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华东、华中和华北城市不同生境土壤可培养真菌组成和多样性

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菌物学报 2024年

作者：白艳敏任玉连董醇波张延威韩燕峰贵州大学生命科学学院生态系真菌资源研究所/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州师范学院贵州省高等学校生物资源开发利用重点实验室

随着城市化进程的加快，人类活动对城市不同生境土壤中的微生物产生了很多影响，但城市不同生境中的真菌组成和多样性仍不清楚。本研究主要收集了我国20个高度城市化的省市城市近郊农用地、医院绿地、污水处理厂绿地和动物园绿地的240... 详细信息

随着城市化进程的加快，人类活动对城市不同生境土壤中的微生物产生了很多影响，但城市不同生境中的真菌组成和多样性仍不清楚。本研究主要收集了我国20个高度城市化的省市城市近郊农用地、医院绿地、污水处理厂绿地和动物园绿地的240份土壤样品，采用传统可培养技术，探究城市不同生境土壤可培养真菌的群落组成及多样性特征，并基于FUNGuild解析不同生境的真菌生态功能群和对其进行解钾、解磷、固氮和降解角蛋白的功能注释分析。从240份土壤样品中共分离获得真菌9 779株，隶属于3门14纲44目101科250属582种。在门分类水平上，它们主要隶属于子囊菌门Ascomycota、担子菌门Basidiomycota和毛霉菌门Mucoromycota。不同土壤生境可培养真菌群落α多样性存在明显差异。污水处理厂绿地土壤真菌α多样性最高，其次为动物园绿地和医院绿地，农业用地土壤样本中的真菌群落α多样性最小。动物园和医院绿地的降解角蛋白真菌类群最丰富、多样性最高。本研究揭示了我国高度城市化地区不同生境绿地土壤可培养真菌的群落组成、多样性和功能群。这为未来城市土壤微生物资源的管理提供了关键信息。

关键词：城市化城市绿地土壤真菌多样性功能多样性

菜豆EST-SSR分子标记开发及部分种质分子身份证构建

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西南大学学报（自然科学版） 2024年第6期46卷 63-73页

作者：付阳云文晓鹏贵州大学农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵阳550025

为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通... 详细信息

为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析.

关键词：菜豆转录组分子标记开发 EST-SSR标记分子身份证

柯乐猪XDH基因多态性鉴定及其对繁殖性状的影响

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南方农业学报 2024年第6期55卷 1863-1872页

作者：向进熊力李维谢婷婷杨齐心杨红文王春源吴燕张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所贵州贵阳550025 贵州省动物疫病预防控制中心贵州贵阳550001 贵州省畜禽遗传资源管理站贵州贵阳550001

【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一... 详细信息

【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪繁殖性状指标(产活仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重)的关联性,并通过RNAfold web server、ExPASy-ProtParam、NovoPro和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析。【结果】在柯乐猪XDH基因上共筛选获得12个SNPs位点,分别是第33内含子上的g.108047658C>G和g.108047680C>A位点,第34内含子上的g.108048009C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C、g.108048047C>T、g.108048054C>T、g.108048153A>T、g.108048208A>G、g.108048212T>C和g.108048242C>T位点,第34外显子上的g.108047915G>A位点。12个SNPs位点均存在3种基因型,属于中度多态位点(0.25T、g.108048208A>G、g.108048242C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C和g.108048212T>C位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE>0.05),其余6个SNPs位点的基因型分布则显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWEG位点与g.108047680C>A位点、g.108048044T>C位点与g.108048046T>C位点、g.108048046T>C位点与g.108048047C>T位点间存在强连锁不平衡关系外,其余各SNP位点间均不存在强连锁不平衡关系。g.108047658C>G和g.108047915G>A位点对柯乐猪产活仔数的影响达显著水平(PG位点表现为CG基因型个体的产活仔数显著高于GG基因型个体,g.108047915G>A位点表现为AG基因型个体的产活仔数显著高于AA基因型个体。g.108047915G>A位点突变导致柯乐猪XDH基因mRNA二级结构发生改变,最小自由能由-1508.90 kcal/mol上升到-1507.80 kcal/mol;且XDH基因等位基因G的突变还导致其编码蛋白分子式、相对分子量、理论等电点(pI)、不稳定系数及蛋白高级结构发生改变。【结论】柯乐猪XDH基因第33内含子g.108047658C>G位点和第34外显子g.108047915G>A位点对其产活仔数的影响达显著水平,可作为柯乐猪繁殖性状改良的潜在分子辅助标记。

