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白羽王鸽CAPN11基因SNPs鉴定及其对屠宰性状的影响

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农业生物技术学报 2024年第10期32卷 2381-2390页

作者：向进龙霞庞金兰成敏张依裕杨阿明贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室黔西市农业农村局贵州裕黔农业生物科技发展有限公司

白羽王鸽（Columba livia）是重要的经济禽类，探究其钙蛋白酶11 （calpain 11, CAPN11）基因多态性与屠宰性状的关系，对其屠宰性状的遗传改良和经济性状提升具有重要意义。本研究采用PCR直接测序法对白羽王鸽CAPN11基因SNP进行筛查，... 详细信息

白羽王鸽（Columba livia）是重要的经济禽类，探究其钙蛋白酶11 （calpain 11, CAPN11）基因多态性与屠宰性状的关系，对其屠宰性状的遗传改良和经济性状提升具有重要意义。本研究采用PCR直接测序法对白羽王鸽CAPN11基因SNP进行筛查，并分析SNP位点与白羽王鸽屠宰性状的关联性。通过鉴定白羽王鸽的CAPN11基因的SNPs发现，在外显子6区的第636和738位发现g.3641644 C>T和g.3641746 C>T 2个同义突变，均存在3种基因型，优势基因型和优势等位基因均为CT和C,0.252检验显示，2个SNPs位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；连锁不平衡分析显示，2个SNPs位点之间不满足D'>0.80,r2>0.33，表明不存在强连锁不平衡效应；关联性分析显示，g.3641644 C>T位点对宰前活重的影响达到显著水平（PT位点对白羽王鸽的宰前活重、屠体重、全净膛重、胸肌重和腿肌重等屠宰性状的影响均达到了显著水平（P实验群体中共检测到4种单倍型和10种双倍型，双倍型H2H2 （CCTT）个体的宰前活重、屠体重、全净膛重和腿肌重均显著高于其他9种双倍型（P分子标记选育工作提供参考。

关键词：白羽王鸽钙蛋白酶11基因(CAPN11) SNPs 屠宰性状

基于cytb和rag2基因探讨叶须鱼属分子系统进化关系

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四川农业大学学报 2024年第1期42卷 140-148页

作者：陈鲆曾如奎杨德英哈西罗文杰徐丹刘飞秦云鑫熊金鑫丁文祥黄俊杰刘日唐子婷何智严太明四川农业大学动物科技学院成都611130 长江上游鱼类资源与环境四川省野外科学观测研究站成都611130 雅砻江流域水电开发有限公司成都610051

【目的】探究叶须鱼属的分子系统进化关系,筛选种间鉴定分子标记。【方法】构建叶须鱼属的cytb(5个种)和rag2(修长叶须鱼和裸腹叶须鱼)基因序列的NJ及贝叶斯系统进化树,并结合核苷酸多态位点、单倍型、核酸多态性、遗传距离、遗传分化... 详细信息

【目的】探究叶须鱼属的分子系统进化关系,筛选种间鉴定分子标记。【方法】构建叶须鱼属的cytb(5个种)和rag2(修长叶须鱼和裸腹叶须鱼)基因序列的NJ及贝叶斯系统进化树,并结合核苷酸多态位点、单倍型、核酸多态性、遗传距离、遗传分化系数和基因流等,分析种间进化关系和种内遗传多样性。【结果】叶须鱼属每个种的cytb序列单独聚为一支,表明cytb基因序列能将叶须鱼属5个种区分开;种间高度遗传分化(F_(st)>0.25),物种之间基因流较弱(Nm遗传多样性水平最高,锥吻叶须鱼遗传多样性水平最低。基于rag2基因序列的分子系统发育进化树显示,修长叶须鱼和裸腹叶须鱼均单独聚为一支,为独立的种。【结论】cytb和rag2可作为叶须鱼属种间鉴定的分子标记基因,这为叶须鱼属物种的鉴定和系统分类奠定了基础,也为叶须鱼属鱼类保护措施的制定提供了遗传学依据。

