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现代肿瘤医学 2024年第5期32卷 848-856页

作者：李贺赵艳春韩建军卓见戴璐娴盛安康姚汉玉刘伟光河北工程大学临床医学院河北邯郸056002 河北工程大学附属医院门诊部河北邯郸056002 河北工程大学附属医院乳腺外科河北邯郸056002 扬州大学医学院附属扬州市妇幼保健院乳腺科江苏扬州225002

目的:通过生物信息学分析、免疫组化实验和临床队列研究,探讨gpx8在乳腺癌中的差异表达、诊断和预后价值。方法:我们从UCSC Xena数据库中获取了癌症患者的gpx8基因表达、RNAseq、DNA甲基化、生存期、表型、干性分数和临床信息数据,并进... 详细信息

目的:通过生物信息学分析、免疫组化实验和临床队列研究,探讨gpx8在乳腺癌中的差异表达、诊断和预后价值。方法:我们从UCSC Xena数据库中获取了癌症患者的gpx8基因表达、RNAseq、DNA甲基化、生存期、表型、干性分数和临床信息数据,并进行了Kaplan-Meier生存预后分析和甲基化水平探索。利用肿瘤免疫评估资源(tumor immune estimation resource,TIMER)评估了乳腺癌中gpx8和肿瘤浸润淋巴细胞之间的相关性,并利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)分析了受gpx8影响的潜在功能通路。对125例乳腺癌患者癌组织样本进行了gpx8的免疫组化染色、HE染色,并对患者进行临床随访分析。采用Chi-square检验和Cox回归分析了gpx8在不同亚组的表达水平与预后的关系。结果:基因表达谱交互分析(gene expression profiling interaction analysis,GEPIA)和TIMER分析显示,乳腺癌患者的gpx8 mRNA表达在癌组织中较高,且预后存在明显差异。gpx8主要在细胞质和细胞膜中呈阳性定位,各组间gpx8蛋白表达有显著差异。在TIMER数据库中gpx8 mRNA表达与CD8^(+)T、B细胞、NK、Treg细胞浸润负相关,在临床队列中与TNM分期、T分期和分子亚型相关,其中在三阴性乳腺癌患者中gpx8和TILs表达水平负相关。gpx8 mRNA过表达可预测乳腺癌患者总生存期的降低。gpx8高表达的患者总生存率显著降低,且死亡风险增加。结论:gpx8在乳腺癌组织中表达具有显著差异,因此可作为有效的临床诊断和预后生物标志物。

关键词：乳腺癌 gpx8 预后肿瘤浸润淋巴细胞三阴性乳腺癌

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gpx8调控猪骨骼肌卫星细胞成肌分化的作用研究

GPX8调控猪骨骼肌卫星细胞成肌分化的作用研究

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作者：王育禾西北农林科技大学

学位级别：硕士

骨骼肌作为机体最大的组织器官,占体成分的40-60%,是机体主要的能量代谢器官。猪是最重要的牲畜之一,猪肉是人类饮食中蛋白质的主要来源,其骨骼肌的生长发育与肉质和产肉量密切相关,同时骨骼肌的生长发育过程也受到多种因素的影响。骨... 详细信息

