一株HIV-1 01_AE/07_BC独特重组病毒近全长基因组分析

作     者：黄旭和 于国龙 周平平 颜瑾 赵锦 陈琳 林鹏 何翔 

作者机构：中山大学公共卫生学院广东广州510080 广东省疾病预防控制中心广东省公共卫生研究院广东广州511430 广东省疾病预防控制中心艾滋病预防控制所广东广州511430 深圳市疾病预防控制中心广东深圳518055 

出 版 物：《中国热带医学》 (China Tropical Medicine)

年 卷 期：2016年第16卷第11期

页      面：1064-1069页

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家"十二五"重大传染病专项(No.2012ZX10004-902) 广东省医学科研基金(No.A2014088) 

主　　题：HIV-1 重组 近全长基因组 系统进化 

摘      要：目的对在深圳发现的一例gag和env基因片段亚型不一致的HIV感染者样本进行近全长基因组扩增和序列分析,以了解其重组特征并分析可能的来源。方法利用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列,使用Sim Plot 3.5软件分析全长基因组序列中的重组断点,并采用分片段构建进化树的方法确认重组断点。对长度超过300 bp的片段与相应亚型的全部近全长基因组序列构建进化树,分析亲本毒株可能的来源。结果经扩增测序获得1条长度为8 975 bp的HIV-1近全长基因组序列。断点分析结果表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组而成,重组断点相应于HXB2的位置分别为1 185、1 817、8 782、9 043和9 216,其中片段Ⅰ、Ⅲ、Ⅴ来源于CRF01_AE毒株,片段Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ来源于CRF07_BC毒株。亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅱ成簇的CRF07_BC序列主要来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为74%,片段Ⅲ与CRF01_AE的簇5病毒成簇,其中多数序列来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为100%。结论本文获得了一株CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的独特型重组病毒,其亲本病毒与我国北方男男同性恋人群流行的毒株同源,有可能来源于深圳本地性传播人群中流行的病毒。