关键词：柯乐猪 XDH基因 SNP位点繁殖性状产活仔数

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马缨杜鹃RdNAC72基因的克隆、亚细胞定位及表达分析

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广西植物 2024年

作者：周平王洪飞韦云凤胡晓玉周玉梅王孝敬贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州大学林学院贵州大学茶学院

NAC转录因子在植物生长发育和逆境胁迫中起着重要作用，然而，马缨杜鹃RdNAC72基因是否参与调控高温胁迫响应的机制尚未见报道。为了研究RdNAC72基因与高温胁迫的相关性及其潜在的调控机制，该研究对马缨杜鹃RdNAC72基因CDS序列进行引... 详细信息

NAC转录因子在植物生长发育和逆境胁迫中起着重要作用，然而，马缨杜鹃RdNAC72基因是否参与调控高温胁迫响应的机制尚未见报道。为了研究RdNAC72基因与高温胁迫的相关性及其潜在的调控机制，该研究对马缨杜鹃RdNAC72基因CDS序列进行引物设计，通过PCR技术克隆RdNAC72基因全长编码序列。通过生物信息学对基因的结构、功能和蛋白理化性质等进行分析和预测，并利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)对该基因在高温胁迫下的时空表达特征及在ABA胁迫下的表达模式进行分析。结果表明：（1）该基因全长1 005bp，编码334个氨基酸，相对分子量为37.415 kDa。亚细胞定位显示RdNAC72蛋白定位于细胞核。（2）多序列比对及系统发育分析表明，RdNAC72与圆叶杜鹃的RwNAC72亲缘关系最近，顺式作用元件分析发现该基因启动子区具有参与激素、光响应、厌氧响应、低温和热应激响应元件。（3）高温胁迫可诱导RdNAC72表达且具有时空表达特异性，高温胁迫处理3 d时叶片中的RdNAC72相对表达量显著上调了31.16倍，但茎和根中该基因没有显著变化，高温胁迫处理6 d时，根、茎、叶中的RdNAC72相对表达量均显著上调，其中叶片最高，显著上调了61.56倍，其次是茎，显著上调了50.14倍，根中则显著上调了17.42倍；此外，还发现ABA可诱导RdNAC72表达。（4）RT-qPCR结果显示RdHSP17.2与RdNAC72基因有协同的表达模式，且RdHSP17.2启动子区含有多个NAC识别基序CATGTG和核心结合序列CACG，推测RdHSP17.2可能是RdNAC72的下游靶基因。该研究丰富了逆境胁迫下NAC转录因子的生物学功能，并可为今后该植物的遗传育种提供依据。

关键词：马缨杜鹃 RdNAC72 基因克隆亚细胞定位表达分析高温胁迫

接种丛枝菌根真菌对石漠化地区桑树器官氮含量及其内稳性的影响

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应用与环境生物学报 2024年第1期30卷 105-110页

作者：邢丹张惠荣张芳石燕金彭世清肖玖军贵州省农业科学院蚕业研究所贵阳550006 长安大学水利与环境学院西安710000 旱区地下水文与生态效应教育部重点实验室西安710000 贵州科学院山地资源研究所贵阳550001

为揭示石漠化地区桑树对丛枝菌根(arbuscular mycorrhiza,AM)真菌介导土壤氮变化的适应性,选择AM真菌两种优势菌种摩西管柄囊霉(Funneliformis mosseae,Fm)和根内根孢囊霉(Rhizophagus intraradices,Ri)接种于桑树根系,分析接种和未接... 详细信息

为揭示石漠化地区桑树对丛枝菌根(arbuscular mycorrhiza,AM)真菌介导土壤氮变化的适应性,选择AM真菌两种优势菌种摩西管柄囊霉(Funneliformis mosseae,Fm)和根内根孢囊霉(Rhizophagus intraradices,Ri)接种于桑树根系,分析接种和未接种处理下石漠化土壤剖面和桑树器官C、N含量变化及生态化学计量比和内稳性大小.结果显示:土壤总有机碳(total organic carbon,TOC)含量和C:N比值随剖面增加而降低,但相比CK,接种Fm和Ri使TOC含量和C:N比值显著提升了0.93%-5.00%(P所述,接种AM真菌调节不同剖面石漠化土壤C、N变化,其中TOC含量增加、TN含量降低,C:N变化符合“缓慢分解”假说;同时,AM真菌促进桑树根系吸收N并将其转运至地上叶片部位,但对根系、茎和叶片N、C:N内稳性的调节受菌种类型影响.(图3表1参39)