骨骼肌作为机体最大的组织器官,占体成分的40-60%,是机体主要的能量代谢器官。猪是最重要的牲畜之一,猪肉是人类饮食中蛋白质的主要来源,其骨骼肌的生长发育与肉质和产肉量密切相关,同时骨骼肌的生长发育过程也受到多种因素的影响。骨骼肌的发育过程主要包括肌细胞的增殖、迁移、分化、融合形成肌管,进而成熟形成肌纤维。不同的肌纤维类型线粒体数量、代谢类型均不相同,在不同的营养及环境条件下可发生相互转化,导致肉色、p H值、嫩度和营养价值发生改变,因此肌纤维类型是影响肉质的关键因素。谷胱甘肽过氧化物酶8(Glutathione peroxidase 8,gpx8)是谷胱甘肽过氧化物酶家族的成员,已有的研究主要集中在癌症方面。猪GWAS研究发现gpx8基因变异是与产肉量等经济性状显著相关,所以本研究猜测其可能是与肌肉发育相关的调控因子。本研究以猪骨骼肌卫星细胞为研究对象,通过干扰和过表达探究gpx8在猪骨骼肌卫星细胞成肌分化中的作用;并通过质谱初步筛选出结合蛋白,以此对下游机制进行探究。主要获得以下结果:***8在猪骨骼肌中高表达,在骨骼肌卫星细胞增殖期与分化期的表达均呈下降趋势通过对在线公布的RNA-seq数据分析,发现gpx8的表达与猪生长速度、成肌分化及肌纤维类型有关。RT-q PCR分析发现,gpx8在猪骨骼肌中高表达,且在猪骨骼肌卫星细胞增殖期表达逐渐下降,并随着成肌分化表达逐渐下降。***8促进猪骨骼肌卫星细胞增殖与对照组相比,转染gpx8 si-RNA显著抑制了猪骨骼肌卫星细胞S期细胞数量,降低了Ed U阳性细胞比例,同时抑制增殖正调控相关基因Cyclin E、Cyclin D m RNA和蛋白的表达水平,显著增加增殖负调控相关基因p21的表达水平。过表达gpx8的结果相反。***8抑制猪骨骼肌卫星细胞分化干扰gpx8显著增加了My HC阳性细胞数量,增加分化指数及分化相关标志基因My HC、My OD、My OG的m RNA和蛋白表达水平。过表达结果进行了反向验证。***8促进慢肌肌管的形成,抑制快肌肌管的形成gpx8在猪慢肌SOL中的表达高于快肌LD,并且干扰gpx8之后Fast-My HC肌管形成增加,Slow-My HC肌管形成减少。另外干扰gpx8之后,线粒体数目减少,形态发生固缩,同时ATP水平降低,线粒体拷贝数减少,线粒体相关蛋白ATP5A、MTCO1、UQCRC2、SDHB、NDUFB8表达下降。过表达gpx8得到了相反的结果。***8抑制猪骨骼肌卫星细胞成肌分化依赖于TMD结构域活性通过构建gpx8 TMD结构域突变载体,将TMD结构域中的保守氨基酸Cys28突变为Ala,Cys79突变为Ser,发现突变之后,My HC阳性细胞增多,分化指数升高,与分化相关的标志基因My HC、My OD、My OG m RNA和蛋白表达均升高,说明TMD结构域突变之后,gpx8对猪骨骼肌卫星细胞成肌分化的抑制作用得到恢复。质谱初步鉴定gpx8互作蛋白主要富集在代谢和运动神经元等肌肉相关信号通路中,并将LRPPRC、NAA15、EIF3M等可能的互作蛋白进行了初步筛选。综上所述,本研究在细胞水平上揭示gpx8在猪骨骼肌卫星细胞成肌分化中的调节作用,初步确定了gpx8调控猪骨骼肌卫星细胞成肌分化的功能,为肉品质的遗传改良提供了新的靶点。

关键词： gpx8 成肌分化猪骨骼肌卫星细胞

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谷胱甘肽过氧化物酶8（gpx8）在胶质瘤中的表达及机制初步研究

谷胱甘肽过氧化物酶8（GPX8）在胶质瘤中的表达及机制初步研究

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作者：李光明安徽理工大学

学位级别：硕士

目的:通过分析胶质瘤m RNA-seq图谱,探索gpxs在胶质瘤上更多表达特征和潜在生物学信息。结合TCGA分析结果和免疫浸润确定核心基因gpx8,并进一步探究gpx8在胶质瘤患者样本中的表达。最后,结合体外实验研究gpx8对人胶质瘤细胞系增殖、迁... 详细信息

