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高通量测序方法在重症肺炎病原体检测的应用

中华检验医学杂志 2017年第8期40卷 609-613页

作者：刘孝荣马东礼姜含芳陈虹宇蔡德丰朱纯青郑跃杰粟东芳杨振宇刘艳红深圳市儿童医院深圳病原体高通量基因测序技术工程实验室 518038 深圳微健康基因科技有限公司

目的建立高通量测序技术检测重症肺炎病原体的流程和方法,并评估其可行性.方法临床对照研究. 收集2015年3月至2016年12月深圳儿童医院就诊的76例重症肺炎的患者（实验组）和18例气管软化并排除细菌感染的患者（对照组）,采集肺泡灌洗... 详细信息

目的建立高通量测序技术检测重症肺炎病原体的流程和方法,并评估其可行性.方法临床对照研究. 收集2015年3月至2016年12月深圳儿童医院就诊的76例重症肺炎的患者（实验组）和18例气管软化并排除细菌感染的患者（对照组）,采集肺泡灌洗液标本,同时进行临床检测和高通量测序,并对高通量测序的结果采用PCR方法进行确认,然后对基于高通量测序的重症肺炎病原体检测方法进行评估.采用χ2检验对高通量测序组和非高通量测序组的检出率进行相关性分析.结果建立了基于高通量测序的重症肺炎病原体的检测流程及方法,该流程包括：标本收集、DNA提取、文库构建、上机测序及生物信息学分析.在76例重症肺炎患者中,66例患者的肺泡灌洗液标本的高通量测序结果为阳性,灵敏度86.84%,显著高于传统临床检验所用的细菌培养、免疫荧光法和定量PCR 3种方法综合检测的灵敏度（68.42%,52/76,χ^2=7.426,P〈0.001）.66份高通量测序阳性标本中,共检测到13种病原体,其中主要的病原体包括肺炎支原体、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和腺病毒等,非高通量测序法共检测到9种病原体.比较临床检验和高通量测序结果,在76份实验组标本中,发现61份（80.26%）标本两者结果完全一致,15份（19.74%）标本结果不完全一致,这些不一致检出的标本主要集中在高通量测序检测出腺病毒、肺炎链球菌和流感嗜血杆菌而临床培养和免疫荧光方法不能检出这些病原体.PCR验证结果显示高通量检测结果与PCR的检测结果差异没有统计学意义（χ^2=0.517,P=0.472）,高通量检测结果与培养及免疫荧光方法检测结果差异有统计学意义（χ^2=11.671,P＆lt;0.001）.结论基于高通量测序的重症肺炎病原体的检测方法灵敏度高,能检测出未知病原体,优于传统临床检验所用方法.

关键词：高通量核苷酸序列分析肺炎肺炎支原体

儿童重症监护病房血液病/恶性肿瘤合并脓毒症患儿病原及耐药分析

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中国小儿急救医学 2024年第1期31卷 28-34页

作者：康亮亮武宇辉赫南南陈华保张宇聪余彬骈一周林家因中国医科大学深圳市儿童医院PICU 518038 中山大学附属第七医院儿科深圳518107 汕头大学医学院深圳市儿童医院PICU 518038 汕头大学医学院深圳市儿童医院急诊科 518038

目的探讨儿童重症监护病房(PICU)血液病/恶性肿瘤合并脓毒症患儿病原分布特点及耐药情况。方法回顾性分析2016年1月至2023年8月中国医科大学深圳市儿童医院PICU住院有明确病原的血液病/恶性肿瘤合并脓毒症患儿的病历资料。根据脓毒症28 ... 详细信息

