检索结果-南通市图书馆

基于cpdna分子标记的白杄群体遗传多样性研究

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

福建农林大学学报（自然科学版） 2022年第1期51卷 70-76页

作者：王玲叶冬梅包文泉白玉娥吴晓萌孙昊田内蒙古农业大学林学院内蒙古呼和浩特010018

基于cpdna分子标记对白杄天然分布区(内蒙古自治区、山西省和河北省)内的9个群体进行遗传多样性及亲缘关系研究.结果表明:正蓝旗群体的遗传多样性最高,小五台山群体的遗传多样性最低;白杄9个群体的Fst为1.033%,Nm为6.1726;白杄群体的遗... 详细信息

基于cpdna分子标记对白杄天然分布区(内蒙古自治区、山西省和河北省)内的9个群体进行遗传多样性及亲缘关系研究.结果表明:正蓝旗群体的遗传多样性最高,小五台山群体的遗传多样性最低;白杄9个群体的Fst为1.033%,Nm为6.1726;白杄群体的遗传变异主要存在于群体内部,群体间存在广泛的基因交流且不易受环境影响.多伦群体的多态位点数(S)最多,对环境变化的适应能力更强;机械林场群体的单倍型个数(H)和单倍型多样性(Hd)最丰富,遗传多样性高于其他群体;大石洞群体与正蓝旗群体的遗传距离(D)最小(D=0.0008),机械林场群体与小五台山群体的遗传距离(D)最大(D=0.0160);根据群体遗传距离进行聚类,在0.36524~0.39788取值时分为3类,河北的机械林场群体自为一类,内蒙古的九峰山群体与山西的小五台山群体聚为一类,其他6个群体聚为一类.

关键词：白杄 cpdna 聚类分析遗传多样性

基于nrDNA和cpdna序列的甘肃省4种肉苁蓉种质资源分子鉴定

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国中医药信息杂志 2022年第12期29卷 104-111页

作者：康舒淇徐丽张明惠陈博晋玲朱田田甘肃中医药大学甘肃兰州730000 西北中藏药省部共建协同创新中心甘肃兰州730000 甘肃省珍稀中药资源评价与保护利用工程研究中心甘肃兰州730000

目的筛选能够准确鉴定甘肃省不同肉苁蓉种质的序列,探究甘肃省肉苁蓉种质资源遗传关系。方法利用筛选出的4对引物(ITS2F-ITS3R、CD1F-CD1R、matK3F-matK1R和rbcL1F-rbcL724R)对甘肃省肉苁蓉、沙苁蓉、盐生肉苁蓉和兰州肉苁蓉4种共27份... 详细信息

目的筛选能够准确鉴定甘肃省不同肉苁蓉种质的序列,探究甘肃省肉苁蓉种质资源遗传关系。方法利用筛选出的4对引物(ITS2F-ITS3R、CD1F-CD1R、matK3F-matK1R和rbcL1F-rbcL724R)对甘肃省肉苁蓉、沙苁蓉、盐生肉苁蓉和兰州肉苁蓉4种共27份肉苁蓉样品基因组序列进行扩增测序,分析样品的序列特征、核苷酸多态性、单倍型多样性,构建邻接法(NJ)聚类树,从nrDNA和cpdna两方面进行遗传变异研究。结果cpdna合并序列GC含量比nrDNA合并序列低,为34.6%;matK序列的变异位点明显高于ITS、CD及rbcL序列,共检测到481个多态性变异位点;两组合并序列单倍型多样性值均大于0.5,多样性程度较高;NJ聚类树显示,nrDNA和cpdna的合并序列联合使用更适用于肉苁蓉不同种质的鉴别;肉苁蓉遗传变异主要来自组内变异,即同一物种不同种质间分化明显,nrDNA和cpdna组内变异百分比分别为79.32%和76.93%。结论甘肃省肉苁蓉种质资源遗传多样性较为丰富,nrDNA和cpdna的合并序列能准确鉴定甘肃省4种肉苁蓉。

关键词：甘肃省肉苁蓉 nrDNA cpdna 分子鉴定

Testing relative evolutionary rates and estimating divergence times among six genera of Rhizophoraceae using cpdna and nrDNA sequences

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Chinese Science Bulletin 2000年第11期45卷 1011-1015页

作者： ZHONG Yang SHI Suhua TANG Xianhua HUANG Yelin TAN Fengxiao ZHANG Xiaoyan Wuhan Institute of Botany Chinese Academy of SciencesWuhan 430074China School of Life Sciences Zhongshan UniversityGuangzhou 510275China

The molecular phylogenetic trees of 10 species representing 6 genera of the family Rhizophoraceae have been constructed using the sequences of chloroplast genes ma/K and rbcL as well as the ITS regions of nuclear ribosomal DMA. Relative-rate tests between lineages in these phylogenetic trees have been performed. On the basis of the results of the relative-rate tests and related molecular evolutionary rate data, the divergence times between the lineages are estimated as follows: ( i) the first divergence time in these genera is 132.25 million years ago (mya); (ii) the average divergence time between two tribes, i.e. inland Legnotideae (except Carallia brachiata) and mangrove Rhizophoreae, is 64.13 mya; and (iii) the average divergence time between two inland species, C. garciniaefolia and C. pectinifolia, is 19.92 mya.

