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转录调节因子sox蛋白与黑素瘤相关性研究进展

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临床皮肤科杂志 2016年第7期45卷 550-552页

作者：邹颖纪超张美华程波福建医科大学附属第一医院皮肤科福建福州350000 南京医科大学第一附属医院皮肤科江苏南京210029

SOⅩ蛋白是由一类SRY相关基因构成的基因家族编码的转录因子,在黑素瘤发生发展中起到重要作用。SOⅩ10异常表达与黑素瘤密切相关,检测SOⅩ10蛋白有助于黑素瘤的鉴别诊断;SOⅩ9蛋白在黑素瘤中起到保护作用,其与SOⅩ10蛋白在黑素瘤中的相... 详细信息

SOⅩ蛋白是由一类SRY相关基因构成的基因家族编码的转录因子,在黑素瘤发生发展中起到重要作用。SOⅩ10异常表达与黑素瘤密切相关,检测SOⅩ10蛋白有助于黑素瘤的鉴别诊断;SOⅩ9蛋白在黑素瘤中起到保护作用,其与SOⅩ10蛋白在黑素瘤中的相互作用为人们所关注。其他SOⅩ蛋白如SOⅩ2、SOⅩ4、SOⅩ18在黑素瘤发展中也有相应的作用。

关键词： sox蛋白黑素瘤

基于SwissPdbViewer和MATLAB对东北虎sox蛋白三级结构建模及分析(英文)

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四川动物 2008年第6期27卷 997-1002页

作者：梁俊毅陈启龙南京大学物理系南京210093 上海大学电子生物技术研究中心黄山学院生命与环境科学学院

sox蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域。为研究东北虎sox蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎sox蛋白序列信息,以三级结构已知的sox2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同... 详细信息

sox蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域。为研究东北虎sox蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎sox蛋白序列信息,以三级结构已知的sox2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对sox蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示Ptsox蛋白的HMG-box由3个α-螺旋和2个loop区构成;热稳定性分析表明Ptsox蛋白loop区的热力学结构不稳定;表面静电分布显示出Ptsox蛋白C-端的中间有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔,上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。

关键词： sox蛋白 MATLAB 同源建模三级结构东北虎

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sox蛋白与少突胶质细胞的发育

医学分子生物学杂志 2006年第3期3卷 206-208页

作者：王艳霞富赛里陆佩华上海交通大学医学院神经生物学实验室上海市200025

sox蛋白是一类在动物中发现的转录因子,它们属于高移动组分(h igh mob ility group,HMG)超家族的DNA结合蛋白。它们参与性别决定、骨组织发育、神经系统发育及晶状体发育等多种胚胎发育过程。近年发现,在脊髓中形成髓鞘的少突胶质细胞表... 详细信息

sox蛋白是一类在动物中发现的转录因子,它们属于高移动组分(h igh mob ility group,HMG)超家族的DNA结合蛋白。它们参与性别决定、骨组织发育、神经系统发育及晶状体发育等多种胚胎发育过程。近年发现,在脊髓中形成髓鞘的少突胶质细胞表达sox E家族的成员sox8,sox9和sox10。这3个转录因子与少突胶质细胞的发育关系密切:sox9参与少突胶质细胞的早期定向;sox10主要影响少突胶质细胞的终末分化和髓鞘形成;sox8与sox9、sox10有协同作用,既参与早期定向又参与终末分化,但作用较弱。

关键词： sox蛋白少突胶质细胞转录因子发育

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精子发生特异表达的sox蛋白

国外医学（分子生物学分册） 1999年第2期21卷 88-91页

作者：刘辉贤缪时英王琳芳中国协和医科大学中国医学科学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

sox(SRY box相关)蛋白是与SRY相关的蛋白家族,它们的HMG box与Sry(Y染色体上性别决定基因)编码蛋白SRY的HMG box不同程度的同源,通过HMG box结合于特定的DNA序列上,使DNA构象发生改变,或直接通过HMG box两侧的氨基酸序列调节靶基因转录... 详细信息

sox(SRY box相关)蛋白是与SRY相关的蛋白家族,它们的HMG box与Sry(Y染色体上性别决定基因)编码蛋白SRY的HMG box不同程度的同源,通过HMG box结合于特定的DNA序列上,使DNA构象发生改变,或直接通过HMG box两侧的氨基酸序列调节靶基因转录活性。部分sox蛋白在精子发生中特异表达,并表现出与不同分化时期生精细胞相关的转录形式和表达量的改变。

