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鸡PPAR基因单核苷酸多态与脂肪性状相关的研究

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Acta Genetica Sinica 2002年第2期29卷 119-123页

作者：孟和王桂华王启贵赵建国顾志良王宇祥李辉东北农业大学动物科技学院哈尔滨150030

以AA肉鸡和 3个中国地方鸡品种 (石岐杂、北京油鸡、白耳鸡 )为实验材料 ,用 7对引物对PPAR α基因整个编码区用PCR sscp方法进行了扫描 ,结果发现引物 4扩增片段上有一个C T的单碱基突变 ,使鸡群中表现出 3种基因型 (AA、AB、BB)。统... 详细信息

以AA肉鸡和 3个中国地方鸡品种 (石岐杂、北京油鸡、白耳鸡 )为实验材料 ,用 7对引物对PPAR α基因整个编码区用PCR sscp方法进行了扫描 ,结果发现引物 4扩增片段上有一个C T的单碱基突变 ,使鸡群中表现出 3种基因型 (AA、AB、BB)。统计结果发现 3种基因型在各品种中的分布不一致 ,AA肉鸡同中国地方鸡品种差异很大 ,χ2 独立性检验差异极显著 (P <0 0 1)。将AA肉鸡 3种基因型同腹脂等屠体性状进行方差分析 ,结果表明BB基因型与其他 2种基因型相比有较高的腹脂重和腹脂率 ,同AA型比较差异显著 (P <0 0 5 )。因此推测PPAR α基因可能是影响鸡脂肪代谢的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁 ,并且能够用于对鸡脂肪性状进行分子标记辅助选择。

关键词： PPAR SNPs sscp 腹脂鸡基因多态性脂肪性状

结核分枝杆菌rpoB基因突变的检测(简报)

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分子细胞生物学报 2006年第2期39卷 185-189页

作者：阴灵芳陆学东蒙世杰王瑞西北大学生命科学学院西安710069 陕西省人民医院西安710068 陕西省结核病防治研究所西安710032

结核病主要是由结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）引起的一种慢性传染性疾病。利福平是结核病化疗方案中一个关键性的药物，它在结核病的短程化疗中起着重要的作用。但是，在我国结核菌对利福平的耐药发生率呈上升局势，而通... 详细信息

结核病主要是由结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）引起的一种慢性传染性疾病。利福平是结核病化疗方案中一个关键性的药物，它在结核病的短程化疗中起着重要的作用。但是，在我国结核菌对利福平的耐药发生率呈上升局势，而通过传统的依赖生物生长的药敏试验方法进行结核菌对利福平耐药性检测所需时间较长（4-8周），不能满足临床早期开展有效化疗的需要．所以迫切需要建立快速、灵敏的耐药性检测方法。随着分子生物学技术的不断发展，人们对结核分枝杆菌利福平耐药分子机制逐步得到确认。

关键词：结核分枝杆菌 rpoB基因基因突变 sscp 利福平耐药性

中国小型猪SLA-DMA基因的sscp分析

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畜牧兽医学报 2008年第10期39卷 1300-1305页

作者：于辉李波李华李彬李学伟刘为民赵海全佛山科学技术学院生命科学学院佛山528231 四川农业大学动物科技学院雅安625014

通过对甘孜藏猪、合作猪、巴马猪以及五指山猪4个群体的SLA-DMA基因第2和第3外显子的PCR-SS-CP和序列多态分析表明:SLA-DMA基因的第2外显子没有多态,但第3外显子有2个等位基因的变异。通过优化低离子强度单链构象多态分型条件(LIS-PCR-S... 详细信息

通过对甘孜藏猪、合作猪、巴马猪以及五指山猪4个群体的SLA-DMA基因第2和第3外显子的PCR-SS-CP和序列多态分析表明:SLA-DMA基因的第2外显子没有多态,但第3外显子有2个等位基因的变异。通过优化低离子强度单链构象多态分型条件(LIS-PCR-sscp)、克隆测序、菌落PCR、菌落不对称PCR及单链DNA二级结构计算机预测等技术,对第3外显子PCR-sscp复杂带型进行了准确的判定,J等位基因的带型与单链DNA二级结构计算机预测结果之间存在很高的一致性。4群体中SLA-DMA基因的第3外显子共有JJ/JK/KK 3种基因型,均达到了Hardy-Weinberg平衡。其中K等位基因频率高于J等位基因频率。杂合度和多态信息含量的高低依次为:巴马猪、五指山猪、合作猪、甘孜藏猪。除甘孜藏猪多态信息含量为低度多态外,其余群体均为中度多态。