关键词：叶须鱼属 cytb基因 rag2基因系统发育关系遗传多样性

2020-2022年中国部分地区奶牛乳腺炎大肠杆菌分子流行病学研究

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中国动物传染病学报 2024年

作者：左佳坤连丽燕扶邵东吕朝阳潘子豪于勇王梦迪陈兆国尹会方黄翠琴蒋蔚邹立扣陈伟韩先干苗晋锋龙岩学院生命科学学院中国农业科学院上海兽医研究所塔里木大学动物科学与技术学院四川农业大学资源学院南京农业大学动物医学院

乳腺炎是世界范围内奶牛产业影响最严重的疾病之一，给奶牛养殖业造成了巨大的经济损失。大肠杆菌是导致奶牛乳腺炎重要的病原菌之一，为了解当前中国奶牛乳腺炎源大肠杆菌的分子流行病学特征，本研究通过PCR、测序等技术对实验室保存的... 详细信息

乳腺炎是世界范围内奶牛产业影响最严重的疾病之一，给奶牛养殖业造成了巨大的经济损失。大肠杆菌是导致奶牛乳腺炎重要的病原菌之一，为了解当前中国奶牛乳腺炎源大肠杆菌的分子流行病学特征，本研究通过PCR、测序等技术对实验室保存的2020至2022年中国7个省份158株临床型乳腺炎大肠杆菌分离株的系统进化分群、毒力基因及耐药基因进行鉴定和分析。结果显示，乳腺炎源大肠杆菌共生性群落B1群占比最高，为51.6%（81/158），C次之，为24.1%（38/158），A群和D群较少，分别为11.4%（18/158）和10.1%（16/158），此外有5株大肠杆菌未鉴定到确定进化群；毒力基因检测结果显示ompA、pqqL、astA存在于所有分离株中，其次，lpfA和traT检出率较高，分别为57.6%（91/158）和65.8%（104/158），但缺乏致病性大肠杆菌常见的毒力基因；药敏检测结果显示乳腺炎源大肠杆菌对10种抗生素呈现出不同程度的耐药，其中对四环素（43.0%，68/158）、氨苄西林（38.6%，61/158）、复方新诺明（38.0%，60/158）、和链霉素（38.0%，60/158）的耐药率最高，且39.9%（63/158）的分离株具有多重耐药性；乳腺炎源大肠杆菌携带了多种耐药基因，包括β-内酰胺类耐药基因blaCTX-M、四环素类耐药基因tetA以及磺胺类抗生素耐药基因sul2，其检出率分为17.7%、13.3%、14.6%，且blaCTX-M亚型为blaCTX-M14和blaCTX-M15亚型。本研究结果为我国奶牛乳腺炎源大肠杆菌的分子遗传特性研究提供了基础资料。

关键词：乳腺炎大肠杆菌系统进化分群毒力基因耐药基因

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川乡黑猪基因组选择信号分析

中国畜牧杂志 2024年

作者：梁艳顾以韧刘鹏亮郝晓东弥世荣陶璇杨雪梅杨跃奎王言陈晓晖龚建军吕学斌何志平四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室西南民族大学畜牧兽医学院北京康普森农业科技有限公司

本文旨在研究川乡黑猪与杜洛克猪的群体遗传结构，筛选与川乡黑猪重要经济性状相关的基因组选择信号及候选基因。利用 “中芯一号” SNP芯片，对286头川乡黑猪和251头杜洛克进行了SNP检测、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结... 详细信息

