HPV53进化关系分析及B细胞与T细胞抗原表位预测

作     者：蓝锶菡 冯敏 

作者机构：中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 

出 版 物：《协和医学杂志》 (Medical Journal of Peking Union Medical College Hospital)

年 卷 期：2024年

核心收录：

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100102[医学-免疫学] 10[医学] 

基　　金：中国医学科学院医学与健康科技创新工程-重大协同创新项目(2021-I2M-1-004) 云南省卫生健康委员会医学学科带头人培养计划(D-2019023) 

主　　题：人乳头瘤病毒53型 进化分析 B细胞 T细胞 抗原表位预测 

摘      要：目的 基于全长序列分析HPV53不同分离株的进化关系，并对代表性分离株病毒蛋白（E1、E2、E4、E6、E7、L1和L2）的理化性质、二级结构和B、T细胞抗原表位进行预测。方法 从NCBI数据库获取HPV53全长序列并构建进化树。使用ProtParam分析蛋白理化性质；PSIPRED和SOPMA预测二级结构。利用ABCpred和IEDB分别预测B、T细胞抗原表位；并结合DNASTAR-Protean软件对肽段的柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性评分，以及Vaxijen评分等其他参数进一步筛选潜在优势抗原表位。最后对潜在优势抗原表位与13个其他高危型HPV的同源性进行分析。结果 来自不同国家地区的48个HPV53分离株可被分为A、B、C三个主要进化分支。三个分支的代表株病毒的蛋白理化性质相似，二级结构存在部分小差异。B、T细胞抗原表位预测和筛选后，得到6个B细胞潜在优势抗原表位和9个T细胞潜在优势抗原表位。经同源性分析后发现，E4和E6区域的B细胞抗原表位TTPIRPPPPPRPWAPT和CYRCQHPLTPEEKQLH，以及L2区域的T细胞抗原表位SGVHSYEEIPMQ与HPV56具有较高的同源性（均90%）。结论 通过生物信息学方法分析和预测发现HPV53的病毒蛋白中含有B、T细胞抗原表位，为HPV53相关多肽形式的疫苗和抗体药物开发提供理论依据。