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HPV53进化关系分析及B细胞与T细胞抗原表位预测

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协和医学杂志 2024年

作者：蓝锶菡冯敏中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所

目的基于全长序列分析HPV53不同分离株的进化关系，并对代表性分离株病毒蛋白（E1、E2、E4、E6、E7、L1和L2）的理化性质、二级结构和B、T细胞抗原表位进行预测。方法从NCBI数据库获取HPV53全长序列并构建进化树。使用ProtParam分析... 详细信息

目的基于全长序列分析HPV53不同分离株的进化关系，并对代表性分离株病毒蛋白（E1、E2、E4、E6、E7、L1和L2）的理化性质、二级结构和B、T细胞抗原表位进行预测。方法从NCBI数据库获取HPV53全长序列并构建进化树。使用ProtParam分析蛋白理化性质；PSIPRED和SOPMA预测二级结构。利用ABCpred和IEDB分别预测B、T细胞抗原表位；并结合DNASTAR-Protean软件对肽段的柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性评分，以及Vaxijen评分等其他参数进一步筛选潜在优势抗原表位。最后对潜在优势抗原表位与13个其他高危型HPV的同源性进行分析。结果来自不同国家地区的48个HPV53分离株可被分为A、B、C三个主要进化分支。三个分支的代表株病毒的蛋白理化性质相似，二级结构存在部分小差异。B、T细胞抗原表位预测和筛选后，得到6个B细胞潜在优势抗原表位和9个T细胞潜在优势抗原表位。经同源性分析后发现，E4和E6区域的B细胞抗原表位TTPIRPPPPPRPWAPT和CYRCQHPLTPEEKQLH，以及L2区域的T细胞抗原表位SGVHSYEEIPMQ与HPV56具有较高的同源性（均>90%）。结论通过生物信息学方法分析和预测发现HPV53的病毒蛋白中含有B、T细胞抗原表位，为HPV53相关多肽形式的疫苗和抗体药物开发提供理论依据。

关键词：人乳头瘤病毒53型进化分析 B细胞 T细胞抗原表位预测

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化学诱导临近效应和分子胶药物

药学学报 2024年第4期59卷 789-800页

作者：郭宗儒中国医学科学院、北京协和医学院药物研究所北京100050

生物界存在的化学诱导临近效应是维持机体和细胞功能的重要方式,近年来诱导临近在医药领域受到了重视和应用,分子胶和蛋白靶向降解嵌合体(PROTAC)在肿瘤和免疫性疾病的治疗得到广泛的研究。分子胶和PROTAC促进两个蛋白相互靠近,诱导契... 详细信息

生物界存在的化学诱导临近效应是维持机体和细胞功能的重要方式,近年来诱导临近在医药领域受到了重视和应用,分子胶和蛋白靶向降解嵌合体(PROTAC)在肿瘤和免疫性疾病的治疗得到广泛的研究。分子胶和PROTAC促进两个蛋白相互靠近,诱导契合发生三元体的互补性结合,并激发目标蛋白的降解和调节信号转导。分子胶药物作用机制与传统小分子药物不同,犹如催化剂样作用促进两个蛋白的相互作用使病理性靶标蛋白降解而失活。本文从药物化学视角对处于临床研究的某些分子胶的研制过程、结构特征和作用特点作简要的讨论。

关键词：诱导临近分子胶三元复合物泛素-蛋白酶体系统

N^(6)-腺苷甲基化修饰及其对LINE-1的调控机制

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遗传 2024年第3期46卷 209-218页

作者：张傲岑山李晓宇中国医学科学院&北京协和医学院医药生物技术研究所免疫生物学室北京100050

长散布元件-1(long interspersed elements-1,LINE-1)是现今在人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子,其转座会引起细胞基因组结构和功能的改变,是导致多种严重疾病的重要因素。在转座过程中,LINE-1 mRNA是转座中间体的核心,宿主细... 详细信息

长散布元件-1(long interspersed elements-1,LINE-1)是现今在人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子,其转座会引起细胞基因组结构和功能的改变,是导致多种严重疾病的重要因素。在转座过程中,LINE-1 mRNA是转座中间体的核心,宿主细胞对其进行相关修饰直接影响转座。N^(6)-腺苷甲基化修饰(m^(6)A)是真核细胞RNA上最丰富且动态可逆的表观遗传修饰。目前发现m^(6)A修饰也存在于LINE-1 mRNA上,参与LINE-1整个生命周期的调控,影响其转座和基因组中LINE-1相邻基因的表达,进而影响基因组稳定性、细胞自我更新与分化潜能,在人类发育和疾病中具有重要作用。本文介绍了LINE-1 m^(6)A修饰的位置、功能以及相关机制,并总结了LINE-1的m^(6)A修饰对其转座调控的研究进展,以期为相关疾病发生发展的机制研究和治疗提供新的思路。