目的探讨儿童重症监护病房(PICU)血液病/恶性肿瘤合并脓毒症患儿病原分布特点及耐药情况。方法回顾性分析2016年1月至2023年8月中国医科大学深圳市儿童医院PICU住院有明确病原的血液病/恶性肿瘤合并脓毒症患儿的病历资料。根据脓毒症28 d结局分为存活组及死亡组。结果纳入176例患儿,发生脓毒症202次,血流感染144例次(71.3%),肺部感染59例次(29.2%),腹部感染21例次(10.4%),软组织感染9例次(4.5%),神经系统感染9例次(4.5%),泌尿系统感染3例次(1.5%)。共确定病原菌244株,革兰阳性菌74株(30.3%):前3位分别是凝固酶阴性葡萄球菌(21株)、金黄色葡萄球菌(19株)、肺炎链球菌(13株);革兰阴性菌122株(50.0%):前3位分别是肺炎克雷伯菌(33株)、大肠埃希菌(25株)、铜绿假单胞菌(23株);真菌48株(19.7%):前3位分别是热带念珠菌(14株)、白色念珠菌(10株)、曲霉菌属及耶氏肺孢子菌(均为7株)。死亡组患儿的鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食假单胞菌及铜绿假单胞菌检出比例均高于存活组[9.0%(6/67)比2.3%(4/177),χ^(2)=3.971,P=0.046;9.0%(6/67)比1.1%(2/177),χ^(2)=7.080,P=0.008;16.4%(11/67)比6.8%(12/177),χ^(2)=5.288,P=0.021]。57例患儿标本同时送检培养及宏基因组学二代测序(mNGS)技术测定:25例培养和mNGS均检测出病原;30例mNGS检测阳性但培养阴性;2例培养阳性但mNGS检测阴性。多重耐药菌感染79株(46.8%):革兰阳性菌27株(34.2%)、革兰阴性菌52株(65.8%)。174例次(86.1%)脓毒症患儿在发热24 h内接受了经验性抗感染药物治疗。124例次(61.4%)初始经验性抗生素治疗正确覆盖了感染病原菌种类,40例次(19.8%)未覆盖,10例次(5.0%)覆盖不全。22例次(10.9%)尽管覆盖了病原菌种类,但药敏显示对初始抗生素耐药。51例患儿死亡。结论入住PICU的血液病/恶性肿瘤合并脓毒症病原菌以革兰阴性菌为主,其次为革兰阳性菌和真菌。多重耐药菌感染比例高。早期识别并结合本地区的病原学分布及耐药情况,经验性选择合理抗感染治疗策略,有助于提高救治成功率。

关键词：儿童重症监护病房脓毒症血液病肿瘤病原

基于转录组学的生脉饮抗登革1型病毒作用机制研究

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中国病原生物学杂志 2024年第9期19卷 1025-1030页

作者：陈杰张秋欢覃直然刘旭玲谢晓婷林一凡奚可欣吴清华张宝赵卫南方医科大学公共卫生学院广东省热带病研究重点实验室BSL-3实验室广东广州510515 中国科学院深圳先进技术研究院能量代谢与生殖研究中心中国人民武装警察部队广东省总队医院医学工程科

目的基于转录组学分析生脉饮抗登革1型病毒(DENV-1)的作用及其机制。方法采用3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐(MTT)法和细胞凋亡检测试剂盒检测生脉饮对C6/36、293、LO2、HBMEC和AC16细胞的增殖、凋亡及毒性作用,使用C6/36... 详细信息

目的基于转录组学分析生脉饮抗登革1型病毒(DENV-1)的作用及其机制。方法采用3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐(MTT)法和细胞凋亡检测试剂盒检测生脉饮对C6/36、293、LO2、HBMEC和AC16细胞的增殖、凋亡及毒性作用,使用C6/36细胞验证生脉饮对DENV-1的抑制作用。将LO2细胞分为4组,包括正常对照组、DENV-1感染组、利巴韦林处理组和生脉饮处理组,处理24 h后,收集细胞进行转录组测序,检测不同组之间的差异基因,并进行GO和KEGG富集分析。结果MTT结果显示生脉饮对不同细胞的半抑制浓度为17.5 mg/mL,4 mg/mL生脉饮对C6/36、293、LO2、HBMEC和AC16细胞的细胞凋亡无显著影响。转录组测序筛选到正常组与DENV-1组差异基因3995个,生脉饮组和DENV-1组差异基因3228个。生脉饮通过影响细胞周期、DNA复制、蛋白翻译、病毒转录等生物过程,以及调节p53、FoxO等信号通路,从而抑制DENV-1感染细胞。结论通过转录组测序分析表明,生脉饮通过调节多条信号通路抑制DENV-1感染细胞。

