因中共鉴定到3个SNPs位点:第4内含子的g.21643703 C>T和g.21643714 G>A;第5外显子的g.21643741 G>A。g.21643741 G>A突变导致密码子由AAG突变为AAA,编码氨基酸均为赖氨酸(K),为同义突变,引起编码的mRNA二级结构发生改变。3个SNPs位点均检测到3种基因型,g.21643703 C>T和g.21643741 G>A属于中度多态位点(0.25A)属于低度多态位点(PICT和g.21643741 G>A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),g.21643714 G>A位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PT位点对柯乐猪初生窝重、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(PA位点对柯乐猪总产仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(PA位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响最明显。【结论】KRT10基因中存在的3个SNPs位点对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。

关键词：柯乐猪 KRT10基因单核苷酸多态性(SNP) 繁殖性状

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柯乐猪MMP2基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

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中国畜牧兽医 2024年第3期51卷 1142-1150页

作者：向进杨齐心罗华伦洪亚婷郭小江杨红文李维王春源吴燕张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学香猪研究所贵阳550025 贵州省畜禽遗传资源管理站贵阳550001 贵州省草地技术试验推广站贵阳550001 黔西南州农业农村局兴义562400

【目的】探究基质金属蛋白酶2(matrix metallopeptidase 2,MMP2)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)及其与繁殖性状的相关性,筛选与柯乐猪繁殖性状相关的遗传标记。【方法】试验选择212头健康的经产柯乐母猪,采... 详细信息

【目的】探究基质金属蛋白酶2(matrix metallopeptidase 2,MMP2)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)及其与繁殖性状的相关性,筛选与柯乐猪繁殖性状相关的遗传标记。【方法】试验选择212头健康的经产柯乐母猪,采用直接测序法筛选柯乐猪MMP2基因SNP位点,利用RNAfold在线软件预测MMP2基因不同单倍型mRNA二级结构,并通过SPSS 22.0软件分析MMP2基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪MMP2基因第2外显子中检测到1个SNP位点(g.30062403 C>T),在第4外显子中检测到2个SNPs位点(g.30065309 C>T和g.30065312 C>T),均存在3种基因型(CC、CT和CT)。遗传特性分析结果显示,g.30062403 C>T位点为低度多态,g.30065309 C>T和g.30065312 C>T位点属于中度多态。卡方适合性检验结果显示,g.30062403 C>T位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。连锁不平衡分析结果显示,g.30065309 C>T和g.30065312 C>T位点之间存在强连锁不平衡。单倍型mRNA二级结构分析显示,单倍型H1的mRNA二级结构与原序列相同,其他3种单倍型均导致mRNA二级结构和最小自由能发生变化。关联分析结果显示,g.30062403 C>T位点TT基因型个体的窝产活仔数显著高于CC基因型,断奶窝重显著高于CT基因型(PT位点CC基因型个体的断奶仔数显著高于TT基因型(PT位点TT基因型个体的窝产活仔数、断奶仔数均显著高于CT基因型(P柯乐猪MMP2基因3个SNPs位点与其窝产仔数、窝产活仔数、初生窝重、断奶仔数及断奶窝重均存在显著关联性,可作为分子育种遗传标记。

关键词：柯乐猪 MMP2基因多态性繁殖性状关联分析

柯乐猪TAC3R基因SNP位点鉴定及其对繁殖性状的影响

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南方农业学报 2024年

作者：曾辅琴谭元成黄雯王春源向进吴燕蒙炳盛孟忠名魏婷张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所

【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的遗传效应，以确定柯乐猪繁殖性状的标记位点。【方法】选取195头健康的经产母猪为研究对象，运用Sanger直接测序法鉴定TAC3R基因SNP位点，然后使用SPSS 2... 详细信息

