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基于线粒体COⅠ基因序列的江苏省4个太湖新银鱼群体遗传多样性分析

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海洋渔业 2020年第3期42卷 277-286页

作者：李大命唐晟凯刘燕山谷先坤刘小维殷稼雯王彬马昊张彤晴潘建林江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210097

为了解江苏省主要湖泊内太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的遗传背景,利用PCR扩增江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体153尾样本的COⅠ基因序列,并进行测序和分析。经比对获得630 bp的基因序列片段,检出7个变异位点,其中简约位... 详细信息

为了解江苏省主要湖泊内太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的遗传背景,利用PCR扩增江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体153尾样本的COⅠ基因序列,并进行测序和分析。经比对获得630 bp的基因序列片段,检出7个变异位点,其中简约位点3个,单一位点4个。153尾个体共定义9个单倍型,单倍型多样性为0.580±0.022(0.050±0.047~0.361±0.103),核苷酸多样性为0.00106±0.00007(0.00008±0.00007~0.00062±0.00020),呈现出较低的单倍型多样性和核苷酸多样性的特点。4个群体间的遗传距离为0.00012~0.00183。AMOVA分子方差分析表明,太湖新银鱼群体间的遗传差异(76.84%)大于群体内遗传差异(23.16%),遗传变异主要来自群体间。种群间遗传分化系数统计检验表明,太湖和洪泽湖群体及高邮湖和骆马湖群体之间差异不显著。中性检验和歧点分布分析表明,4个太湖新银鱼种群偏离中性进化,历史上经历过种群扩张。研究可为太湖新银鱼种质资源科学保护和合理利用提供理论依据。

关键词：太湖新银鱼 COⅠ基因遗传多样性遗传结构

江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析

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渔业科学进展 2020年第5期41卷 52-60页

作者：李大命唐晟凯刘燕山谷先坤刘小维殷稼雯张彤晴潘建林江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210017

太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类,主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊,近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景,本研究采用线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因序列,分析了江苏省太... 详细信息

太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类,主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊,近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景,本研究采用线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因序列,分析了江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个太湖新银鱼野生群体共144尾样本的遗传多样性及遗传结构。结果显示,太湖新银鱼Cyt b基因序列共发现29个变异位点,定义25个单倍型;平均单倍型多样性(Hd)为0.682±0.037,核苷酸多样性(π)为0.00231±0.00021;4个群体中,高邮湖群体的遗传多样性最高(Hd:0.609±0.078;π:0.00094±0.00027),太湖群体的遗传多样性最低(Hd:0.343±0.107;π:0.00075±0.00033)。分子方差分析(AMOVA)显示,太湖新银鱼群体间遗传差异(71.53%)大于群体内遗传差异(28.47%),遗传变异主要来自于群体间。遗传分化指数Fst值统计检验表明,骆马湖群体与太湖、高邮湖和洪泽湖群体之间有显著性差异。分子系统树和单倍型网络进化图分析显示,25个单倍型形成2个明显的地理分支,一支由太湖群体、高邮湖群体和洪泽湖群体组成,另一支由骆马湖群体组成。中性检验和错配分布图分析表明,太湖新银鱼历史上发生过群体扩张。整体来看,太湖新银鱼野生种群遗传多样性较低,应加强种质资源保护。建议将太湖、高邮湖群体和洪泽湖群体作为整体进行管理和保护,骆马湖群体单独管理和保护。

关键词：太湖新银鱼细胞色素b 遗传多样性遗传结构

网围拆除后东太湖鱼类功能群时空变化及影响因子

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湖泊科学 2022年第2期34卷 569-581页

作者：谷先坤刘燕山唐晟凯李大命张彤晴曾庆飞毛志刚陈辉辉谷孝鸿江苏省淡水水产研究所南京210017 江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210017 中国科学院南京地理与湖泊研究所南京210008

通过2019年4、7、10月对网围拆除后东太湖原网围养殖区和非养殖区鱼类资源的调查监测,构建“营养运动”复合功能群,分析探讨鱼类功能群的时空分布特征及其与环境因子的关系.结果表明:网围拆除后东太湖鱼类群落监测到39种,鲤科鱼类占比66... 详细信息