目的:通过分析胶质瘤m RNA-seq图谱,探索gpxs在胶质瘤上更多表达特征和潜在生物学信息。结合TCGA分析结果和免疫浸润确定核心基因gpx8,并进一步探究gpx8在胶质瘤患者样本中的表达。最后,结合体外实验研究gpx8对人胶质瘤细胞系增殖、迁移的影响。方法:1、收集TCGA中胶质瘤的表达谱和临床资料用于计算分析;使用CGGA中胶质瘤的表达谱和临床资料用于验证分析队列。基于TCGA和CGGA(CGGA中不含gpx5和gpx6),分析gpxs之间基因相关性。2、GEPIA2数据库查看gpxs各亚型基因在TCGA和GTEx数据中的胶质瘤差异表达,初步筛选gpxs在胶质瘤中的差异基因。使用R语言置gpxs于TCGA数据库进行单基因生存分析,确定gpx7和gpx8高表达导致较差的预后。3、使用免疫荧光共定位分析gpx8与多个免疫检查点的相关性,探究gpx8与肿瘤免疫微环境的联系。4、收集临床胶质瘤组织标本和重型颅脑外伤手术清除脑组织,采用RT-q PCR和Western Blot方法进行gpx8表达情况验证。5、应用Western blot检测gpx8在人胶质瘤细胞中的表达。6、设计gpx8敲低质粒,构建gpx8稳转株,并采用Western Blot方法验证LN229和T98G细胞中gpx8的敲减效率。7、下调gpx8探究对细胞增殖、迁移等细胞生物学功能。结果:1、TCGA数据库分析基因的蛋白相互作用,发现gpx1、gpx4、gpx7和gpx8基因密切相关。结合TCGA分析结果确定高表达且预后差基因为gpx7和gpx8。最后将gpx7和gpx8于TCGA和CGGA数据中进行单因素和多因素风险回归分析。最终确定gpx7和gpx8为胶质瘤为预后相关风险因素,且免疫浸润显示gpx8在高级别胶质瘤和低级别胶质瘤中与肿瘤免疫评分相关。2、免疫荧光共定位分析发现高级别胶质瘤和低级别胶质瘤中gpx8与CD274,CTLA4和TIGIT显着正相关。低级别胶质瘤中gpx8与LAG3的相关性显著高于对照组,高级别胶质瘤中gpx8与LAG3之间未发现相关性。3、荧光定量PCR和Western Blot结果显示相较于重型颅脑外伤坏死脑组织,三对低级别胶质瘤和三对高级别胶质瘤gpx8表达量均显著增高(P87,LN229,T98胶质瘤细胞株中,gpx8在LN229和T98G细胞中表达最高。细胞功能实验显示敲低gpx8可以抑制胶质瘤细胞的增殖(Pgpx8在胶质瘤组织及细胞中表达上调,且高表达患者预后较差。gpx8可以促进胶质瘤细胞的增殖、迁移与侵袭能力,这些结果提示,gpx8可能作为胶质瘤潜在的生物标志物或胶质瘤患者治疗的新靶点。图[21]表[18]参[57]

关键词：胶质瘤谷胱甘肽过氧化物酶基因家族 gpx8 细胞增殖细胞迁移细胞凋亡

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Bioinformatic identification of key genes and molecular pathways in the spermatogenic process of cryptorchidism

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Genes & Diseases 2019年第4期6卷 431-440页

作者： Yu Zhou Deying Zhang Bo Liu Dong Hu Lianju Shen Chunlan Long Yihang Yu Tao Lin Xing Liu Dawei He Guanghui Wei Department of Urology Children’s Hospital of Chongqing Medical UniversityMinistry of Education Key Laboratory of Child Development and DisordersChongqing 400014China Chongqing Key Laboratory of Children Urogenital Development and Tissue Engineering China China International Science and Technology Cooperation Base of Child Development and Critical Disorders China Chongqing Key Laboratory of Pediatrics China

This study aims to determine key genes and pathways that could play important roles in the spermatogenic process of patients with *** gene expression profile data of GSE25518 was obtained from the Gene Expression Omnibus(GEO)*** data were analyzed using BRB-Array Tools to identify differentially expressed genes(DEGs)between high azoospermia risk(HAZR)patients and *** addition,other analytical methods were deployed,including hierarchical clustering analysis,class comparison between patients with HAZR and the normal control group,gene ontology(GO),Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)pathway enrichment analysis,and the construction of a proteineprotein interaction(PPI)*** total,1015 upregulated genes and 1650 downregulated genes were *** and KEGG analysis revealed enrichment in terms of changes in the endoplasmic reticulum cellular component and the endoplasmic reticulum protein synthetic process in the HAZR ***,the arachidonic acid pathway and mTOR pathway were also identified as important pathways,while RICTOR and gpx8 were indentified as key genes involved in the spermatogenic process of patients with *** present study,we found that changes in the synthesis of endoplasmic reticulum proteins,arachidonic acid and the mTOR pathway are important in the incidence and spermatogenic process of ***8 and RICTOR were also identified as key genes associated with ***,these data may provide novel clues with which to explore the precise etiology and mechanism underlying cryptorchidism and cryptorchidism-induced human infertility.

关键词： Arachidonic acid pathway Bioinformatics Cryptorchidism Differentially expressed genes gpx8 mTOR RITOR Spermatogenic

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