【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的遗传效应，以确定柯乐猪繁殖性状的标记位点。【方法】选取195头健康的经产母猪为研究对象，运用Sanger直接测序法鉴定TAC3R基因SNP位点，然后使用SPSS 22.0分析这些SNP位点与柯乐猪的总产仔数、产活仔数、初生个体重、断奶仔猪数和断奶个体重等繁殖性状间的相关性。【结果】在TAC3R基因中共发现2个SNP突变位点：g.117686266 T＞C、g.117686381 A＞G、g.117686384 A＞G(内含子1)、g.117688503 T＞C和g.117688518 T＞C(内含子2)。其中，g.117686381 A＞G和g.117686384 A＞G间呈现完全连锁，而其他位点间存在较强的连锁不平衡。关联分析结果显示，g.117688503 T>C位点显著影响窝均总产仔数和断奶仔猪数(PC位点对断奶仔猪数也有显著影响，TT基因型个体显著优于CC基因型。双倍型与柯乐猪的繁殖性状关联分析显示，双倍型H2H4为窝均总产仔数、窝均产活仔数和窝断奶仔猪数等3个指标的最佳双倍型，而双倍型H1H3在断奶平均重指标方面表现最优。【结论】TAC3R基因可作为柯乐猪繁殖性状的潜在候选基因，且双倍型H2H4可作为分子标记辅助选择的参考，为柯乐猪选种选育提供理论支撑。

关键词：柯乐猪 TAC3R基因 SNPs 繁殖性状关联性

柯乐猪BMP7基因SNP位点与繁殖性能的关联分析

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南方农业学报 2024年

作者：向进吴燕王春源赵永付红梅丁义杰张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所

【目的】分析骨形态发生蛋白7(Bone Morphogenetic Protein 7，BMP7)基因单核苷酸SNP位点的遗传效应对繁殖性状的影响。【方法】以150头健康的经产柯乐猪母猪为研究对象，采用Sanger测序法对BMP7基因SNP位点进行筛选鉴定，并利用SPSS 2... 详细信息

【目的】分析骨形态发生蛋白7(Bone Morphogenetic Protein 7，BMP7)基因单核苷酸SNP位点的遗传效应对繁殖性状的影响。【方法】以150头健康的经产柯乐猪母猪为研究对象，采用Sanger测序法对BMP7基因SNP位点进行筛选鉴定，并利用SPSS 22.0分析SNP位点与柯乐猪的窝均总产仔数、初生窝均重、初生均重、断奶仔猪数、断奶窝均重和断奶均重6个繁殖性状指标的关联性。【结果】在柯乐猪BMP7基因共发现5个SNPs位点：g.57602289C＞T、g.57602334C＞T、g.57602404C＞T、g.57602418C＞T和g.57602561G＞T，均存在3种基因型。5个SNPs位点的优势基因型分别为CT、CT、CT、CT和GT，优势等位基因均为T；多态信息含量分别为0.358、0.358、0.375、0.358和0.375，均表现为中度多态(0.25猪数极著高于CC和CT基因型(P猪数和断奶窝均重均显著高于H1H1和H1H2双倍型等。【结论】在柯乐猪BMP7基因发现的5个SNPs位点对柯乐猪的繁殖性能均有显著影响，双倍型H2H2在产仔数和初生窝重方面均可作为分子标记辅助选择的参考，BMP7基因能作为柯乐猪的繁殖性状的候选基因。

关键词：柯乐猪 BMP7基因 SNPs 繁殖性能关联分析

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柯乐猪异常乳腺组织的TMT蛋白组学分析

福建农林大学学报（自然科学版） 2024年第1期53卷 69-78页

作者：王春源熊力杨红文郭小江张依裕谭元成杨酸贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州省农业农村厅贵州贵阳550001

【目的】基于串联体量标记(TMT)定量蛋白组学技术探讨柯乐猪母猪乳腺发育的调控机制,为选育工作提供依据。【方法】选取乳腺发育正常和异常的柯乐猪母猪各3头,采集乳腺组织,利用TMT定量蛋白组学技术探究正常和异常乳腺组织的差异表达蛋... 详细信息

