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滩湖杂羊多胎基因(FecB)TaqMan探针SNP分型的研究

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中国畜禽种业 2023年第5期19卷 32-35页

作者：李丹马丽娜施安王燕侯鹏霞梁小军西北农林科技大学动物科技学院陕西西安712100 宁夏农林科学院动物科学研究所宁夏银川750002

研究绵羊多胎基因FecB在滩湖杂羊群体中的多态性,可辅助开展滩羊多胎新品种(系)的培育工作。该试验利用TaqMan探针对滩湖杂羊G0、G1和G2代242份样品进行,通过对FecB基因的SNP进行分型,研究FecB基因在滩羊和湖羊杂交后代种群中的多态性... 详细信息

研究绵羊多胎基因FecB在滩湖杂羊群体中的多态性,可辅助开展滩羊多胎新品种(系)的培育工作。该试验利用TaqMan探针对滩湖杂羊G0、G1和G2代242份样品进行,通过对FecB基因的SNP进行分型,研究FecB基因在滩羊和湖羊杂交后代种群中的多态性及遗传规律。FecB基因来源于骨形态发生蛋白受体1B(bone morphogenetic protein receptor type 1B,BMPR1B),该基因外显子第746位A突变为G即为FecB。而FecB基因在滩湖杂羊群体中具有3种基因型,分别为BB型(突变型)、B+型与++型(野生型)。结果表明:G0代群体中BB、B+、++基因型频率分别为2.56%、14.10%和83.33%,B、+等位基因频率为9.62%和90.38%;G1代群体中BB、B+、++基因型频率分别为28.17%、38.73%和33.10%;B、+等位基因频率为47.54%和52.46%;G2代群体中BB、B+、++基因型频率分别为18.18%、54.54%和27.27%,B、+等位基因频率分别为45.45%、54.54%。可见,FecB基因可作为滩羊多胎品系选育的分子标记,选留带B基因的公母羊进行繁殖,可显著改善滩湖杂交羊群体中FecB基因的基因型结构和基因频率,提高群体的产羔数,加快滩羊高繁品种(系)的建立。

关键词：滩湖杂羊 FecB基因 TaqMan探针基因频率基因型频率

尼帕病毒TaqMan探针荧光定量PCR检测方法建立

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中国动物传染病学报 2024年第1期32卷 122-128页

作者：孙彤孙竹筠刘静宜王培培苏苌陈鸿军中国农业科学院上海兽医研究所兽药评价中心上海200241

尼帕病毒病是一种人畜共患烈性传染病,为能够快速特异检测该病毒,本研究根据尼帕病毒(NiV)N基因序列保守区设计特异性引物和探针,建立一种针对NiV的TaqMan探针荧光定量PCR(qPCR)检测方法,该方法特异性好、敏感性高、稳定性强,可鉴别NiV... 详细信息

尼帕病毒病是一种人畜共患烈性传染病,为能够快速特异检测该病毒,本研究根据尼帕病毒(NiV)N基因序列保守区设计特异性引物和探针,建立一种针对NiV的TaqMan探针荧光定量PCR(qPCR)检测方法,该方法特异性好、敏感性高、稳定性强,可鉴别NiV与其他猪病病毒,扩增效率为102%,最低检测限14.8 copies/μL,敏感性高于常规PCR 10倍,该检测方法的建立可为NiV的快速检测提供技术手段,对促进猪类养殖业的健康发展具有重要意义。

关键词：尼帕病毒 N基因 TaqMan探针实时荧光定量PCR

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滩羊肌肉抑制素(MSTN)基因TaqMan探针SNP分型及其与生长性状的关联研究

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黑龙江畜牧兽医 2016年第2期 4-6页

作者：马丽娜李颖康于洋额尔和花马青宁夏农林科学院草畜工程技术研究中心银川750002

为了建立一种基于TaqMan探针技术的快速、准确且经济的实时荧光PCR法用于检测滩羊肌肉抑制素(MSTN)基因单核苷酸多态性(SNP)分型,试验选择MSTN基因的多态位点设计1对TaqMan探针加入到PCR反应系统中对MSTN基因SNP进行分型,同时对MSTN基... 详细信息