关键词：小型猪 SLA-DMA sscp 方法学多样性

Phylogenetic relationships between purple and tea-green individuals of the blue swimming crab Portunus trituberculatus by PCR-sscp analysis

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Journal of Agricultural Science and Technology 2009年第1期3卷 54-62页

作者： CHI Da-li GAO Huan SHEN Song-dong YAN Bin-lun School of Life Sciences Suzhou University Suzhou 215123 China Jiangsu Key Laboratory of Marine Biotechnology Huaihai Institute of Technology Lianyungang 222005 China

DNA指纹技术在污染土壤生态毒理诊断中的应用

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生态学杂志 2005年第11期24卷 1351-1356页

作者：齐雪梅李培军刘宛张海荣许华夏韩春梅中国科学院沈阳应用生态研究所东北大学理学院沈阳110006

生物标记物能在细胞或分子水平上指示暴露-效应关系,是进行污染土壤生态毒理诊断的主要技术手段之一。随着分子生物学技术的飞速发展,出现了一系列以聚合酶链式反应为基础的、在分子水平上检测污染物质导致的生物体DNA损伤的DNA指纹技术... 详细信息

生物标记物能在细胞或分子水平上指示暴露-效应关系,是进行污染土壤生态毒理诊断的主要技术手段之一。随着分子生物学技术的飞速发展,出现了一系列以聚合酶链式反应为基础的、在分子水平上检测污染物质导致的生物体DNA损伤的DNA指纹技术。DNA指纹技术的主要类型有:随机扩增多态性DNA(RAPD)、聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-sscp)、扩增片段长度多态性(AFLP)、任意引物聚合酶链式反应(AP-PCR)、差异显示反转录聚合酶链式反应(DDRT)、短DNA重复序列(SSR)及限制片段长度多态性(RFLP)等。这些技术与检测基因突变、染色体畸变和损伤为主的一系列经典研究方法如彗星分析、微核实验等相比具有简便、快速、灵敏等优点。本文着重介绍了随机扩增多态性DNA、聚合酶链式反应-单链构象多态性、扩增片段长度多态性3种重要的DNA指纹技术在污染土壤诊断中的应用。

关键词：生物标记物 DNA指纹技术 RAPD sscp AFLP 污染土壤

sscp技术检测松毛虫赤眼蜂mtDNA编码区SNPs的可行性研究

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应用昆虫学报 2013年第3期50卷 874-878页

作者：董辉谢丽娜钱海涛丛斌王宏侠沈阳农业大学植物保护学院沈阳110866 抚顺出入境检验检疫局抚顺113006

SNPs标记是最具广泛利用潜力的第3代遗传标记,本研究旨在了解sscp技术检测松毛虫赤眼蜂Trichogramma dentrolimi mtDNA编码区SNPs的灵敏度和精确度,建立大规模筛查SNPs的技术平台。结果表明,运用sscp技术检测40个松毛虫赤眼蜂样本,单倍... 详细信息

SNPs标记是最具广泛利用潜力的第3代遗传标记,本研究旨在了解sscp技术检测松毛虫赤眼蜂Trichogramma dentrolimi mtDNA编码区SNPs的灵敏度和精确度,建立大规模筛查SNPs的技术平台。结果表明,运用sscp技术检测40个松毛虫赤眼蜂样本,单倍型检出率达100%。Cytb和COⅡ基因SNPs的平均密度分别为19SNPs/kb和16 SNPs/kb。sscp技术操作简单、成本低廉、结果直观、易于分型,适于松毛虫赤眼蜂线粒体编码区未知SNPs的检测,建立了基于sscp技术检测松毛虫赤眼蜂mtDNA SNPs的技术平台。

关键词：松毛虫赤眼蜂 SNPs标记 sscp 线粒体DNA

宁夏地区葡萄卷叶伴随病毒遗传变异的PCR-sscp分析

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西南大学学报（自然科学版） 2019年第10期41卷 1-10页

作者：李文学吕苗苗胡丽杰闫思远孙牧笛顾沛雯宁夏大学农学院

宁夏贺兰山东麓酿酒葡萄卷叶病病株率较高,严重影响了酿酒葡萄产业的健康发展,但有关其病原葡萄卷叶伴随病毒(Grapevine leafroll-associated virus,GLRaVs)的遗传变异情况则鲜有报道.利用RT-PCR技术对宁夏酿酒葡萄不同种植区的7个主栽... 详细信息

