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大白菜cobra基因家族鉴定及其低温胁迫表达分析

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云南农业大学学报（自然科学版） 2022年第6期37卷 1031-1039页

作者：廉瑞婷任宏翟文陈连水汤晓辛贵州师范大学生命科学学院贵州贵阳550025 东华理工大学化学生物与材料科学学院江西南昌330013

【目的】鉴定大白菜cobra基因家族成员,分析基因在低温胁迫下的表达并预测基因功能。【方法】利用生物信息学方法对大白菜的cobra基因家族进行鉴定,并对基因结构、系统进化、启动子元件和表达模式进行分析。【结果】大白菜cobra基因家... 详细信息

【目的】鉴定大白菜cobra基因家族成员,分析基因在低温胁迫下的表达并预测基因功能。【方法】利用生物信息学方法对大白菜的cobra基因家族进行鉴定,并对基因结构、系统进化、启动子元件和表达模式进行分析。【结果】大白菜cobra基因家族包含23个成员,命名为BrCOBL1~BrCOBL23,分布于大白菜基因组的8条染色体上,根据基因序列特点将其分为2个亚族。大白菜与同属于十字花科的拟南芥、甘蓝型油菜、甘蓝和芥菜基因组中共鉴定出147个cobra基因,系统进化树分析表明以上cobra基因家族成员可聚为8个亚组。基因表达分析显示:低温胁迫下,大白菜BrCOBL1、BrCOBL2、BrCOBL15和BrCOBL16的表达量显著升高。【结论】cobra蛋白序列含有共同的保守基序,且某些基序特异存在于不同的亚族,表明这些基序可能与各亚族的功能分化有关。根据启动子分析结果推测BrCOBL基因可能参与大白菜的非生物胁迫响应及激素应答调控。

关键词：大白菜 cobra基因家族基因表达分析低温胁迫

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大豆cobra基因家族鉴定与分析

大豆科技 2023年第5期 1-15,29页

作者：张滨烁赵婉婷张嘉嘉李青峰张璐璐梁雪玉苏安玉于振海李松竹武小霞赵莹东北农业大学农学院哈尔滨150030 黑龙江省依安县农业技术推广中心黑龙江齐齐哈尔161500 黑龙江省萝北县农业技术推广中心黑龙江鹤岗154100

cobra基因编码cobra蛋白,是一种细胞壁可扩展性蛋白。cobra蛋白通过参与细胞壁的扩展性调节调控植物细胞伸长生长等生理过程。为探究cobra基因在大豆发育过程中的潜在功能,文章利用生物信息学方法对大豆cobra家族基因(Gmcobras)进行全... 详细信息

cobra基因编码cobra蛋白,是一种细胞壁可扩展性蛋白。cobra蛋白通过参与细胞壁的扩展性调节调控植物细胞伸长生长等生理过程。为探究cobra基因在大豆发育过程中的潜在功能,文章利用生物信息学方法对大豆cobra家族基因(Gmcobras)进行全基因组水平鉴定。通过对cobra蛋白结构域进行BLASTP搜索,确定Gmcobras;以生物信息学方法分析其进化关系、基因结构、保守基序和共线性关系;利用转录组数据分析其不同组织部位表达模式;利用再生能力强的大豆品种东农50和再生能力弱的Keburi为材料进行器官发生试验;利用实时荧光定量PCR检测Gmcobras基因在丛生芽诱导和丛生芽伸长阶段的表达模式。结果表明,本研究共鉴定出大豆基因组中的24个Gmcobras,约为拟南芥cobra基因数量2倍。系统发育分析表明,Gmcobras可分为2个亚族,分布在14条染色体上。亚细胞定位预测表明24个Gmcobras蛋白主要位于细胞膜。在大豆全基因组复制事件中,片段重复对Gmcobras扩大发挥重要作用。组织表达模式分析显示,Gmcobras基因在大豆不同器官和组织中表达差异较大,其中Gmcobra12、Gmcobra22和Gmcobra14的表达水平较高,表明这些基因可能参与整个大豆发育过程中细胞壁扩张的调节。对6个在种子中高表达的Gmcobras进行qRT-PCR试验发现,Gmcobra21在丛生芽诱导和伸长阶段中显著表达,表明该基因在大豆再生过程中可能扮演关键角色。亚细胞定位表明Gmcobra21定位于细胞膜。Gmcobras在大豆再生过程中发挥重要作用,其中Gmcobra21可能为该过程中的核心基因之一。

