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基于多种机器学习算法的人血浆辐射敏感脂质代谢物模型探索

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中华放射医学与防护杂志 2024年第6期44卷 457-463页

作者：陈琦赵骅蔡恬静高义哲高玲刘青杰中国疾病预防控制中心辐射防护与核安全医学所辐射防护与核应急中国疾病预防控制中心重点实验室北京100088 湖北省疾病预防控制中心传染病防治所急性传染病预防控制部武汉430079

目的通过脂质组学方法联合机器学习(ML)多种算法,探索人外周血辐射敏感脂质代谢物分类模型。方法收集2023年3—9月北京市某综合医院准备接受骨髓移植的25例白血病放射治疗病例,照射前和照射后外周血样本97份,其中对照组24份,为照射前血... 详细信息

目的通过脂质组学方法联合机器学习(ML)多种算法,探索人外周血辐射敏感脂质代谢物分类模型。方法收集2023年3—9月北京市某综合医院准备接受骨髓移植的25例白血病放射治疗病例,照射前和照射后外周血样本97份,其中对照组24份,为照射前血液样本;辐射组73份,为4、8、12 Gy照射剂量下的24、25和24份血液样本。采用基于超高效液相色谱-串联质谱(UPLC⁃MS/MS)平台的靶向脂质组学方法,分析辐射组与对照组差异脂质。线性回归筛选0~12 Gy的剂量范围内辐射剂量响应脂质。采用5种机器学习方法构建训练集辐射分类模型,验证集进行模型的验证和评价。结果与对照组相比,辐射组敏感的脂质代谢物中62个脂质浓度变化差异有统计学意义(t=-4.91~4.74,P<0.05),包括鞘磷脂(SM)、胆固醇酯(CE)、神经酰胺(Cer)、磷脂酰肌醇(PI)、己糖神经酰胺(HexCer)、溶血磷脂酰胆碱(LysoPC)、醚磷脂酰胆碱(PCO)、磷脂酰乙醇胺(PE)、溶血磷脂酰乙醇胺(LysoPE)这9大类。在0~12 Gy的剂量范围内,筛选出20种具有良好剂量反应的脂质代谢物,包括11个SM,7个CE,1个Cer和1个PI。决策树(DT)、支持向量机(SVM)、轻量梯度增强机(Light GBM)、随机森林(RF)、K最邻近(KNN)这5种机器学习训练模型拟合均较好(F1=0.69~1.00),灵敏度较高。通过评价验证指标,辐射分类判定效果最好的模型为随机森林(灵敏度1.00、准确率0.72、F1值0.80)。结论通过靶向脂质组学分析,发现人类样本中辐射响应的脂质代谢物和辐射剂量响应的脂质。机器学习方法中的RF模型可以为探索人类辐射脂质代谢物模型提供新的思路。

关键词：电离辐射脂质组学机器学习随机森林

2007—2022年山东省百日咳流行特征及临床特点分析

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中华预防医学杂志 2024年第1期58卷 33-39页

作者：冯蕾张岩刘新民刘桂芳刘晓冬李漫时张丽徐爱强山东省疾病预防控制中心免疫预防管理所、山东省传染病预防控制重点实验室济南250014 东营市疾病预防控制中心传染病预防控制科东营257091 山东大学预防医学研究院济南250014

目的分析2007—2022年山东省百日咳流行特征及临床特点。方法收集中国疾病预防控制信息系统中2007—2022年山东省的百日咳病例资料,同时收集2007—2022年山东省百日咳疑似病例个案调查表数据库的部分个案信息,并分析百日咳的三间分布特... 详细信息

目的分析2007—2022年山东省百日咳流行特征及临床特点。方法收集中国疾病预防控制信息系统中2007—2022年山东省的百日咳病例资料,同时收集2007—2022年山东省百日咳疑似病例个案调查表数据库的部分个案信息,并分析百日咳的三间分布特征和临床特点,绘制山东省百日咳病例空间分布地图。结果2007—2022年山东全省共报告百日咳病例26122例,年报告发病率为0.11/10万~5.77/10万。每月均有百日咳病例报告,以春夏季居多,7、8月达到发病高峰。百日咳病例主要分布在中、西部地区,东部地区较少,热点地区由2007—2013年的菏泽、德州转移为2014—2022年的济南、泰安。发病年龄范围为1 d~93岁;≤1岁病例数最多(41.81%,10922/26122),0~6月龄病例占比由2007—2013年的32.21%(67/208)~55.67%(157/282)降低至2014—2022年的16.78%(883/5263)~41.97%(444/1058),趋势检验具有统计学意义(χ^(2)_(趋势)=670.01,P山东省百日咳病例发病率呈上升趋势,以低龄幼儿居多;临床症状较为典型。

