检索结果-南通市图书馆

Global analysis of basic leucine zipper transcription factors in trifoliate orange and the function identification of PtbZIP49 in salt tolerance

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Horticultural Plant Journal 2024年第1期10卷 115-130页

作者： Yuanyuan Xu Qiuling Hui Meng Li Hongxian Peng Yizhong He Changpin Chun Liangzhi Peng Xingzheng Fu National Citrus Engineering Research Center Citrus Research InstituteSouthwest UniversityChongqing 400712China

As one of the most widely distributed and highly conserved transcription factors in eukaryotes,basic leucine zipper proteins(bZIPs)are involved in a variety of biological processes in plants,but they are largely unknown in citrus.In this study,56 bZIP family members were identified genome-wide from an important citrus rootstock,namely trifoliate orange(Poncirus trifoliata L.Raf.),and these putative bZIPs were named PtbZIP1—PtbZIP56.All PtbZIPs were classified into 13 subgroups by phylogenetic comparison with Arabidopsis thaliana bZIPs(AtbZIPs),and they were randomly distributed on nine known(50 genes)chromosomes and one unknown(6 genes)chromosome.Sequence analysis revealed the detailed characteristics of PtPZIPs,including their amino acid length,isoelectric point(pI),molecular weight(MW),predicted subcellular localization,gene structure,and conserved motifs.Prediction of promoter elements suggested the presence of drought,low-temperature,wound,and defense and stress responsive elements,as well as multiple hormone-responsive cis-acting elements.Spatiotemporal expression analysis showed the transcriptional patterns of PtbZIPs in different tissues and under dehydration,high salt,ABA,and IAA treatments.In addition,21 PtbZIPs were predicted to have direct or indirect protein—protein interactions.Among these,PtbZIP49 was experimentally proven to interact with PtbZIP1 or PtbZIP11 by using a yeast two-hybrid assay and bimolecular fluorescence complementation(BiFC).Subcellular localization analysis further revealed that PtbZIP1,PtbZIP11,and PtbZIP49 were localized in the nucleus.Moreover,PtbZIP49 was functionally identified as having an important role in salt stress via ectopic expression in A.thaliana and silenced in trifoliate orange using virus-induced gene silencing(VIGS).This study provided comprehensive information on PtbZIP transcription factors in citrus and highlights their potential functions in abiotic stress.

关键词： bZIP Citrus Trifoliate orange Abiotic stress Expression pattern

Emerging roles of activating transcription factor (ATF) family members in tumourigenesis and immunity: Implications in cancer immunotherapy

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Genes & Diseases 2022年第4期9卷 981-999页

作者： Meilin Chen Yijun Liu Yuqin Yang Yanbing Qiu Zhicheng Wang Xiaoxu Li Wenling Zhang Department of Medical Laboratory Science The Third Xiangya HospitalCentral South UniversityChangshaHunan 410013PR China

Activating transcription factors, ATFs, are a group of bZIP transcription factors that act as homodimers or heterodimers with a range of other bZIP factors. In general, ATFs respond to extracellular signals, indicating their important roles in maintaining homeostasis. The ATF family includes ATF1, ATF2, ATF3, ATF4, ATF5, ATF6, and ATF7. Consistent with the diversity of cellular processes reported to be regulated by ATFs, the functions of ATFs are also diverse. ATFs play an important role in cell proliferation, apoptosis, differentiation and inflammation-related pathological processes. The expression and phosphorylation status of ATFs are also related to neurodegenerative diseases and polycystic kidney disease. Various miRNAs target ATFs to regulate cancer proliferation, apoptosis, autophagy, sensitivity and resistance to radiotherapy and chemotherapy. Moreover, ATFs are necessary to maintain cell redox homeostasis. Therefore, deepening our understanding of the regulation and function of ATFs will provide insights into the basic regulatory mechanisms that influence how cells integrate extracellular and intracellular signals into genomic responses through transcription factors. Under pathological conditions, especially in cancer biology and response to treatment, the characterization of ATF dysfunction is important for understanding how to therapeutically utilize ATF2 or other pathways controlled by transcription factors. In this review, we will demonstrate how ATF1, ATF2, ATF3, ATF4, ATF5, ATF6, and ATF7 function in promoting or suppressing cancer development and identify their roles in tumour immunotherapy.