通过2019年4、7、10月对网围拆除后东太湖原网围养殖区和非养殖区鱼类资源的调查监测,构建“营养运动”复合功能群,分析探讨鱼类功能群的时空分布特征及其与环境因子的关系.结果表明:网围拆除后东太湖鱼类群落监测到39种,鲤科鱼类占比66.67%,与太湖相当(66%).采集到的鱼类可构建为4个营养功能群和5个运动功能群,共计11个复合功能群,其中“杂食性纺锤体型且运动能力强”功能群占比最大,比例为41.34%;其次为“初级肉食性纺锤体型且运动能力强”、“植食性纺锤体型且运动能力强”、“次级肉食性纺锤体型且运动能力强”功能群,占比分别为28.70%、13.46%、13.40%,其他功能群占比较少.在季节变化上,410月,原网围养殖区一直以“杂食强纺锤”鱼类功能群为主,非养殖区则是从“杂食性纺锤体型且运动能力强”+“植食性纺锤体型且运动能力强”功能群为主向“初级肉食性纺锤体型且运动能力强”功能群为主演变;空间分布上原网围养殖区杂食性、次级肉食性、植食性鱼类功能群密度大于非养殖区,初级肉食性功能群密度小于非养殖区.环境因子中氨氮是影响原网围区鱼类功能群结构分布的显著影响因子,且与所有鱼类功能群分布呈负相关.pH、总磷、总氮、溶解氧等也是影响鱼类功能群分布的主要环境因子,但其影响并未达到显著水平.鱼类功能群分析表明网围拆除对东太湖鱼类群落恢复及生态系统修复具有积极作用,但仍需对网围拆除后鱼类群落及自然环境的演变规律进一步探讨和分析.

关键词：功能群鱼类群落时空分布影响因子东太湖网围拆除

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

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淡水渔业 2017年第6期47卷 3-8页

作者：李大命张彤晴关浩勇唐晟凯刘燕山刘小维潘建林江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210017

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26... 详细信息

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。

关键词：湖鲚(Coilia nasus) 遗传多样性线粒体DNA 细胞色素b基因控制区序列

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析

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海洋渔业 2021年第2期43卷 149-159页

作者：李大命唐晟凯刘燕山谷先坤殷稼雯蒋琦辰朱凛李春宁张彤晴潘建林江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210017

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,... 详细信息

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_(st))为0.06199(P0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。

关键词：湖鲚线粒体控制区遗传多样性遗传结构

基于线粒体COI序列的洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)遗传多样性和种群结构分析

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海洋与湖沼 2015年第6期46卷 1339-1346页

作者：李大命张彤晴唐晟凯钟立强刘小维江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源与环境重点实验室南京210017

为研究洪泽湖河蚬种群遗传多样性及其遗传结构,采用线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COI)作为分子标记,采用PCR扩增洪泽湖4个河蚬群体(顾勒河GLH、临淮LH、蒋坝JB和高良涧GLJ)的COI基因片段并进行了序列测定和分析。结果表明,614bp长度的核... 详细信息

为研究洪泽湖河蚬种群遗传多样性及其遗传结构,采用线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COI)作为分子标记,采用PCR扩增洪泽湖4个河蚬群体(顾勒河GLH、临淮LH、蒋坝JB和高良涧GLJ)的COI基因片段并进行了序列测定和分析。结果表明,614bp长度的核苷酸片段中,碱基A+T的平均含量为65.0%,明显高于G+C的含量(35.0%)。共检测到73个多态位点,多态位点比例为11.9%,77个个体中共获22个单倍型(Gen Bank登录号:KM659000—KM659021),其中包括3个共享单倍型,4个群体的平均单倍型多样性指数h为0.889,平均核苷酸多样性指数π为0.04499,平均核苷酸差异数K为27.622,其中蒋坝群体的遗传多样性最高,顾勒河群体的遗传多样性最低。22个单倍型间的Kimura 2-paramter遗传距离为0.002–0.100,平均遗传距离为0.0514。NJ法构建的分子系统树显示22个单倍型聚为2个分支。4个群体间的遗传距离达0.03729—0.04969,基于群体间遗传距离构建的NJ系统树中,高良涧群体和顾勒河群体聚为一支,蒋坝群体和临淮群体聚集为一支。AMOVA分析表明,洪泽湖河蚬四群体间总遗传分化系数Fst为0.06325(P>0.05),93.67%遗传变异存在于群体内部,6.33%变异存在于群体间。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持稳定,未经历明显的种群扩张。

