基于SwissPdbViewer和MATLAB对东北虎Sox蛋白三级结构建模及分析(英文)

作     者：梁俊毅 陈启龙 LIANG Jun-yi;CHEN Qi-long

作者机构：南京大学物理系南京210093 上海大学电子生物技术研究中心 黄山学院生命与环境科学学院 

出 版 物：《四川动物》 (Sichuan Journal of Zoology)

年 卷 期：2008年第27卷第6期

页      面：997-1002页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

基　　金：上海大学博士研究生创新基金(2007053) 

主　　题：SOX蛋白 MATLAB 同源建模 三级结构 东北虎 

摘      要：SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域。为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息,以三级结构已知的SOX2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示PtSox蛋白的HMG-box由3个α-螺旋和2个loop区构成;热稳定性分析表明PtSox蛋白loop区的热力学结构不稳定;表面静电分布显示出PtSox蛋白C-端的中间有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔,上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。