关键词： m^(6)A修饰逆转录转座子 LINE-1 基因组基因组稳定性

鸟氨酸拟肽类外排泵抑制剂合成及增效抗生素对抗铜绿假单胞菌活性研究

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药学学报 2024年第6期59卷 1720-1729页

作者：朱喜马西灿张昕彤刘忆霜何宁解云英宋丹青中国医学科学院、北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050

为解决铜绿假单胞菌(***)对多类抗生素耐药难题,寻找***外排泵抑制剂是一条有效途径。本研究以二肽类外排泵抑制剂PAβN为先导物,通过改变天然氨基酸侧链结构,设计合成15个全新的鸟氨酸拟肽类衍生物,评价了其协同单环β-内酰胺类抗生素... 详细信息

为解决铜绿假单胞菌(***)对多类抗生素耐药难题,寻找***外排泵抑制剂是一条有效途径。本研究以二肽类外排泵抑制剂PAβN为先导物,通过改变天然氨基酸侧链结构,设计合成15个全新的鸟氨酸拟肽类衍生物,评价了其协同单环β-内酰胺类抗生素氨曲南对抗***活性。其中,化合物12b不仅可增强β-内酰胺类抗生素,包括氨曲南、头孢他啶、美罗培南的抗菌活性,还可显著增强大环内酯类抗生素克拉霉素的抗菌作用,显示出广谱的协同增敏作用。此外,化合物12b还具有良好的安全性。初步机制显示,12b直接靶向外排转运体MexB发挥作用。研究结果为发展一类新型的对抗MDR ***的外排泵抑制剂提供了新先导化合物。

关键词：外排泵抑制剂合成铜绿假单胞菌协同活性 MexAB-OprM

组织蛋白酶L小分子抑制剂的抗SARS-CoV-2活性研究

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药学学报 2024年第3期59卷 600-607页

作者：周雯雯尤宝庆郑怡凡司书毅李妍张晶中国医学科学院、北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050

新冠肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)是一种由新型严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染引起的急性传染性疾病,已给社会经济造成了沉重负担。由于突变体的不断出现,疫苗和单克隆抗体仅对SARS-CoV-2部分毒株导致的感染有效,因此寻找广谱高效的小分子药物以应对SARS-CoV-2感染及未来可能暴发的疫情依然具有重要意义。组织蛋白酶L(cathepsin L,CatL)切割SARS-CoV-2刺突蛋白(spike glycoprotein,S),在病毒进入宿主细胞的过程中发挥着不可或缺的作用,因此CatL是广谱抗冠状病毒药物开发的理想靶标之一。在本研究中,以荧光标记的底物建立CatL酶抑制剂筛选模型,通过高通量筛选获得两个具有CatL抑制活性的化合物IMB 6290和IMB 8014,其半数抑制浓度(half inhibitory concentration,IC50)分别为11.53±0.68和1.56±1.10μmol·L-1,且细胞毒性低;聚丙烯酰胺凝胶电泳和细胞−细胞融合实验均证实了化合物浓度依赖性地抑制CatL对S蛋白的水解作用;表面等离子体共振(surface plasmon resonance,SPR)检测表明两个化合物与CatL均具有中等强度的结合力;分子对接揭示了化合物与CatL活性口袋的结合方式;假病毒实验进一步确证了化合物IMB 8014对S蛋白介导的进入过程的抑制活性;体外药代动力学评估发现,化合物可能具有良好的成药性。所有研究结果提示,这两个化合物具有治疗SARS-CoV-2感染的潜力。

关键词：新型冠状病毒组织蛋白酶L 抗病毒药物小分子抑制剂高通量筛选

不同母核结构苦豆碱衍生物合成及其抗冠状病毒活性研究

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药学学报 2024年第2期59卷 404-412页

作者：孟润泽公玥施宇龙王坤彭宗根宋丹青中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050

本研究设计合成了不同母核结构的12个全新苦豆碱衍生物,其中十元大环骨架苦豆碱衍生物3通过季铵盐γ-H的霍夫曼消除后扩环获得,结构经X-单晶确证。进而采用CCK-8法评价了目标物对抗人类β-冠状病毒HCoV-OC43的活性。结果显示,季铵盐苦豆... 详细信息

本研究设计合成了不同母核结构的12个全新苦豆碱衍生物,其中十元大环骨架苦豆碱衍生物3通过季铵盐γ-H的霍夫曼消除后扩环获得,结构经X-单晶确证。进而采用CCK-8法评价了目标物对抗人类β-冠状病毒HCoV-OC43的活性。结果显示,季铵盐苦豆碱2a与化合物3均具有良好活性,2a表现出最好抗病毒活性,EC50值为3.77μmol·L-1,SI值大于53.1。Schr?dinger分子对接结果显示,化合物2a与3均可能通过直接靶向宿主TMPRSS2和SR-B1发挥抗冠状病毒作用。研究结果拓展了桥环骨架苦豆碱的结构类型及其抗冠状病毒用途,为发展一类新型抗冠状病毒化合物提供了有益科学数据。