关键词：生脉饮登革热登革1型病毒转录组测序信号通路

基于转录组测序对两种化学型广藿香进行差异分析

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分子植物育种 2024年

作者：陈柏霖刘键锺巫锴丽严寒静康传志周良云中国中医科学院中药资源中心道地药材国家重点实验室培育基地国家中医药管理局岭南药材生产与开发重点研究室广东药科大学中药学院深圳市宝安人民医院广东省南药规范化种植与综合开发工程技术研究中心

为探究两种化学型广藿香有效成分的生物合成相关差异基因，本研究以“酮型”和“醇型”广藿香为材料，利用RNA-seq技术对两种广藿香的叶与茎进行转录组测序。经De novo组装拼接，共得到92 551个unigenes，其中46 226个注释到NR数据库，2... 详细信息

为探究两种化学型广藿香有效成分的生物合成相关差异基因，本研究以“酮型”和“醇型”广藿香为材料，利用RNA-seq技术对两种广藿香的叶与茎进行转录组测序。经De novo组装拼接，共得到92 551个unigenes，其中46 226个注释到NR数据库，25 617个在KOG数据库中注释，30 653个注释到Swissprot，40 967个注释到KEGG数据库。通过DEGseq共筛选出9 006个差异基因，“酮型”广藿香叶与“醇型”广藿香叶的差异基因有2 402个，“酮型”广藿香茎与“醇型”广藿香茎的差异基因有1 722个，相关差异基因主要富集在代谢通路、次生代谢通路、植物-病原体相互作用等KEGG通路。参与百秋里醇生物合成途径中的MEP途径的关键酶(DXR， MCT， MDS， HDS， HDR)以及PTS在两种化学型叶中的表达量均高于茎中的表达量。研究表明，聚酮合酶(PKS)可能是参与广藿香酮生物合成的关键酶，PKS在“酮型”广藿香中高表达。本研究为提高广藿香有效成分含量和广藿香栽培育种提供参考依据。

关键词：广藿香化学型转录组差异基因

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2008年深圳地区手足口病病原学调查

中华实验和临床病毒学杂志 2009年第5期23卷 334-336页

作者：张红梅李成荣刘勇军刘威龙付丹徐六妹谢靖婧谭艳王辉陈心春周伯平深圳市东湖医院 518020 深圳市儿童医院

目的研究2008年深圳地区手足口病病原体EV71和CoxA16感染情况，为手足口病的防治提供依据。方法应用RT—PCR技术检测307例手足口病患儿标本病原体EV71、CoxA16基因，将PCR产物测序，并应用ClustalW2在线分析软件进行序列分析、进化树分... 详细信息

目的研究2008年深圳地区手足口病病原体EV71和CoxA16感染情况，为手足口病的防治提供依据。方法应用RT—PCR技术检测307例手足口病患儿标本病原体EV71、CoxA16基因，将PCR产物测序，并应用ClustalW2在线分析软件进行序列分析、进化树分析。结果不同标本中EV71的阳性率分别为：大便标本24．4％（75／307）、咽拭子为7．8％（24／307）、外周血12．5％（1／8）；CoxA16的阳性率分别为，大便13．8％（28／203），咽拭子11．0％（20／181），其中EV71和CoxA16同时为阳性的有3份（0．98％）；脑脊液标本未检测到EV71和CoxA16。与标准株BrCr序列比对分析，测序的14例标本中，8例的EV71新出现多个位点变异，其中2例标本的A2528G变异导致氨基酸改变，即N595D，1例标本的A2714G变异引起氨基酸改变，即1658V。进化树分析显示，有2例标本的病毒株与anhui毒株亲缘关系较近，与标准株BrCr及深圳株SHH02—6、SHZH02—40、SHZH03—58等亲缘关系较远；而其余12株与上述毒株亲缘关系较远。根据文献报道的EV71基因分型方法分析，测序的14株EV71基因型为c型。结论在引起2008年深圳手足口病病原体中相当的比例是EV71，且可能部分是anhui病毒株的入侵。

