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北京市HIV-1 CRF103＿01B遗传特征及准种变异研究

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北京市HIV-1 CRF103＿01B遗传特征及准种变异研究

作者：代漫中国医科大学

学位级别：硕士

目的:描述一株新鉴定的HIV-1流行重组型1031B（CRF1031B）在北京的检出情况,并分析其近全长基因组（near full-length genome,NFLG）遗传特征,及感染者体内5'和3'半长基因组准种变异特征。研究方法:对2017—2022年北京新诊断或初始抗病... 详细信息

目的:描述一株新鉴定的HIV-1流行重组型1031B（CRF1031B）在北京的检出情况,并分析其近全长基因组（near full-length genome,NFLG）遗传特征,及感染者体内5'和3'半长基因组准种变异特征。研究方法:对2017—2022年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例及部分抗病毒治疗失败患者进行HIV-1基因型耐药监测,发现9例疑似感染CRF1031B毒株。通过逆转录、倍比稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。MEGA11软件构建邻接法（neighbor-joining,NJ）系统进化树,Simplot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,以较长重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株。利用Beastv1.10.4软件根据贝叶斯合并理论估计CRF1031B最近共同祖先起源时间。对其中6例CRF1031B感染者样本进行SGA,获得5'和3'半长基因组。使用MEGA11软件构建准种病毒NJ进化树,利用Distance程序计算病例基因遗传距离,Highlighter工具可视化准种病毒差异,Geno2pheno工具预测病毒嗜性。经斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果:共获得9条CRF1031B NFLG序列,其中8例经男男性行为（men who have sexwithmen,MSM）感染,1例为女性。与河北检出的4条CRF1031BNFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01E骨架上,gag、pol和nef-3'-LTR基因片段被B亚型重组替换（HXB2nt 1104±28、1542、2532、4481、9004±33）。亲本来源分析显示,CRF1031B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型（KU724105）和g5簇CRF01E序列（JX112804）聚集成大单系进化簇（bootstrap值分别为92%和99%）。综合病例的流行病学史和进化树拓扑学关系,贝叶斯合并理论分析推断CRF1031B约在2002-2006年起源于北京MSM人群。对6例CRF1031B感染者进行SGA,共获得170条5'半长基因组SGA序列（22-37条/病例）和145条3'半长基因组SGA序列（19-36条/病例）。在5'和3' SGA序列NJ进化树上,所有SGA序列均与CRF1031B参考毒株聚集成致密的进化簇,bootstrap值均大于70%,且各病例SGA序列分别聚集成大单系进化簇（bootstrap值均>70%）。6例CRF103 01B感染者准种序列均呈现出不同程度的准种变异,未发现明显亚型间共感染或超感染现象。急性期病例BL4748-00 5'和3'准种序列分布聚集,进化相对单一。5'和3' SGA序列组内基因距离分别为0.001和0.002。结合3'SGA序列Highlighter结果提示BL4748-00病例极大可能由单一 HIV-1病毒或关系紧密HIV-1病毒感染导致。感染中期病例BL3022-00、BL3150-00和BL3558-00 5'和3' SGA序列在进化树上分布相对较为离散,分别进化为至少2-3个可靠的次级进化簇（bootstrap值>70%）,代表了多重病毒变异体感染或在宿主阳性选择压力下不同的进化方向。5'和3' SGA序列组内基因距离 BL3150-00（0.014,0.031）>BL3022-00（0.008,0.019）>BL3558-00（0.003,0.017）,表现出较高遗传异质性。BL3558-00病例存在准种间重组现象。艾滋病期病例BL3023-00和BL4981-00准种序列分布离散,均观察到至少1-3个次级进化方向。5'和3' SGA序列组内基因距离BL3023-00（0.014,0.025）>BL4981-00（0.009,0.016）,体现出较高的遗传异质性。BL3022-00和BL3023-00（夫妻）准种序列单独成簇,但又聚集成一个大单系簇,bootstrap 值为 99%。组内基因距离 BL3023-00（0.014,0.025）>BL3022-00（0.008,0.019）,符合BL3023-00到BL3022-00（女性）的传播方向。经嗜性模型预测,6个病例的准种病毒均为CCR5嗜性。包括河北省4条序列在内的13个CRF1031B病例均携带非核苷类逆转录酶抑制剂类V106I突变,其中BL3023-00、BL3150-00、BL4748-00和BL4981-00病例准种序列存在耐药突变位点。结论:本研究综合北京市和河北省的13条CRF1031B NFLG序列,重新判断CRF1031B重组断点和重组模式。CRF1031B重组特征:在CRF01E骨架上,gag、pol和3'-LTR基因片段被B亚型重组替换。

关键词： CRF103_01B 男男性行为近全长基因组流行重组型准种变异

HIV-1 CRF10301B近全长基因组遗传特征分析

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国际病毒学杂志 2022年第3期29卷 177-183页

作者：代漫李佳吕诗韵黄辉煌刘安孙丽君韩梅李洁卢红艳黄春辛若雷中国医科大学公共卫生学院沈阳110122 北京市疾病预防控制中心性病艾滋病防治所 100013 首都医科大学附属北京佑安医院性病艾滋病诊疗中心 100069 解放军总医院第五医学中心感染病医学部爱心门诊 100039 重庆市公共卫生医疗救治中心结核病研究室 400042

