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HIV-1 CRF10301B近全长基因组遗传特征分析

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国际病毒学杂志 2022年第3期29卷 177-183页

作者：代漫李佳吕诗韵黄辉煌刘安孙丽君韩梅李洁卢红艳黄春辛若雷中国医科大学公共卫生学院沈阳110122 北京市疾病预防控制中心性病艾滋病防治所 100013 首都医科大学附属北京佑安医院性病艾滋病诊疗中心 100069 解放军总医院第五医学中心感染病医学部爱心门诊 100039 重庆市公共卫生医疗救治中心结核病研究室 400042

目的描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_... 详细信息

目的描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_01B毒株。通过逆转录、近末端稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。获得的序列与分型参考序列进行基因比对,使用MEGA11软件构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统进化树。用SimPlot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,挑选较长的重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株来源。用斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果共获得5条CRF103_01B NFLG序列,其中4例经男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染,1例为女性。与从河北检出的4条CRF103_01B NFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01_AE骨架上,gag、pol和nef-3'-LTR基因片段被B亚型重组替换[HXB2 nt 1111±19-1539±16,2531-4478±16(片段Ⅴ),9008±23-9615]。亲本来源分析显示,CRF103_01B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型(BJMP3294B)和g5簇CRF01_AE序列(JX112804)聚集成大单系进化簇(bootstrap值分别为97%和100%)。9个CRF103_01B病例均携带非核苷类逆转录酶抑制剂类V106I突变。结论CRF103_01B毒株最可能起源于北京MSM人群,并在北京和河北等地的MSM人群中低水平持续流行,并经异性性途径向一般人群播散。需加强该毒株分子流行病学和耐药监测,关注疾病进展。

关键词： CRF103_01B 近全长基因组男男性行为流行重组型

一株HIV-1 01_AE/07_BC独特重组病毒近全长基因组分析

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中国热带医学 2016年第11期16卷 1064-1069页

作者：黄旭和于国龙周平平颜瑾赵锦陈琳林鹏何翔中山大学公共卫生学院广东广州510080 广东省疾病预防控制中心广东省公共卫生研究院广东广州511430 广东省疾病预防控制中心艾滋病预防控制所广东广州511430 深圳市疾病预防控制中心广东深圳518055

目的对在深圳发现的一例gag和env基因片段亚型不一致的HIV感染者样本进行近全长基因组扩增和序列分析,以了解其重组特征并分析可能的来源。方法利用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列,使用Sim Plot 3.5软件分析全长基... 详细信息

目的对在深圳发现的一例gag和env基因片段亚型不一致的HIV感染者样本进行近全长基因组扩增和序列分析,以了解其重组特征并分析可能的来源。方法利用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列,使用Sim Plot 3.5软件分析全长基因组序列中的重组断点,并采用分片段构建进化树的方法确认重组断点。对长度超过300 bp的片段与相应亚型的全部近全长基因组序列构建进化树,分析亲本毒株可能的来源。结果经扩增测序获得1条长度为8 975 bp的HIV-1近全长基因组序列。断点分析结果表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组而成,重组断点相应于HXB2的位置分别为1 185、1 817、8 782、9 043和9 216,其中片段Ⅰ、Ⅲ、Ⅴ来源于CRF01_AE毒株,片段Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ来源于CRF07_BC毒株。亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅱ成簇的CRF07_BC序列主要来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为74%,片段Ⅲ与CRF01_AE的簇5病毒成簇,其中多数序列来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为100%。结论本文获得了一株CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的独特型重组病毒,其亲本病毒与我国北方男男同性恋人群流行的毒株同源,有可能来源于深圳本地性传播人群中流行的病毒。

关键词： HIV-1 重组近全长基因组系统进化

中国HIV-1 B′亚型毒株不同基因区与全长基因组系统进化比较

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病毒学报 2012年第4期28卷 366-371页

作者：李喆杨尧魏静冯毅邢辉何翔邵一鸣中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室北京102206 南开大学天津300071

本研究旨在探索不同基因区的使用对HIV-1B′亚型毒株系统进化分析结果的影响。首先利用既往研究中已发表的共计47条来自泰国,缅甸和中国多个地区不同传播途径的B′毒株近全长基因组序列,将其按基因区分为不同的数据集(gag,pol,vif,vpr,v... 详细信息

本研究旨在探索不同基因区的使用对HIV-1B′亚型毒株系统进化分析结果的影响。首先利用既往研究中已发表的共计47条来自泰国,缅甸和中国多个地区不同传播途径的B′毒株近全长基因组序列,将其按基因区分为不同的数据集(gag,pol,vif,vpr,vpu,env,nef),并分别进行系统进化分析研究。比较不同基因区系统进化分析的结果发现,B′亚型毒株pol基因在分析的基因区中,具有最低的复杂度和进化速率,可以较好的区分B′TH和B′YN毒株,重复近全长基因组序列的分析结果;尽管env基因则具有最高的复杂度和进化速率,但无法获得类似结果。本研究比较了不同基因区对HIV-1B′亚型毒株系统进化分析结果的影响,对进一步开展HIV分子流行病学调查,分析我国B′毒株在我国的传播奠定了基础。

