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microRNA合成通路基因SNP与头颈鳞癌发病风险的关联研究

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中华流行病学杂志 2016年第8期37卷 1069-1073页

作者：袁雯雯杭栋王礼华陈苏虹丁中兴胡志斌马红霞南京医科大学公共卫生学院流行病学系 211166 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室、肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的探讨microRNA合成通路基因单核苷酸多态性（SNP）与头颈鳞癌发病风险的关联。方法采用病例对照研究设计，纳入年龄（±5岁）、性别频数匹配的576例头颈鳞癌患者和1 552名健康对照。应用Illumina Infinium BeadChip平台检测microRN... 详细信息

目的探讨microRNA合成通路基因单核苷酸多态性（SNP）与头颈鳞癌发病风险的关联。方法采用病例对照研究设计，纳入年龄（±5岁）、性别频数匹配的576例头颈鳞癌患者和1 552名健康对照。应用Illumina Infinium BeadChip平台检测microRNA合成通路上DICER1、GEMIN3、PIWIL1的8个潜在功能性SNP位点。通过单因素和多因素logistic回归模型分析不同基因型与头颈鳞癌间的关联。结果 PIWIL1 rs1106042（G〉A）的等位基因频率在病例组和对照组中的差异有统计学意义（P=0.011）；在调整年龄、性别、吸烟和饮酒等因素后，携带rs1106042 A等位基因的基因型个体发生头颈鳞癌的风险降低（相加模型：aOR=0.73，95% CI：0.57～0.93， P=0.011）；分层分析显示，rs1106042 A等位基因在年龄≥60岁、女性、非吸烟、非饮酒、口腔癌亚组中具有降低肿瘤发病风险的效应（P〈0.05）。结论 PIWIL1基因的潜在功能SNP位点可能与中国人群头颈鳞癌的发病风险相关。

关键词：头颈鳞癌微小RNA 单核苷酸多态性 PIWIL1 病例对照研究

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环状RNA与肿瘤研究进展

中华肿瘤防治杂志 2017年第4期24卷 282-286页

作者：帅优马佩束永前南京医科大学第一附属医院肿瘤科江苏南京210029 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室江苏省肿瘤个体化医学协同创新中心江苏南京211166

目的环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一种不同于线性RNA的新型RNA,其广泛存在于各种生物细胞中。本研究总结了环状RNA的生物起源、作用机制以及其在肿瘤发生发展中的作用。方法应用中国知网和PubMed中英文数据库,以"circRNAs和肿瘤"... 详细信息

目的环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一种不同于线性RNA的新型RNA,其广泛存在于各种生物细胞中。本研究总结了环状RNA的生物起源、作用机制以及其在肿瘤发生发展中的作用。方法应用中国知网和PubMed中英文数据库,以"circRNAs和肿瘤"等为关键词,检索2014-2016年的相关文献。纳入标准:(1)circRNAs的生物学合成;(2)circRNAs的作用机制;(3)circRNAs在肿瘤发生发展中的作用。根据纳入标准,符合分析的文献35篇。结果 circRNA是一类新型非编码RNA,共价闭合环路所形成的环状结构是它的特征。这类具有组织特异性的转录本主要来自宿主基因的外显子或内含子序列。尽管已提出circRNAs多种生物起源模式,但是对circRNAs的了解还只是冰山一角。circRNAs的表达与多种疾病有关,并且可能作为该疾病新型诊断或预后预测的生物标志物。circRNAs可以调节与肿瘤相关的miRNAs的表达,这种circRNA-miRNA-mRNA轴可以调控与癌症相关通路,既可促进也可以拮抗肿瘤的发生发展。结论深入研究环状RNA在肿瘤的发生发展中所起的作用,有望在肿瘤的诊断和靶向治疗以及预后判断方面提供新的思路。

关键词：环状RNA 非编码RNA 竞争性内源RNA 微小RNA 基因表达调控

中心体调节基因遗传变异与胃癌关联及其机制研究

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中心体调节基因遗传变异与胃癌关联及其机制研究

环状RNA分子circ＿0007766通过上调细胞周期相关蛋白Cyclin D1/CyclinE1/CDK4的表达促进肺腺癌细胞增殖

2019年中国肿瘤标志物学术大会暨第十三届肿瘤标志物青...