目的描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_... 详细信息

目的描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_01B毒株。通过逆转录、近末端稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。获得的序列与分型参考序列进行基因比对,使用MEGA11软件构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统进化树。用SimPlot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,挑选较长的重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株来源。用斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果共获得5条CRF103_01B NFLG序列,其中4例经男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染,1例为女性。与从河北检出的4条CRF103_01B NFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01_AE骨架上,gag、pol和nef-3'-LTR基因片段被B亚型重组替换[HXB2 nt 1111±19-1539±16,2531-4478±16(片段Ⅴ),9008±23-9615]。亲本来源分析显示,CRF103_01B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型(BJMP3294B)和g5簇CRF01_AE序列(JX112804)聚集成大单系进化簇(bootstrap值分别为97%和100%)。9个CRF103_01B病例均携带非核苷类逆转录酶抑制剂类V106I突变。结论CRF103_01B毒株最可能起源于北京MSM人群,并在北京和河北等地的MSM人群中低水平持续流行,并经异性性途径向一般人群播散。需加强该毒株分子流行病学和耐药监测,关注疾病进展。

关键词： CRF103_01B 近全长基因组男男性行为流行重组型

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山东省HIV-1流行株多基因区亚型分析

公共卫生与预防医学 2006年第5期17卷 10-13页

作者：张静傅继华王同展刘学真苏生利黄涛邢辉山东省疾病预防控制中心艾滋病防治所济南250014 中国疾病预防控制中心性病艾滋病中心

目的了解流行于山东省境内HIV-1毒株的亚型,尤其是流行重组型毒株的种类及变异情况,分析其来源并推测其流行趋势。方法采集93份HIV-1感染者的外周静脉防凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,获得包膜蛋白(env)、核心蛋白(gag)、tat区基因的... 详细信息

目的了解流行于山东省境内HIV-1毒株的亚型,尤其是流行重组型毒株的种类及变异情况,分析其来源并推测其流行趋势。方法采集93份HIV-1感染者的外周静脉防凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,获得包膜蛋白(env)、核心蛋白(gag)、tat区基因的核酸片段,并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B′、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AG和CRF01-AE4种重组毒株,其中B′亚型数量最大71株(占77.2%),CRF01-AE9株(占9.8%),CRF07-BC、CRF0B-BC各3株(均占3.3%),B、C和CRF02-AG各2株(占2.2%)。3个基因区env区变异最大,gag和tat相对保守。3种优势亚型中,A/E变异最大,B'次之,B'/C最保守。结论山东省HIV-1流行毒株亚型众多,各优势毒株发生了不同程度的变异,在山东省有流行加快的趋势,应加强防控。

关键词： HIV-1 流行重组型序列分析同源性分析

我国男男性行为人群艾滋病流行情况及HIV-1基因亚型特征

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国际流行病学传染病学杂志 2017年第4期44卷 262-265页

作者：徐宇凡谢天胜彭晓荣吴南屏浙江大学医学院附属第一医院传染病诊治国家重点实验室、感染性疾病诊治协同创新中心杭州310003

我国男男性行为（MSM）人群中艾滋病的发病率呈逐年上升趋势，需要引起社会重视。近年来，我国MSM人群中各种新HIV-1独特重组型（URFs）和流行重组型（CRFs）不断被发现，CRF01-AE和CRF07-BC已经成为我国主要的HIV-1流行亚型。及时发现... 详细信息

我国男男性行为（MSM）人群中艾滋病的发病率呈逐年上升趋势，需要引起社会重视。近年来，我国MSM人群中各种新HIV-1独特重组型（URFs）和流行重组型（CRFs）不断被发现，CRF01-AE和CRF07-BC已经成为我国主要的HIV-1流行亚型。及时发现和鉴定各种HIV-1亚型，对预防和控制艾滋病流行具有重大意义。

关键词： HIV-1 MSM 独特重组型流行重组型

HIV-1 CRF55_01B毒株流行特征的研究进展

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实用预防医学 2022年第6期29卷 766-768,F0003页

作者：梁淑家辛若雷广西壮族自治区疾病预防控制中心广西重大传染病防控与生物安全应急响应重点实验室(21-220-12)广西南宁530028 北京市疾病预防控制中心北京100013

CRF55_01B是我国报道的HIV-1主要流行毒株之一,具有较为独特的流行病学和基因进化特征。近几年HIV-1分子流行病学监测发现CRF55_01B已经成为我国第五个主要流行HIV-1毒株。本研究从他的发现起源、流行情况、致病性和耐药性及参与的重组... 详细信息

CRF55_01B是我国报道的HIV-1主要流行毒株之一,具有较为独特的流行病学和基因进化特征。近几年HIV-1分子流行病学监测发现CRF55_01B已经成为我国第五个主要流行HIV-1毒株。本研究从他的发现起源、流行情况、致病性和耐药性及参与的重组等方面进行综述,并讨论了与其流行密切相关的社会和生物学因素。

关键词： HIV-1 CRF55_01B重组毒株流行特征流行重组型

山东省HIV-1流行株多个基因区的亚型分析

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山东省HIV-1流行株多个基因区的亚型分析