关键词：博德特菌,百日咳疫苗流行病学研究临床特点监测

山东省居民急性心肌梗死发病流行特征及空间聚集性分析

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中华流行病学杂志 2024年第6期45卷 844-851页

作者：张丙银徐春晓陈先献唐俊利董静任杰鹿子龙郭晓雷马吉祥山东省疾病预防控制中心慢性非传染性疾病防制所济南250014 山东省疾病预防控制中心济南250014

目的了解山东省居民急性心肌梗死(AMI)发病特征和流行趋势,为制定防控策略提供科学依据。方法资料源自2012-2021年山东省慢性病监测信息管理系统上报的AMI发病数据。以粗发病率和标化发病率为指标描述AMI发病水平,采用Joinpoint回归分... 详细信息

目的了解山东省居民急性心肌梗死(AMI)发病特征和流行趋势,为制定防控策略提供科学依据。方法资料源自2012-2021年山东省慢性病监测信息管理系统上报的AMI发病数据。以粗发病率和标化发病率为指标描述AMI发病水平,采用Joinpoint回归分析发病率和发病年龄随年份的变化趋势。应用率的差别分解法评估人口老龄化对AMI发病率上升的贡献度。采用ArcGIS 10.8软件对山东省各区(县)发病率进行地图可视化展示,采用DeoDa 1.12软件进行全局和局部空间自相关分析。结果2012-2021年,山东省19个省级监测点共报告AMI发病198233人次,男性占53.13%,≥45岁人群占97.12%。报告粗发病率从2012年的90.12/10万上升至2021年的176.54/10万,年均上升7.01%(Z=7.35,P山东省西北地区的聊城市、德州市以及西南地区菏泽市。结论山东省居民AMI发病率呈上升趋势,且具有空间聚集性和季节聚集性,≥45岁、男性和农村居民是发病高危人群,男性发病呈一定的年轻化趋势。应针对高发季节、高危人群和山东省西北地区高发聚集区域采取重点防控措施。

关键词：急性心肌梗死发病率流行趋势空间分布

一种基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法的建立

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中华预防医学杂志 2024年第4期58卷 489-496页

作者：苏文哲李岩陆维智谢华萍李魁彪狄飚聂凯王环宇张周斌许松涛广州市疾病预防控制中心病毒免疫部广州510440 山东省疾病预防控制中心传染病防制所济南250000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 广州市疾病预防控制中心主任室广州510440

目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列,经序列比对筛选出备选参考序列,使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化,并使用7份C... 详细信息

目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列,经序列比对筛选出备选参考序列,使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化,并使用7份CHIKV阳性样品对实验流程进行评估。结果:本研究所设计的引物方案可对各阳性样品进行成功扩增;在样品Ct值小于33时,可获得完整编码区序列;样品Ct值达到35时,可获得99.38%的编码区序列;使用多次迭代,逐步校正的拼接策略可将拼接成功率提高5.70%~25.43%。结论:建立的基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法操作简单,对多个浓度的基孔肯雅病毒阳性临床样品均表现良好。

关键词：基孔肯雅病毒全基因组测序多重PCR 高通量测序

济南市新确证HIV-1型感染者的分子传播网络特征分析

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现代预防医学 2024年第1期51卷 143-148页

作者：韩莹潘晶赵帅滕婉莹李欣王美花黄玉洁韩秀云李新蕊刘岚铮济南市疾病预防控制中心山东省疾病预防控制中心

目的分析济南市新确证人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)感染者传播关系的分子网络特征，为疫情流行趋势和防治提供依据。方法收集济南市2021年新报告的感染HIV-1的血液样本168份，通过巢式PCR扩增HI... 详细信息

