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鉴别非洲猪瘟野毒株与基因缺失疫苗株的三重TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的建立

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中国兽医科学 2022年第8期52卷 939-945页

作者：宋影影刘英楠刘建奇谢振华于婉琪吕璐钟秋萍宋庆庆陈鸿军中国农业科学院上海兽医研究所上海200241 中国农业科学院生物安全研究中心上海200241 金宇保灵生物制药有限公司内蒙古呼和浩特010030

为建立一种鉴别非洲猪瘟野毒株与基因缺失疫苗株的TaqMan探针荧光定量PCR检测方法,根据非洲猪瘟病毒(ASFV)的B646L、EP402R、MGF360-13L基因序列,分别设计PCR引物和TaqMan探针,绘制标准曲线,并进行重复性试验、特异性试验、敏感性试验... 详细信息

为建立一种鉴别非洲猪瘟野毒株与基因缺失疫苗株的TaqMan探针荧光定量PCR检测方法,根据非洲猪瘟病毒(ASFV)的B646L、EP402R、MGF360-13L基因序列,分别设计PCR引物和TaqMan探针,绘制标准曲线,并进行重复性试验、特异性试验、敏感性试验与临床样品检测,建立三重TaqMan探针荧光定量PCR检测方法。结果显示,以B646L、EP402R和MGF360-13L重组质粒为标准品绘制的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数(R^(2))分别为0.995、0.997和0.997;建立的方法与多种猪常见病原不存在交叉反应,特异性良好;对B646L、MGF 360-13L与EP402R基因的检测下限均为10^(2.5) copies/μL,变异系数均<2%,该方法灵敏度高;当临床样品稀释至10^(-5)时,即滴度为10^(2.5)TCID_(50)/mL时仍能检测到病毒粒子,具有较高的临床使用价值。本研究建立了一种高效、灵敏、特异的ASFV分子检测方法,对ASF风险预警具有重要意义。

关键词：非洲猪瘟病毒 B646L EP402R MGF360-13L TaqMan探针荧光定量PCR

鹅源星状病毒TaqMan探针和SYBR Green Ⅰ染料法荧光定量PCR检测方法的建立及其应用比较

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中国兽医学报 2022年第10期42卷 1970-1976页

作者：邓昕竹余群朱盈名赵自亮陆婧赵光伟张立武程方俊杨晓伟西南大学动物医学学院重庆荣昌402460 重庆三杰众鑫生物工程有限公司重庆荣昌402460

鹅源星状病毒(goose astrovirus, GoAstV)是国内新发雏鹅痛风病病原,为更好地应用于临床检测,本试验针对GoAstV分别建立了基于TaqMan探针和SYBR GreenⅠ染料的2种实时荧光定量PCR方法,并比较两者的优劣。首先根据GoAstV的ORF1b基因保守... 详细信息

鹅源星状病毒(goose astrovirus, GoAstV)是国内新发雏鹅痛风病病原,为更好地应用于临床检测,本试验针对GoAstV分别建立了基于TaqMan探针和SYBR GreenⅠ染料的2种实时荧光定量PCR方法,并比较两者的优劣。首先根据GoAstV的ORF1b基因保守序列设计特异性引物和探针,通过优化反应条件和反应体系,分别建立taqman和SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,并对其进行特异性、敏感性、重复性测定和临床样品检验。结果显示,2种方法均能特异性检测GoAstV,Ct值在质粒标准品浓度2.5×10~2~2.5×10~8 copies/μL范围内线性关系良好,相关系数均为0.999;探针法和染料法的最低检测限分别为2.5×10~1,2.5×10~2 copies/μL;2种方法重复性试验组内与组间变异系数均小于2.50%。对近1年收集的71份临床疑似样本进行检测,探针法和染料法的阳性检出率分别为49.30%和42.25%,探针法的检出率较高。结果表明,本试验建立的TaqMan探针和SYBR GreenⅠ染料荧光定量PCR方法均具有特异性强、敏感性高、重复性好优点,可应用于临床GoAstV的检测,其中尤以TaqMan探针法的灵敏度较高。

关键词：鹅源星状病毒荧光定量PCR TaqMan探针 SYBR GreenⅠ染料

新型冠状病毒突变株Omicron核酸检测的TaqMan探针设计

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病毒学报 2022年第3期38卷 528-533页

作者：张嫦丽伍嘉豪易华伟长江大学附属第一医院荆州434021

Omicron(奥密克戎)作为最新的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)突变株,其带有大量的突变位点,且突变位点主要位于S蛋白上,这不仅会增加再次感染病毒的风险,同时也会大幅降低疫苗和抗体疗法的的效果。Omicron携带的突变虽不影响国内现使用的核... 详细信息