关键词：遗传多样性 COI基因河蚬洪泽湖

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淮河江苏段鱼类群落结构特征

中国水产科学 2020年第2期27卷 224-235页

作者：刘燕山唐晟凯李大命谷先坤朱滨清毛国庆张彤晴江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室金湖县水产技术推广站

根据2016—2018年的调查数据,对淮河江苏段鱼类群落结构和多样性进行了研究。共调查到鱼类56种,隶属于7目14科42属,其中鲤形目鱼类最多,占总种类数的66.07%。刀鲚(Coilia nasus)、翘嘴鲌(Culter alburnus)、大鳍鱊(Acheilognathus macro... 详细信息

根据2016—2018年的调查数据,对淮河江苏段鱼类群落结构和多样性进行了研究。共调查到鱼类56种,隶属于7目14科42属,其中鲤形目鱼类最多,占总种类数的66.07%。刀鲚(Coilia nasus)、翘嘴鲌(Culter alburnus)、大鳍鱊(Acheilognathus macropterus)和兴凯鱊(Acheilognathus chankaensis)分别为冬季、夏季、秋季和春季的第一优势种。刺网和地笼的年CPUE均值分别为(1190.15±220.28)g/(net·d)和(74.87±12.96)g/(net·d)。Shannon-Wiener多样性指数、Margalef种类丰富度指数和Pielou均匀度指数分别为2.88～3.85、2.75～4.74和0.74～0.81。丰度/生物量曲线表明,冬季、夏季和秋季鱼类群落处于中度干扰状态,春季群落处于严重干扰状态。聚类分析结果表明,各季节淮河江苏段不同区域的鱼类群落相似性均低于57.02%。SIMPER相似性百分比分析结果也表明,盱眙断面和金湖断面不同季节的鱼类群落组成平均相似性仅为41.85%和36.23%,而盱眙断面和金湖断面平均相异性达到了71.21%。

关键词：鱼类群落结构鱼类多样性淮河江苏段

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太湖春季和秋季浮游植物的光合作用活性

环境科学研究 2014年第8期27卷 848-856页

作者：李大命于洋张彤晴唐晟凯周军周刚江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 中国科学院南京地理与湖泊研究所湖泊与环境国家重点实验室江苏南京210008

应用Phyto-PAM浮游植物荧光仪对2012年太湖浮游植物群落光合作用活性的时空分布进行测定.结果表明：春季蓝藻、绿藻和硅甲藻的FvFm（最大光量子产量）分别为0.35-0.49、0.34-0.68和0.09-0.56;秋季则分别为0.34-0.53、0.55-0.68和0.2... 详细信息

应用Phyto-PAM浮游植物荧光仪对2012年太湖浮游植物群落光合作用活性的时空分布进行测定.结果表明：春季蓝藻、绿藻和硅甲藻的FvFm（最大光量子产量）分别为0.35-0.49、0.34-0.68和0.09-0.56;秋季则分别为0.34-0.53、0.55-0.68和0.28-0.61.春季蓝藻、绿藻和硅甲藻的NPQ（非光化学淬灭）分别为0.012-0.165、0.085-0.201和0.104-0.281,秋季则分别为0.035-0.263、0.052-0.118和***（快速光响应曲线）的特征参数表明,太湖浮游植物群落光能利用效率和光合作用速率具有显著时空差异.相关分析表明,绿藻和硅甲藻的光合作用活性与环境因子没有显著相关性;而蓝藻的FvFm与RLC的特征参数呈显著正相关,与ρ（Chla）呈显著正相关（P〈0.05,R=0.49）,与SD（透明度）呈极显著负相关（P〈0.01,R=-0.56）,说明太湖蓝藻的光合作用活性与富营养化水平具有一致性.从空间分布来看,草型湖区蓝藻的光合作用活性和ρ（Chla）均显著低于藻型湖区,表明水草能抑制蓝藻的光合作用活性和生长,进而降低蓝藻水华强度.

关键词：叶绿素荧光光合作用活性最大光量子产量浮游植物太湖

洪泽湖野生河蚬(Corbiculafluminea)线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

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渔业科学进展 2015年第5期36卷 81-86页

作者：李大命张彤晴唐晟凯钟立强刘小维江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水体渔业资源与环境重点实验室南京210017

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,... 详细信息

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002-0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。

关键词：河蚬细胞色素氧化酶亚基Ⅰ 遗传多样性洪泽湖