关键词：生态化学计量学内稳性丛枝菌根真菌石漠化桑树

鸡腺苷琥珀酸裂解酶互作蛋白的筛选及其功能分析

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浙江农业学报 2024年第3期36卷 515-526页

作者：余欢李辉陈友波石钰仕赵德鹏龙霞谭启松贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025

通过探究鸡腺苷琥珀酸裂解酶(adenylosuccinate lyase)基因ADSL与其互作基因的调控关系,为进一步研究ADSL在肌肉中高表达的原因和ADSL影响肌肉风味的机制提供参考。本研究构建了鸡(gallus)ADSL基因的重组真核表达载体pEGFP-C1-ADSL,将pE... 详细信息

通过探究鸡腺苷琥珀酸裂解酶(adenylosuccinate lyase)基因ADSL与其互作基因的调控关系,为进一步研究ADSL在肌肉中高表达的原因和ADSL影响肌肉风味的机制提供参考。本研究构建了鸡(gallus)ADSL基因的重组真核表达载体pEGFP-C1-ADSL,将pEGFP-C1-ADSL和pEGFP-C1质粒分别转染鸡成肌细胞,提取表达成功的细胞总蛋白,利用免疫共沉淀(co-immunoprecipitation,Co-IP)联合质谱分析鉴定与鸡ADSL蛋白互作的细胞蛋白,并对结果进行GO功能注释、KEGG通路和蛋白互作网络分析。通过分析筛选出RPL4、PDLIM5、ACTG1和SRSF10蛋白,检测在ADSL基因过表达和沉默状态下,RPL 4、PDLIM 5、ACTG 1和SRSF 10基因在成肌细胞中的表达情况。结果表明,与ADSL互作的蛋白共94个;生物信息学分析表明,这些蛋白定位于细胞结构体、胞内和含蛋白质的复合物上,它们主要参与细胞进程、生物调节和刺激反应等生物进程。间接免疫荧光结果显示,重组蛋白pEGFP-C1-ADSL主要定位于细胞核和细胞质。ADSL过表达时,成肌细胞内RPL 4基因和PDLIM 5基因的表达下调,ACTG 1和SRSF 10基因的表达上调;当ADSL被沉默后,成肌细胞内RPL 4和ACTG 1基因的表达上调。研究结果丰富了调控风味的ADSL蛋白,为进一步了解ADSL的功能及该基因在肌肉中高表达提供了参考。

关键词：腺苷琥珀酸裂解酶赤水乌骨鸡免疫共沉淀互作蛋白

镉/铅低积累水稻品种筛选及其人体健康风险评价

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农业环境科学学报 2024年

作者：陈婷龙胜楼孙媛媛钟霖商成梅唐明秦樊鑫贵州师范大学贵州省植物生理与发育调控重点实验室贵州师范大学国家林业局西南喀斯特山地生物多样性保护重点实验室贵州师范大学生命科学学院

为筛选出适用镉（Cd）、铅（Pb）中轻度污染农田栽植的水稻高产低积累品种以及评价稻米摄入对人体健康风险的影响，以研究区域主栽的20个品种水稻（R01～R20）为研究对象，开展田间小区试验，分析不同品种水稻对重金属的吸收累积差异。... 详细信息

为筛选出适用镉（Cd）、铅（Pb）中轻度污染农田栽植的水稻高产低积累品种以及评价稻米摄入对人体健康风险的影响，以研究区域主栽的20个品种水稻（R01～R20）为研究对象，开展田间小区试验，分析不同品种水稻对重金属的吸收累积差异。结果表明：20个品种水稻地上各部位Cd含量由大到小依次为茎叶>稻米>稻壳，Pb含量大小依次为茎叶>稻壳>稻米。其中，13个品种稻米Cd含量、19个品种稻米Pb含量符合国家安全标准值(0.2 mg·kg-1)；各品种间对Cd、Pb转移系数（TF）和富集系数（BCF）差异显著，Cd在水稻地上各部位之间的转移系数大小为TF茎叶-稻米>TF茎叶-稻壳，而Pb则相反。Cd在TF茎叶-稻米最大值是最小值的5.16倍，Pb为21.77倍；Cd在TF茎叶-稻壳最大值是最小值的4.22倍，Pb为9.67倍。Cd的富集系数最大值是最小值的39倍，而Pb为11.9倍。此外，与Pb相比，水稻表现出优异的Cd转移和积累能力；稻米Cd、Pb含量和水稻产量聚类分析结果显示，百香优005（R02）为高产低Cd、Pb积累品种；单因子污染指数(Pi)和总目标危险系数（TTHQ）分析显示，研究区稻米重金属污染的主要贡献因子和食用当地稻米产生的健康风险都源于Cd，且百香优005最符合品种筛选和培育的要求。