关键词： Anti-tumor effect ATF bZIP Cancer Immunity Tumorigenesis

维普期刊数据库评论

在线全文

维普期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

芥菜bZIP基因家族的鉴定和表达分析

分子植物育种 2024年第7期22卷 2104-2118页

作者：代春艳张笑晗王晓丽弓琼苏醒成耀华张明政于澄宇西北农林科技大学农学院杨凌712100

碱性亮氨酸拉链(bZIP)是一类广泛存在真核生物中的转录因子家族,参与多种植物生长发育及生物和非生物胁迫的响应过程,对下游许多基因的表达具有强烈调控作用。为了解芥菜bZIP基因家族的基因结构,成员之间的相互关系以及在非生物胁迫下... 详细信息

碱性亮氨酸拉链(bZIP)是一类广泛存在真核生物中的转录因子家族,参与多种植物生长发育及生物和非生物胁迫的响应过程,对下游许多基因的表达具有强烈调控作用。为了解芥菜bZIP基因家族的基因结构,成员之间的相互关系以及在非生物胁迫下的反应机制。本研究利用生物信息学方法,从Brassica Database (BRAD)数据库下载的芥菜基因组中鉴定到81个BjubZIP基因,其中34.57%的基因缺乏内含子,59.26%的BjubZIP等电点小于7,表明芥菜中有超过一半的bZIP蛋白为酸性蛋白,亚细胞定位预测所有的基因均位于细胞核。将81个BjubZIP进一步分为与拟南芥基因相对应的6个亚群,同一亚群的motif数量和基因结构高度相似。利用公共数据库中的芥菜转录组数据,对BjubZIP基因家族在干旱和高温胁迫下的表达分析,发现A亚群基因中的BjubZIP02、BjubZIP21、BjubZIP28、BjubZIP38、BjubZIP50、Bjub ZIP62、BjubZIP59在高温和干旱胁迫下均处于上调状态,推测芥菜中的这7个基因可能与拟南芥A亚群基因的功能相似,参与了在非生物胁迫下相应的生理过程。本研究结果可为今后芥菜bZIP家族成员的基因克隆和在胁迫反应中的功能研究提供参考。

关键词：芥菜(Brassica juncea L.) bZIP 基因家族表达分析

参与非生物胁迫的水稻bZIP转录因子家族分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2023年

作者：李依雯张先文湖南农业大学生物科学技术学院

植物bZIP转录因子家族因其在调节植物生长、发育和非生物胁迫反应中的重要作用而被广泛研究。本研究通过对水稻最新版基因组序列的深入分析，鉴定出bZIP家族的116个成员，并将其分为10个亚家族。同时综述了水稻bZIP家族的结构特征和分... 详细信息

植物bZIP转录因子家族因其在调节植物生长、发育和非生物胁迫反应中的重要作用而被广泛研究。本研究通过对水稻最新版基因组序列的深入分析，鉴定出bZIP家族的116个成员，并将其分为10个亚家族。同时综述了水稻bZIP家族的结构特征和分类，特别是其在应对干旱、盐碱、低温等非生物胁迫中的表达模式和功能作用。此外，在分析响应不同非生物胁迫的OsbZIP基因启动子顺式作用元件和蛋白质结构特征的基础上，预测了新的响应不同非生物胁迫的OsbZIP家族成员。本研究将有助于深入理解水稻胁迫响应机制的分子基础，也将为水稻基因功能研究和遗传改良提供了新的思路和方法。

关键词：非生物胁迫水稻 bZIP 启动子

调控油桐油脂代谢的bZIP转录因子家族鉴定与分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

植物生理学报 2021年第5期57卷 1135-1150页

作者：梁景辉赵秋媛中南林业科技大学经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室长沙410004

为明确油桐(Vernicia fordii) bZIP转录因子家族的结构特征,筛选出与油桐油脂代谢相关的bZIP转录因子,基于油桐基因组和转录组数据,利用NCBI-CDD数据库、在线工具ExPASy、TBtools软件、MEGA X软件、SPSS软件等生物信息学工具鉴定并分析... 详细信息