本文旨在研究川乡黑猪与杜洛克猪的群体遗传结构，筛选与川乡黑猪重要经济性状相关的基因组选择信号及候选基因。利用 “中芯一号” SNP芯片，对286头川乡黑猪和251头杜洛克进行了SNP检测、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析以及进化树构建；运用FST和θπ方法筛选了川乡黑猪基因组中受选择的信号区域，并挖掘了潜在的候选基因。结果显示，对基因型数据进行质控后共获得31 196个SNPs位点，在遗传结构和进化树中川乡黑猪与杜洛克可以明显分为2支。2个群体均表现出连锁不平衡随距离升高逐渐衰减的规律，且杜洛克的连锁不平衡强度高于川乡黑猪。选择信号分析筛选到671个在川乡黑猪中受选择的位点，涉及183个候选基因，包括6个可能与脂质代谢相关的基因（ARRDC3、FABP5、GGPS1、GNPAT、 LIPA、 MEF2C），2个与抗病相关的基因（CD180、IFIT1），3个与心肺发育以及低氧适应相关的基因（NKX2-5、SPRY2、EGLN1）以及3个与繁殖相关的基因（CPEB3、CCNH、 CCNB1）。研究结果为川乡黑猪种质资源的保护及利用提供了重要遗传信息，鉴定到的受选择位点和基因也为川乡黑猪的分子标记辅助选择提供了数据依据。

关键词：川乡黑猪 SNP芯片遗传结构选择信号候选基因

2021-2022年华东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

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中国兽医科学 2024年第4期54卷 519-525页

作者：张杰张路捷周昊然刘星白娟姜平南京农业大学动物医学院农业部动物细菌学重点实验室江苏南京210095

为初步了解我国华东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行特点,2021-2022年采集华东地区480份临床疑似PRRSV样品,采用RT-PCR方法检测是否存在PRRSV,统计显示阳性为175份,阳性检出率为38.89%。对来自不同猪场的24个阳性样品的病毒ORF... 详细信息

为初步了解我国华东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行特点,2021-2022年采集华东地区480份临床疑似PRRSV样品,采用RT-PCR方法检测是否存在PRRSV,统计显示阳性为175份,阳性检出率为38.89%。对来自不同猪场的24个阳性样品的病毒ORF5基因测序,所有检测的毒株均属美洲型,共可以分为4个亚型,其中11个毒株属于高致病性PRRSV(HP-PRRSV)(Sublineage 8.7);6个毒株属于类NADC30毒株亚型(Sublineage 1.8);4个毒株属于类NADC34亚型(Sublineage 1.5)。病毒GP5蛋白基因测序结果显示,流行毒株GP5蛋白aa3-39及aa185-200两个高变区出现变异。该研究表明我国该地区PRRSV流行毒株存在遗传多样性,基因型复杂,需要引起我们的重视。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF5 NADC34 NADC30 遗传变异

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四倍体小麦成株抗白粉病基因定位

华北农学报 2024年第4期39卷 187-193页

作者：闫贵云古春霞王敏谭丹刘晓宇卢成达左静静山西农业大学农学院作物遗传与分子改良山西省重点实验室山西太原030031 西南大学蚕桑纺织与生物质科学学院重庆400799

四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗... 详细信息

四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗病基因,为小麦白粉病抗性遗传提供理论依据,首先将其与表现为感白粉病表型的硬粒小麦TDU-1进行杂交并构建了遗传群体,然后对亲本及其杂交F_(1)、F_(2)、F_(2:3)群体进行了白粉菌小种E09接种试验和抗病性分析,最后利用混合分离群体分析法(BSA)对抗白粉病基因进行了定位。结果表明,TDI-1在苗期对E09表现为感病,在成株期对E09表现为抗病;TDI-1和TDU-1的F_(1)植株在成株期对E09表现为抗病;F_(2)群体中,表现为抗病的单株数和感病的单株数的比例符合3∶1(χ^(2)_(3∶1)=0.11,P=0.74);F_(2∶3)家系中,纯合抗病、抗病性分离、纯合感病的家系数目之比符合1∶2∶1(χ^(2)_(1∶2∶1)=0.47,P=0.79),表明TDI-1成株期白粉病抗性由1个显性基因控制,暂将其命名为PmTDI-1。对TDI-1和TDU-1及其杂交后代F_(2)群体进行分子标记筛选,发现4个位于2A染色体短臂上的分子标记Xwmc407、NRM-2AS29、NRM-2AS45和NRM-2AS84与PmTDI-1紧密连锁,其中,NRM-2AS45和NRM-2AS84位于两侧,遗传距离分别为1.8,4.6 cM。由此,将成株期抗白粉病基因PmTDI-1初步定位于2A染色体短臂上。研究结果显示,从四倍体小麦TDI-1中鉴定到1个新的显性成株抗白粉病基因PmTDI-1。