关键词： Rhizophoraceae cpdna nrDNA matK rbcL ITS regions relative-rate test divergence time.

羌活不同地理种群cpdna trnT-trnL多态性分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中草药 2015年第22期46卷 3390-3395页

作者：杨路存刘何春周学丽徐文华周国英中国科学院西北高原生物研究所青海西宁810008 中国科学院藏药研究重点实验室青海西宁810008 中国科学院大学北京100049 青海省铁卜加草原改良试验站青海共和813000

目的对245份不同产地羌活Notopterygium incisum样品的遗传多样性和遗传结构进行研究。方法采用叶绿体cpdna trnT-trnL直接测序的方法和邻接法（NJ）对245份羌活样品进行遗传多样性和遗传结构分析。结果物种水平上单倍型多样性（Hd）指... 详细信息

目的对245份不同产地羌活Notopterygium incisum样品的遗传多样性和遗传结构进行研究。方法采用叶绿体cpdna trnT-trnL直接测序的方法和邻接法（NJ）对245份羌活样品进行遗传多样性和遗传结构分析。结果物种水平上单倍型多样性（Hd）指数为0.873,核苷酸多样性（Pi）指数为0.004 07;种群水平上Hd介于0～0.900,Pi指数介于0～0.054 4,与同属的宽叶羌活Notopterygium franchetii相比,遗传多样性水平居中;分子方差分析表明,羌活大部分遗传变异（77.55%）发生在居群间,居群间的基因流（Nm=0.145）较低,群体间变异是羌活的主要变异来源;NJ树表明,受试的31个野生种群可分为2大类群。结论羌活的遗传多样性处于中等水平,居群间遗传分化较大。

关键词：羌活 cpdna trnT-trnL 遗传多样性遗传结构种群

基于nSSR和cpdna序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

茶叶科学 2020年第2期40卷 250-258页

作者：刘振成杨杨培迪赵洋宁静杨阳湖南省农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心湖南分中心农业部湖南茶树及茶叶观测实验站湖南长沙410125

采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpdna)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(... 详细信息

采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpdna)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数FIS为正值(FIS=0.1775),群体间的遗传分化系数FST较小(FST=0.0345),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpdna引物分别获得了473 bp(rbc L)、704 bp(mat K)和320 bp(psb H-trn A)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.00139。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpdna的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。

关键词：茶树城步峒茶 nSSR cpdna 遗传多样性群体结构

基于cpdna非编码序列的北沙柳遗传多样性分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

西北植物学报 2020年第3期40卷 413-424页

作者：李娅翔路东晔郝蕾张国盛宁静乌兰娜日阿拉腾苏和内蒙古农业大学林学院呼和浩特010019 内蒙古财经大学呼和浩特010070 内蒙古林业科学研究院呼和浩特010010 鄂尔多斯乌审旗林业局内蒙古达布察克017300 鄂尔多斯造林总场内蒙古树林召014300

为揭示北沙柳(Salix psammophila)的遗传多样性、遗传结构及分化特征,利用叶绿体非编码区序列(trnL-trnF和trnD-trnT)对分布于毛乌素沙地和库布齐沙漠的16个北沙柳居群(339个个体)进行了遗传研究,为北沙柳种子资源库遗传管理、遗传改良... 详细信息

为揭示北沙柳(Salix psammophila)的遗传多样性、遗传结构及分化特征,利用叶绿体非编码区序列(trnL-trnF和trnD-trnT)对分布于毛乌素沙地和库布齐沙漠的16个北沙柳居群(339个个体)进行了遗传研究,为北沙柳种子资源库遗传管理、遗传改良、遗传育种及品种选育提供理论依据。结果表明:(1)经trnL-trnF和trnD-trnT片段联合比对获得了1811 bp序列,共有12个核苷酸变异位点(8个简约信息位点,4个变异位点),得到16个单倍型。(2)单倍型多样性指数(Hd)为0.737,核苷酸多样性指数(π)为0.00107;且单倍型H3的分布在所有居群中位于单倍型网络图中心,其余单倍型随机分布于各个居群。(3)AMOVA分析表明,北沙柳cpdna的变异主要来源于居群内(91.16%),居群间遗传分化程度中等(FST=0.08837),各居群间的基因交流非常频繁(Nm=2.58);遗传分化系数NST(0.085)显著大于GST(0.056,0.01