为明确油桐(Vernicia fordii) bZIP转录因子家族的结构特征,筛选出与油桐油脂代谢相关的bZIP转录因子,基于油桐基因组和转录组数据,利用NCBI-CDD数据库、在线工具ExPASy、TBtools软件、MEGA X软件、SPSS软件等生物信息学工具鉴定并分析与油脂代谢相关的bZIP转录因子家族成员。共鉴定出油桐bZIP转录因子家族成员50个,分子质量11.58-82.60 kDa,等电点5.06-10.60;亚细胞定位预测显示,除了VfbZIP38定位在叶绿体上,其他49个蛋白都定位在细胞核中。根据bZIP结构域中碱性区和铰链区序列的保守性可将bZ IP家族蛋白分成12个亚类,每个亚类的成员所具有的保守基序及基因结构模式基本相同。其中, Motif 1广泛分布于50个成员中, 9个没有内含子的bZIP基因都属于X亚类。VfbZIP基因在基因组11条染色体上均有分布,在9号染色体上分布最多,共有11个bZIP基因。在演化历程中该基因家族发生过染色体片段复制事件或多倍化事件。bZIP转录因子还可以通过蛋白间相互作用与该家族其他成员形成二聚体,甚至互作网络。大部分油桐bZIP基因在根、茎、叶、花和种子等不同器官中均有表达,且VfbZIP7、VfbZIP25和VfbZIP44在种子器官中高水平表达。此外,鉴定出46个启动子区域含有bZIP转录因子结合顺式作用元件G-box的油脂基因,包括脂肪酸脱氢酶类基因FAD3-2和FADx-1。FAD2在5个种仁发育时期的表达量与VfbZ IP7具有显著正相关性,与VfbZ IP24、VfbZ IP36负相关性显著;FADx-1与VfbZ IP7正相关性显著,与VfbZ IP25、VfbZ IP44正相关性极显著;FAD3-1和FAD3-2都与VfbZ IP12、VfbZ IP24、VfbZ IP36、VfbZ IP41呈现显著或极显著的正相关性。在油桐bZIP家族中的50个成员中, VfbZIP7、VfbZIP25和VfbZIP44可能特异性地参与种子发育;VfbZIP7、VfbZIP12、VfbZIP24、VfbZIP25、VfbZIP36、VfbZIP41和VfbZIP44可能通过正向或负向调控油脂代谢途径的酶类基因表达来参与油脂代谢过程。其中VfbZIP7可能与VfbZIP24形成异源二聚体, VfbZIP12、VfbZIP41可能作为bZIP转录因子互作网络中心进行协同调控。

关键词：油桐 bZIP 油脂生物信息学

野菊bZIP转录因子全基因组鉴定及生物信息学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2022年

作者：刘贺黄沁梅刘颖婕何淼周蕴薇东北林业大学园林学院吉林农业大学园艺学院

野菊(Chrysanthemum indicum)是重要的资源植物，广泛分布于东北、华北、华中、华南和西南地区，具有较高的药用和观赏价值。bZIP转录因子参与许多种植物的生物学过程，对植物抵抗逆境胁迫起着较高的调控作用。利用生物信息学分析的方... 详细信息

野菊(Chrysanthemum indicum)是重要的资源植物，广泛分布于东北、华北、华中、华南和西南地区，具有较高的药用和观赏价值。bZIP转录因子参与许多种植物的生物学过程，对植物抵抗逆境胁迫起着较高的调控作用。利用生物信息学分析的方法在野菊全基因组数据库中对野菊bZIP转录因子进行全基因组鉴定，预测和分析基因结构、蛋白性质、蛋白结构、启动子。结果表明，野菊bZIP转录因子家族共有75个基因；亲缘关系较近的野菊bZIP基因的基因结构较为相似；保守基序分析结果表明，每个基因所包含的保守基序的种类、数量及分布位置具有一定相似性，但也存在差异；聚在同一亚家族的基因所含有的保守基序的种类、数量和分布位置相似。bZIP转录因子家族基因的启动子中有多种顺式作用元件，其中光反应性元件最多，其次是植物激素反应性元件。野菊bZIP转录因子家族的分析结果可为进一步研究野菊bZIP基因的功能和分子机制提供了依据。

关键词：野菊 bZIP 转录因子基因家族生物信息学

玉米低温和盐响应bZIP基因的鉴定和分子特性分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2023年

作者：吴紫璇王雪贺缘杜楚怀张苗苗刘新宇王浩宇张芮嘉高源范修蒙韩文革张美萍贺琳黑龙江八一农垦大学黑龙江省现代农业栽培技术与作物种质改良重点实验室

bZIP转录因子家族成员在植物发育和逆境胁迫响应中发挥重要作用。本研究从玉米低温转录组中鉴定筛选出了30条bZIP基因，发现其中有22条基因上调表达、8条基因下调表达。通过进化树分析将30条ZmbZIPs分成9个亚家族(A， B， C， D， E， F... 详细信息

bZIP转录因子家族成员在植物发育和逆境胁迫响应中发挥重要作用。本研究从玉米低温转录组中鉴定筛选出了30条bZIP基因，发现其中有22条基因上调表达、8条基因下调表达。通过进化树分析将30条ZmbZIPs分成9个亚家族(A， B， C， D， E， F， G， I和S)，对其保守序列、蛋白结构域、基因结构，启动子序列，不同组织部位和发育阶段的表达模式，以及其在盐胁迫下的表达模式进行了分析。本研究主要鉴定了低温和盐响应ZmbZIPs的分子特性，为进一步克隆基因，研究ZmbZIPs在低温和高盐胁迫下的功能和调控机制提供参考。