关键词：肠道病毒属手足口病/病原学序列分析

ELANE基因突变致先天性粒细胞减少症1例临床及基因分析

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临床儿科杂志 2018年第11期36卷 848-851页

作者：何庭艳杨军王晓东夏宇张小玲王春静李成荣刘四喜深圳市儿童医院风湿免疫科广东深圳518038 深圳市儿童医院血液肿瘤科广东深圳518038

目的探讨ELANE基因突变所致先天性粒细胞减少症的临床特征、基因诊断、治疗及预后。方法分析1例先天性粒细胞减少症患儿的临床表现、免疫学指标、基因变异特点及诊治经过。结果患儿,女,7个月,生后粒细胞减少伴反复感染6个月;1月龄时患... 详细信息

目的探讨ELANE基因突变所致先天性粒细胞减少症的临床特征、基因诊断、治疗及预后。方法分析1例先天性粒细胞减少症患儿的临床表现、免疫学指标、基因变异特点及诊治经过。结果患儿,女,7个月,生后粒细胞减少伴反复感染6个月;1月龄时患支气管肺炎、中耳炎,2月龄时患化脓性颈部淋巴结炎、脐部化脓性感染、自身免疫性溶血性贫血,疑诊幼年型粒单核细胞白血病。体格检查发现,肝脏肋下4 cm,脾脏肋下1 cm,质韧,余未见异常。中性粒细胞(0.10～1.38)×10~9/L、单核细胞(1. 70～3. 58)×10~9/L、血红蛋白(65～10~8)g/L;多种病原学检测阳性;直接抗人球蛋白实验++++;IgG 24.28 g/L;淋巴细胞分型提示B细胞数量增多。骨髓涂片示原粒细胞占7%,中性中幼粒细胞以下阶段罕见,幼稚单核细胞占4.5%。基因测序显示ELANE基因3号外显子c.278_289del、p.93_97del自发突变。结论 ELANE基因突变致先天性粒细胞减少症临床特征包括难治性反复细菌感染和中性粒细胞减少,可伴自身免疫现象。

关键词：先天性粒细胞缺乏症 ELANE基因反复感染自身免疫造血干细胞移植

Sysmex XN-3000全自动血细胞分析流水线血小板聚集报警信息的可信性分析

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山东医药 2017年第8期57卷 91-93页

作者：曹科罗小娟李世兴刘新刚陶明俊王丹马东礼深圳市儿童医院广东深圳518038

目的分析Sysmex XN-3000全自动血细胞分析流水线(以下简称XN-3000)血小板聚集报警信息的可信性,并探讨其对血小板聚集的最佳诊断阈值。方法选取血液标本503例份,分别采用XN-3000和人工镜检判断血小板聚集情况。以人工镜检结果为金标准,... 详细信息

目的分析Sysmex XN-3000全自动血细胞分析流水线(以下简称XN-3000)血小板聚集报警信息的可信性,并探讨其对血小板聚集的最佳诊断阈值。方法选取血液标本503例份,分别采用XN-3000和人工镜检判断血小板聚集情况。以人工镜检结果为金标准,分析XN-3000警示值对血小板聚集的判断价值,并分析两种方法检测结果的关系。绘制受试者工作特征(ROC)曲线,分析XN-3000对血小板聚集的最佳诊断阈值。结果 XN-3000检测血小板聚集阳性158例份、阴性345例份,人工镜检血小板聚集阳性181例份、阴性322例份。XN-3000警示值判断血小板聚集的敏感性为76.2%,特异性为93.8%,阳性预测值为87.3%,阴性预测值为87.5%,准确性为87.5%。Pearson相关分析显示,XN-3000警示值与人工镜检血小板聚集阳性率呈正相关(r=0.987,P<0.01)。ROC曲线分析显示,XN-3000警示值判断血小板聚集的最佳临界值为80,此时敏感性为87.8%、特异性为91.6%、AUC为0.92。结论 XN-3000警示值判断血小板聚集的可信性较高,其最佳诊断阈值为80。

关键词：全自动血细胞分析仪血小板聚焦警示信息

1693例难治性肺炎患儿支气管肺泡灌洗液病原体培养分析

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中国感染控制杂志 2015年第6期14卷 379-382页