【目的】基于串联体量标记(TMT)定量蛋白组学技术探讨柯乐猪母猪乳腺发育的调控机制,为选育工作提供依据。【方法】选取乳腺发育正常和异常的柯乐猪母猪各3头,采集乳腺组织,利用TMT定量蛋白组学技术探究正常和异常乳腺组织的差异表达蛋白,筛选与乳腺发育相关的差异关键蛋白,并对差异表达蛋白进行生物信息学分析。【结果】从柯乐猪乳腺组织中共筛选出474个差异表达蛋白,包括245个上调蛋白、229个下调蛋白;基因本体(GO)功能注释和富集分析显示,差异表达蛋白主要富集在上皮细胞分化、皮肤形成和肾小管上皮细胞分化等生物学过程中,主要分布在胞外区和细胞外空隙中,参与调节肽酶抑制剂活性和肽链内切酶活性;京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析显示,差异表达蛋白主要富集在补体系统、过氧化物酶体增殖物激活受体和金黄色葡萄球菌感染等信号通路上;结合差异表达蛋白互作网络分析,筛选出10个核心差异表达蛋白[上调蛋白有P14287(骨桥蛋白)、F1RXF9(角蛋白25)、I3LDS3(角蛋白10)、Q75QW1(上皮细胞黏附分子)、A0A5S8KLN1(丛生蛋白)、F1RW75(桥粒素),下调蛋白有A0A286ZT13(白蛋白)、P06867(血纤维蛋白溶酶原)、F1SCC9(含丝氨酸蛋白酶抑制剂结构域的蛋白)、P50447(α-1-抗胰蛋白酶)]。【结论】采用TMT定量蛋白组学技术能有效筛选出母猪正常和异常乳腺组织中的差异表达蛋白。

关键词：柯乐猪串联体量标记(TMT)技术乳腺组织差异表达蛋白

柯乐猪PAEP基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

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中国畜牧兽医 2024年第4期51卷 1593-1602页

作者：赵永郭小江李维熊力杨红文王春源吴燕向进张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学香猪研究所贵阳550025 贵州省畜禽遗传资源管理站贵阳550001 贵州省草地技术试验推广站贵阳550001 贵州省动物疫病预防控制中心贵阳550001

【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein,PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测... 详细信息

【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein,PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点:外显子4的g.1884992 T>C位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 T>C位点属于低度多态(PICC、g.1887834 G>A位点属于中度多态(0.25C位点产生的基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点产生的基因型分布均极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(PC和g.1887834 G>A位点完全连锁,共产生3种单倍型和6种双倍型。g.1884992 T>C位点引起PAEP基因mRNA及蛋白的二级结构发生改变。关联分析结果表明,g.1884992 T>C位点对柯乐猪总产仔数和产活仔数的影响均达到显著水平(PC、g.1887834 G>A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。

关键词：柯乐猪 PAEP基因单核苷酸多态性繁殖性状

柯乐猪XDH基因多态性鉴定及其对繁殖性状的影响

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南方农业学报 2024年

作者：向进熊力李维谢婷婷杨齐心杨红文王春源吴燕张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所贵州省动物疫病预防控制中心贵州省畜禽遗传资源管理站

【目的】分析黄嘌呤脱氢酶(Xanthine dehydrogenase，XDH)基因遗传变异对柯乐猪繁殖性状的影响。【方法】采用Sanger测序法对87头健康经产柯乐猪XDH基因SNPs位点进行筛查，利用SPSS 22.0的GLM分析SNP位点与柯乐猪产活仔猪数、初生窝重... 详细信息

