大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因的克隆和生物信息学分析

作     者：郭玲 杨绍林 张和民 李德生 王承东 曹三杰 黄晓波 文心田 陈世界 颜其贵 

作者机构：四川农业大学动物医学院四川雅安625014 四川省出入境检疫检验局四川成都610041 中国保护大熊猫研究中心四川雅安625000 四川农业大学动物疫病与人类健康四川省重点实验室四川雅安625014 

出 版 物：《中国兽医科学》 (Chinese Veterinary Science)

年 卷 期：2014年第44卷第1期

页      面：27-32页

核心收录：

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：科技部公益性行业科研专项(200910188) 四川省科技厅科技支撑计划项目(2010SZ0050) 林业公益性行业科研专项(201104050) 大熊猫国际合作研究项目(SD0418) 四川农业大学优秀硕士论文培育基金资助项目(YSPY1202) 

主　　题：大熊猫轮状病毒 VP1基因 克隆 生物信息学分析 

摘      要：为研究大熊猫源轮状病毒(RV)CH-1株外衣壳蛋白VP1基因的结构及功能,采用MA-104细胞增殖大熊猫源RV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP1基因,将阳性克隆进行测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示,成功获得了长3 287bp的GPRV VP1蛋白基因(GenBank登录号:HQ641297);经生物信息学分析,此序列包含有一个3 267bp的完整开放阅读框,编码1 089个氨基酸;无信号肽;无跨膜区,其整个蛋白都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP1蛋白有41个抗原表位;系统进化树分析显示大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因与猪A组轮状病毒VP1基因的进化距离最近。本研究成功获得了大熊猫源RV VP1基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础。