作者：王锦晨颜财旺倪静靳光付南京医科大学江苏省肿瘤个体化医学协同创新中心江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室

研究背景中心体作为细胞中微管聚合中心和纺锤体的核心成分,在控制细胞的分裂、极性、生长和迁移中起重要作用。近年来,中心体调节基因的遗传变异也已显示出与多种肿瘤风险相关。但是中心体调节基因的遗传变异在胃癌中的作用尚不明确。... 详细信息

研究背景中心体作为细胞中微管聚合中心和纺锤体的核心成分,在控制细胞的分裂、极性、生长和迁移中起重要作用。近年来,中心体调节基因的遗传变异也已显示出与多种肿瘤风险相关。但是中心体调节基因的遗传变异在胃癌中的作用尚不明确。研究方法本研究采用大样本病例对照研究设计。首先,在MSigDB数据库五个中心体调节通路中提取了136个候选基因,基于千人基因组计划汉族人群数据,纳入候选基因及其上下游10Kb内29392个单核苷酸多态性(SNP)作为候选;通过4项胃癌GWAS数据库,采用逐步logistic回归,鉴定候选基因独立效应位点;结合Genotype-Tissue Expression(GTEx)数据库,筛选与其靶基因表达显著相关的独立效应位点,并基于胃粘膜及胚胎胃组织的各类组蛋白CHIP-seq数据,对与独立关联遗传变异存在高度连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)关系的所有遗传位点进行功能注释,并通过双荧光素酶报告基因实验评价了候选功能性位点对所在区域转录活性的影响;对于候选基因,在胃癌细胞系中应用siRNA敲低易感基因,并通过细胞表型实验,探究易感基因在胃癌发生中的作用。研究结果我们发现两个独立的遗传变异:rs1697950位于5p13.33(P=1.07×10-4),rs6465096位于7q11.23(P=3.17×10-4)与胃癌风险显著相关。eQTL分析显示,其风险等位基因rs1697950-A和rs6465096-T分别增加CEP72和YWHAG(P=7.30×10-4,1.60×10-3)的表达水平。分别对与rs1697950和rs6465096存在高LD的所有遗传变异进行功能注释,结果提示rs924607、rs2961037-rs2961038可能是两个候选区域的潜在功能性位点。报告基因实验证实位于CEP72上游的rs924607所在区域具有启动子活性,而位于YWHAG下游的rs2961037-rs2961038所在区域具有增强子活动;通过siRNA分别敲降CEP72和YWHAG后,胃癌细胞的增殖、迁移、侵袭能力显著降低,提示该基因在胃癌的发生中起到促癌基因的作用。研究结论本研究证实中心体调节基因的遗传变异可能通过调节CEP72和YWHAG的表达,在胃癌的发生中发挥重要作用。

关键词：中心体胃癌遗传变异 CEP72 YWHAG

来源： cnki会议评论

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中国肺癌杂志 2019年第5期22卷 271-279页

作者：张帅夏文佳董高超徐维章李明许林江苏省肿瘤医院&江苏省肿瘤防治研究所&南京医科大学附属肿瘤医院胸外科江苏省恶性肿瘤分子生物学及转化医学重点实验室南京210009

背景与目的环状RNA(circular RNA, circRNA)是有别于传统线性RNA的一类新型非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),越来越多的研究提示circRNA可作为诸多恶性肿瘤的生物学标志物,并成为治疗的潜在靶标。因此从circRNA角度挖掘肺腺癌新型分子靶... 详细信息