关键词：季铵盐苦豆碱新型冠状病毒十元环苦豆碱 TMPRSS2 SR-B1

石蒜碱类衍生物的合成与抗SARS-CoV-2的活性和作用机制研究

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药学学报 2024年第2期59卷 395-403页

作者：梅钰恒李佳玉宋丹青彭宗根李迎红中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050

本研究设计合成了5种不同结构类型共18个石蒜碱衍生物,在感染HCoV-OC43的H460细胞模型上考察了其抗病毒活性。构效关系结果表明在石蒜碱的6N原子上引入适当的取代基有利于活性的提高。其中,化合物6a表现出较好的活性,半数有效浓度(EC50... 详细信息

本研究设计合成了5种不同结构类型共18个石蒜碱衍生物,在感染HCoV-OC43的H460细胞模型上考察了其抗病毒活性。构效关系结果表明在石蒜碱的6N原子上引入适当的取代基有利于活性的提高。其中,化合物6a表现出较好的活性,半数有效浓度(EC50)和选择指数(SI)值分别为2.36μmol·L^(-1)和16.52。表面等离子共振实验显示6a可能靶向SARS-CoV-2的RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)的非结构蛋白12(NSP12)亚基,解离常数(KD)值为1.36μmol·L^(-1)。分子对接结果提示6a可能作用于NSP12的类囊病毒RdRp相关核苷酸转移酶(NiRAN)催化中心,与瑞德西韦等拟核苷类药物的作用机制不同。该研究为将石蒜碱类衍生物发展成为一类全新的抗SARS-CoV-2小分子抑制剂提供了科学数据。

关键词：石蒜碱类衍生物新冠病毒 RNA依赖的RNA聚合酶类囊病毒RdRp相关核苷酸转移酶结构域抗病毒

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八肽菌素衍生物的合成及其抗菌活性研究

药学学报 2024年第1期59卷 152-160页

作者：杨鹤显崔阿龙王永健寇世博吕苗易红李卓荣中国医学科学院、北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050

八肽菌素在对大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌等G-菌具有较强活性的同时,对部分G^(+)菌也有一定的活性。本研究以天然八肽菌素A3和B3为先导化合物进行结构改造,采用固相合成法制备了21个含有8个氨基酸残基的肽类衍生物(含A3和B... 详细信息

八肽菌素在对大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌等G-菌具有较强活性的同时,对部分G^(+)菌也有一定的活性。本研究以天然八肽菌素A3和B3为先导化合物进行结构改造,采用固相合成法制备了21个含有8个氨基酸残基的肽类衍生物(含A3和B3),并对其进行抗菌活性测试和肾细胞毒性评价。其中,化合物6、7和17显示有广谱抗菌活性,在维持抗G-菌活性的同时,明显提升了抗G^(+)菌活性;部分化合物提高了抗铜绿假单胞菌活性。化合物7对所有测定菌株均有活性且肾细胞毒性相对较低。本文研究结果为进一步发展新型多肽类抗菌药物奠定了一定的基础。

关键词：细菌耐药八肽菌素结构修饰广谱抗菌活性

CDK抑制剂夫拉平度抗冠状病毒作用机制研究

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药学学报 2024年第5期59卷 1280-1285页

作者：王丽丹郭赛赛岑山中国医学科学院、北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050

冠状病毒属冠状病毒包含多种人类致病病毒,抗冠状病毒药物研发具有重要价值。开发靶向宿主细胞的抗病毒药物不仅有助于发展新的抗病毒策略,同时有利于解决病毒突变而带来的耐药性等问题。本课题组前期研究发现,细胞周期依赖性蛋白激酶(c... 详细信息

冠状病毒属冠状病毒包含多种人类致病病毒,抗冠状病毒药物研发具有重要价值。开发靶向宿主细胞的抗病毒药物不仅有助于发展新的抗病毒策略,同时有利于解决病毒突变而带来的耐药性等问题。本课题组前期研究发现,细胞周期依赖性蛋白激酶(cell cycle-dependent protein kinases,CDKs)参与冠状病毒的复制,成为潜在的抗病毒靶点。本研究发现广谱CDK抑制剂夫拉平度显著抑制严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2) RNA依赖性RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp)活性。进一步研究表明,夫拉平度抑制SARS-CoV-2 RdRp的RNA合成效率。此外,夫拉平度能够有效抑制人类冠状病毒OC43 (human coronavirus OC43,HCoV-OC43)的复制。本研究表明,CDK抑制剂夫拉平度可能是潜在的抗冠状病毒药物。

关键词：夫拉平度 CDK抑制剂冠状病毒抗病毒 RNA依赖性RNA聚合酶