Omicron(奥密克戎)作为最新的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)突变株,其带有大量的突变位点,且突变位点主要位于S蛋白上,这不仅会增加再次感染病毒的风险,同时也会大幅降低疫苗和抗体疗法的的效果。Omicron携带的突变虽不影响国内现使用的核酸检测试剂,但这些检测试剂不能有效地鉴别出Omicron突变株。本研究通过对Omicron以及其他SARS-CoV-2突变株的基因序列进行分析,设计了能特异性检测Omicron突变株的TaqMan探针。同时,该探针可与现有的核酸检测体系进行结合,实现SARS-CoV-2核酸检测和Omicron突变株鉴别的双重功能。

关键词：新型冠状病毒突变株Omicron 核酸检测 TaqMan探针

基于牛支原体TU基因的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法的建立

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中国兽医科学 2022年第1期52卷 33-40页

作者：成虹松袁海文岳筠谢晓东程振涛文明李涛贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室贵州贵阳550025 贵州省动物疫病预防控制中心贵州贵阳550008

本研究旨在建立牛支原体TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,便于临床上快速检测、诊断牛支原体病。本研究根据牛支原体TU基因(登录号:CP002188.1)设计合成特异性引物及TaqMan探针,并通过试验检验所建立的检测方法的特异性和灵敏性。本研究... 详细信息

本研究旨在建立牛支原体TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,便于临床上快速检测、诊断牛支原体病。本研究根据牛支原体TU基因(登录号:CP002188.1)设计合成特异性引物及TaqMan探针,并通过试验检验所建立的检测方法的特异性和灵敏性。本研究建立的实时荧光定量PCR方法标准曲线的截距为46.20,斜率为-3.24,相关系数为-0.996,提示标准品的浓度与Ct值呈线性关系。方法性能评价显示,所建方法的组内及组间重复性变异系数均低于0.02,说明所建方法的重复性好;灵敏性试验中,目的基因最小检出浓度为19.1 copies/μL,敏感性是常规PCR(1.91×10^(4)copies/μL)的1 000倍。试验结果表明,本研究建立的牛支原体荧光定量PCR方法,具有精确、敏感、特异等优点,可为临床上快速检测牛支原体病提供技术支撑。

关键词：牛支原体 TU基因 TaqMan探针荧光定量PCR

猪腺病毒3型TaqMan探针荧光定量PCR检测方法建立

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中国动物传染病学报 2023年

作者：解佳刘静宜孙彤郭伟强俞赵荣陈鸿军陈立功中国农业科学院上海兽医研究所河北农业大学中国农业科学院生物安全研究中心

猪腺病毒3型（PAdV-3）导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒，本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针，成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR（qPCR）检测方法。结果显示：该方法特异性好... 详细信息

猪腺病毒3型（PAdV-3）导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒，本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针，成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR（qPCR）检测方法。结果显示：该方法特异性好，可鉴别PAdV-3与其他猪病病毒，最低检测限为10 copies/μL，敏感性高于常规PCR 100倍。该检测方法的建立为PAdV-3的快速诊断提供了重要的分子诊断工具。

关键词：猪腺病毒3型 hexon基因 TaqMan探针实时荧光定量PCR

Allglo探针与TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测猴免疫缺陷病毒的比较

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南方医科大学学报 2016年第11期36卷 1496-1501页

作者：吴胜男谢延峥刘翠华何金洋广州中医药大学热带医学研究所广东广州510405

目的比较Allglo探针和TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测SIV的灵敏度下限和重复性。方法把SIV标准品进行梯度稀释成6个浓度,每个浓度同时提取12个标本进行批内差异分析,每个标本提取12次进行批间差异分析之后进行逆转录并用TaqMan探针和All... 详细信息

目的比较Allglo探针和TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测SIV的灵敏度下限和重复性。方法把SIV标准品进行梯度稀释成6个浓度,每个浓度同时提取12个标本进行批内差异分析,每个标本提取12次进行批间差异分析之后进行逆转录并用TaqMan探针和Allglo探针进行定量PCR检测。批内差异分析者每个标本同时进行逆转录和上机检测,批间差异分析者分12次进行逆转录和检测,对这两种探针的PCR结果利用ABI7300定量PCR仪所携带的软件和相关的统计学方法进行分析。结果 TaqMan探针和Allglo探针法检测SIV标准品的灵敏度下限均为50 copies/m L。重复性结果显示:批内结果差异分析显示Allglo探针法最大变异系数为0.63%,最小变异系数为0.33%,TaqMan探针法最大变异系数为1.33%,最小变异系数为0.2%;批间结果差异分析显示Allglo探针法最大变异系数为1.77%,最小变异系数为0.95%,TaqMan探针法最大变异系数为1.86%,最小变异系数为1.03%。结论在荧光定量RT-PCR法检测猴免疫缺陷病毒中,Allglo探针法可能优于TaqMan探针法。