关键词： HIV-1 B'亚型 pol基因近全长基因组

北京市HIV-1 CRF103＿01B遗传特征及准种变异研究

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北京市HIV-1 CRF103＿01B遗传特征及准种变异研究

作者：代漫中国医科大学

学位级别：硕士

目的:描述一株新鉴定的HIV-1流行重组型1031B（CRF1031B）在北京的检出情况,并分析其近全长基因组（near full-length genome,NFLG）遗传特征,及感染者体内5'和3'半长基因组准种变异特征。研究方法:对2017—2022年北京新诊断或初始抗病... 详细信息

目的:描述一株新鉴定的HIV-1流行重组型1031B（CRF1031B）在北京的检出情况,并分析其近全长基因组（near full-length genome,NFLG）遗传特征,及感染者体内5'和3'半长基因组准种变异特征。研究方法:对2017—2022年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例及部分抗病毒治疗失败患者进行HIV-1基因型耐药监测,发现9例疑似感染CRF1031B毒株。通过逆转录、倍比稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。MEGA11软件构建邻接法（neighbor-joining,NJ）系统进化树,Simplot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,以较长重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株。利用Beastv1.10.4软件根据贝叶斯合并理论估计CRF1031B最近共同祖先起源时间。对其中6例CRF1031B感染者样本进行SGA,获得5'和3'半长基因组。使用MEGA11软件构建准种病毒NJ进化树,利用Distance程序计算病例基因遗传距离,Highlighter工具可视化准种病毒差异,Geno2pheno工具预测病毒嗜性。经斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果:共获得9条CRF1031B NFLG序列,其中8例经男男性行为（men who have sexwithmen,MSM）感染,1例为女性。与河北检出的4条CRF1031BNFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01E骨架上,gag、pol和nef-3'-LTR基因片段被B亚型重组替换（HXB2nt 1104±28、1542、2532、4481、9004±33）。亲本来源分析显示,CRF1031B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型（KU724105）和g5簇CRF01E序列（JX112804）聚集成大单系进化簇（bootstrap值分别为92%和99%）。综合病例的流行病学史和进化树拓扑学关系,贝叶斯合并理论分析推断CRF1031B约在2002-2006年起源于北京MSM人群。对6例CRF1031B感染者进行SGA,共获得170条5'半长基因组SGA序列（22-37条/病例）和145条3'半长基因组SGA序列（19-36条/病例）。在5'和3' SGA序列NJ进化树上,所有SGA序列均与CRF1031B参考毒株聚集成致密的进化簇,bootstrap值均大于70%,且各病例SGA序列分别聚集成大单系进化簇（bootstrap值均>70%）。6例CRF103 01B感染者准种序列均呈现出不同程度的准种变异,未发现明显亚型间共感染或超感染现象。急性期病例BL4748-00 5'和3'准种序列分布聚集,进化相对单一。5'和3' SGA序列组内基因距离分别为0.001和0.002。结合3'SGA序列Highlighter结果提示BL4748-00病例极大可能由单一 HIV-1病毒或关系紧密HIV-1病毒感染导致。感染中期病例BL3022-00、BL3150-00和BL3558-00 5'和3' SGA序列在进化树上分布相对较为离散,分别进化为至少2-3个可靠的次级进化簇（bootstrap值>70%）,代表了多重病毒变异体感染或在宿主阳性选择压力下不同的进化方向。5'和3' SGA序列组内基因距离 BL3150-00（0.014,0.031）>BL3022-00（0.008,0.019）>BL3558-00（0.003,0.017）,表现出较高遗传异质性。BL3558-00病例存在准种间重组现象。艾滋病期病例BL3023-00和BL4981-00准种序列分布离散,均观察到至少1-3个次级进化方向。5'和3' SGA序列组内基因距离BL3023-00（0.014,0.025）>BL4981-00（0.009,0.016）,体现出较高的遗传异质性。BL3022-00和BL3023-00（夫妻）准种序列单独成簇,但又聚集成一个大单系簇,bootstrap 值为 99%。组内基因距离 BL3023-00（0.014,0.025）>BL3022-00（0.008,0.019）,符合BL3023-00到BL3022-00（女性）的传播方向。经嗜性模型预测,6个病例的准种病毒均为CCR5嗜性。包括河北省4条序列在内的13个CRF1031B病例均携带非核苷类逆转录酶抑制剂类V106I突变,其中BL3023-00、BL3150-00、BL4748-00和BL4981-00病例准种序列存在耐药突变位点。结论:本研究综合北京市和河北省的13条CRF1031B NFLG序列,重新判断CRF1031B重组断点和重组模式。CRF1031B重组特征:在CRF01E骨架上,gag、pol和3'-LTR基因片段被B亚型重组替换。

关键词： CRF103_01B 男男性行为近全长基因组流行重组型准种变异