关键词：四倍体小麦白粉病抗病基因混合分离群体分析法基因定位

猪德尔塔冠状病毒感染新生仔猪的肠道病理及超微结构变化分析

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农业生物技术学报 2024年第7期32卷 1471-1482页

作者：侯宇辰曹亚男杜小妹靳俪雅陈振海吴正常包文斌张帅扬州大学兽医学院扬州大学动物科学与技术学院/江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州大学教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus, PDCoV)是近年来新发的猪肠道冠状病毒，给养猪业造成了巨大的经济损失。为了解PDCoV感染新生仔猪(Sus scrofa domesticus)的致病性及肠道的病理超微结构变化，本研究对1日龄新生仔猪攻毒PDC... 详细信息

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus, PDCoV)是近年来新发的猪肠道冠状病毒，给养猪业造成了巨大的经济损失。为了解PDCoV感染新生仔猪(Sus scrofa domesticus)的致病性及肠道的病理超微结构变化，本研究对1日龄新生仔猪攻毒PDCoV CHN-GD16-05毒株后的临床表现、剖检与组织病理学变化、组织嗜性、肠道超微结构变化进行观察及分析。结果发现，新生仔猪攻毒PDCoV后第3天出现严重呕吐、腹泻、精神萎靡、嗜睡等临床症状；剖检发现，攻毒仔猪肠道胀气，肠管扩张，肠壁出血变薄甚至透明，肠腔内积聚黄色液体；PDCoV主要感染仔猪的十二指肠、空肠和回肠；荧光定量PCR和蛋白免疫印迹结果显示，空肠中PDCoV核衣壳蛋白(nucleocapsid, N)基因及其蛋白水平均极显著高于十二指肠和回肠(P四肽重复蛋白1 (interferon induced protein with tetratricopeptide repeats 1, IFIT1)、2'-5'-寡腺苷酸合成酶1 (2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, OAS1)、2'-5'寡腺苷酸合成酶样蛋白(2'-5'-oligoadenylate synthetase like, OASL)及炎症因子肿瘤坏死因子α (tumor necrosis factor α, TNF-α)、白细胞介素1β (interleukin 1β, IL-1β)、IL-6、C-C基序趋化因子配体20 (C-C motif chemokine ligand 20, CCL-20)基因的表达。以上结果表明，PDCoV感染新生仔猪后能够迅速入侵小肠，尤其在空肠上皮细胞中大量复制，导致感染的肠上皮细胞变性坏死进而引起肠绒毛萎缩，造成渗透性腹泻。本研究为阐明PDCoV感染仔猪的致病机制提供理论基础。

关键词：猪德尔塔冠状病毒(PDCoV) 新生仔猪肠道超微结构

柴达木牛父系遗传多样性、群体结构及与中国北方部分黄牛品种的遗传关系

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浙江大学学报(农业与生命科学版) 2024年

作者：魏旭东徐东辉曹萍陈生梅马晓慧晁生玉雷初朝马志杰青海省海西州农业技术推广服务中心西北农林科技大学动物科技学院青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室青海大学畜牧兽医科学院农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室

为从基因组水平探究柴达木牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及与部分黄牛品种的遗传关系，本研究对包括25头柴达木牛在内的9个黄牛品种共计110头个体的Y染色体基因组单拷贝基因区进行单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, ... 详细信息