目的分析济南市新确证人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)感染者传播关系的分子网络特征，为疫情流行趋势和防治提供依据。方法收集济南市2021年新报告的感染HIV-1的血液样本168份，通过巢式PCR扩增HIV-1的pol区基因，采用neighbor-joining方法构建进化树，基因距离济南市HIV-1亚型丰富，主要为CRF01＿AE和CRF07＿BC亚型。应构建分子传播网络对济南市进行长期监测，以采取针对性的措施阻断其传播。

关键词：艾滋病人类免疫缺陷病毒1型分子传播网络分子簇耐药

基于基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术的快速沙门菌血清型分型

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中华流行病学杂志 2024年第9期45卷 1266-1272页

作者：王鲁彦侯心娇孙慧颖刁保卫李杰闫梅英山东省阳信县疾病预防控制中心滨州251800 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206 山东大学公共卫生学院济南250061

目的应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对常见沙门菌血清型进行鉴定,为临床早期精确治疗提供病原学依据。方法收集不同地区来源的500株菌株,采用血清凝集及基因组测序方法确定5种临床常见的沙门菌(包括伤寒沙门菌、... 详细信息

目的应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对常见沙门菌血清型进行鉴定,为临床早期精确治疗提供病原学依据。方法收集不同地区来源的500株菌株,采用血清凝集及基因组测序方法确定5种临床常见的沙门菌(包括伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、印第安纳沙门菌)血清型,提取菌株的蛋白复合物,进行图谱采集,构建肽指纹图谱数据库,利用不同模块算法建立沙门菌血清分型方法,然后用155株测试菌株评价该分型方法的准确性。结果建立了5种沙门菌血清型MALDI-TOF MS数据库,在此基础上建立基于匹配算法和基于神经元卷积网络机器学习方法的2种沙门菌血清型分型方法,通过测试菌株分别评价2种分型方法的鉴定效果,发现基于匹配算法的MALDI-TOF MS能够快速识别、鉴定5种临床常见的沙门菌血清型,对沙门菌血清型鉴定的准确率可达100.00%,分型的敏感性及特异性均达100.00%。而且,该分型方法用时短(15~20 min)、重复性好。而基于机器学习的方法不能准确区分不同的血清型,分型的敏感性及特异性分别为82.23%和95.81%。结论本研究建立的基于MALDI-TOF MS技术的沙门菌血清分型方法能够简便、快速、准确地进行临床常见沙门菌血清分型。

关键词：基质辅助激光解析电离飞行时间质谱血清分型沙门菌

中国德尔卑沙门菌耐药及群体遗传特征初步分析

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中华流行病学杂志 2024年第5期45卷 730-737页

作者：侯心娇孙慧颖王鲁彦闫梅英李学文山东大学公共卫生学院济南250011 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所/传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室北京102206 山东省阳信县疾病预防控制中心阳信251800

目的分析不同来源德尔卑沙门菌的耐药特征、耐药机制及基因组相似性,初步揭示我国德尔卑沙门菌的群体遗传学特征,发现可能的传播规律或潜在传播途径,为加强沙门菌病监测及防控策略制定提供一定参考。方法对201株德尔卑沙门菌进行16种抗... 详细信息

目的分析不同来源德尔卑沙门菌的耐药特征、耐药机制及基因组相似性,初步揭示我国德尔卑沙门菌的群体遗传学特征,发现可能的传播规律或潜在传播途径,为加强沙门菌病监测及防控策略制定提供一定参考。方法对201株德尔卑沙门菌进行16种抗生素的药物敏感性试验,并对所有菌株进行全基因组测序。最后结合公开数据库中的134株德尔卑沙门菌基因组序列,对335株德尔卑沙门菌进行耐药基因型别和多位点序列分型(MLST)分析,并构建基于核心基因组单核苷酸多态性的系统发育树进行遗传进化分析。结果201株德尔卑沙门菌对16种抗生素呈现不同程度的耐药,总耐药率为97.51%。不同来源(人、动物、食品)的德尔卑沙门菌对不同种类抗生素耐药率差异有统计学意义(均P省播散的可能,但还需要进一步的流行病学研究。结论我国德尔卑沙门菌耐药形势严峻,并且存在交叉传播的风险,提示应加强综合监测及风险评估,防止耐药菌株及耐药元件在动物、食品、人链条中的播散。