作者：黄宝兴邓继岿王红梅张艳赵瑞珍陈虹宇王和平马东礼深圳市儿童医院广东深圳518026

目的了解儿童难治性肺炎患儿感染的病原体及其耐药情况。方法对深圳市儿童医院2008年5月—2014年12月收治的难治性肺炎住院患儿行支气管镜术,并对支气管肺泡灌洗液(BALF)进行病原体培养及耐药性检测。结果共纳入1 693例难治性肺炎患儿,... 详细信息

目的了解儿童难治性肺炎患儿感染的病原体及其耐药情况。方法对深圳市儿童医院2008年5月—2014年12月收治的难治性肺炎住院患儿行支气管镜术,并对支气管肺泡灌洗液(BALF)进行病原体培养及耐药性检测。结果共纳入1 693例难治性肺炎患儿,226例患儿BALF标本培养病原体273株,革兰阳性菌占38.10%(104/273),其中肺炎链球菌71株、金黄色葡萄球菌23株;革兰阴性菌占58.24%(159/273),包括副流感嗜血杆菌44株,肺炎克雷伯菌28株,大肠埃希菌19株,铜绿假单胞菌17株;检出真菌10株,其中8株为白假丝酵母菌。肺炎链球菌对喹诺酮类、头孢曲松和头孢噻肟敏感性较高。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)占金黄色葡萄球菌的26.32%。副流感嗜血杆菌产β-内酰胺酶的菌株占32.72%,肺炎克雷伯菌中产β-内酰胺酶的菌株占62.96%。结论难治性肺炎患儿病原体主要为肺炎链球菌、副流感嗜血杆菌等,经验性治疗应重点覆盖上述病原体,疗效不佳时应考虑耐药可能,并及时根据培养和药敏结果进行目标性治疗。

关键词：支气管肺泡灌洗液支气管镜难治性肺炎抗药性,微生物病原学

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深圳儿童酿脓链球菌分离株多基因序列分型

中华实用儿科临床杂志 2022年第4期37卷 295-298页

作者：禹定乐梁云梅卢清华赵瑞珍陈运生郑跃杰杨永弘深圳市儿童医院呼吸科深圳518038 首都医科大学附属北京朝阳医院儿科北京100043 深圳市儿童医院检验科深圳518038 首都医科大学附属北京儿童医院微生物实验室北京100045

目的探讨酿脓链球菌,即β溶血性A族链球菌(GAS)在深圳的流行病学特征。方法对2016年1月至2018年12月深圳市儿童医院分离的GAS流行克隆群进行多基因序列分型(MLST)回顾性分析。本研究中32株分属于7个不同emm分型的GAS菌株分别来自32例患... 详细信息

目的探讨酿脓链球菌,即β溶血性A族链球菌(GAS)在深圳的流行病学特征。方法对2016年1月至2018年12月深圳市儿童医院分离的GAS流行克隆群进行多基因序列分型(MLST)回顾性分析。本研究中32株分属于7个不同emm分型的GAS菌株分别来自32例患有脓疱病、蜂窝组织炎、猩红热、脓毒症、肺炎、阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征、支气管炎、过敏性鼻炎、臀部脓肿、过敏性紫癜或咽扁桃体炎的患儿,分离自咽拭子23份,痰液5份,脓液3份和血液1份。应用聚合酶链反应技术对32株GAS菌株的7对等位看家基因(gki、gtr、murI、mutS、recP、xpt和yqiL)进行扩增,对目标基因产物进行测序。然后将获得的每个等位基因的基因序列提交至MLST网站,以获得相应的等位基因谱。最后将等位基因谱再次提交至MLST网站,以确认序列分型(ST)。结果emm 1.00及其亚型、emm 4.00、emm 12.00及其亚型、emm 22.00、emm 28.00、emm 75.00和emm 89.00的GAS克隆群分别属于MLST分型中的ST28、ST39、ST36、ST46、ST52、ST49和ST921。结论2016年至2018年导致深圳地区儿童感染的GAS分离株的MLST流行克隆群分别为ST28、ST39、ST36、ST46、ST52、ST49和ST921。

关键词：酿脓链球菌多基因序列分型 emm分型儿童