关键词： Allglo探针 TaqMan探针猴免疫缺陷病毒实时荧光定量PCR

兔出血症病毒2型TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

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江苏农业学报 2021年第6期37卷 1476-1480页

作者：陈萌萌仇汝龙范志宇胡波宋艳华魏后军朱伟峰徐为中王芳江苏省农业科学院兽医研究所/农业部兽用生物制品工程重点实验室江苏南京210014

以新发生的兔出血症病毒2型(RHDV2)SC 2020/04株VP60基因序列为参考,设计出1对特异性引物和TaqMan探针,建立了一种快速、灵敏且特异的用于检测新型病毒的荧光定量RT-PCR检测方法。试验结果显示:本研究建立的方法,标准曲线线性关系良好,R... 详细信息

以新发生的兔出血症病毒2型(RHDV2)SC 2020/04株VP60基因序列为参考,设计出1对特异性引物和TaqMan探针,建立了一种快速、灵敏且特异的用于检测新型病毒的荧光定量RT-PCR检测方法。试验结果显示:本研究建立的方法,标准曲线线性关系良好,R^(2)值达到0.999;其特异性较好,与兔出血症病毒1型(RHDV1)、仙台病毒(SV)和轮状病毒(RRV)病原均无交叉反应;灵敏性高,最低检出量为1μl 1×10拷贝;且重复性良好,批内和批间试验的变异系数平均值均小于2%。临床检测结果表明,利用该方法对108份临床病料进行检测,检出RHDV2阳性样品72份,检出率为66.7%,明显高于常规的RT-PCR方法(62.0%)。结果证明,新建立的taqman荧光定量RT-PCR方法适合于RHDV2感染的特异性诊断。

关键词：兔出血症病毒2型 TaqMan探针荧光定量RT-PCR 敏感性特异性

川贝母物种特异性TaqMan探针实时荧光定量PCR方法的建立

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中国医药工业杂志 2018年第11期49卷 1581-1585页

作者：王成常志远兰青阔赵新兰璞天津市农业质量标准与检测技术研究所天津300381

建立了TaqMan探针实时荧光PCR法对川贝母进行真伪性鉴别。设计川贝母物种特异性引物、探针,通过筛选、特异性测试、扩增条件优化以及方法灵敏度测试,形成一套川贝母物种特异性实时荧光PCR方法。在此基础上建立标准曲线,并对已知含量的... 详细信息

建立了TaqMan探针实时荧光PCR法对川贝母进行真伪性鉴别。设计川贝母物种特异性引物、探针,通过筛选、特异性测试、扩增条件优化以及方法灵敏度测试,形成一套川贝母物种特异性实时荧光PCR方法。在此基础上建立标准曲线,并对已知含量的川贝母供试品进行定量测试,以检验方法的准确性。其中,引物探针组合"川贝母-3-1QF/1QR/2P"的特异性较好,且当引物终浓度1.2μmol/L、探针终浓度0.6μmol/L时,可检测川贝母含量低至0.05%的样品。本方法特异性和灵敏度高,能对未知含量的川贝母真伪混样进行相对定量,且操作简便快捷,可用于鉴别川贝母真伪性及相对定量。

关键词：川贝母实时荧光定量PCR TaqMan探针鉴别

盖塔病毒TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立

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中国兽医学报 2020年第7期40卷 1290-1295页

作者：朱翔宇鲁荣光胡博蔡熙姮刘昊史宁中国农业科学院特产研究所吉林长春130112 佛山科学技术学院广东佛山528000

为了建立特异、灵敏、快速的荧光定量RT-PCR方法用于检测盖塔病毒(Getah virus,GETV)的核酸,并初步应用于GETV的临床标本检测。根据GenBank登录的GETV全基因组序列,应用生物学软件进行序列比对,在NSP1保守区设计1对特异性引物和taqman... 详细信息

为了建立特异、灵敏、快速的荧光定量RT-PCR方法用于检测盖塔病毒(Getah virus,GETV)的核酸,并初步应用于GETV的临床标本检测。根据GenBank登录的GETV全基因组序列,应用生物学软件进行序列比对,在NSP1保守区设计1对特异性引物和TaqMan探针。建立实时荧光定量RT-PCR检测GETV的方法,并对建立的方法进行敏感性、特异性测定和临床样品检验。结果显示,该方法能特异性地鉴别检测GETV;检测灵敏度高,检测的最低模板量可以达到2.03×10^1 copies/μL;将收集到的10000只蚊子样品分成100份进行检测,共检测出8份GETV阳性样品,与常规反转录PCR(RT-PCR)检测及病毒分离结果吻合。本研究建立的GETV taqman实时荧光定量RT-PCR检测方法特异、灵敏,适用于GETV的临床早期诊断。

关键词： GETV TaqMan探针荧光定量RT-PCR