关键词：精细胞 sox蛋白 HMGbox

脱氮硫杆菌硫转移酶soxAX的建模及分子对接

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现代食品科技 2017年第4期33卷 73-81页

作者：孟志忠陆远芳陈新罗义李杉华南理工大学生物科学与工程学院广东广州510006

硫氧化酶系统(Sulfur oxidizing,sox)在脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans,Td)的硫代谢过程中起着至关重要的作用,其核心为sox AXYZB,硫化物需先经sox AX蛋白催化并转移到sox YZ上才能进行sox通路后续的硫氧化反应,而目前尚无脱氮... 详细信息

硫氧化酶系统(Sulfur oxidizing,sox)在脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans,Td)的硫代谢过程中起着至关重要的作用,其核心为sox AXYZB,硫化物需先经sox AX蛋白催化并转移到sox YZ上才能进行sox通路后续的硫氧化反应,而目前尚无脱氮硫杆菌sox AX蛋白结构解析的报道。本文采用反向折叠法构建了sox AX蛋白的二聚体结构并验证其合理性,并通过分子对接实验探讨sox AX蛋白模型与硫代硫酸盐、硫化氢和亚硫酸盐等不同底物结合在构型与能量上的差异。结果表明,构建的sox AX二聚体蛋白结构相对合理,氢键是维持sox AX二聚体结合的主要作用力,10个短强氢键和1个π键作用力参与维持二聚体结构的稳定,sox A的Arg160等6个残基及sox X的Asn15等8个残基对维持二聚体结构有重要作用。分子对接试验显示氢键是维持底物与sox AX结合的主要作用力,与底物结合的关键氨基酸为Arg210、Cys214和Gln217。在三种底物与酶结合的亲和力中以硫化氢最高、硫代硫酸盐次之、亚硫酸盐最低。

关键词：脱氮硫杆菌 sox蛋白反向折叠建模分子对接

脱氮硫杆菌soxY,soxZ与soxB蛋白的同源建模和相互作用研究

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脱氮硫杆菌SoxY,SoxZ与SoxB蛋白的同源建模和相互作用研究

作者：张晨晨华南理工大学

学位级别：硕士

随着现代经济的迅猛发展,工业生产过程中排放的废气和废水对环境造成极大的污染。在短期内能源结构无法改变的情况下,如何对工业产生的废气、废水进行有效的处理,是个亟待解决的问题。与传统的物理、化学脱硫方法相比,生物脱硫法表现出... 详细信息

随着现代经济的迅猛发展,工业生产过程中排放的废气和废水对环境造成极大的污染。在短期内能源结构无法改变的情况下,如何对工业产生的废气、废水进行有效的处理,是个亟待解决的问题。与传统的物理、化学脱硫方法相比,生物脱硫法表现出了一系列的优势,因此成为近些年来研究脱硫技术的热点。作为兼性厌氧菌,脱氮硫杆菌能够在有氧和厌氧条件下,通过多种代谢途径氧化不用的硫化合物分子。其中由sox(硫氧化)基因簇编码的sox蛋白质体系,是光能和非光能硫氧化细菌中最普遍存在的硫氧化代谢途径之一,它对微生物的正常生长代谢以及硫在自然界中的循环有重要意义。但是目前PDB数据库中尚没有脱氮硫杆菌的sox蛋白。基于现代分子模拟技术,本研究利用同源建模法分别构建了sox Y、sox Z与sox B蛋白的三维结构模型,并通过分子力学方法优化后得到稳定的结构。采用PROCHECK、ERRAT、VERIFYD和PROSA四种方法进行评估,证明了所建sox Y、sox Z与sox B蛋白质模型的三维结构是合理的。以天然蛋白质结构2OXG为模板,经二聚体模型搭建和分子力学优化得到了稳定的sox YZ二聚体结构。蛋白质相互作用分析发现sox Y和sox Z亚基在形成二聚体时产生的疏水率为50.85%,界面处有12个短强氢键和1个Π键参与维持二聚体结构的稳定。界面处氨基酸残基作用能的分析揭示了两亚基的结合模式和重要残基,静电作用是促使二聚体结构形成的主要驱动力,其中sox Z亚基的残基THR28、ARG31、LYS32、SER64、GLY65、VAL66、SER67对sox Y亚基活性位点构象的稳定可能有重要作用。通过多序列比对,确定了脱氮硫杆菌sox B蛋白的活性中心,用于指导蛋白质对接过程。经ZDOCK对接计算,RDOCK和分子力学优化后得到了稳定的sox B-Y复合物。以2WDE为模板经分子力学优化过程构建了复合物sox B-Y-S2O3-。蛋白质-蛋白质相互作用分析发现复合物sox B-Y-S2O3-和二聚体sox YZ在形成过程中产生的疏水相互作用大小相似。sox B-Y-S2O3-相互作用界面处有11个短强氢键和2个盐键参与维持二聚体结构的稳定。静电相互作用分析发现sox B蛋白活性中心处有6个氨基酸残基形成了新的正电势中心,与sox Y蛋白以及底物小分子形成新的静电互补作用。界面处氨基酸残基作用能的分析揭示了两亚基的结合模式和重要残基,其中TRP206和ARG454虽未被定义为活性中心,但是对于稳定复合物sox B-Y-S2O3-的构型可能有重要贡献。