为从基因组水平探究柴达木牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及与部分黄牛品种的遗传关系，本研究对包括25头柴达木牛在内的9个黄牛品种共计110头个体的Y染色体基因组单拷贝基因区进行单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）扫描，分析其父系遗传多样性和群体结构差异、分化状况及聚类关系。结果表明：9个品种共定义了14种Y染色体基因组单倍型，其中柴达木牛确定了4种Y染色体单倍型（即H7、H12、H13和H14）。遗传多样性分析表明，柴达木牛父系遗传多样性较为丰富（单倍型多样度为0.690±0.080，核苷酸多样度为0.079±0.010），但与蒙古牛、延边牛、西藏牛和哈萨克牛相比较低。系统发育分析显示，柴达木牛由普通牛Y1、Y2a和Y2b（亚）单倍型组组成，且以Y2b亚单倍型组为主，说明柴达木牛拥有普通牛父系起源。遗传分化结果表明，柴达木牛与蒙古牛、西藏牛间的分化程度很弱，与延边牛间达到中等分化，与哈萨克牛、西门塔尔牛、安格斯牛间的分化程度高。聚类分析显示，柴达木牛与蒙古牛聚类最近，与西藏牛、延边牛聚类较近，而与哈萨克牛、西门塔尔牛、安格斯牛聚类关系较远。本研究结果为深入了解柴达木牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及与其他黄牛品种间的遗传关系等提供了参考，丰富了柴达木牛基因组数据库（集），并为后续开展柴达木牛遗传资源的合理保护和分子育种实践奠定了基础。

关键词：柴达木牛 Y染色体基因组父系遗传多样性分化系统发育

基于转录组测序的剑白香猪表皮颜色相关miRNA筛选与鉴定

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南方农业学报 2024年第3期55卷 670-679页

作者：赵德鹏覃海毕欢袁巍张依裕陈伟贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

【目的】对剑白香猪黑色和白色表皮组织进行转录组测序,筛选出对黑色素生成起调节作用的miRNA,为进一步研究miRNA对剑白香猪表皮颜色形成的调控机制提供理论依据。【方法】以剑白香猪黑色和白色表皮组织为试验材料进行转录组测序,以|log... 详细信息

【目的】对剑白香猪黑色和白色表皮组织进行转录组测序,筛选出对黑色素生成起调节作用的miRNA,为进一步研究miRNA对剑白香猪表皮颜色形成的调控机制提供理论依据。【方法】以剑白香猪黑色和白色表皮组织为试验材料进行转录组测序,以|log2FoldChange|≥1且错误发现率(FDR)≤0.05为标准,采用DESeq2筛选差异表达miRNA,使用miRanda和RNAhybrid预测差异表达miRNA靶基因并进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,构建差异表达miRNA、靶基因和KEGG信号通路互作网络,利用实时荧光定量PCR对转录组测序结果进行验证。【结果】从剑白香猪黑色和白色表皮中鉴定出280个已知miRNA和618个新miRNA,筛选出17个差异表达miRNA,白色表皮较黑色表皮有10个miRNA上调表达,7个miRNA下调表达。共预测获得1327个靶基因,GO功能注释分析结果显示,在生物学过程中,差异表达miRNA靶基因主要涉及上皮发育、细胞增殖和分解代谢过程等条目;在细胞组分和分子功能中,主要涉及细胞质、细胞质囊泡、ATP结合和催化活性等条目。KEGG信号通路富集结果显示,靶基因在磷脂酰肌醇信号系统、黑色素生成和细胞色素P450等信号通路富集,其中ssc-miR-615靶基因包括CALM3、CREBBP、FZD5和DVL2,其富集通路均与表皮色素沉着有关,ssc-miR-221-3p靶基因TYRP1和ssc-miR-224靶基因RAB23富集的通路与黑色素生成有关。选取7个差异表达miRNA与靶基因TYRP1和RAB23进行实时荧光定量PCR验证,结果表明差异表达miRNA的表达变化与转录组测序分析的变化趋势一致,TYRP1和RAB23在剑白香猪黑色表皮中的表达量极显著高于白色表皮(P<0.01)。【结论】ssc-miR-615、ssc-miR-221-3p和ssc-miR-224是影响剑白香猪表皮颜色的候选基因,可能对剑白香猪表皮的黑色素形成有重要影响。

关键词： miRNA 剑白香猪表皮黑色素转录组