为了建立一种基于TaqMan探针技术的快速、准确且经济的实时荧光PCR法用于检测滩羊肌肉抑制素(MSTN)基因单核苷酸多态性(SNP)分型,试验选择MSTN基因的多态位点设计1对TaqMan探针加入到PCR反应系统中对MSTN基因SNP进行分型,同时对MSTN基因的不同基因型与生长性状(出生重、断奶体重、三月龄体重和六月龄体重)进行关联研究。结果表明:MSTN基因rs417816017位点在滩羊群体中具有两种基因型YY、XY;XY型个体具有生长优势。说明基于TaqMan探针技术的特异的实时荧光PCR方法可实现MSTN基因的分型检测,可为深入开展滩羊育种提供备选基因。

关键词：滩羊肌肉抑制素(MSTN)基因 TaqMan探针单核苷酸多态性(SNP) 生长性状关联

猪圆环病毒2型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立以及PCV2疫苗对Balb/c小鼠的攻毒保护性研究

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猪圆环病毒2型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立以及PCV2...

作者：吴佳鑫南京农业大学

学位级别：硕士

猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)会造成猪免疫系统功能障碍,引起断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)等猪圆环病毒相关疾病(PCVD),被认为是全世界家养猪最重要的病原体之一。建立理想的异种动物和本动物模型可以更好地研究... 详细信息

猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)会造成猪免疫系统功能障碍,引起断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)等猪圆环病毒相关疾病(PCVD),被认为是全世界家养猪最重要的病原体之一。建立理想的异种动物和本动物模型可以更好地研究病原的生物学特性、致病机理以及检验疫苗保护效力。已有多篇文献表明,在接种PCV2的Balb/c小鼠中可以发现病毒复制、血清转化和微观病变,小鼠动物模型可能对抗病毒试剂和疫苗研究提供极大的便利性。本研究建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR检测技术,旨在为定量检测PCV2病毒核酸含量提供可靠的工具,并为PCV2相关疾病的研究以及PCV2疫苗的效果评价提供帮助。根据NCBI中猪圆环病毒2型ORF2的保守基因序列设计合成了引物和探针,通过反应条件以及反应体系的优化,成功建立了特异性定量检测PCV2的实时荧光定量PCR检测方法。试验结果证明当样本浓度在1.9×10～1.9×10拷贝/μL时,样本浓度与循环阈值(Cq值)呈现良好的线性关系,相关系数达到0.999。该检测方法灵敏度高,与普通PCR相比敏感性提高1000倍,最低检测浓度为101拷贝/μL,并且本检测方法具有良好的特异性和重复性。本研究建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法与国家标准的qPCR方法检测结果一致,可以作为定量检测PCV2的一种新方法。在建立PCV2 TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的基础上,选取52只SPF级Balb/c小鼠进行PCV2疫苗的小鼠免疫攻毒试验,为PCV2致病性和疫苗评估研究提供试验参考。试验小鼠随机分为3组:阴性空白对照组、PCV2攻毒对照组及灭活疫苗免疫攻毒组。在攻毒后3、7、14、21日,分别选取小鼠,观察其外貌特征、精神状况以及是否有异常病变,然后取心脏、脾脏、肝脏、肺脏及肾脏检测脏器样品的病毒载量。试验结果显示,攻毒对照组小鼠明显较其它两组小鼠消瘦。从攻毒后的第3天即可在小鼠的多个脏器组织中检测出病毒。脏器病毒含量由多至少依次为:肝脏、脾脏、肾脏、肺脏和心脏。免疫攻毒组的小鼠各脏器组织PCV2病毒载量均较攻毒对照组小鼠有所下降。除肺脏外,其余脏器的病毒载量均呈现出了显著性下降或极显著性下降。试验结果表明Balb/c小鼠可以作为异种动物对PCV2进行免疫攻毒保护研究,并且试验用疫苗可以对小鼠提供一定的保护。

关键词：猪圆环病毒2型 TaqMan探针实时荧光定量PCR Balb/c小鼠免疫攻毒试验

云南山茶TaqMan探针实时荧光PCR快速鉴定方法的建立

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中国口岸科学技术 2022年第S01期4卷 63-67页