关键词：水稻品种筛选重金属低积累风险评价

基于高密度SNP标记对112份温热改良玉米自交系的遗传特征鉴定与表型性状评价

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江苏农业科学 2024年第6期52卷 77-83页

作者：王栋郭爽聂蕾何玥涂亮蒋喻林刘鹏飞王安贵祝云芳郭向阳吴迅陈泽辉贵州大学农学院贵州贵阳550025 贵州省农业科学院旱粮研究所贵州贵阳550006 农业农村部喀斯特山区作物基因资源与种质创新重点实验室贵州贵阳550006

种质资源表型和基因型鉴定评价是深入发掘优势基因资源、创制优势种质材料的前提和基础,对于培育优势玉米杂交种具有十分重要的意义。以112份温热改良玉米自交系为供试材料,利用包含6万个SNP标记的Maize SNP 50芯片对其进行基因型鉴定,... 详细信息

种质资源表型和基因型鉴定评价是深入发掘优势基因资源、创制优势种质材料的前提和基础,对于培育优势玉米杂交种具有十分重要的意义。以112份温热改良玉米自交系为供试材料,利用包含6万个SNP标记的Maize SNP 50芯片对其进行基因型鉴定,并结合该群体在不同生态环境下的表型鉴定结果,对不同自交系的抗性、所属杂种优势类群等进行评价。基因型分析结果发现,112份自交系首先被划分为Iodent种质(Ⅰ类)、Suwan种质(Ⅱ类)和温热改良种质(Ⅲ类)3类,再次被划分为分别以HCL645、T32、QR273、黄早四、PH4CV和B73为代表自交系的6个亚群;进一步被划分为以HCL645、T32、QB446、QR273、黄早四、PH4CV、郑58、齐319和B73为代表自交系的9个亚群。结果显示,112份自交系的散粉期、株高、穗位高、穗长、穗粗、穗行数、行粒数、秃尖长、茎腐病、南方锈病和白斑病等不同性状之间呈现出一定的相关性。散粉期与株高、穗位高呈极显著正相关,与茎腐病、南方锈病和白斑病病级均呈极显著负相关,相关系数分别为0.19、0.32、-0.28、-0.32和-0.21。此外,Iodent种质表现出生育期短、穗行数多等优点;Suwan种质表现出生育期长、植株高大和抗病性强的特点;温热改良种质表现出生育期较短的优点。其中,Iodent种质和Suwan种质表现出优势互补,具有丰富的育种利用价值。

关键词：玉米自交系遗传多样性性状评价 SNP标记

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外源亚精胺对马铃薯贮藏期品质的影响

粮食与油脂 2024年第7期37卷 56-62页

作者：刘怒安刘聪聪陈明俊叶夕苗阳腾贵州省生物技术研究所贵州省农业生物技术重点实验室农业农村部喀斯特山区作物基因资源与种质创新重点实验室贵州贵阳550006 西南大学生命科学学院重庆400715

以甘农薯7号(GNS7)、云薯104(YS104)、云薯505(YS505)、黔芋7号(QY7)、威芋3号(WY3)共5种马铃薯的薯块为试验材料,研究亚精胺对贮藏期薯块品质的影响,并综合评价其耐储性。结果表明:与对照组(喷施等量清水)相比,喷施外源亚精胺后,YS505... 详细信息

以甘农薯7号(GNS7)、云薯104(YS104)、云薯505(YS505)、黔芋7号(QY7)、威芋3号(WY3)共5种马铃薯的薯块为试验材料,研究亚精胺对贮藏期薯块品质的影响,并综合评价其耐储性。结果表明:与对照组(喷施等量清水)相比,喷施外源亚精胺后,YS505贮藏42~84 d、QY7贮藏第84天失水率极显著降低,而GNS7贮藏28~84 d失水率极显著升高;YS505贮藏第28天和QY7贮藏第84天发芽率极显著下降,GNS7和YS505贮藏第84天,QY7贮藏第42天、第84天单薯发芽数极显著降低,GNS7贮藏第56天、WY3贮藏第84天和QY7贮藏14~56 d蛋白质含量极显著增加,GNS7贮藏14~84 d、QY7和WY3贮藏28~84 d、YS505贮藏第84天维生素C含量均有所增加,GNS7和QY7贮藏28~84 d、WY3贮藏14~56 d和YS505贮藏第28天淀粉含量极显著增加,干物质含量和硬度总体变化不大,而还原糖含量有升有降。隶属函数综合分析表明,喷施外源亚精胺可提高GNS7、YS505、QY7和WY3贮藏期品质。

关键词：外源亚精胺马铃薯贮藏保鲜品质