关键词：脱氮硫杆菌 sox蛋白同源建模二聚体蛋白质对接蛋白质-蛋白质相互作用

脱氮硫杆菌soxAX蛋白的建模、分子对接及相互作用研究

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脱氮硫杆菌SoxAX蛋白的建模、分子对接及相互作用研究

作者：陆远芳华南理工大学

学位级别：硕士

脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans)是一种严格自养和兼性厌氧型的硫氧化细菌(sulfur oxidizing bacteria,SOB),因具备脱硫效率高、胞外富集利于回收的单质硫以及能在厌氧条件下同步脱硫脱氮等优点,在生物脱硫、脱氮工艺,污水处理... 详细信息

脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans)是一种严格自养和兼性厌氧型的硫氧化细菌(sulfur oxidizing bacteria,SOB),因具备脱硫效率高、胞外富集利于回收的单质硫以及能在厌氧条件下同步脱硫脱氮等优点,在生物脱硫、脱氮工艺,污水处理、金属防腐、石油化工等领域的工艺应用中备受关注。其中由sox(硫氧化)基因簇编码的sox蛋白质体系,是硫氧化细菌中普遍存在的硫氧化代谢途径之一,它对微生物的正常生长代谢以及硫在自然界中的循环有重要意义。但是目前PDB数据库中尚没有脱氮硫杆菌的sox蛋白的结晶结构获得解析。本研究在脱氮硫杆菌soxA和soxX蛋白的一级序列研究的基础上,采用反向折叠法成功构建了soxA和soxX蛋白的三维结构模型,并通过与结晶结构1H32拟合,成功构建含血红素的脱氮硫杆菌sox AX二聚体,并通过分子力学和分子动力学的方法对其进行能量优化,并最终得到稳定的结构模型。采用PROCHECK、VERIFYD和PROSA等三种方法从空间结构和能量两个角度对模型进行合理性评估。最后我们对soxAX与硫代硫酸盐、硫化氢、亚硫酸盐和半胱氨酸等多种底物进行了对接分析,为脱氮硫杆菌的结构和催化机制研究提供理论基础。基于一级序列研究结果显示,不同基因簇上的soxA和soxX蛋白具有相似的理化性质,均具有亲水偏好性;4个目标蛋白均含有信号肽,除信号肽区域外,成熟蛋白区域中不含跨膜螺旋结构;亚细胞定位显示soxA1和sox A2存在周质空间的可能性较大,而soxX蛋白则均无明显的定位偏好。成功构建了soxA和soxX蛋白单体三维结构模型,及包含血红素配体的sox AX全酶二聚体结构,评估结果表明构建的soxA和soxX蛋白三维结构合理的。二聚体的溶剂可达到表面积(SAS)值为14948.7?,氢键是维持sox AX二聚体结合的主要作用力,界面处有8个短强氢键参与维持二聚体结构的稳定,此外两亚基间也可形成较强的疏水界面。界面处氨基酸残基相互作用能的分析揭示了两亚基的结合模式和重要残基,其中静电作用是促使二聚体结构形成的主要驱动力。sox A上的ARG160,GLN174,ARG179,ARG219等4个残基,及soxX亚基上GLY18,THR35,MET37、PRO67、SER68、THR69等6个残基与soxAX参与氢键的形成。对脱氮硫杆菌soxAX蛋白(Td sox AX)和Rhodovulum Sulfidophilum sox AX蛋白(Rs sox AX)潜在的硫化合物结合的活性位点进行了探究,初步确定了Td soxAX和Rs soxAX的活性中心区域,并用于后续的底物硫代硫酸盐、硫化氢、亚硫酸盐和半胱氨酸进行对接实验。确定氢键是维持底物与soxAX结合的主要作用能。相较于Rs soxAX,Td sox AX的总体能量均偏低但结合能略高于Rs soxAX。Td soxAX在硫代硫酸盐、硫化氢、亚硫酸盐和半胱氨酸的结合的稳定性分别为半胱氨酸>硫代硫酸盐>亚硫酸盐>硫化氢。Td soxAX A链上的ARG210、CYS214、GLU183、GLN217和血红素等位点是脱氮硫杆菌进行底物相互作用的主要区域。

关键词：脱氮硫杆菌 sox蛋白蛋白建模分子对接蛋白质-蛋白质相互作用