背景与目的环状RNA(circular RNA, circRNA)是有别于传统线性RNA的一类新型非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),越来越多的研究提示circRNA可作为诸多恶性肿瘤的生物学标志物,并成为治疗的潜在靶标。因此从circRNA角度挖掘肺腺癌新型分子靶标,将有助于揭示肺腺癌发生发展新机制,并为临床诊疗提供新思路。本研究针对前期筛选出的一个肺腺癌组织高表达circRNA即circ_0007766进行体外生物学功能验证和分析,从而对circ_0007766促进肺腺癌增殖的相关机制进行初步探索。方法首先通过qPCR检测考察肺腺癌细胞中circ_0007766的表达水平,然后采用siRNA干扰circ_0007766的表达,通过CCK8法、划痕修复、PI单染和AnnexinV/PI双染方法检测circ_0007766沉默表达对肺腺癌细胞的增殖、周期和凋亡作用的影响。此外,我们还采用qPCR和western blots方法初步研究了circ_0007766在肺腺癌细胞中的生物学作用机制。结果 qPCR检测表明肺腺癌细胞株中表达有circ_0007766,在SPCA-1细胞中干扰circ_0007766表达,发现细胞增殖和迁移能力受到了抑制,细胞周期发生了G_0/G_1期阻滞,而细胞凋亡则不受影响。circ_0007766的缺失并不影响其亲本基因ERBB2的mRNA表达,而对eIF4A3调控的细胞周期相关基因Cyclin D1/Cyclin E1/CDK4的mRNA和蛋白水平均有影响。结论本研究通过体外功能学研究,发现circ_0007766可能对肺腺癌细胞增殖、迁移具有促进的作用,进一步的分子机制研究发现circ_0007766可上调细胞周期关键蛋白Cyclin D1/Cyclin E1/CDK4的表达,进而促进肺腺癌恶性增殖。本研究以circRNA为视角,将对肺腺癌发生发展机理及预后判断提供新线索,为临床治疗应用提供新靶标。

关键词：肺腺癌环状RNA/circRNA circ_0007766

“磨玻璃影”特征的早期肺腺癌中MPP成分的突变特征分析及ZNF469基因的探索

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中国肺癌杂志 2023年第12期26卷 889-900页

作者：许有涛孙钦泓王思炜朱鸿宇董国璋孟凡尘夏志军游静孔祥茹吴金涛陈鹏袁方慰余新宇季金芾李知桐朱鹏程孙宇翔刘桐言尹荣许林南京医科大学附属肿瘤医院江苏省肿瘤医院胸外科江苏省肿瘤防治研究所江苏省恶性肿瘤分子生物学及转化医学重点实验室南京210009

背景与目的目前,肺癌依然是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。而在早期肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中,微乳头(micropapillary,MPP)成分尤其常见,且通常表现出高侵袭性,其与早期转移、淋巴浸润的风险以及患者的5年生存率显著相... 详细信息