关键词：德尔卑沙门菌耐药全基因组测序群体遗传学

山东省预防接种单位工作人员成人疫苗知识和态度及行为调查分析

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中华预防医学杂志 2024年第8期58卷 1252-1255页

作者：胡苏兰于洋张伟燕张英洁李仁鹏徐爱强杨正辉乳山市疾病预防控制中心乳山264500 威海市卫生健康服务中心威海264200 山东省疾病预防控制中心免疫预防管理所济南250014 山东省疾病预防控制中心人力资源部济南250014 山东省地方病防治研究所济南250014 山东大学预防医学研究院、山东省传染病预防控制重点实验室济南250014 威海市疾病预防控制中心威海264200

为了解山东省预防接种单位工作人员对流感、肺炎球菌、人乳头瘤病毒、带状疱疹、新型冠状病毒、乙肝等成人疫苗接种知识、态度、行为(KAP),于2022年8—9月,对山东省12县(市、区)797名成人预防接种单位工作人员进行了调查分析。结果显示... 详细信息

为了解山东省预防接种单位工作人员对流感、肺炎球菌、人乳头瘤病毒、带状疱疹、新型冠状病毒、乙肝等成人疫苗接种知识、态度、行为(KAP),于2022年8—9月,对山东省12县(市、区)797名成人预防接种单位工作人员进行了调查分析。结果显示,调查对象新型冠状病毒疫苗知识和态度总得分最高,M(Q_(1),Q_(3))为23(20,25)分和10(10,10)分,带状疱疹疫苗得分最低,分别为19(15,22)分和8(8,10)分。疫苗知识点"疫苗适用人群"得分最高,M(Q_(1),Q_(3))为26(23,30)分,"禁忌证/不良反应"及"不良反应处置"得分较低,总得分M(Q_(1),Q_(3))分别为24(20,29)分和24(20,28)分。89.71%调查对象2年内至少接种1种成人疫苗,53.58%接种者为自身内在认知驱动接种,认为"有必要接种",66.00%未接种任何成人疫苗的调查对象对接种必要性认知不足,认为"自己身体健康,没必要接种疫苗"。综上,山东省成人预防接种单位工作人员在疫苗方面对带状疱疹疫苗总体认知不足,在成人预防接种知识点方面,对"禁忌证/不良反应及处置"认知相对较差。

关键词：医务人员成人疫苗知识态度行为横断面研究

江苏省35~75岁居民高血压患病、血压控制情况及相关因素分析

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中华流行病学杂志 2024年第7期45卷 947-954页

作者：毕海涛苏健陈路路崔岚陶然周金意覃玉包头市疾病预防控制中心包头014000 江苏省疾病预防控制中心慢性非传染病防制所南京210009

目的了解江苏省35~75岁居民高血压患病、血压控制情况及其影响因素,为高血压防治提供数据支持和依据。方法2021-2022年在江苏省采取分层整群抽样方法,在12个地市22个区(县)开展社区人群调查,共纳入123531名35~75岁常住居民。采用SPSS 2... 详细信息

目的了解江苏省35~75岁居民高血压患病、血压控制情况及其影响因素,为高血压防治提供数据支持和依据。方法2021-2022年在江苏省采取分层整群抽样方法,在12个地市22个区(县)开展社区人群调查,共纳入123531名35~75岁常住居民。采用SPSS 23.0软件进行χ^(2)检验和多因素logistic回归分析,使用Joinpoint 4.***.1.0软件评价年龄变化趋势。结果本研究居民高血压标化患病率为46.60%,男性高于女性,农村高于城市;标化控制率为11.24%,男性低于女性,农村低于城市。随着年龄的升高,患病率和控制率呈上升趋势(均P中心性肥胖、脑卒中、糖尿病、血脂异常、高血压家族史是高血压患病的危险因素,男性、农村、北方地区、饮酒频率越高、肥胖是血压控制的危险因素。结论江苏省35~75岁居民高血压患病率较高,血压控制率较低,建议采取全方位的综合干预措施,重点关注农村、低文化程度人群的高血压防控工作,减轻患者疾病负担。

关键词：高血压患病率控制率趋势影响因素