HIV-1 CRF10301B近全长基因组遗传特征分析

作     者：代漫 李佳 吕诗韵 黄辉煌 刘安 孙丽君 韩梅 李洁 卢红艳 黄春 辛若雷 Dai Man;Li Jia;Lyu Shiyun;Huang Huihuang;Liu An;Sun Lijun;Han Mei;Li Jie;Lu Hongyan;Huang Chun;Xin Ruolei

作者机构：中国医科大学公共卫生学院沈阳110122 北京市疾病预防控制中心性病艾滋病防治所100013 首都医科大学附属北京佑安医院性病艾滋病诊疗中心100069 解放军总医院第五医学中心感染病医学部爱心门诊100039 重庆市公共卫生医疗救治中心结核病研究室400042 

出 版 物：《国际病毒学杂志》 (International Journal of Virology)

年 卷 期：2022年第29卷第3期

页      面：177-183页

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：北京市自然科学基金(7202074) 首都卫生发展科研专项(2022-1G-3015) 重庆市医学科研项目(2022MSXM149) 

主　　题：CRF103_01B 近全长基因组 男男性行为 流行重组型 

摘      要：目的描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_01B毒株。通过逆转录、近末端稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。获得的序列与分型参考序列进行基因比对,使用MEGA11软件构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统进化树。用SimPlot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,挑选较长的重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株来源。用斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果共获得5条CRF103_01B NFLG序列,其中4例经男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染,1例为女性。与从河北检出的4条CRF103_01B NFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01_AE骨架上,gag、pol和nef-3 -LTR基因片段被B亚型重组替换[HXB2 nt 1111±19-1539±16,2531-4478±16(片段Ⅴ),9008±23-9615]。亲本来源分析显示,CRF103_01B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型(BJMP3294B)和g5簇CRF01_AE序列(JX112804)聚集成大单系进化簇(bootstrap值分别为97%和100%)。9个CRF103_01B病例均携带非核苷类逆转录酶抑制剂类V106I突变。结论CRF103_01B毒株最可能起源于北京MSM人群,并在北京和河北等地的MSM人群中低水平持续流行,并经异性性途径向一般人群播散。需加强该毒株分子流行病学和耐药监测,关注疾病进展。