背景与目的目前,肺癌依然是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。而在早期肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中,微乳头(micropapillary,MPP)成分尤其常见,且通常表现出高侵袭性,其与早期转移、淋巴浸润的风险以及患者的5年生存率显著相关。本研究旨在探究以磨玻璃影(ground-glass opacities,GGOs)为特征的早期LUAD中MPP成分和非MPP成分的异同,寻找MPP成分所特有的突变特征,并分析锌指蛋白家族的ZNF469基因与早期LUAD预后以及免疫浸润的关系。方法收集31例LUAD恶性肺结节,采用显微解剖法将其分为成对的MPP和非MPP成分。对早期恶性肺结节组分进行全外显子组测序(whole-exome sequencing,WES),利用maftools、非负矩阵分解(Nonnegative Matrix Factorization,NMF)法、Sigminer等方法进行突变特征分析,以揭示侵袭性LUAD中MPP组分相比于其他肿瘤组织所特有的基因组突变特征。利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的LUAD数据库中ZNF469的表达情况,探讨其与肺癌预后的关系;利用GeneMANIA数据库以及基因本体(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析探索LUAD中与ZNF469相关基因的互作网络及信号通路;利用TIMER和TISIDB数据库分析ZNF469表达与LUAD中免疫细胞浸润水平的相关性。结果MPP成分具有较多的基因组变异,相比于非MPP成分的肿瘤组织,癌症体细胞突变目录(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer,COSMIC)的13号突变特征(胞苷脱氨酶家族,APOBEC)是MPP成分所特有的,这提示其参与了MPP成分对LUAD早期侵袭过程的促进作用;并且APOBEC特征高的MPP样本具有更高的肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB),提示这些患者更能从免疫治疗中获益。LUAD中突变ZNF469的表达高于正常组织,与LUAD患者的不良预后有关。基因互作网络分析以及GO和KEGG富集分析发现,COL6A1、COL1A1、COL1A2、TGFB2、MMP2、COL8A2、C2CD4C等与ZNF469具有相互作用,且主要与编码胶原蛋白、参与细胞外基质构成有关。ZNF469表达与肿瘤的免疫浸润呈正相关。结论本研究揭示了中国人群侵袭性LUAD中MPP成分的特有突变特征,并发现突变ZNF469的高表达影响LUAD预后与免疫浸润,推测ZNF469可作为LUAD潜在的诊断及预后生物标志物。

关键词：肺肿瘤磨玻璃影微乳头成分突变特征分析 ZNF469基因

观察性研究中针对未测量混杂干扰的敏感性分析方法

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中华流行病学杂志 2019年第11期40卷 1470-1475页

作者：王丹华尤东方黄丽红赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室 211166 复旦大学附属中山医院生物统计室上海200032 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京211166 肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室 211166

目的介绍敏感性分析方法,并对不同方法进行探讨和比较.方法通过模拟试验和实例比较混杂函数敏感性分析法和边界因子敏感性分析方法在观察性研究中校正未测量混杂因素准确性的差异.结果模拟试验与实际例子研究结果均显示,当暴露(X)与... 详细信息

目的介绍敏感性分析方法,并对不同方法进行探讨和比较.方法通过模拟试验和实例比较混杂函数敏感性分析法和边界因子敏感性分析方法在观察性研究中校正未测量混杂因素准确性的差异.结果模拟试验与实际例子研究结果均显示,当暴露(X)与结局(Y)之间存在未测量混杂情况下,混杂函数法和边界因子相比,在分析未测量混杂因素的效应至少达到多大强度才能导致观测效应值大小和方向彻底改变的问题上,混杂函数和边界因子分析结果相似.但混杂函数法在完全解释观测效应值时所需的混杂效应强度小于边界因子做出同样解释所需的混杂效应值.边界因子分析中设置两个参数,而混杂函数中只有一个参数,混杂函数法在分析计算过程中较边界因子法简便灵敏.结论对于真实世界观察性研究数据,分析暴露(X)与结局(Y)之间的因果效应时,敏感性分析过程必不可少,从计算过程和结果解释上,混杂函数敏感性分析方法是一个值得推荐的方法.

关键词：观察性研究因果推断未测量混杂因素敏感性分析

循环肿瘤细胞的磁分离法建立及在肺癌EGFR-TKI治疗中的应用

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临床检验杂志 2015年第3期33卷 170-174页

作者：阴建尹寒露王毅陈文萍陈立文刘志安胡志斌沈洪兵南京医科大学公共卫生学院流行病学系江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京211166 南京市胸科医院呼吸科南京210009

目的探索磁分离循环肿瘤细胞(circulating tumor cells,CTCs)联合竞争性等位基因特异性Taq ManPCR(Cast PCR)检测表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的可行性。方法收集12例晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者血液... 详细信息