【目的】分析黄嘌呤脱氢酶(Xanthine dehydrogenase，XDH)基因遗传变异对柯乐猪繁殖性状的影响。【方法】采用Sanger测序法对87头健康经产柯乐猪XDH基因SNPs位点进行筛查，利用SPSS 22.0的GLM分析SNP位点与柯乐猪产活仔猪数、初生窝重、初生平均重、断奶仔猪数、断奶窝重和断奶平均重等6个指标的关联性。【结果】在柯乐猪XDH基因第33内含子区存在2个SNPs位点：g.108047658C＞G和g.108047680C＞A；第34内含子区存在9个SNPs位点：g.108048009C＞T、g.108048044T＞C、g.108048046T＞C、g.108048047C＞T、g.108048054C＞T、g.108048153A＞T、g.108048208A＞G、g.108048212T＞C和g.108048242C＞T；第34外显子区存在导致谷氨酸(E)突变为赖氨(K)的g.108047915G＞A错义突变。12个SNPs位点均存在3种基因型，均属于中度多态位点，g.108048047C>T、g.108048208A>G、g.108048242C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C和g.108048212T>C 6个SNPs位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)，其余6个SNPs位点的基因型分布均显著偏离平衡状态(PG与g.108047680C>A、g.108048044T>C与g.108048046T>C、g.108048046T>C与g.108048047C>T间均存在强连锁不平衡关系。关联分析显示：g.108047658C＞G和g.108047915G＞A位点均对柯乐猪产活仔数的影响达显著水平(P柯乐猪XDH基因外显子34的g.108047915G>A位点导致mRNA二级结构发生变化，最小自由能由-1508.90 kcal/mol升高到 -1507.80 kcal/mol，其蛋白理论分子式、分子量、等电点、不稳定指数、三级结构发生了改变。【结论】柯乐猪XDH基因中g.108047658C＞G和g.108047915G＞A突变位点可作为柯乐猪产活仔数选择的分子标记。

关键词：柯乐猪 XDH基因 SNP位点生物信息学分析繁殖性状

柯乐猪PAEP基因单核苷酸多态性对繁殖性能的影响

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贵州畜牧兽医 2024年第3期48卷 20-24页

作者：赵永杨齐心李维熊力杨红文王春源吴燕向进张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学香猪研究所贵州贵阳550025 贵州省畜禽遗传资源管理站贵州贵阳550001 贵州省动物疫病预防控制中心贵州贵阳550008

为了分析孕激素相关子宫内膜蛋白(PAEP)基因单核苷酸突变位点(SNPs)对柯乐猪繁殖性状的影响,采用Sanger测序法筛选鉴定柯乐猪母猪PAEP基因的SNPs,SHEsis在线软件分析SNPs的群体遗传特性,SPSS 22.0软件分析SNPs单、双倍型与柯乐猪母猪群... 详细信息

为了分析孕激素相关子宫内膜蛋白(PAEP)基因单核苷酸突变位点(SNPs)对柯乐猪繁殖性状的影响,采用Sanger测序法筛选鉴定柯乐猪母猪PAEP基因的SNPs,SHEsis在线软件分析SNPs的群体遗传特性,SPSS 22.0软件分析SNPs单、双倍型与柯乐猪母猪群体的总产仔数、初生窝重、初生平均重、断奶仔猪数、断奶窝重5个繁殖性状指标的相关性。结果:柯乐猪母猪PAEP基因第4内含子存在3个SNPs,分别为g.1885136 G>A、g.1885158 G>A、g.1885223 G>A,各SNPs均存在3种基因型。g.1885136 G>A和g.1885158 G>A位点完全连锁,3个位点均表现为中度多态(0.250.05)。3个突变位点共产生3种单倍型和6种双倍型。g.1885136 G>A和g.1885158 G>A位点AA基因型个体的总产仔数、断奶仔猪数、断奶窝重显著高于GA、GG基因型(PA和g.1885158 G>A位点GA和GG基因型个体的初生平均重显著高于AA基因型(P猪数、断奶窝重3个性状都达到了显著正相关,为较优双倍型。结论:PAEP基因可作为柯乐猪母猪繁殖性状选育的候选基因,其中双倍型H2H2可作为柯乐猪母猪繁殖性状分子标记。

关键词：柯乐猪 PAEP基因 SNP 繁殖性状