作者：邓宗汉陈金玉刘鸿骄钟杰刘忠善李旻昆明海关技术中心昆明650228 腾冲海关综合技术服务中心保山679100 孟定海关综合技术中心临沧677000

为建立云南山茶(Camellia reticulata Lindl.)TaqMan探针实时荧光PCR鉴定方法,根据GenBank数据库中及本实验室所测的15条云南山茶ITS可变序列片段设计特异引物和相应的TaqMan探针.试验结果证明,该引物探针组合可对云南山茶"大理茶""蒲门... 详细信息

为建立云南山茶(Camellia reticulata Lindl.)TaqMan探针实时荧光PCR鉴定方法,根据GenBank数据库中及本实验室所测的15条云南山茶ITS可变序列片段设计特异引物和相应的TaqMan探针.试验结果证明,该引物探针组合可对云南山茶"大理茶""蒲门茶""凤山茶""麻叶银红""泽河"5个品系分别进行特异性检测鉴定,而对山茶属华东山茶(Camellia japonica L.)、金花茶(Camellia petelotii(Merrill)Sealy)、普洱茶(Camellia sinensis var.assamica(J.W.Masters)Kitamura)以及非山茶属的番茄均未检出荧光信号.本研究建立的云南山茶TaqMan探针实时荧光PCR快速鉴定方法特异性强、敏感性高、重复性好,非常适合基层和口岸在物种资源查验工作中推广应用,解决对云南山茶实施口岸查验的关键技术问题,提高查验效率.

关键词：云南山茶 TaqMan探针实时荧光PCR 物种资源口岸查验技术

TaqMan探针实时荧光PCR对马鹿真伪鉴别方法的建立

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吉林畜牧兽医 2022年第1期43卷 3-5页

作者：王准王向辉刘博李文君刘金华长春海关技术中心吉林长春130000 长春国际旅行卫生保健中心吉林长春130000

随着人们生活水平的提高,对鹿产品的需求日益剧增。由于市场上优质鹿产品供不应求,许多不法分子借此鱼目混珠以次充好,导致掺假鹿及其衍生品泛滥,因此急需一种简单快速鉴别鹿产品真伪的方法。本研究对马鹿线粒体D-loop基因特异位点进行... 详细信息

随着人们生活水平的提高,对鹿产品的需求日益剧增。由于市场上优质鹿产品供不应求,许多不法分子借此鱼目混珠以次充好,导致掺假鹿及其衍生品泛滥,因此急需一种简单快速鉴别鹿产品真伪的方法。本研究对马鹿线粒体D-loop基因特异位点进行分析比对,并作为扩增靶序列,设计马鹿特异性的引物和探针,通过对特异性以及方法灵敏度测试,建立了马鹿的特异性实时荧光PCR方法。该方法具有很高的特异性及灵敏性,检测灵敏性为0.00174 ng/μL,适用于鉴别马鹿及其相关产品的真伪。

关键词：物种鉴别马鹿实时荧光PCR 线粒体D-loop基因 TaqMan探针

一种高效的苹果褪绿叶斑病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法

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植物保护学报 2015年第4期42卷 551-556页

作者：秦子禹孙建设王娜邵建柱河北农业大学园艺学院保定071001 河北科技师范学院园艺科技学院昌黎066600

为建立一种检测苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ACLSV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以构建的ACLSV-cp重组质粒为阳性标准... 详细信息

为建立一种检测苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ACLSV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以构建的ACLSV-cp重组质粒为阳性标准品绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。结果显示,以ACLSV-cp重组质粒为标准品建立的标准曲线相关系数达0.999,扩增效率为103.7%;建立的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法特异性好,与苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)均无交叉反应;灵敏度为100拷贝/μL,比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于0.84%。表明Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法具有特异性强、灵敏性高、重复性好的优点,适用于实际样品中ACLSV的快速准确检测。

关键词：苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV) TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR

苹果茎痘病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

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园艺学报 2015年第7期42卷 1400-1408页

作者：秦子禹孙建设王娜邵建柱河北农业大学园艺学院河北保定071001 河北科技师范学院园艺科技学院河北昌黎066600

为建立一种检测苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ASPV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以体外转录的RNA为标准品构建标准曲线,并对该方法的... 详细信息

为建立一种检测苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ASPV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以体外转录的RNA为标准品构建标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。建立的标准曲线决定系数达0.996,扩增效率为99%;该方法特异性好,与苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)、苹果锈果类病毒(ASSVd)均无交叉反应;其最低检测限为1.31×102 copies·μL-1,灵敏度比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于1.85%。该方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好等优点,适用于田间样品中ASPV的快速定量检测。