目的探索磁分离循环肿瘤细胞(circulating tumor cells,CTCs)联合竞争性等位基因特异性Taq ManPCR(Cast PCR)检测表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的可行性。方法收集12例晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者血液样本各7.5 m L,两步法磁分离CTCs,免疫荧光染色检测上皮细胞黏附分子(Ep CAM)和细胞角蛋白(Cytokeratin)后,流式细胞术检测CTCs数量及纯度;Cast PCR检测CTCs及循环DNA中EGFR基因del EGFR19、T790M和L858R突变;用EGFR基因突变检测试剂盒(ADx-ARMS法)检测癌组织的上述位点突变。结果高表达与不表达Ep CAM的CTCs分别在6例和12例NSCLC患者中被检测出;del EGFR19、T790M和L858R突变例数分别在2例、8例和5例NSCLC患者的CTCs中被检测出,其总检出率为83.3%(10/12);2例患者的循环DNA中检出L858R突变;ADx-ARMS法检测12例NSCLC患者癌组织中上述3种突变分别是2例、5例和3例,总检出率为75.0%(9/12)。CTCs与癌组织的突变具有一致性(Kappa=0.75,P=0.007),循环DNA与癌组织的突变一致性无统计意义(Kappa=0.06,P=0.546)。结论磁分离CTCs联合Cast PCR能有效检测EGFR基因突变,值得在NSCLC患者的EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)治疗中推广应用。

关键词：循环肿瘤细胞非小细胞肺癌磁分离表皮生长因子受体基因突变酪氨酸激酶抑制剂

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EBV疫苗研发新突破:gB纳米颗粒疫苗

科学通报 2024年第3期69卷 324-326页

作者：孙聪谢楚曾木圣华南恶性肿瘤防治全国重点实验室广东省鼻咽癌诊治研究重点实验室广东省恶性肿瘤临床医学研究中心中山大学肿瘤防治中心广州510060

EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)是首个被发现的人类致瘤病毒,广泛感染全球超过90%人群[1].作为世界卫生组织认定的一类致癌物,EBV与多种淋巴及上皮细胞肿瘤有密切相关性,其中包括鼻咽癌、淋巴瘤、EBV相关胃癌等,每年有超过20万新增肿... 详细信息

EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)是首个被发现的人类致瘤病毒,广泛感染全球超过90%人群[1].作为世界卫生组织认定的一类致癌物,EBV与多种淋巴及上皮细胞肿瘤有密切相关性,其中包括鼻咽癌、淋巴瘤、EBV相关胃癌等,每年有超过20万新增肿瘤病例与EB病毒感染相关.此外,EBV还是传染性单核细胞增多症的直接病原体,并与一系列自身免疫性疾病如多发性硬化症、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎等相关[2].因此,EB病毒疫苗的研发对降低EB病毒感染相关的疾病负荷具有重要意义[3].

关键词：传染性单核细胞增多症 EB病毒感染疫苗研发密切相关性自身免疫性疾病系统性红斑狼疮类风湿性关节炎致瘤病毒

血清/血浆microRNA检测方法探讨与建立

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南京医科大学学报（自然科学版） 2011年第4期31卷 529-531页

作者：张晓娟董静马红霞胡志斌沈洪兵南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京医科大学肿瘤中心江苏南京210029

目的:观察实时荧光定量PCR技术检测血清/血浆microRNA表达水平的影响因素。方法:从样本来源、抗凝剂选择、样本储存时间等方面探讨实时荧光定量PCR技术检测血清/血浆miRNA表达的影响因素。结果:miRNA表达在血清和血浆中没有明显差异,样... 详细信息

目的:观察实时荧光定量PCR技术检测血清/血浆microRNA表达水平的影响因素。方法:从样本来源、抗凝剂选择、样本储存时间等方面探讨实时荧光定量PCR技术检测血清/血浆miRNA表达的影响因素。结果:miRNA表达在血清和血浆中没有明显差异,样本储存时间对miRNA的表达没有明显影响,但使用肝素抗凝会明显抑制miRNA的表达。结论:成功建立了一套标准化的血清/血浆miRNA表达检测方法。

关键词：血清/血浆 microRNA 实时荧光定量PCR