关键词：北沙柳 cpdna 遗传多样性单倍型遗传结构

蒙古扁桃nrDNA ITS和cpdna trnH-psbA序列分子进化特点研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基因组学与应用生物学 2018年第7期37卷 3035-3041页

作者：段义忠王建武亢福仁李娟榆林学院生命科学学院榆林719000 陕西省陕北生态修复重点实验室榆林719000

通过对蒙古扁桃16个居群的叶绿体DNA（cpdna）的trnH-psbA及nrDNAITS序列进行测序,对两种序列进化速率、核苷酸多样性及单倍型系统发育关系进行了初步研究。结果表明：蒙古扁桃cpdnatrnH-psbA序列总长度为306bp,共得到52处变异位点,变... 详细信息

通过对蒙古扁桃16个居群的叶绿体DNA（cpdna）的trnH-psbA及nrDNAITS序列进行测序,对两种序列进化速率、核苷酸多样性及单倍型系统发育关系进行了初步研究。结果表明：蒙古扁桃cpdnatrnH-psbA序列总长度为306bp,共得到52处变异位点,变异率达到17.05%,共检测到11种单倍型;nrDNAITS序列总长度为662bp,共得到6处变异位点,变异率达为0.91%,共检测到9种单倍型。经比较发现,蒙古扁桃nrDNAITS序列较cpdnatrnH-psbA序列保守,变异速率较慢。cpdnatrnH-psbA及nrDNAITS序列单倍型系统发育关系的各支系的支持率均较高。

关键词：蒙古扁桃 cpdna trnH-psbA序列 nrDNA ITS序列进化特点

伯乐树cpdna-PCR反应体系的优化与引物筛选

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中南林业科技大学学报 2013年第7期33卷 67-71页

作者：胡尚力徐刚标梁艳刘雄盛肖玉菲郝博搏中南林业科技大学生命科学与技术学院湖南长沙410004

伯乐树为国家一级保护植物,在研究被子植物的系统发育和古地理、古气候等方面具有重要的科学价值。cpdna-PCR反应是在分子水平上确定伯乐树系统分类的基础。建立了伯乐树cpdna-PCR反应体系,对影响扩增反应的因素(Mg2+浓度、dNTP浓度、... 详细信息

伯乐树为国家一级保护植物,在研究被子植物的系统发育和古地理、古气候等方面具有重要的科学价值。cpdna-PCR反应是在分子水平上确定伯乐树系统分类的基础。建立了伯乐树cpdna-PCR反应体系,对影响扩增反应的因素(Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度以及模板DNA浓度)进行了优化,得到了伯乐树cpdna-PCR扩增反应的最佳体系,并筛选出了适合伯乐树分子谱系地理研究的非编码区序列和引物。伯乐树cpdna-PCR最佳反应体系为:30μL反应体系含有10×PCR buffer、2.9 mmol Mg2+、120 mmol dNTP、上下游引物各11μmol、DNA模版30 ng以及3个单位的Taq酶。适合于伯乐树分子谱系地理学研究的3对引物及其退火温度为PipetB1411F-PipetD738R(52℃)、psbA-trnHGUG(59℃)、trnL-trnF(56℃)。

关键词：伯乐树 cpdna PCR体系优化引物筛选

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于cpdna条形码鉴定铁皮石斛种质资源

核农学报 2017年第2期31卷 255-262页

作者：付涛胡仲义何月秋周亚美毛阳正宁波城市职业技术学院浙江宁波315502

为选择适合鉴定铁皮石斛的条形码,以5份铁皮石斛种质资源和1份串珠石斛(外类群)为试验材料,采用cpdna条形码技术进行分子鉴定。结果表明,5个条形码序列(matK、rbcL、trnH-psbA、petApsbJ和rpl32-trnL)种间遗传距离均远高于种内遗传距离... 详细信息

为选择适合鉴定铁皮石斛的条形码,以5份铁皮石斛种质资源和1份串珠石斛(外类群)为试验材料,采用cpdna条形码技术进行分子鉴定。结果表明,5个条形码序列(matK、rbcL、trnH-psbA、petApsbJ和rpl32-trnL)种间遗传距离均远高于种内遗传距离,符合作为条形码的基本要求,其中petA-psbJ变异位点最多(8.03%),说明其进化速率亦最快,petA-psbJ可作为石斛属候选条形码之一;单个条形码鉴定率均较低(cpdna条形码技术,可将不同种质资源的铁皮石斛区分开,基本上可将不同采集地的铁皮石斛聚类;同时,建议matK+rbcL+petA-psbJ作为铁皮石斛种质资源鉴定的DNA条形码。本研究结果为铁皮石斛种质资源的快速鉴定提供了一定的参考。

关键词：铁皮石斛 cpdna 条形码种质鉴定