关键词：玉米 bZIP 低温盐胁迫生物信息学

蒙古栎bZIP全基因组鉴定与非生物胁迫表达分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2023年

作者：李红燕孟鑫张卫强任俊杰江敏任亚超河北农业大学林学院河北省洪崖山国有林场

蒙古栎(Quercus mongolica)隶属于壳斗科、栎属植物，广泛分布于中国东北、华北、西北各地，是中国国家二级珍贵树种。碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子是真核生物中最大的转录因子家族之一，其在参与植物的生长发育调控与非生物胁迫中起... 详细信息

蒙古栎(Quercus mongolica)隶属于壳斗科、栎属植物，广泛分布于中国东北、华北、西北各地，是中国国家二级珍贵树种。碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子是真核生物中最大的转录因子家族之一，其在参与植物的生长发育调控与非生物胁迫中起着重要作用。本研究基于已公布的蒙古栎基因组数据，首先运用生物信息学的方法，在蒙古栎基因组中筛选鉴定出64个bZIP基因家族成员。后续分析了其理化性质、上游顺式作用元件等，还研究了其与同属植物夏栎的系统进化关系，根据蒙古栎在不同栽培模式下的转录组数据，来鉴定其在非生物胁迫下的表达模式。研究结果表明：蒙古栎全基因组bZIP成员分别编码137～759个氨基酸；蛋白质分子量在15938.6～82120.2 Da之间，pI在4.17～11.03之间。64个bZIP基因不均匀分布在蒙古栎各染色体上，其中5号染色体上没有bZIP基因分布；根据与拟南芥多序列比对构建进化树，将其划分为11个亚家族。保守基序分析，每个bZIP基因都含有motif1，聚类到不同亚组的基因有相似的基序组成。在两种不同栽培模式下，64个bZIP基因呈现出不同的表达模式，通过热图可以发现其基因表达量有明显变化，说明bZIP基因家族成员在蒙古栎应对干旱和高温胁迫可发挥一定作用。上述研究内容可为蒙古栎抗逆基因挖掘及良种培育提供理论依据。

关键词：蒙古栎 bZIP 基因家族生物信息学

石仙桃中4种转录因子鉴定及其组织表达的研究

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

生物技术通报 2024年第5期40卷 141-152页

作者：刘保财张武君赵云青黄颖桢陈菁瑛福建省农业科学院作物研究所福州250013 福建省农业科学院药用植物研究中心福州250013

【目的】石仙桃Pholidota chinensis Lindl为珍稀濒危的附生兰,附生较地生而言进化出了许多特殊的形态结构和生理生化特性,而转录因子对调控植物的生长发育具有作用,旨在探讨和发掘石仙桃中调控其生长发育的转录因子。【方法】利用PacBi... 详细信息

【目的】石仙桃Pholidota chinensis Lindl为珍稀濒危的附生兰,附生较地生而言进化出了许多特殊的形态结构和生理生化特性,而转录因子对调控植物的生长发育具有作用,旨在探讨和发掘石仙桃中调控其生长发育的转录因子。【方法】利用PacBio和Illumina测序技术获得石仙桃的全长转录组数据以及在根、根状茎、假鳞茎和叶片中的基因表达量,通过进一步生信分析,探讨石仙桃4种转录因子家族成员、理化特性及其组织表达特异性,并用氯化钠(NaCl)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导逆境胁迫,用RT-qPCR分析了C2H2家族和bHLH家族的表达量。【结果】石仙桃中鉴定的4种转录因子及其家族成员转录本为:C2H2家族21个、bHLH家族27个、WRKY家族30个、bZIP家族19个,这4个家族及其成员主要为亲水的不稳定性蛋白,亚细胞定位主要位于细胞核内,bHLH家族的部分成员位于细胞质、叶绿体等细胞器中,各基因家族均具有典型的保守结构域特征,在石仙桃的根、根状茎、假鳞茎和叶片呈现出明显的组织特异性。21个C2H2家族和27个bHLH家族中所有基因表达均受NaCl和MeJA影响,但家族成员受到促进或抑制表达及其表达量存在差异。【结论】鉴定了石仙桃中4个转录因子家族成员的数量,各家族成员主要是位于细胞核内的亲水不稳定性蛋白,并具有保守结构域特征和组织表达特异性。

关键词：石仙桃 C2H2 bHLH WRKY bZIP 理化特性组织表达