柯乐猪XDH基因多态性鉴定及其对繁殖性状的影响

作     者：向进 熊力 李维 谢婷婷 杨齐心 杨红文 王春源 吴燕 张依裕 XIANG Jin;XIONG Li;LI Wei;XIE Ting-ting;YANG Qi-xin;YANG Hong-wen;WANG Chun-yuan;WU Yan;ZHANG Yi-yu

作者机构：贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所贵州贵阳550025 贵州省动物疫病预防控制中心贵州贵阳550001 贵州省畜禽遗传资源管理站贵州贵阳550001 

出 版 物：《南方农业学报》 (Journal of Southern Agriculture)

年 卷 期：2024年第55卷第6期

页      面：1863-1872页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(2022YFD1100308) 贵州省生猪产业技术体系建设专项(GZSZCYJSTX-03) 贵州省科技计划项目(黔科合平台人才〔2021〕5630号) 

主　　题：柯乐猪 XDH基因 SNP位点 繁殖性状 产活仔数 

摘      要：【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪繁殖性状指标(产活仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重)的关联性,并通过RNAfold web server、ExPASy-ProtParam、NovoPro和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析。【结果】在柯乐猪XDH基因上共筛选获得12个SNPs位点,分别是第33内含子上的g.108047658CG和g.108047680CA位点,第34内含子上的g.108048009CT、g.108048044TC、g.108048046TC、g.108048047CT、g.108048054CT、g.108048153AT、g.108048208AG、g.108048212TC和g.108048242CT位点,第34外显子上的g.108047915GA位点。12个SNPs位点均存在3种基因型,属于中度多态位点(0.25T、g.108048208AG、g.108048242CT、g.108048044TC、g.108048046TC和g.108048212TC位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE0.05),其余6个SNPs位点的基因型分布则显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWEG位点与g.108047680CA位点、g.108048044TC位点与g.108048046TC位点、g.108048046TC位点与g.108048047CT位点间存在强连锁不平衡关系外,其余各SNP位点间均不存在强连锁不平衡关系。g.108047658CG和g.108047915GA位点对柯乐猪产活仔数的影响达显著水平(PG位点表现为CG基因型个体的产活仔数显著高于GG基因型个体,g.108047915GA位点表现为AG基因型个体的产活仔数显著高于AA基因型个体。g.108047915GA位点突变导致柯乐猪XDH基因mRNA二级结构发生改变,最小自由能由-1508.90 kcal/mol上升到-1507.80 kcal/mol;且XDH基因等位基因G的突变还导致其编码蛋白分子式、相对分子量、理论等电点(pI)、不稳定系数及蛋白高级结构发生改变。【结论】柯乐猪XDH基因第33内含子g.108047658CG位点和第34外显子g.108047915GA位点对其产活仔数的影响达显著水平,可作为柯乐猪繁殖性状改良的潜在分子辅助标记。