关键词：大豆 cobra基因家族系统发育分析表达分析大豆再生

茶树cobra基因家族全基因组鉴定及表达分析

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茶叶学报 2021年第3期62卷 95-104页

作者：艾安涛李燕丽章文益吕立堂贵州大学茶学院贵州贵阳550025 湄潭县茶产业发展中心贵州湄潭564100 贵州大学农业生物工程研究院/生命科学学院山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室贵州贵阳550025

cobra基因编码糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白,是次生壁加厚和纤维素含量的调节因子,对植物生长、纤维素含量等有重要作用。本研究通过对茶树基因组数据进行分析,成功的从中鉴定到cobra基因,并对该基因家族成员的蛋白理化性质、亚细胞定位、进... 详细信息

cobra基因编码糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白,是次生壁加厚和纤维素含量的调节因子,对植物生长、纤维素含量等有重要作用。本研究通过对茶树基因组数据进行分析,成功的从中鉴定到cobra基因,并对该基因家族成员的蛋白理化性质、亚细胞定位、进化关系、保守结构域、染色体定位等进行生物信息学分析,同时分析了茶树cobra成员在PEG诱导的干旱胁迫、茉莉酸甲酯处理、盐胁迫、冷胁迫处理中的转录组数据,最后对茶树进行茉莉酸甲酯处理,基于荧光定量PCR技术的表达水平验证。结果表明:茶树cobra基因有16个家族成员,相对分子质量24807.70~74813.12,等电点5.43~9.14,亚细胞定位显示在细胞膜和细胞外;根据系统进化树将茶树cobra基因家族分为5类;保守结构域和motif分析发现相同亚家族的基因结构,保守结构域都属于cobra基因家族;基因表达分析显示cobra基因在不同茶树部位和胁迫的表达量有不同差异,说明茶树cobra基因广泛参与茶树生长发育和非生物胁迫响应。实时荧光定量PCR显示经茉莉酸甲酯处理后,3个Cscobra基因表达量趋势大致与转录组数据一致,本研究将为进一步开展茶树cobra基因家族的功能验证和抗逆作用机理研究等提供参考。

关键词：茶树 cobra基因家族生物信息学表达量分析

亚麻cobra基因家族的鉴定与生物信息学分析

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甘肃农业科技 2019年第9期50卷 33-38页

作者：齐燕妮李闻娟王利民赵玮党照谢亚萍张建平甘肃省农业科学院作物研究所

cobra基因编码糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白,是次生壁加厚和纤维素含量的调节因子。亚麻纤维为韧皮纤维,纤维产量与次生壁中纤维素含量及次生壁加厚密切相关。通过BLASTP和Pfam分析,鉴定到24个亚麻cobra家族成员,并对其进行基因结构、蛋白理... 详细信息

cobra基因编码糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白,是次生壁加厚和纤维素含量的调节因子。亚麻纤维为韧皮纤维,纤维产量与次生壁中纤维素含量及次生壁加厚密切相关。通过BLASTP和Pfam分析,鉴定到24个亚麻cobra家族成员,并对其进行基因结构、蛋白理化性质及系统进化等生物信息学分析。结果表明,有22个成员具有跨膜结构域,21个成员具有N-端信号肽,16个成员具有GPI锚定位点,所有蛋白均具有CCVS保守结构域而且都定位在细胞膜。基因结构和系统进化分析表明,亚麻cobra基因家族分为2个亚家族:cobra-I和cobra-II,2个亚家族的基因结构具有明显的差异。

关键词：亚麻纤维 cobra基因家族序列分析系统进化分析

玉米cobra家族成员全基因组鉴定与表达模式分析

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甘肃农业科技 2022年第2期53卷 67-72页

作者：潘倚天黄敏长江大学生命科学学院湖北荆州434025

cobra基因编码糖基磷脂酰肌醇锚定的植物特异性蛋白,在初生和次生细胞壁的纤维素生物合成中发挥重要作用。通过生物信息学方法,从玉米基因组中发现了9个cobra家族基因,并对其基因结构、系统发育和表达模式等进行了分析。结果表明,9个CO... 详细信息

cobra基因编码糖基磷脂酰肌醇锚定的植物特异性蛋白,在初生和次生细胞壁的纤维素生物合成中发挥重要作用。通过生物信息学方法,从玉米基因组中发现了9个cobra家族基因,并对其基因结构、系统发育和表达模式等进行了分析。结果表明,9个cobra家族基因都含有CCVS保守结构域,并且均定位于细胞膜上。系统进化分析结果显示,该家族可以分为2个亚族,每个亚族内的基因具有相似的基因结构和理化性质。基因表达分析结果表明,所有cobra家族成员响应多种非生物胁迫,且当植株受到紫外照射处理时,ZmCOBL1~ZmCOBL3和ZmCOBL7~ZmCOBL9这6个基因均表现出上调应答。

关键词：玉米 cobra基因家族纤维素表达模式生物信息学