宁夏贺兰山东麓酿酒葡萄卷叶病病株率较高,严重影响了酿酒葡萄产业的健康发展,但有关其病原葡萄卷叶伴随病毒(Grapevine leafroll-associated virus,GLRaVs)的遗传变异情况则鲜有报道.利用RT-PCR技术对宁夏酿酒葡萄不同种植区的7个主栽品种的GLRaV-1和GLRaV-3进行分子检测,利用sscp技术对扩增片段进行遗传变异分析.试验结果共获得8个GLRaV-1和13个GLRaV-3的阳性样本.8个GLRaV-1分离物基于CP基因分析差异明显,可分为3类;13个GLRaV-3分离物基于RdRp基因分析差异明显,可分为3类,而基于CP和HSP70基因分析可分为2类.说明宁夏酿酒葡萄不同种植区、不同品种的GLRaV-1和GLRaV-3种群分子特性存在差异且遗传变异明显.这有助于宁夏地区酿酒葡萄GLRaVs流行学调查和分子诊断分析,为该病害的防控提供理论依据.

关键词：葡萄卷叶伴随病毒遗传变异 RT-PCR检测 sscp 宁夏贺兰山东麓

45例国人Wilson病基因第8外显子突变热区检测和序列分析

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复旦学报（医学版） 2003年第3期30卷 196-199页

作者：林豪杰李乃忠董强汪昕左伋复旦大学附属中山医院神经内科上海200032 复旦大学附属华山医院神经内科上海200040 上海医学院细胞与遗传医学系上海200032

目的检测中国人群 Wilson病基因(ATP7B)第8外显子突变频率并进行序列分析。方法采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-sscp)银染技术初步研究了30例患者和15例正常人ATP7B基因第8外显子突变频率,然后对突变个体直接测序,进而与临床表... 详细信息

目的检测中国人群 Wilson病基因(ATP7B)第8外显子突变频率并进行序列分析。方法采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-sscp)银染技术初步研究了30例患者和15例正常人ATP7B基因第8外显子突变频率,然后对突变个体直接测序,进而与临床表型作相关分析。结果 sscp发现有6例患者出现第8外显子泳动异常(20％,6/30),且均为杂合子;4例患者既存在2 273G→T,又同时伴有2 250C→G及 2 280G→T;前者是错义突变(即Arg778Leu),累及Tm4区,后者由于氨基酸组成均为Leu,仅是一种保守改变,对Tm4区无影响;1例患者同时存在2099A→G、2 273G→T、2250C→G及2 280G→T4个位点突变,前两者分别影响Tm3、Tm4区,后两者认为是保守改变;1例患者 2 245G insertion是一种新的突变类型,影响Tm4区。结论提示中国人 ATP7B基因第8外显子可能为一突变热区,2 273G→T(Arg 778Leu)是一种常见的突变类型,Tm4是常见受累功能区之一。

关键词：患者外显子 Wilson病突变常见 ATP7B基因改变序列分析直接测序 sscp

利用sscp技术分析甘蓝型油菜10个功能基因序列差异

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作物学报 2012年第1期38卷 43-49页

作者：李媛媛陈庆芳傅廷栋马朝芝潍坊学院生物工程学院山东潍坊261061 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室湖北武汉430070

以甘蓝型油菜SI-1300和Eagle为材料,利用DNA单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,sscp)技术,对10对功能基因特异性引物进行多态性分析,每对引物均检测到1个多态性位点。随后随机挑选10个多态性片段进行测序,并利用b... 详细信息

以甘蓝型油菜SI-1300和Eagle为材料,利用DNA单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,sscp)技术,对10对功能基因特异性引物进行多态性分析,每对引物均检测到1个多态性位点。随后随机挑选10个多态性片段进行测序,并利用bl2seq软件比较测序序列与基因原始序列。结果显示测序序列与所对应的基因原始序列之间相似程度平均高达98%,差异碱基数平均仅为2.3个。进一步选取5对引物比较分析两个材料间的差异扩增片段序列,发现差异扩增片段在2个材料中高度保守,平均相似度达97%;在所测序的5对引物扩增序列中,共存在39个单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)和5个插入/缺失突变(insertion-deletions,INDELs),SNP和INDEL的发生频率分别为1SNP/30bp和1INDEL/233bp。结果表明,sscp标记能够真实代表原始功能基因,甘蓝型油菜功能基因序列在不同材料间高度保守,其遗传变异类型主要来源于SNP。

关键词：甘蓝型油菜功能基因 sscp 序列分析