大白菜COBRA基因家族鉴定及其低温胁迫表达分析

作     者：廉瑞婷 任宏 翟文 陈连水 汤晓辛 LIAN Ruiting;REN Hong;ZHAI Wen;CHEN Lianshui;TANG Xiaoxin

作者机构：贵州师范大学生命科学学院贵州贵阳550025 东华理工大学化学生物与材料科学学院江西南昌330013 

出 版 物：《云南农业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Yunnan Agricultural University:Natural Science)

年 卷 期：2022年第37卷第6期

页      面：1031-1039页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(U1812401 31560184 31300317 31760076) 

主　　题：大白菜 COBRA基因家族 基因表达分析 低温胁迫 

摘      要：【目的】鉴定大白菜COBRA基因家族成员,分析基因在低温胁迫下的表达并预测基因功能。【方法】利用生物信息学方法对大白菜的COBRA基因家族进行鉴定,并对基因结构、系统进化、启动子元件和表达模式进行分析。【结果】大白菜COBRA基因家族包含23个成员,命名为BrCOBL1~BrCOBL23,分布于大白菜基因组的8条染色体上,根据基因序列特点将其分为2个亚族。大白菜与同属于十字花科的拟南芥、甘蓝型油菜、甘蓝和芥菜基因组中共鉴定出147个COBRA基因,系统进化树分析表明以上COBRA基因家族成员可聚为8个亚组。基因表达分析显示:低温胁迫下,大白菜BrCOBL1、BrCOBL2、BrCOBL15和BrCOBL16的表达量显著升高。【结论】COBRA蛋白序列含有共同的保守基序,且某些基序特异存在于不同的亚族,表明这些基序可能与各亚族的功能分化有关。根据启动子分析结果推测BrCOBL基因可能参与大白菜的非生物胁迫响应及激素应答调控。