关键词：苹果茎痘病毒 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR

C种禽腺病毒K株的分离鉴定及TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的建立

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C种禽腺病毒K株的分离鉴定及TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的建立

作者：周薇帆河南农业大学

学位级别：硕士

禽腺病毒(FAd V)遍布世界各地,起初FAd V分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3个群,后来依据交叉中和反应结果将FAd V分为12个血清型(FAd V-1～8a和8b～11),依据其分子结构特征分为5个种(FAd V-A～E),12个血清型均能导致IBH,死亡率接近10%,典型特征是肝脏坏... 详细信息

禽腺病毒(FAd V)遍布世界各地,起初FAd V分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3个群,后来依据交叉中和反应结果将FAd V分为12个血清型(FAd V-1～8a和8b～11),依据其分子结构特征分为5个种(FAd V-A～E),12个血清型均能导致IBH,死亡率接近10%,典型特征是肝脏坏死。FAd V-1(CELOV)也能导致肌胃糜烂。包涵体肝炎-心包积液综合征(HHS)是FAd V引起的最严重的疾病,大部分由4型和8型禽腺病毒引发。1986年,心包积液综合征首次出现在巴基斯坦地区,随后逐渐蔓延到世界各地。2012年开始,国内养殖场开始出现由FAd V引发的包涵体肝炎、心包积液的病例。2015年,国内多个省份FAd V感染的情况持续加剧,鸡群表现突然发病,死亡率高达30%～70%,给国内养鸡业造成了严重的经济损失。近几年,世界各地的HHS病例也呈上升趋势,包括印度、加拿大、日本、韩国等。2015年河南某鸡场暴发了HHS,为研究其致病机制,本研究采集发病鸡的肝脏和心包积液,研磨后吸取上清液,在CEL上进行分离纯化,可见细胞明显病变,脱落呈葡萄串状聚集。命名分离株为K株,提取纯化后病毒的DNA,进行PCR扩增,对扩增产物进行测序,与Genbank中其他腺病毒进行氨基酸序列同源性分析和遗传进化分析,结果表明,本研究分离的K株与C种血清4型的FAd V同源性高达93.6%,亲缘关系最近,说明K株为C种血清4型的FAd V。同时对K株进行生物学特性研究,K株接种1日龄、64日龄、220日龄SPF鸡,结果都达到100%死亡,表明K株致病性很强。用福尔马林灭活的K株的20%肝组织匀浆与ISA71 VG佐剂高速剪切制备油乳苗,为了探究能够有效预防鸡HHS疫苗所需的最小病毒量,制备了分别含10TCID、10TCID、10TCID、10TCID的4种不同病毒量的油乳苗,免疫3周龄SPF鸡,并设置对照组,免疫4周后,各组接种10TCID的K株,每天观察鸡的精神状态,记录死亡时间,一直持续到攻毒后14天。根据攻毒保护试验的结果,表明A组制备的疫苗最低应含有10TCID病毒量可以实现对鸡群的完全保护,说明K株有很好的免疫原性,可以作为制备预防禽腺病毒感染的疫苗的候选毒株。为适用于FAd V临床的大批量检测,本研究利用K株制备的标准品建立TaqMan探针荧光定量PCR方法检测FAd V,扩增效率高达93.87%,相关系数为0.998接近于1,特异性高,重复性好,最低检测FAd V模板浓度为2×10copies/u L,与常规PCR相比,敏感10倍,对促进养禽业健康发展具有重要意义。应用建立的荧光PCR方法检测K株感染3周龄SPF鸡后对不同组织的嗜性,结果表明,3周龄SPF鸡感染K株后,在鸡的组织中广泛分布,组织中K株的病毒量在3dpi能检测出拷贝数,8dpi时病毒量最高,其中肝脏的病毒拷贝数最高为2.208×10copies/g,心脏的病毒拷贝数为2.723×10copies/g,在胸腺中的病毒量最少,为8.710×10copies/g,说明K株对肝脏的嗜性最大,对胸腺的嗜性最小,为广嗜性病毒。

关键词：禽腺病毒 TaqMan探针荧光定量PCR 致病性免疫原性